genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  47  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12808675--12808746	34	2.1	34	92	2	119	38	6	18	36	1.77
12808700--12808788	45	2.0	45	93	0	151	40	6	17	34	1.77
12808699--12808808	45	2.4	45	84	0	139	42	7	15	34	1.75
12808807--12808832	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
12812869--12812915	20	2.4	20	89	3	69	59	10	0	29	1.31
12812880--12812923	20	2.2	20	83	0	52	59	11	2	27	1.44
12819529--12819592	32	2.0	32	96	0	119	59	10	6	23	1.54
12821441--12821568	40	3.2	38	83	9	150	26	28	22	22	1.99
12829694--12829861	40	4.2	40	79	2	151	26	26	22	25	2.00
12830834--12830881	20	2.4	20	85	0	69	43	22	22	10	1.84
12842925--12842969	14	3.3	14	80	20	51	22	8	11	57	1.60
12857652--12857712	31	2.0	30	81	12	72	24	16	4	54	1.62
12859824--12859877	21	2.5	21	76	8	56	20	27	37	14	1.92
12862644--12862676	16	2.0	17	88	5	50	27	6	18	48	1.71
12866045--12866152	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
12867433--12867470	19	2.0	19	100	0	76	42	21	5	31	1.75
12872550--12872675	42	3.0	42	80	2	135	30	25	15	28	1.95
12881568--12881612	23	2.0	23	100	0	90	40	8	11	40	1.72
12885871--12885910	18	2.3	18	86	4	55	40	12	22	25	1.89
12886412--12886446	13	2.7	13	95	0	61	17	22	11	48	1.79
12887841--12888085	40	6.1	40	78	1	222	19	26	17	36	1.94
12888600--12888631	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12889384--12889437	25	2.1	25	93	3	90	12	14	14	57	1.66
12894736--12894780	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
12899325--12899369	22	2.0	22	86	0	63	48	13	4	33	1.62
12903439--12903468	3	10.0	3	92	0	51	36	0	30	33	1.58
12905439--12905477	18	2.2	18	86	9	53	53	0	0	46	1.00
12907046--12907086	21	2.0	21	100	0	82	26	14	9	48	1.75
12915918--12916069	67	2.2	68	84	9	195	32	15	29	22	1.95
12923637--12923700	33	1.9	33	100	0	128	37	6	21	34	1.79
12923782--12923815	17	1.9	18	88	5	52	73	2	0	23	0.97
12931165--12931194	13	2.2	14	94	5	53	80	0	13	6	0.91
12931164--12931197	13	2.4	14	85	14	52	79	0	11	8	0.94
12931170--12931230	18	3.4	18	82	6	63	68	0	21	9	1.18
12932075--12932118	6	7.2	6	86	2	61	18	20	15	45	1.85
12934974--12935029	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
12936516--12936568	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
12938168--12938198	12	2.6	12	94	0	53	9	25	48	16	1.76
12943049--12943100	26	2.0	26	96	0	95	30	7	25	36	1.84
12944581--12944632	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
12953023--12953282	92	2.9	91	94	3	454	21	20	30	28	1.98
12953032--12953290	45	5.7	45	76	11	267	21	20	29	28	1.98
12956213--12956253	15	2.7	15	88	0	64	12	19	9	58	1.61
12958646--12958867	46	4.8	46	81	7	279	21	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12958642--12958813	93	1.8	93	96	0	317	22	19	29	29	1.98
12961814--12962451	27	23.7	27	85	5	790	28	21	9	40	1.84
12963776--12963854	9	7.9	11	73	18	75	35	8	20	35	1.84
12963805--12963847	15	2.8	16	83	16	56	34	9	20	34	1.85
12963774--12963856	20	4.2	20	93	0	148	36	10	19	33	1.86
12963912--12964078	23	7.1	23	89	2	244	29	22	20	28	1.98
12963911--12964085	24	7.4	23	88	3	242	29	21	21	27	1.98
12963910--12964085	47	3.7	47	85	4	246	30	21	21	27	1.98
12964293--12964356	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
12970654--12970781	43	3.0	43	82	4	152	26	20	31	21	1.98
12970715--12970861	40	3.6	41	76	9	129	28	19	28	23	1.98
12976653--12979447	931	3.0	929	90	1	4214	29	20	18	31	1.96
12978705--12978734	14	2.1	15	93	6	53	56	13	10	20	1.65
12998300--12998486	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
12998323--12998486	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
12998323--12998520	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
13000925--13001019	27	3.5	27	76	4	84	40	17	8	33	1.80
