genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  226  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70479438--70479691	142	1.8	140	82	6	325	22	24	17	34	1.96
70489663--70489859	88	2.2	88	83	7	238	37	22	9	30	1.85
70489897--70489929	17	1.9	17	100	0	66	51	0	0	48	1.00
70489891--70489949	20	3.1	20	80	11	70	54	0	1	44	1.10
70489912--70489970	27	2.1	28	84	9	77	57	1	1	38	1.19
70489910--70489971	28	2.2	29	80	13	76	58	1	1	38	1.18
70490175--70490292	19	6.5	18	71	10	62	26	3	2	67	1.19
70490166--70490253	28	3.1	27	79	9	97	29	2	2	65	1.16
70490232--70490278	17	2.8	17	87	6	69	19	6	2	72	1.17
70499219--70499253	18	2.0	18	88	5	54	40	5	0	54	1.24
70499408--70499441	16	2.1	17	88	5	52	61	2	5	29	1.34
70499407--70499441	17	2.0	17	88	5	52	60	2	5	31	1.35
70501181--70501578	199	2.0	199	95	0	724	38	15	16	29	1.89
70507821--70507872	27	1.9	27	88	0	77	23	23	1	51	1.58
70507828--70507865	18	2.1	19	85	14	53	21	26	0	52	1.47
70508020--70508100	39	2.1	39	95	0	144	38	3	12	45	1.60
70523713--70523749	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
70537820--70537883	27	2.4	27	89	0	101	14	21	39	25	1.91
70537921--70538075	27	5.7	27	77	12	124	38	23	9	28	1.86
70537913--70538087	54	3.3	54	79	5	194	39	22	9	29	1.85
70538000--70538142	27	5.3	26	75	9	72	37	20	9	32	1.85
70538067--70538655	27	21.8	27	87	1	716	30	21	7	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70539182--70539275	6	15.3	6	68	16	59	21	15	12	50	1.78
70539211--70539275	25	2.7	24	83	7	78	20	15	13	50	1.77
70540580--70540659	23	3.4	23	80	16	76	28	20	20	31	1.97
70549997--70550164	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
70559701--70559867	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
70567685--70567852	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
70572566--70572736	93	1.8	93	87	2	254	28	28	21	22	1.99
70572561--70572733	46	3.7	46	76	14	167	29	27	20	22	1.99
70576473--70576532	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
70576487--70576549	28	2.2	28	94	0	108	28	26	11	33	1.91
70580227--70580296	28	2.5	28	83	4	88	37	8	24	30	1.85
70582268--70582368	28	3.6	28	72	7	96	20	18	31	28	1.97
70582266--70582678	57	7.2	57	90	1	587	18	16	34	30	1.93
70582266--70582676	113	3.6	114	89	1	601	18	16	34	30	1.93
70582266--70582678	170	2.4	170	87	1	585	18	16	34	30	1.93
70587593--70587662	28	2.5	28	90	0	113	37	10	24	28	1.88
70590662--70590891	116	2.0	116	93	0	397	28	19	10	41	1.84
70597908--70597949	21	2.0	21	100	0	84	19	23	23	33	1.97
70598490--70598586	11	8.4	11	77	15	81	21	10	7	60	1.53
70598490--70598561	34	2.1	34	87	12	103	22	9	5	62	1.46
70604247--70604405	42	3.8	42	78	6	162	30	14	25	29	1.95
70604268--70604405	41	3.3	40	79	11	129	28	13	26	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70613423--70613627	40	5.2	40	89	0	313	27	25	22	24	2.00
70615009--70615034	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
70621544--70621707	40	4.2	39	88	5	233	26	25	23	23	2.00
70623083--70623108	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
70627939--70628049	6	17.8	6	68	20	59	50	14	15	19	1.78
70627939--70628049	31	3.5	31	88	1	150	50	14	15	19	1.78
70628457--70628704	27	9.3	27	86	1	338	23	20	20	35	1.96
70628475--70628704	107	2.1	108	88	1	336	23	19	21	35	1.96
70628689--70628946	27	9.6	27	79	9	260	29	9	21	39	1.85
70628475--70628731	80	3.2	81	86	6	308	24	18	21	35	1.95
70628663--70628946	81	3.5	78	80	11	292	28	10	21	39	1.87
70631286--70631396	58	1.9	57	87	1	159	27	16	30	26	1.96
70631273--70631387	29	4.0	29	84	6	137	27	15	29	26	1.96
70645314--70645600	49	5.9	49	91	1	470	33	9	27	29	1.89
70645322--70645600	145	1.9	146	94	1	488	33	10	27	28	1.89
70645664--70645699	18	2.0	18	88	0	54	33	11	22	33	1.89
