genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  197  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62096274--62096431	65	2.4	65	86	6	221	34	23	21	20	1.96
62100202--62100258	20	2.9	21	87	10	77	40	8	19	31	1.82
62100309--62100403	25	3.8	25	86	5	122	24	24	25	26	2.00
62108265--62108322	20	3.0	21	87	9	79	37	8	22	31	1.84
62108372--62108534	26	6.3	26	92	2	260	28	20	22	28	1.98
62110167--62110267	28	3.5	30	82	6	118	30	14	25	28	1.95
62111830--62111893	31	2.1	31	84	0	83	39	15	21	23	1.92
62111880--62111907	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
62117896--62118074	40	4.4	40	84	0	214	25	22	26	25	2.00
62117896--62118074	80	2.2	81	87	1	261	25	22	26	25	2.00
62117930--62118114	80	2.3	80	83	2	212	28	22	24	24	2.00
62125950--62126128	40	4.4	40	84	0	214	25	22	26	25	2.00
62125950--62126128	80	2.2	81	87	1	261	25	22	26	25	2.00
62125984--62126168	80	2.3	80	83	2	212	28	22	24	24	2.00
62137072--62137255	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
62141748--62141777	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
62145616--62145699	28	3.0	28	82	3	96	29	14	28	27	1.95
62153028--62153126	28	3.5	28	78	13	105	46	12	10	31	1.74
62153059--62153125	27	2.4	27	85	9	82	49	13	8	28	1.72
62160924--62161008	27	3.1	27	91	5	127	34	24	8	32	1.85
62161117--62161206	27	3.2	28	78	7	103	20	24	23	32	1.98
62161163--62161217	29	1.9	28	81	3	65	25	23	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62162291--62162324	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
62168729--62168816	28	3.2	28	96	1	160	34	27	7	30	1.85
62168923--62169011	27	3.2	27	82	10	110	20	24	23	31	1.98
62168933--62169022	27	3.2	28	82	6	94	22	26	20	31	1.98
62171894--62172159	49	5.5	49	94	1	450	33	7	29	30	1.84
62172813--62172840	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
62174168--62174380	43	5.0	43	98	0	399	13	23	32	31	1.92
62174440--62174572	29	4.7	29	72	6	92	24	20	29	25	1.99
62174424--62174568	29	5.1	28	66	12	89	25	20	27	26	1.99
62174424--62174572	57	2.6	57	89	3	219	25	20	27	26	1.99
62174433--62174572	28	5.0	27	70	10	102	25	20	28	25	1.99
62176597--62176627	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
62177888--62178153	49	5.5	49	94	1	441	33	7	29	30	1.85
62178808--62178835	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
62185259--62185404	46	3.2	46	71	13	129	32	17	28	20	1.96
62185406--62185523	48	2.6	45	86	9	159	26	16	32	25	1.96
62195158--62195476	47	6.7	49	76	10	265	26	19	29	25	1.98
62205068--62205234	45	3.8	44	75	9	132	23	17	27	31	1.97
62205079--62205229	41	3.5	41	78	10	144	25	18	27	29	1.98
62208394--62208573	40	4.5	40	90	2	274	25	22	25	26	2.00
62216157--62216261	38	2.7	39	92	4	176	25	20	25	27	1.99
62216157--62216273	38	3.0	39	89	5	173	26	21	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62216157--62216307	78	1.9	78	81	5	180	26	21	25	25	2.00
62219318--62219464	39	3.8	39	77	5	131	27	23	27	22	1.99
62227283--62227433	40	3.8	40	80	6	164	26	22	27	23	2.00
62234230--62234358	40	3.2	40	83	6	154	24	22	27	25	2.00
62238368--62238448	42	1.9	42	87	0	117	28	14	20	35	1.93
62238368--62238499	48	3.0	44	78	14	130	28	14	20	36	1.92
62240755--62240925	43	4.0	42	77	9	168	29	15	22	32	1.95
62242792--62243053	46	5.6	46	73	11	194	27	17	29	24	1.97
62244233--62244272	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
62249007--62249075	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
62248998--62249085	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
62251432--62251607	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
62251428--62251599	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
62254422--62254524	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