13001014--13001074	27	2.3	27	82	0	68	32	27	8	31	1.86
13001025--13001235	27	7.8	27	88	2	280	27	24	9	39	1.85
13001160--13001437	27	10.2	27	76	9	93	37	19	8	34	1.82
13000972--13001246	81	3.4	81	77	4	239	30	23	8	37	1.85
13001214--13001384	81	2.1	81	80	6	204	39	21	8	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13001223--13001443	27	8.1	27	76	7	144	40	18	8	33	1.80
13001484--13001561	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
13002047--13002110	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
13009192--13009338	27	5.7	26	85	9	169	42	19	6	31	1.78
13009238--13009354	54	2.2	53	83	7	139	41	19	8	30	1.82
13009322--13009396	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
13009357--13009463	54	2.0	54	84	0	142	31	22	11	34	1.89
13009388--13009732	27	12.8	27	88	3	419	28	22	8	40	1.82
13009415--13009776	81	4.5	81	81	6	214	29	22	8	39	1.83
13010965--13011012	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
13011053--13011113	19	3.2	19	95	4	113	36	9	21	32	1.86
13011057--13011110	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
13011046--13011110	20	3.3	20	93	4	114	35	10	21	32	1.88
13011163--13011232	23	3.0	24	95	4	133	28	24	21	25	1.99
13018950--13019100	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
13024638--13024664	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
13029525--13029768	40	6.2	40	93	3	388	23	22	27	25	2.00
13037843--13038087	40	6.2	40	93	2	388	23	22	28	25	1.99
13041181--13041233	15	3.4	15	77	12	54	18	5	3	71	1.21
13045172--13045211	9	4.4	9	90	0	62	32	7	42	17	1.77
13045360--13045405	23	2.0	24	82	4	58	4	8	30	56	1.49
13045353--13045470	56	2.1	56	87	7	168	5	7	25	61	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13045383--13045568	11	16.8	11	72	8	101	5	8	27	59	1.48
13056024--13056061	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
13056290--13056503	46	4.6	46	78	10	238	30	28	18	21	1.97
13056927--13056986	30	2.0	30	90	0	93	35	25	3	36	1.72
13079196--13079246	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
13089919--13090091	43	4.0	43	78	3	170	32	24	13	28	1.93
13090786--13090810	9	2.8	9	100	0	50	68	24	0	8	1.16
13091213--13091246	17	2.0	17	100	0	68	64	11	0	23	1.26
13092763--13092802	21	1.9	21	89	0	62	27	17	15	40	1.89
13095042--13095361	94	3.4	92	75	15	280	28	20	28	23	1.99
13095044--13095358	47	6.7	48	75	10	242	28	20	27	23	1.99
13108456--13108565	55	1.9	58	85	7	154	42	2	3	50	1.34
13108493--13108569	38	2.0	38	80	14	88	45	3	1	49	1.28
13111946--13112244	52	5.6	52	76	8	201	36	16	23	24	1.94
13111944--13112241	162	1.9	160	83	4	393	37	15	23	23	1.93
13125234--13125299	34	1.9	34	84	6	89	25	6	4	63	1.37
13129056--13129090	18	1.9	18	88	0	52	62	5	8	22	1.45
13129159--13129202	21	2.1	21	87	8	63	63	0	9	27	1.24
13129219--13129277	23	2.6	22	75	2	64	49	6	0	44	1.29
13129365--13129408	7	6.0	7	89	7	52	47	0	0	52	1.00
13129365--13129403	15	2.7	14	84	7	51	46	0	0	53	1.00
13129365--13129408	22	2.0	22	86	0	61	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13129370--13129408	15	2.6	15	88	8	53	48	0	0	51	1.00
13129686--13129740	22	2.5	23	80	11	62	54	0	0	45	0.99
13129827--13129876	15	3.4	15	83	2	57	24	4	4	68	1.24
13129991--13130090	32	3.2	32	66	18	91	49	7	7	37	1.57
13129971--13130097	63	2.0	63	98	0	245	48	6	8	37	1.60
13132083--13132108	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
13140382--13140428	21	2.2	21	84	3	58	72	2	14	10	1.21
13140847--13140916	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
13145441--13145589	42	3.5	42	78	0	154	27	20	15	36	1.92
13145583--13145685	43	2.4	43	76	9	102	23	17	22	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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