genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  173  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53888005--53888225	40	5.6	40	84	5	263	23	21	28	26	1.99
53888070--53888248	80	2.3	78	84	6	220	25	20	27	27	1.99
53895863--53896194	49	6.8	49	93	1	515	28	28	9	33	1.89
53895939--53896021	27	3.3	27	61	22	70	32	25	6	36	1.80
53895825--53896194	147	2.6	145	87	3	521	28	28	10	33	1.89
53896113--53896187	22	3.3	22	66	23	64	25	32	12	30	1.92
53896115--53896190	24	3.2	24	66	23	70	25	32	11	30	1.91
53900302--53900524	40	5.7	40	83	6	251	23	21	27	27	1.99
53902959--53903005	17	2.8	16	84	9	67	48	0	0	51	1.00
53908541--53908594	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
53910589--53910802	40	5.4	40	90	1	349	22	18	28	29	1.98
53912945--53912986	15	2.9	14	82	10	57	19	7	9	64	1.46
53915103--53915161	27	2.2	26	84	3	73	35	20	23	20	1.96
53915124--53915185	31	2.0	32	87	3	90	35	22	24	17	1.95
53922382--53922433	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
53923768--53923901	68	2.0	69	90	1	216	42	2	5	49	1.40
53923849--53923889	21	2.0	20	85	4	55	48	2	0	48	1.14
53924659--53924701	15	2.9	15	86	13	63	0	11	0	88	0.52
53924659--53924703	20	2.4	18	89	10	72	0	11	0	88	0.50
53924659--53924702	10	4.5	10	85	2	63	0	11	0	88	0.51
53924847--53924956	55	2.0	55	96	0	202	25	7	20	46	1.76
53926485--53926554	26	2.7	26	86	2	95	40	8	22	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53926507--53926586	26	3.1	25	81	3	88	37	8	27	26	1.86
53927103--53927202	52	1.9	52	95	0	182	36	14	19	31	1.91
53929260--53929285	12	2.2	12	100	0	52	0	0	7	92	0.39
53930768--53930845	34	2.3	35	78	14	92	51	11	3	33	1.56
53931558--53931748	95	2.0	95	100	0	382	38	15	25	20	1.92
53933388--53933599	107	2.0	107	94	0	370	27	8	14	49	1.73
53942494--53942552	30	1.9	30	82	3	73	47	3	22	27	1.67
53948004--53948086	26	3.2	25	91	5	130	36	26	4	32	1.78
53948949--53949266	45	7.3	45	82	7	305	20	18	19	41	1.91
53948969--53949256	87	3.3	86	84	6	332	20	17	19	41	1.90
53949133--53949210	39	2.2	35	82	13	88	21	17	17	42	1.89
53948956--53949209	132	2.0	128	84	6	334	20	18	20	41	1.91
53949246--53949289	6	7.2	6	84	5	61	18	15	15	50	1.79
53949429--53949465	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
53954486--53954522	14	2.6	14	86	0	56	35	24	10	29	1.89
53965931--53965990	20	3.0	20	80	4	68	38	21	0	40	1.54
53965942--53965990	10	5.1	9	80	11	53	38	22	0	38	1.54
53968627--53969027	49	8.3	49	95	1	652	31	7	30	29	1.86
53975821--53975861	19	2.2	19	90	0	64	26	9	24	39	1.86
53976281--53976320	19	2.1	19	100	0	80	57	22	5	15	1.57
53979783--53979837	22	2.5	22	84	0	74	36	21	18	23	1.95
53983492--53983542	25	2.0	25	92	0	84	45	1	25	27	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53983491--53983540	14	3.8	14	74	15	61	44	2	28	26	1.65
53996431--53996638	40	5.2	40	83	2	211	25	25	23	26	2.00
53999162--53999201	16	2.4	17	91	4	64	15	2	0	82	0.77
53999162--53999204	21	2.1	20	91	4	68	13	2	0	83	0.74
54007971--54008014	15	2.9	15	86	3	52	61	2	2	34	1.21
54007977--54008088	45	2.5	44	75	15	115	58	2	4	33	1.32
54008122--54008163	16	2.6	16	92	7	68	61	2	0	35	1.09
54011189--54011234	19	2.3	20	88	7	76	47	17	8	26	1.76
54013134--54013280	43	3.4	43	77	9	156	31	23	15	29	1.95
54015034--54015187	40	3.8	40	81	3	184	25	26	22	25	2.00
54015002--54015223	80	2.8	80	84	2	232	24	26	22	27	2.00
54022328--54022499	93	1.8	93	91	2	283	27	28	21	22	1.99
54022320--54022495	46	3.8	46	78	11	198	28	27	21	22	1.99
54022371--54022514	46	3.1	46	71	18	127	30	27	19	22	1.98
54031746--54031880	26	5.2	26	90	0	218	40	23	2	33	1.70
54034933--54035114	39	4.6	39	86	0	229	22	29	22	25	1.99
54034963--54035114	78	1.9	79	91	1	252	23	29	21	25	1.99
54042994--54043137	39	3.7	40	89	0	175	23	31	21	22	1.98