62256752--62256788	15	2.4	16	86	8	51	48	18	0	32	1.49
62262284--62262493	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
62270419--62270628	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
62273972--62274279	93	3.3	93	91	0	474	22	18	28	31	1.97
62273972--62274233	47	5.6	47	72	15	229	22	17	28	31	1.96
62274029--62274287	46	5.6	46	73	16	230	21	17	28	32	1.96
62276303--62276355	26	2.0	26	85	3	70	26	20	24	28	1.99
62276642--62276729	32	2.8	32	83	0	113	25	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62277466--62277554	23	3.9	23	73	16	78	37	17	22	22	1.94
62280470--62280633	40	4.1	40	92	1	258	25	29	22	22	1.99
62281890--62281927	6	6.5	6	81	6	51	0	15	0	84	0.63
62281890--62281929	9	4.2	10	82	17	50	0	15	0	85	0.61
62289107--62289197	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
62289237--62289436	48	4.2	48	93	0	337	32	28	7	33	1.84
62289237--62289436	96	2.1	96	97	0	373	32	28	7	33	1.84
62289428--62289760	49	6.9	49	90	3	532	29	27	9	33	1.88
62289428--62289762	96	3.5	96	90	3	523	29	27	9	33	1.88
62289427--62289760	145	2.3	144	97	0	632	29	27	9	33	1.88
62297425--62297466	18	2.3	18	76	8	50	21	42	26	9	1.83
62301983--62302024	14	2.9	15	79	13	52	40	0	19	40	1.51
62302145--62302308	45	3.8	43	76	9	154	25	18	25	30	1.98
62322626--62322785	43	3.7	43	77	8	155	27	18	25	28	1.98
62322626--62322785	42	3.7	43	77	8	139	27	18	25	28	1.98
62328763--62328792	11	2.7	11	100	0	60	33	0	0	66	0.92
62329381--62329427	24	2.0	24	83	8	60	42	4	36	17	1.68
62338488--62338538	26	2.0	26	96	0	93	19	23	23	33	1.97
62342706--62342872	40	4.2	40	79	5	160	22	27	25	24	2.00
62350184--62350393	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
62358318--62358527	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
62362236--62362353	45	2.7	46	80	6	154	27	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62362623--62362725	38	2.7	38	85	5	138	25	23	24	27	2.00
62369403--62369565	43	3.8	43	76	3	157	25	15	27	31	1.96
62379307--62379420	43	2.7	43	82	4	124	23	16	26	33	1.96
62387640--62387704	29	2.2	29	83	0	85	21	27	18	32	1.97
62392303--62392465	71	2.3	71	98	1	319	19	28	17	35	1.94
62392303--62392499	71	2.8	70	91	4	267	20	28	17	34	1.95
62393840--62393909	20	3.2	20	64	24	52	28	30	20	21	1.98
62393789--62393912	45	2.7	47	96	2	225	29	29	19	21	1.98
62404827--62404855	14	2.0	15	93	6	51	31	41	6	20	1.79
62409578--62409800	47	4.8	47	78	8	204	27	18	29	24	1.98
62409576--62409800	94	2.4	93	82	5	247	27	18	29	24	1.98
62416590--62416757	43	3.9	43	73	13	141	28	14	24	32	1.95
62421240--62421446	52	3.8	52	76	19	167	28	11	29	29	1.92
62421345--62421370	12	2.2	12	100	0	52	15	7	34	42	1.75
62421292--62421422	64	2.0	64	91	2	210	26	9	29	33	1.89
62421356--62421474	52	2.3	52	89	2	177	29	12	27	30	1.93
62421243--62421474	116	2.0	113	85	4	313	28	12	29	30	1.92
62424291--62424420	46	2.8	48	78	15	155	29	28	20	22	1.98
62424296--62424439	46	3.1	46	70	21	122	28	28	20	22	1.98
62426798--62426885	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
62426798--62426876	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
62426809--62426885	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62429791--62429963	46	3.8	45	78	11	199	28	29	19	21	1.98
62429799--62429967	91	1.8	92	92	2	286	28	29	20	21	1.98
62431491--62431838	179	1.9	180	84	4	470	26	16	24	32	1.96
62435938--62436051	27	4.2	27	88	5	142	36	21	21	20	1.95
62437874--62438034	24	6.7	23	84	4	178	20	12	32	34	1.90
62448460--62448546	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
62448615--62448917	49	6.2	49	97	0	552	31	30	7	30	1.86
62451934--62452109	46	3.8	45	78	10	194	21	20	28	28	1.98
62451930--62452101	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
62457324--62457453	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433