genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  136  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41911867--41912017	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
41911904--41912033	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
41917114--41917158	20	2.2	20	96	0	81	48	17	0	33	1.48
41919137--41919280	40	3.6	39	82	5	146	29	22	24	22	1.99
41919137--41919289	79	1.9	80	82	1	191	29	22	24	22	1.99
41922732--41922814	24	3.5	24	89	0	112	25	32	16	25	1.96
41922778--41922840	24	2.6	24	97	0	117	25	30	22	22	1.99
41929577--41929640	24	2.7	24	97	0	119	23	34	15	26	1.95
41929577--41929661	24	3.5	24	90	0	89	24	32	16	25	1.96
41934376--41934401	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
41942383--41942741	46	7.8	46	91	3	483	40	15	23	20	1.90
41945238--41945306	19	3.6	19	98	0	129	15	33	33	17	1.92
41945238--41945330	19	4.7	20	91	5	93	16	33	32	18	1.93
41947883--41948141	46	5.5	46	80	9	240	27	18	30	22	1.98
41947883--41948141	94	2.8	94	80	9	246	27	18	30	22	1.98
41955351--41955480	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
41959120--41959156	19	1.9	19	94	0	65	35	32	2	29	1.72
41959598--41959678	23	3.6	24	71	20	84	33	0	37	29	1.58
41959575--41959696	44	2.8	44	89	1	183	36	0	36	27	1.57
41963040--41963106	18	3.7	18	72	7	55	43	4	14	37	1.66
41975450--41975567	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
41975418--41975581	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41982557--41982674	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
41982525--41982688	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
41988655--41988852	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
41988721--41988838	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
41988689--41988852	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
41995751--41995948	71	2.8	70	89	5	276	32	18	28	20	1.96
41995785--41995948	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
42008833--42008872	21	1.9	21	84	0	53	32	0	37	30	1.58
42009825--42009858	17	1.9	17	88	5	50	11	26	44	17	1.83
42010807--42010874	18	3.8	18	74	14	59	44	4	13	38	1.64
42011711--42011762	3	17.0	3	76	11	52	30	5	1	61	1.30
42018809--42018874	22	3.2	22	62	29	54	36	10	0	53	1.36
42023511--42023594	36	2.3	35	93	4	141	23	21	16	38	1.93
42023774--42023808	7	4.9	7	89	6	52	37	0	45	17	1.48
42027449--42027620	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
42027442--42027617	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
42027491--42027629	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
42028037--42028096	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
42030631--42030681	18	2.7	18	84	6	66	33	0	3	62	1.13
42030639--42030680	17	2.5	17	85	11	59	33	0	4	61	1.17
42030634--42030680	17	2.8	16	84	9	58	34	0	4	61	1.15
42034956--42035130	45	3.9	45	86	3	226	20	23	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42035858--42035953	47	2.0	48	88	8	142	44	12	12	30	1.79
42037825--42038017	94	2.1	94	95	0	350	41	16	17	24	1.89
42040150--42040204	22	2.5	22	85	5	76	56	10	1	30	1.44
42040675--42040722	6	7.8	6	80	19	55	14	2	0	83	0.74
42040678--42040722	16	2.9	15	81	18	56	13	2	0	84	0.72
42040676--42040719	20	2.2	20	88	11	65	13	2	0	84	0.73
42041073--42041106	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
42041315--42041434	45	2.7	45	88	2	170	41	20	17	20	1.90
42042522--42042549	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
42042569--42042602	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
42042822--42042876	20	2.7	20	81	16	67	56	1	1	40	1.21
42044904--42045021	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
42044872--42045035	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
42052475--42052592	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
