genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  292  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91037940--91038305	183	2.0	183	98	0	705	42	14	15	27	1.86
91040938--91040995	25	2.2	27	87	9	93	34	0	41	24	1.55
91040946--91041001	26	2.2	26	96	3	105	30	0	51	17	1.46
91041282--91041339	28	2.1	28	83	6	73	36	29	1	32	1.68
91041316--91041360	21	2.1	21	91	0	72	33	33	2	31	1.70
91041316--91041370	21	2.7	21	86	5	60	38	32	1	27	1.67
91041594--91041638	21	2.1	21	91	0	72	44	35	0	20	1.51
91041712--91042041	41	8.1	41	87	3	411	21	23	20	34	1.96
91042918--91042945	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
91051203--91051384	39	4.6	39	86	2	231	23	30	21	24	1.99
91058414--91058634	38	5.8	38	88	4	297	22	21	25	30	1.99
91058414--91058634	75	2.9	76	85	5	297	22	21	25	30	1.99
91058627--91058866	43	5.6	43	92	3	396	12	24	32	30	1.92
91058627--91058866	128	1.9	129	93	2	421	12	24	32	30	1.92
91058627--91058866	85	2.8	85	92	3	410	12	24	32	30	1.92
91059193--91059277	44	1.9	46	85	7	122	23	21	29	25	1.99
91060447--91060550	48	2.2	48	84	3	129	29	22	31	16	1.95
91062368--91062455	44	2.0	44	97	0	167	48	6	17	27	1.72
91064119--91064325	38	5.5	38	90	2	312	22	22	24	30	1.99
91064119--91064325	75	2.8	76	88	3	312	22	22	24	30	1.99
91064318--91064513	43	4.6	43	92	3	335	12	26	31	30	1.92
91064318--91064513	84	2.3	86	92	4	335	12	26	31	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91079883--91080014	38	3.5	37	82	5	149	22	23	25	28	1.99
91079905--91080022	38	3.1	38	86	2	157	23	21	22	32	1.98
91080020--91080303	43	6.6	43	90	2	437	14	24	29	31	1.94
91094953--91095067	46	2.6	46	83	4	137	30	20	24	25	1.98
91095275--91095423	48	3.1	48	69	14	155	32	20	26	20	1.98
91095322--91095476	46	3.3	46	67	13	136	32	20	25	21	1.98
91095138--91095494	94	3.9	94	84	5	428	33	19	24	21	1.97
91095584--91095707	44	2.8	44	77	11	144	28	21	24	25	1.99
91095860--91096012	48	3.2	48	68	14	154	31	20	28	20	1.97
91095673--91096079	180	2.2	182	84	6	524	32	19	26	22	1.97
91095673--91096079	94	4.5	92	85	6	510	32	19	26	22	1.97
91095907--91096061	46	3.3	46	68	13	145	30	19	27	22	1.98
91095016--91096180	585	2.0	585	94	0	2053	32	19	24	23	1.97
91097564--91097751	40	4.7	40	91	3	308	25	27	22	24	2.00
91105511--91105736	40	5.7	40	92	5	379	24	27	23	24	2.00
91105511--91105736	78	2.9	79	93	3	384	24	27	23	24	2.00
91113940--91114093	40	3.8	40	81	0	164	27	20	26	25	1.99
91113962--91114111	40	3.8	40	78	8	135	30	22	24	23	1.99
91119849--91119970	50	2.5	49	82	5	142	27	22	14	35	1.93
91127717--91127840	48	2.6	48	84	0	149	27	20	27	25	1.99
91127717--91127855	48	2.9	48	81	2	145	27	20	28	24	1.99
91127728--91127897	48	3.5	49	79	4	132	26	19	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91127866--91127949	41	2.0	42	88	6	127	26	13	27	33	1.93
91127955--91128081	48	2.6	48	88	0	182	29	19	26	23	1.98
91133619--91133673	17	3.4	17	75	10	69	49	18	0	32	1.48
91133625--91133673	15	3.1	15	72	11	53	48	18	0	32	1.48
91133610--91133673	32	2.0	32	96	0	119	45	20	0	34	1.51
91139271--91139382	42	2.7	42	85	2	136	25	16	29	28	1.97
91139352--91139480	48	2.7	48	92	0	204	27	22	24	25	2.00
91141827--91141871	22	2.0	22	83	8	56	37	8	17	35	1.81
91145920--91145987	33	2.1	33	94	0	118	32	25	22	20	1.98
91150434--91150536	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
91153615--91153665	21	2.4	21	86	0	66	39	11	17	31	1.86
91153627--91153672	21	2.2	21	92	0	74	34	10	21	32	1.88
91161726--91161786	10	5.9	10	77	11	61	37	9	19	32	1.85
91161726--91161786	21	2.9	20	80	4	68	37	9	19	32	1.85
91165916--91166088	40	4.3	40	79	7	172	26	21	27	24	1.99
91165926--91166088	80	2.1	79	83	3	202	25	22	27	24	2.00
91170247--91170391	20	7.3	20	73	7	125	12	31	20	35	1.90
91170237--91170392	40	3.9	40	87	1	215	14	30	20	34	1.92
