genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  231  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71994283--71994401	61	2.0	60	86	6	168	36	25	19	18	1.94
71995805--71995982	40	4.5	40	88	0	250	24	26	23	25	2.00
71998927--71998994	17	3.8	16	71	25	55	45	22	1	30	1.61
71998921--71999124	39	5.3	39	91	4	315	45	21	2	30	1.64
72000017--72000072	19	2.9	20	76	7	62	66	1	5	26	1.23
72000022--72000076	9	5.9	9	79	8	56	65	1	1	30	1.13
72000266--72000334	19	3.7	19	80	14	67	28	0	1	69	0.97
72000257--72000338	10	9.4	8	85	10	76	29	0	1	69	0.96
72007375--72007399	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
72011452--72011583	57	2.5	56	80	9	152	47	4	3	43	1.41
72012346--72012409	32	2.0	32	100	0	128	37	25	6	31	1.81
72013406--72013605	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	32	1.83
72013597--72013926	47	7.0	47	92	3	547	29	29	8	33	1.87
72013597--72013924	96	3.5	96	96	2	610	29	28	8	33	1.87
72017556--72017747	40	4.8	40	94	0	312	26	24	20	29	1.99
72019720--72019919	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	32	1.83
72019911--72020293	96	4.0	97	96	2	697	29	28	8	33	1.86
72019911--72020290	47	8.0	47	92	3	618	29	28	8	33	1.87
72019912--72020290	143	2.7	140	92	4	614	29	28	8	33	1.87
72023039--72023064	13	2.0	13	100	0	52	15	23	7	53	1.67
72023631--72023789	50	3.1	50	79	9	173	33	15	11	39	1.83
72025246--72025288	22	2.0	22	85	0	59	23	16	9	51	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72025190--72025341	75	2.0	75	100	0	304	22	19	14	43	1.87
72025267--72025445	53	3.4	52	86	8	236	24	21	15	38	1.92
72027506--72027604	28	3.5	28	86	4	110	29	14	27	29	1.95
72027506--72027604	27	3.5	28	87	4	119	29	14	27	29	1.95
72035289--72035385	28	3.4	28	87	4	115	29	13	26	29	1.94
72035318--72035385	27	2.5	28	92	2	111	30	13	26	29	1.94
72040542--72040584	19	2.1	19	83	12	50	46	16	0	37	1.47
72041436--72041498	30	2.1	30	96	0	117	20	28	28	22	1.98
72043192--72043351	43	3.8	41	82	5	167	23	18	26	31	1.97
72050825--72050908	27	3.2	26	89	5	114	35	22	23	17	1.95
72053610--72053771	43	3.8	42	79	8	166	22	18	25	33	1.97
72055754--72055848	25	3.8	25	79	6	95	38	14	24	22	1.91
72056264--72056323	31	1.9	31	96	0	111	50	13	1	35	1.52
72063760--72063926	40	4.2	40	80	2	167	24	27	21	26	1.99
72063776--72063926	80	1.9	79	82	6	189	23	27	21	26	1.99
72065117--72065233	59	2.0	58	83	5	146	25	15	17	41	1.88
72071764--72071930	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
72071780--72071930	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
72074189--72074382	47	4.1	47	89	0	280	32	10	28	27	1.90
72074218--72074289	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
72074353--72074488	50	2.8	48	86	8	211	36	7	26	30	1.84
72074347--72074509	50	3.3	50	80	14	201	33	7	28	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72074634--72074742	37	2.9	37	93	0	182	22	18	31	27	1.97
72080429--72080490	31	2.0	31	90	0	97	24	22	16	37	1.94
72080698--72080804	24	4.4	24	91	4	171	28	21	19	29	1.98
72080698--72080804	49	2.2	47	91	5	169	28	21	19	29	1.98
72080855--72080899	20	2.2	20	88	0	63	28	22	15	33	1.95
72090508--72090701	47	4.1	47	91	0	298	35	10	27	27	1.89
72090555--72090635	25	3.4	25	69	22	82	37	8	24	29	1.85
72090508--72090791	94	3.0	94	84	7	299	35	9	26	28	1.88
72090537--72090655	22	5.1	22	65	25	66	34	12	27	25	1.92
72090671--72090953	48	5.8	48	88	6	426	35	6	26	31	1.82
72090671--72090935	98	2.7	98	98	0	503	35	6	26	31	1.82
72091100--72091281	37	4.9	37	93	0	310	24	18	30	25	1.98
72092907--72092973	20	3.3	20	80	0	89	31	19	14	34	1.92
72097887--72097948	27	2.3	27	88	0	88	27	16	16	40	1.89
72097928--72098104	27	6.6	27	87	0	228	28	9	22	40	1.84
72097900--72098104	54	3.8	54	84	1	259	28	9	21	40	1.85
