genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  206  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64940611--64941050	143	3.1	143	78	8	502	34	10	27	27	1.89
64940646--64941107	240	1.9	238	87	4	678	34	9	28	27	1.89
64941213--64941357	37	3.9	37	94	0	245	22	19	32	25	1.97
64948356--64948518	40	4.1	40	76	3	159	26	26	22	24	2.00
64950376--64950446	36	2.0	36	97	0	133	29	8	35	26	1.86
64952762--64952936	40	4.4	39	81	5	181	25	24	24	25	2.00
64952771--64952936	80	2.1	81	85	3	219	24	25	23	26	2.00
64956447--64956529	43	1.9	43	87	0	121	54	1	21	22	1.52
64956504--64956544	19	2.2	19	91	4	66	53	0	21	24	1.46
64961609--64961636	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
64962108--64962235	45	2.9	45	92	2	206	23	19	28	28	1.98
64963888--64963956	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
64965583--64965620	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
64971895--64971963	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
64973584--64973621	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
64983735--64983905	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	21	1.99
64983727--64983902	46	3.8	46	80	10	214	28	28	21	21	1.99
64989408--64989475	21	3.2	20	80	12	66	76	4	17	1	1.03
64989419--64989475	5	11.0	5	77	17	55	77	3	17	1	1.00
64989419--64989475	16	3.7	14	80	17	60	77	3	17	1	1.00
64989555--64989636	30	2.8	29	76	9	78	63	0	21	14	1.30
64991870--64991957	30	2.9	30	78	6	88	29	25	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64994856--64995052	40	4.9	40	93	1	315	25	27	22	23	2.00
65003962--65004220	40	6.6	40	91	2	400	22	19	30	27	1.98
65003962--65004220	79	3.3	80	90	3	400	22	19	30	27	1.98
65003962--65004211	119	2.1	119	91	0	403	22	19	30	27	1.98
65006190--65006386	40	4.9	40	92	1	306	25	27	22	23	1.99
65012153--65012324	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
65012145--65012320	46	3.8	46	79	12	216	29	28	20	21	1.98
65022166--65022209	19	2.3	19	100	0	88	20	15	31	31	1.94
65024425--65024592	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
65030684--65030728	21	2.1	21	100	0	90	37	37	8	15	1.79
65034866--65034966	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
65042791--65042891	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
65045895--65045958	33	1.9	33	100	0	128	28	21	18	31	1.97
65047276--65047307	12	2.7	12	100	0	64	46	12	15	25	1.81
65047299--65047372	24	3.0	26	71	13	66	59	1	22	16	1.44
65047309--65047379	30	2.4	31	81	11	85	61	1	23	12	1.39
65049554--65049598	20	2.2	21	84	4	56	24	26	15	33	1.95
65049615--65049711	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
65051846--65052016	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
65051838--65052013	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
65054390--65054478	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
65054390--65054469	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65054401--65054478	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
65057424--65057595	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
65057416--65057591	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
65064281--65064478	71	2.8	70	91	3	285	33	17	28	20	1.95
65064315--65064478	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
65065823--65065985	40	4.1	40	81	6	186	25	20	27	26	1.99
65067646--65067834	6	30.7	6	73	17	138	49	15	17	17	1.80
65067667--65067747	37	2.2	37	90	0	135	51	14	16	17	1.76
65067675--65067838	62	2.6	62	93	0	283	48	15	17	18	1.81
65067734--65067829	37	2.6	37	85	5	131	45	16	19	17	1.85
65067675--65067834	25	6.4	25	81	8	129	48	15	18	18	1.82
65067678--65067810	19	6.8	19	73	19	121	48	15	18	17	1.82
65068064--65068115	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
65068361--65068849	27	18.2	27	85	2	556	25	17	19	37	1.94
65068378--65068849	54	8.8	54	87	2	619	25	17	20	37	1.93