54043024--54043137	39	2.9	39	94	1	192	24	32	20	22	1.98
54055888--54056134	40	6.2	40	84	2	291	25	26	23	25	2.00
54062655--54062829	40	4.4	38	82	6	179	24	25	22	27	2.00
54062679--54062827	80	1.9	79	84	1	199	24	25	22	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54070642--54070889	40	6.2	40	86	0	289	25	26	23	25	2.00
54070642--54070889	120	2.1	120	84	4	331	25	26	23	25	2.00
54079659--54079709	26	2.0	26	84	7	68	45	9	21	23	1.82
54080932--54081040	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
54081187--54081369	97	1.9	96	91	5	298	30	26	7	36	1.83
54081187--54081370	48	3.8	48	89	5	291	30	26	7	35	1.83
54081340--54081627	47	6.1	47	90	0	432	26	29	11	32	1.91
54081527--54081598	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
54083925--54084052	40	3.2	40	82	9	145	24	21	26	28	1.99
54091893--54092059	40	4.2	39	84	8	196	23	21	28	26	1.99
54091893--54092059	79	2.1	79	85	5	221	23	21	28	26	1.99
54099617--54099663	12	3.8	12	94	5	85	25	27	0	46	1.53
54099617--54099663	25	1.9	24	95	4	85	25	27	0	46	1.53
54099951--54100015	19	3.0	21	67	20	62	35	27	16	20	1.94
54099951--54100033	43	1.9	43	92	0	139	33	26	19	20	1.96
54105094--54105316	47	4.7	48	90	3	317	33	8	30	27	1.87
54114029--54114120	46	2.0	46	97	0	175	33	26	9	30	1.88
54114350--54114507	78	2.0	78	100	0	316	44	18	6	29	1.75
54118380--54118417	19	2.0	19	94	0	67	26	5	23	44	1.74
54118746--54118838	29	3.2	29	83	1	107	29	11	30	29	1.92
54126487--54126579	29	3.2	29	83	1	98	27	16	30	25	1.96
54129702--54129809	56	1.9	56	83	7	139	36	18	16	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54131005--54131171	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
54132771--54132870	37	2.7	38	78	3	105	21	13	28	38	1.90
54133301--54133349	25	2.0	25	100	0	98	28	8	16	46	1.75
54138694--54138777	44	1.9	44	90	0	132	30	13	17	38	1.88
54145327--54145396	10	6.9	10	74	16	56	45	0	11	42	1.40
54151617--54151765	50	3.1	50	93	3	243	35	14	24	26	1.93
54154020--54154066	22	2.1	21	88	11	67	25	29	31	12	1.93
54154338--54154377	21	1.9	21	90	10	64	50	22	2	25	1.62
54155572--54155746	50	3.5	50	86	3	248	26	26	20	26	1.99
54155911--54155949	20	2.0	20	84	0	51	43	30	10	15	1.80
54158323--54158530	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
54158323--54158528	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
54166310--54166517	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
54166310--54166515	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
54170280--54170308	15	1.9	15	100	0	58	51	13	20	13	1.75
54179091--54179171	27	3.0	27	81	0	90	41	24	8	24	1.83
54179159--54179220	27	2.3	28	83	8	83	40	16	16	27	1.89
54182247--54182281	18	1.9	18	88	0	52	31	42	5	20	1.75
54182817--54182975	56	2.8	56	89	0	246	27	21	12	38	1.89
54185085--54185162	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
54187870--54187907	18	2.0	20	85	10	53	60	5	2	31	1.33
54192763--54192892	47	2.8	47	87	0	170	23	16	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54196279--54196486	40	5.2	40	78	5	172	25	21	26	25	2.00
54202351--54202422	27	2.7	27	91	0	117	36	18	18	27	1.94
54216125--54216227	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
54224143--54224245	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
54229169--54229687	27	19.3	27	86	2	688	34	20	21	24	1.97
54232595--54232664	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
54238664--54238700	17	2.1	18	95	5	67	10	40	18	29	1.85
54240541--54240610	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
54243182--54243207	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
54248043--54248071	14	2.1	14	100	0	58	44	13	20	20	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433