genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  183  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57542797--57542963	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
57542813--57542963	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
57550761--57550926	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
57550777--57550926	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
57552587--57552622	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
57557680--57557738	25	2.4	23	83	13	73	38	1	1	57	1.19
57559851--57559898	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
57559946--57560001	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
57559935--57560001	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
57560051--57560216	23	7.1	23	92	2	278	28	21	21	29	1.98
57560050--57560216	47	3.6	46	91	2	280	28	20	20	29	1.98
57560429--57560489	31	2.0	31	93	0	104	32	16	26	24	1.96
57565028--57565058	8	3.9	8	100	0	62	51	9	12	25	1.70
57565407--57565565	43	3.7	43	73	13	139	24	19	24	31	1.98
57568316--57568398	38	2.2	38	93	2	141	32	15	6	45	1.71
57574861--57574907	21	2.1	22	84	7	60	10	34	31	23	1.89
57579598--57579649	20	2.6	21	71	20	56	36	13	15	34	1.87
57586648--57586721	26	2.8	26	84	11	89	22	24	16	36	1.94
57591041--57591226	99	1.9	100	93	1	320	30	26	16	26	1.97
57591035--57591221	49	3.8	49	78	12	220	30	26	16	27	1.96
57598586--57598619	17	1.9	17	88	5	50	44	17	0	38	1.49
57608792--57608831	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57609490--57609658	43	4.0	42	75	13	157	30	26	17	26	1.97
57615976--57616129	42	3.6	42	73	11	127	31	25	16	26	1.97
57618008--57618057	25	2.0	25	88	0	73	16	20	24	40	1.91
57630086--57630362	137	2.0	137	97	0	527	38	15	7	37	1.77
57646397--57646437	21	2.0	21	85	9	57	41	7	0	51	1.30
57649525--57649567	22	2.0	21	82	13	52	34	4	20	39	1.74
57650707--57650753	19	2.5	19	96	0	85	48	8	21	21	1.76
57654010--57654193	43	4.3	42	73	8	131	29	25	19	25	1.99
57654101--57654248	43	3.5	43	71	12	142	29	23	18	27	1.98
57654013--57654253	85	2.8	85	85	2	306	29	25	19	26	1.99
57654484--57654531	24	2.0	24	91	0	78	16	12	16	54	1.72
57659419--57659492	25	3.0	25	77	0	85	31	21	25	21	1.98
57667786--57667836	23	2.2	23	100	0	102	27	9	15	47	1.77
57667794--57667859	23	3.0	22	84	8	73	27	9	19	43	1.81
57667917--57667960	20	2.2	20	87	0	61	54	0	25	20	1.45
57670046--57670207	42	3.8	42	73	4	155	29	17	24	29	1.97
57670051--57670213	85	1.9	84	87	1	236	28	17	24	28	1.98
57679194--57679363	93	1.8	93	92	0	286	27	28	21	22	1.99
57679190--57679360	46	3.7	44	77	15	177	28	27	21	22	1.99
57679783--57679842	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
57687695--57687764	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
57687695--57687776	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57695628--57695697	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
57695628--57695709	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
57697993--57698222	40	5.8	40	91	1	347	26	26	22	24	2.00
57697967--57698222	80	3.2	80	88	3	358	26	26	22	25	2.00
57701003--57701101	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
57708625--57708799	40	4.4	40	87	5	241	25	26	22	25	2.00
57708625--57708799	79	2.2	80	85	7	241	25	26	22	25	2.00
57713516--57713556	20	2.0	20	85	4	55	48	0	19	31	1.49
57713959--57714008	21	2.5	21	81	12	61	58	8	4	30	1.45
57714344--57714386	18	2.3	19	84	4	52	55	16	4	23	1.59
57715352--57715381	16	1.9	15	93	6	51	46	13	13	26	1.80
57724674--57724747	27	2.7	28	82	4	96	25	14	32	27	1.95
57731846--57731900	28	1.9	29	85	3	76	16	18	41	23	1.89
57736159--57736399	47	5.1	47	90	0	356	33	11	28	26	1.91
57736218--57736289	22	3.0	25	66	25	73	34	11	26	27	1.90
57736231--57736306	22	3.3	22	68	22	66	32	11	28	26	1.92