91170231--91170391	79	2.0	80	86	1	225	13	29	20	36	1.91
91172511--91172548	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
91177295--91177387	2	46.5	2	97	0	177	0	48	0	51	1.00
91179317--91179439	47	2.6	46	80	12	151	29	20	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91179317--91179714	44	8.6	47	72	11	191	27	19	28	25	1.98
91180379--91180420	20	2.1	20	100	0	84	35	0	11	52	1.38
91184123--91184190	35	1.9	35	100	0	136	27	16	20	35	1.94
91186475--91186528	25	2.2	24	86	3	72	14	20	24	40	1.90
91189325--91189511	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
91189348--91189511	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
91189348--91189545	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
91191667--91191707	16	2.6	16	100	0	82	12	26	14	46	1.80
91193065--91193184	47	2.6	47	81	6	120	29	17	28	25	1.97
91193223--91193284	31	2.0	31	93	0	106	32	6	27	33	1.82
91200583--91200748	47	3.6	46	78	13	121	28	19	27	24	1.98
91204622--91204691	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
91204622--91204703	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
91212446--91212515	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
91212446--91212527	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
91216571--91216635	29	2.2	29	94	0	112	32	18	26	23	1.97
91220242--91220311	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
91220242--91220323	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
91224867--91224913	20	2.3	20	92	0	76	44	2	6	46	1.40
91225656--91225712	29	2.0	29	92	0	96	35	24	14	26	1.93
91230040--91230074	19	1.9	17	88	11	52	68	0	14	17	1.21
91231781--91231825	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91234445--91234522	39	2.0	39	100	0	156	28	7	15	48	1.72
91239133--91239175	17	2.5	17	88	0	59	27	9	2	60	1.40
91239638--91239792	35	4.4	34	78	13	134	36	15	21	26	1.93
91239707--91240028	38	8.8	36	69	13	138	32	15	20	31	1.93
91239961--91240127	35	4.6	36	75	8	126	35	13	21	29	1.92
91239894--91240127	108	2.2	110	82	5	280	35	14	21	29	1.93
91240002--91240161	35	4.4	36	70	10	94	36	14	20	28	1.92
91240139--91240231	35	2.6	34	80	12	116	40	16	21	21	1.91
91240428--91240576	74	2.0	75	83	8	189	43	20	10	25	1.84
91242887--91243092	39	5.3	39	86	2	290	29	20	26	22	1.99
91242889--91243120	78	3.0	77	91	3	360	29	21	26	22	1.99
91243312--91243375	2	32.0	2	90	0	101	3	1	46	48	1.27
91248668--91248852	40	4.6	39	82	5	203	23	21	28	27	1.99
91248669--91248850	79	2.3	81	82	7	221	24	21	28	26	1.99
91248723--91248885	79	2.1	78	80	11	181	25	18	28	27	1.98
91254211--91254416	39	5.3	39	87	0	295	31	19	25	23	1.98
91254211--91254444	117	2.0	116	83	2	290	29	20	26	23	1.99
91254213--91254416	78	2.6	78	96	0	363	31	19	25	23	1.98
91254644--91254711	2	34.0	2	100	0	136	0	0	50	50	1.00
91261181--91261281	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
91269136--91269236	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
91278405--91278510	35	3.0	34	90	2	149	21	22	43	12	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91279090--91279146	22	2.6	23	72	5	55	21	5	1	71	1.14
91279193--91279243	10	5.9	8	78	17	50	35	0	3	60	1.15
91279818--91279957	7	19.9	7	68	7	50	45	32	1	20	1.60
91280192--91280988	131	6.0	132	84	5	966	32	23	18	24	1.97
91280726--91281045	140	2.3	140	92	2	527	30	23	18	27	1.98
91285875--91285924	22	2.5	20	87	9	66	20	24	2	54	1.55
91288322--91288403	41	2.0	41	100	0	164	34	17	19	29	1.94
91295137--91295275	72	1.9	72	92	2	235	40	15	7	35	1.77
91296377--91296420	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
91298522--91298568	24	1.9	25	91	4	78	40	6	0	53	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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