42052443--42052606	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
42054496--42054615	6	20.3	6	96	3	226	0	16	50	33	1.46
42057796--42057849	26	2.1	26	86	6	74	44	22	20	12	1.85
42057883--42057962	26	3.1	24	73	8	70	38	20	21	20	1.93
42058691--42058721	12	2.6	12	100	0	62	25	12	9	51	1.70
42059396--42059437	19	2.2	19	83	8	50	42	0	0	57	0.99
42061513--42061611	28	3.5	28	87	4	119	28	14	27	30	1.95
42064196--42064225	9	3.2	9	90	9	51	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42065754--42065795	18	2.3	18	84	8	59	64	14	0	21	1.29
42065754--42065795	6	7.0	6	78	10	50	64	14	0	21	1.29
42067835--42067882	18	2.7	18	83	6	62	79	0	16	4	0.89
42067843--42067882	17	2.2	19	86	8	57	82	0	15	2	0.77
42068596--42068656	19	3.1	19	81	9	70	47	1	0	50	1.10
42068890--42068961	26	2.8	26	82	0	99	40	25	8	26	1.83
42068884--42068960	39	2.0	39	86	0	109	36	25	7	29	1.84
42068884--42068960	13	5.9	13	79	0	82	36	25	7	29	1.84
42072728--42072862	66	2.0	66	95	0	243	34	8	22	34	1.85
42072737--42072880	66	2.3	61	85	9	184	31	6	26	35	1.83
42078070--42078098	15	1.9	15	100	0	58	27	10	20	41	1.85
42080226--42080281	16	3.5	15	80	7	58	25	23	5	46	1.73
42080226--42080297	32	2.3	32	83	7	85	25	22	6	45	1.77
42086322--42086357	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
42088078--42088273	98	2.0	98	95	0	356	34	32	5	28	1.80
42088648--42088710	30	2.1	30	88	5	92	26	3	11	58	1.47
42089691--42089742	20	2.5	20	79	14	61	59	7	5	26	1.48
42090846--42090879	16	2.1	16	88	0	50	47	35	2	14	1.60
42097751--42098130	191	2.0	191	97	1	717	44	13	14	27	1.83
42105829--42105860	13	2.5	13	94	0	55	28	21	3	46	1.66
42106949--42106993	22	2.0	22	100	0	90	26	51	4	17	1.65
42117592--42117625	17	1.9	18	88	5	52	38	17	23	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42118061--42118123	31	2.0	31	90	0	99	46	9	6	38	1.62
42120704--42120745	22	1.9	22	90	0	66	42	2	11	42	1.54
42121984--42122420	36	11.9	36	71	13	173	40	14	17	26	1.89
42121999--42122493	37	13.6	36	71	14	200	42	13	17	26	1.87
42122034--42122493	72	6.3	72	78	7	333	42	13	16	27	1.86
42121999--42122493	73	6.8	73	79	5	358	42	13	17	26	1.87
42121999--42122493	110	4.5	108	75	11	319	42	13	17	26	1.87
42122224--42122489	108	2.5	107	73	14	240	44	13	14	27	1.83
42122656--42122687	6	4.9	7	92	7	50	71	0	0	28	0.86
42125800--42125861	24	2.7	23	78	9	72	50	0	3	46	1.17
42125875--42125936	28	2.2	29	88	2	90	56	33	1	8	1.38
42125940--42125995	21	2.6	22	77	8	62	50	25	0	25	1.50
42125960--42125986	14	1.9	14	100	0	54	48	29	0	22	1.51
42125938--42125993	14	4.0	14	73	15	53	48	26	0	25	1.52
42126283--42126942	140	5.0	125	75	12	522	31	20	19	28	1.97
42126528--42126942	140	3.0	140	88	0	607	32	20	19	28	1.97
42128172--42128286	62	1.9	58	84	7	149	43	3	1	51	1.29
42131014--42131078	30	2.2	30	94	0	112	50	13	6	29	1.66
42133747--42133807	31	2.0	31	90	0	95	55	18	9	16	1.67
42134550--42134578	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
42139852--42139954	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
42147870--42147972	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42150892--42150980	9	9.7	9	73	13	74	39	2	13	44	1.56
42151264--42151317	27	2.0	27	96	3	101	62	7	0	29	1.22
42151175--42151403	116	2.0	113	91	5	372	54	6	5	34	1.48
42151288--42151473	86	2.2	83	91	3	302	54	5	5	34	1.48
42151459--42151483	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
42151555--42151579	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
42151375--42151637	96	2.8	96	95	1	476	57	4	4	33	1.40
42151282--42151635	190	1.9	179	88	7	521	55	4	5	34	1.44
42151600--42151881	98	2.9	98	91	4	421	43	6	7	43	1.56
42152530--42152584	8	7.0	8	83	4	67	34	29	1	34	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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