72097900--72098104	81	2.5	82	85	4	283	28	9	21	40	1.85
72106425--72106456	16	2.0	16	100	0	64	56	6	12	25	1.59
72108305--72108515	40	5.3	40	83	3	203	27	23	24	23	2.00
72108298--72108515	80	2.7	79	81	2	229	27	24	25	23	2.00
72108298--72108515	120	1.8	120	82	4	278	27	24	25	23	2.00
72108376--72108541	40	4.1	41	83	6	153	27	24	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72108378--72108541	80	2.0	80	81	2	186	26	25	26	21	1.99
72116346--72116562	40	5.4	40	83	3	224	26	23	25	23	2.00
72116345--72116576	79	2.9	79	79	6	236	27	23	25	23	2.00
72116346--72116588	40	6.1	41	81	8	146	26	23	25	23	2.00
72116437--72116588	80	1.9	80	82	2	189	27	24	26	21	1.99
72116426--72116602	80	2.2	79	80	5	187	27	23	26	22	1.99
72118350--72118452	25	4.2	25	80	5	93	30	20	23	26	1.99
72119684--72119759	29	2.6	30	81	12	102	44	9	26	19	1.80
72119751--72119819	30	2.3	30	84	0	84	43	7	21	27	1.79
72119679--72119909	119	1.9	119	83	5	297	42	11	22	22	1.86
72123820--72123868	25	2.0	25	87	0	71	46	4	12	36	1.60
72124601--72124629	14	2.1	14	93	6	51	34	0	3	62	1.12
72127567--72127631	6	10.8	6	80	5	60	76	6	3	13	1.09
72131401--72131487	24	3.6	24	96	0	165	35	25	17	21	1.95
72137658--72137765	43	2.5	43	86	3	146	27	26	17	27	1.98
72139540--72139569	15	1.9	16	93	6	53	40	6	3	50	1.45
72143565--72143618	16	3.8	16	70	27	57	48	3	9	38	1.53
72143738--72143832	37	2.6	38	84	3	122	30	45	3	21	1.67
72143825--72143864	14	2.9	14	84	0	53	42	20	0	37	1.52
72143889--72144074	7	25.9	7	72	7	95	47	29	0	22	1.51
72143851--72143917	35	1.9	35	87	3	100	41	34	0	23	1.55
72143896--72144017	15	8.4	14	69	10	57	45	31	0	22	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72143889--72144074	22	8.6	21	68	9	88	47	29	0	22	1.51
72144504--72144583	40	2.0	40	87	4	117	33	20	17	28	1.95
72144509--72144608	40	2.5	40	82	6	114	35	20	16	29	1.94
72144387--72144981	154	3.9	154	87	2	791	33	19	19	27	1.96
72144663--72144737	40	1.9	40	88	2	116	29	21	17	32	1.96
72144676--72144761	40	2.2	40	85	2	111	27	24	19	27	1.99
72144987--72145121	40	3.3	40	83	1	162	29	24	17	28	1.97
72156540--72156665	48	2.6	47	68	8	119	24	15	28	31	1.95
72157746--72157796	3	17.0	3	91	0	84	33	3	0	62	1.13
72157831--72157867	13	2.8	14	76	16	51	35	0	24	40	1.55
72158197--72158229	6	5.5	6	96	0	57	18	21	15	45	1.85
72158197--72158235	18	2.2	18	85	0	51	17	25	12	43	1.85
72165466--72165568	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
72167321--72167362	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
72167397--72167433	13	2.8	14	76	16	51	35	0	24	40	1.55
72167763--72167801	6	6.5	6	100	0	78	17	17	15	48	1.81
72167768--72167807	18	2.2	18	90	0	62	17	22	12	47	1.81
72167933--72167992	18	3.3	18	75	9	59	43	11	15	30	1.82
72173091--72173193	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
72181101--72181203	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
72189116--72189218	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
72192225--72192357	58	2.3	58	80	6	137	32	19	16	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72195737--72195898	41	3.9	40	72	18	143	27	29	23	20	1.99
72195784--72195876	42	2.2	42	80	14	104	27	27	21	22	1.99
72197704--72197805	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
72204791--72204940	40	3.8	39	80	3	140	23	28	22	26	1.99
72209917--72210078	41	3.9	39	71	19	123	28	30	20	20	1.98
72213050--72213126	31	2.5	31	91	4	131	27	25	18	28	1.98
72213150--72213240	41	2.2	42	90	2	139	34	21	14	29	1.93
72214226--72214317	27	3.5	26	86	4	112	19	25	19	35	1.95
72214226--72214324	26	3.7	26	80	11	94	21	23	21	34	1.97
72214374--72214625	27	9.3	27	76	7	152	33	9	19	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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