65068403--65068929	54	9.8	55	83	9	405	25	15	20	37	1.92
65068400--65068929	81	6.6	81	82	6	357	26	15	20	37	1.92
65068779--65068930	27	5.7	27	75	11	109	25	11	23	39	1.88
65071934--65072003	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
65071934--65072015	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
65076324--65076393	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
65084988--65085041	17	3.1	17	94	2	90	11	20	48	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65088733--65088867	29	4.7	29	79	3	119	23	24	12	39	1.90
65092815--65092874	31	1.9	32	89	3	95	30	21	18	30	1.97
65093081--65093150	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
65093356--65093576	27	8.2	27	85	5	252	27	20	15	36	1.93
65093355--65093576	81	2.8	80	86	4	286	27	20	16	36	1.94
65093571--65093708	27	5.1	27	84	3	170	41	5	21	31	1.77
65093570--65093708	54	2.6	54	88	0	206	41	5	21	30	1.76
65093722--65093899	27	6.6	27	79	2	169	29	10	20	40	1.85
65093722--65093899	81	2.2	81	81	4	207	29	10	20	40	1.85
65098748--65098789	12	3.3	13	77	16	52	50	0	2	47	1.14
65098945--65098969	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
65099040--65099064	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
65099100--65099171	24	3.0	24	83	4	90	63	1	2	31	1.17
65099047--65099168	14	9.2	13	67	24	53	61	4	4	30	1.33
65099105--65099181	25	3.5	22	72	19	54	64	0	2	32	1.07
65099094--65099181	11	7.8	10	72	23	52	63	2	2	31	1.19
65099171--65099207	13	2.6	15	79	16	51	64	0	8	27	1.21
65100449--65100676	76	2.9	77	87	5	309	28	25	22	23	1.99
65100452--65100676	114	1.9	118	83	5	298	28	24	22	23	1.99
65100452--65100647	38	5.1	38	88	3	277	30	25	22	22	1.99
65104339--65105091	206	3.7	206	91	0	1195	29	22	17	30	1.97
65110018--65110404	196	2.0	192	96	2	711	21	28	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65115073--65115218	40	3.7	39	81	1	139	23	26	21	28	1.99
65115073--65115256	40	4.6	40	79	2	127	22	26	21	29	1.99
65124389--65124477	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
65124389--65124468	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
65124400--65124477	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
65127424--65127595	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
65127417--65127592	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
65132338--65132409	30	2.4	31	81	11	87	15	22	0	62	1.32
65132417--65132447	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
65132497--65132540	15	2.9	15	89	3	61	6	15	2	75	1.12
65132493--65132562	20	3.3	22	69	28	62	5	18	1	74	1.09
65134737--65134833	30	3.2	30	70	2	88	29	15	26	27	1.96
65134850--65134894	20	2.2	21	84	4	56	31	17	26	24	1.97
65136311--65136530	6	36.2	6	73	17	161	49	14	16	20	1.79
65136290--65136549	31	8.7	30	82	9	243	49	14	16	20	1.80
65136311--65136525	85	2.5	85	90	2	351	49	13	16	20	1.80
65136492--65136550	19	3.5	19	65	29	60	52	16	11	18	1.74
65136331--65136549	31	7.4	31	83	10	262	48	14	16	20	1.80
65136690--65136763	27	2.8	27	87	2	96	36	20	24	18	1.95
65136922--65136981	22	2.8	21	82	5	57	35	23	21	20	1.96
65137413--65137588	27	6.6	27	86	0	228	25	23	19	31	1.98
65137597--65137655	27	2.2	27	87	6	84	30	10	20	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65137611--65137980	27	13.7	27	77	5	169	32	7	21	38	1.82
65137613--65137980	54	6.8	54	73	5	251	32	7	20	38	1.82
65137604--65137980	81	4.7	81	71	4	258	33	8	20	37	1.83
65139914--65139974	24	2.5	24	94	0	104	36	26	18	19	1.94
65142972--65143212	6	39.7	6	74	14	183	49	14	16	19	1.79
65142972--65143231	30	8.7	30	82	9	277	49	14	16	19	1.79
65142993--65143231	85	2.7	85	89	5	352	49	14	16	19	1.80
65143174--65143232	19	3.5	19	63	29	51	50	16	13	18	1.77
65143372--65143445	27	2.8	27	87	2	96	36	20	24	18	1.95
65143604--65143663	22	2.8	21	82	5	57	35	23	21	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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