57736280--57736355	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
57736369--57736557	48	3.8	48	85	10	272	36	6	25	31	1.82
57736370--57736557	102	1.9	96	88	8	279	36	6	25	30	1.82
57736703--57736811	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
57739547--57739580	17	2.0	17	88	0	50	58	14	14	11	1.63
57739625--57739678	27	2.0	27	100	0	108	55	7	7	29	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57740057--57740116	18	3.2	18	73	17	59	28	33	6	31	1.83
57740062--57740125	21	3.2	21	68	14	55	23	32	7	35	1.84
57742420--57742665	50	4.9	50	86	1	316	23	29	19	27	1.99
57742389--57742657	100	2.7	99	84	5	350	24	28	18	27	1.98
57742376--57742702	50	6.8	44	76	14	147	23	28	18	28	1.98
57747625--57747873	124	2.0	121	91	2	399	24	17	27	30	1.97
57760544--57760709	40	4.2	40	89	2	219	23	21	27	28	1.99
57762323--57762389	12	6.2	11	77	10	50	4	22	0	73	1.01
57762356--57762427	29	2.7	29	76	18	75	9	20	0	69	1.16
57762384--57762426	21	2.1	21	86	4	61	11	20	0	67	1.22
57773812--57773980	39	4.3	39	89	1	250	29	2	22	45	1.65
57773869--57773961	8	11.9	8	68	17	52	30	1	22	46	1.59
57773885--57773961	23	3.6	22	70	25	67	29	1	23	45	1.61
57775117--57775253	53	2.6	54	89	2	206	29	27	11	32	1.92
57775117--57775277	53	3.0	52	85	5	198	27	24	13	34	1.93
57778029--57778083	29	1.9	28	92	3	92	14	25	27	32	1.95
57780026--57780076	20	2.5	20	83	0	75	13	31	35	19	1.91
57780589--57780625	13	2.8	13	91	4	56	51	21	0	27	1.48
57780946--57781042	40	2.5	39	78	8	110	29	26	24	18	1.98
57784220--57784483	40	6.6	40	90	3	338	23	25	27	23	2.00
57786729--57786912	40	4.6	40	80	8	205	25	23	26	24	2.00
57786729--57786911	80	2.3	81	84	5	230	25	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57790232--57790599	47	7.9	46	71	13	218	27	21	29	21	1.98
57790239--57790599	94	3.9	92	80	10	394	27	20	29	22	1.98
57790236--57790599	141	2.6	137	80	11	382	27	21	29	21	1.99
57794965--57795096	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
57794965--57795096	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
57798233--57798275	21	2.0	21	100	0	86	27	13	27	30	1.95
57800652--57800752	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
57808576--57808676	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
57811984--57812353	47	7.9	46	73	13	247	27	19	30	22	1.98
57811987--57812347	94	3.9	92	78	10	349	27	19	31	22	1.98
57813129--57813186	29	2.0	29	100	0	116	31	13	17	37	1.89
57818727--57818787	21	2.9	21	71	11	54	34	8	4	52	1.53
57840189--57840374	40	4.7	40	88	5	218	25	21	26	26	1.99
57840242--57840397	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
57849570--57849750	49	3.7	49	75	5	143	25	25	20	28	1.99
57849674--57849850	48	3.7	48	80	5	173	24	23	19	31	1.98
57851421--57851456	13	2.8	13	86	0	54	55	11	0	33	1.35
57852143--57852196	27	2.0	27	85	0	72	31	25	18	24	1.97
57852550--57852679	27	4.8	27	74	5	118	38	11	23	26	1.89
57852548--57852679	54	2.4	55	81	3	151	38	11	24	25	1.89
57857825--57857864	14	2.9	14	82	14	55	52	12	0	35	1.39
57859672--57859843	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57859665--57859840	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
57867210--57867381	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
57867203--57867378	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
57870079--57870236	68	2.3	68	78	11	169	20	28	16	34	1.94
57871189--57871229	21	1.9	21	90	5	64	26	21	26	24	2.00
57871244--57871298	21	2.6	21	85	0	74	21	23	20	34	1.97
57875187--57875251	32	2.0	32	96	0	121	23	1	29	46	1.61
57886271--57886332	30	2.1	30	90	0	97	61	11	0	27	1.30
57886361--57886438	11	7.2	11	77	8	70	69	2	5	23	1.21
57886361--57886438	22	3.6	21	78	13	79	69	2	5	23	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
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