70645557--70645802	123	2.0	123	99	0	483	32	8	26	32	1.87
70645616--70645754	75	2.0	69	83	12	176	32	9	26	31	1.88
70645715--70645914	48	4.2	48	97	0	373	33	6	28	32	1.83
70645508--70645850	171	2.0	172	87	5	498	32	8	27	31	1.87
70645954--70646081	37	3.4	37	97	1	238	23	18	32	25	1.97
70648942--70648996	27	2.0	27	89	0	83	34	20	16	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70648981--70649107	27	4.7	27	82	3	139	40	21	7	29	1.81
70648955--70649107	54	2.8	52	80	11	155	39	20	9	29	1.85
70649057--70649170	61	1.9	60	85	1	156	38	22	8	29	1.85
70649121--70649300	27	6.7	27	77	6	123	44	18	8	28	1.78
70649033--70649197	87	1.9	88	85	1	233	39	20	9	30	1.85
70649148--70649308	54	3.0	53	80	5	169	41	17	10	30	1.83
70649663--70649741	32	2.5	32	95	2	142	18	25	25	30	1.98
70649781--70649845	22	3.0	22	77	8	69	21	24	21	32	1.98
70659434--70659474	21	2.0	21	85	4	57	19	9	0	70	1.14
70666003--70666147	27	5.3	27	76	10	125	37	20	13	28	1.90
70666018--70666189	81	2.1	81	79	6	179	38	18	14	27	1.90
70673045--70673139	28	3.4	28	88	0	136	31	32	17	17	1.94
70673940--70674066	21	6.0	21	83	7	159	44	17	24	14	1.86
70677998--70678038	21	1.9	22	85	5	57	63	14	7	14	1.50
70681025--70681248	123	1.8	124	85	2	317	30	10	23	34	1.89
70681243--70681372	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
70681205--70681372	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
70687378--70687544	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
70695351--70695518	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
70699052--70699276	124	1.8	124	84	1	308	31	11	23	34	1.89
70699271--70699399	40	3.2	40	80	5	147	24	24	27	24	2.00
70709654--70709707	25	2.2	24	83	9	65	57	3	5	33	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70712144--70712324	40	4.6	40	86	2	249	27	25	22	24	2.00
70716484--70716510	13	2.1	13	100	0	54	29	7	22	40	1.81
70723954--70724040	43	2.0	42	93	2	147	49	11	31	8	1.68
70729747--70729924	40	4.5	40	90	2	270	26	27	23	23	2.00
70731181--70731217	6	6.5	6	81	12	51	0	16	0	83	0.64
70731181--70731217	17	2.2	17	90	0	56	0	16	0	83	0.64
70737345--70737429	24	3.5	24	93	0	152	20	17	25	36	1.94
70737345--70737453	48	2.3	48	88	3	157	24	17	23	33	1.96
70740862--70741119	40	6.5	40	91	1	403	25	28	22	22	1.99
70743217--70743377	42	3.8	42	80	3	180	31	25	13	29	1.94
70743217--70743377	85	1.9	84	84	6	218	31	25	13	29	1.94
70748014--70748062	20	2.5	20	89	0	71	16	34	30	18	1.93
70753686--70753741	29	1.9	29	82	7	69	16	25	23	35	1.94
70758235--70758317	34	2.5	33	82	7	105	30	22	19	27	1.98
70758253--70758326	34	2.2	34	85	4	96	27	22	22	27	2.00
70765110--70765295	40	4.7	39	77	9	162	27	22	26	24	2.00
70769281--70769309	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
70769504--70769548	22	2.0	22	84	16	58	44	0	13	42	1.43
70770434--70770602	43	4.0	43	74	9	157	24	15	27	33	1.95
70770883--70770912	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
70774518--70774617	34	2.9	34	74	14	98	29	23	26	22	1.99
70775767--70775820	25	2.2	24	86	3	72	33	12	27	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70792416--70792579	43	3.8	42	78	12	165	32	26	17	24	1.96
70803580--70803746	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
70811594--70811761	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
70820018--70820065	22	2.2	22	78	10	55	31	22	2	43	1.65
70821293--70821460	46	3.6	47	89	4	234	28	19	28	23	1.98
70821293--70821606	49	6.6	48	80	9	226	28	19	28	24	1.98
70831774--70831902	49	2.6	49	84	4	163	28	20	28	21	1.98
70838328--70838390	19	3.4	19	76	10	67	20	6	0	73	1.05
70838329--70838390	6	10.0	6	79	6	61	19	6	0	74	1.03
70843306--70843340	9	3.8	9	88	3	52	20	31	34	14	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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