genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  267  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83208662--83208837	24	7.4	24	87	4	241	30	20	22	27	1.98
83208662--83208830	47	3.6	47	90	3	259	30	20	21	27	1.98
83208662--83208837	95	1.8	96	90	3	284	30	20	22	27	1.98
83213188--83213247	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
83218680--83218715	18	1.9	19	88	5	56	55	25	2	16	1.55
83221522--83221547	8	3.2	8	100	0	52	42	0	23	34	1.54
83225911--83226023	57	2.0	57	89	0	172	29	24	8	37	1.86
83225920--83226023	29	3.6	28	84	2	127	29	25	8	36	1.86
83227854--83227893	20	2.0	20	100	0	80	25	15	15	45	1.84
83236219--83236271	26	2.0	26	85	7	72	20	16	22	39	1.92
83237523--83237623	24	4.2	24	87	5	141	19	36	4	38	1.74
83243736--83243826	32	2.8	32	77	12	78	27	25	19	27	1.99
83244139--83244191	26	2.0	26	82	7	63	22	16	22	37	1.94
83245444--83245544	24	4.2	24	86	5	141	19	37	3	38	1.71
83254324--83254481	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
83254324--83254511	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
83262337--83262494	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
83262337--83262524	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
83266116--83266155	19	2.1	19	95	0	71	40	10	7	42	1.67
83270512--83270683	40	4.3	40	84	5	224	24	22	26	26	2.00
83273998--83274033	14	2.6	14	95	0	63	16	30	25	27	1.97
83280709--83280776	28	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83282404--83282441	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
83285151--83285181	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
83285148--83285187	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
83285420--83285618	107	1.8	109	88	6	307	22	25	18	34	1.96
83285373--83285624	55	4.8	54	79	11	258	21	25	17	35	1.95
83286840--83286892	26	2.0	26	85	0	70	33	15	7	43	1.74
83291781--83291821	5	7.6	5	84	15	55	19	2	0	78	0.87
83291781--83291821	11	3.8	10	84	15	55	19	2	0	78	0.87
83291768--83291821	28	1.9	28	92	7	92	18	5	0	75	0.98
83295580--83295650	28	2.5	28	88	4	99	29	12	23	33	1.92
83298490--83298640	40	3.8	40	74	13	123	27	24	26	21	2.00
83298539--83298655	40	2.9	39	78	5	117	26	24	26	22	2.00
83305920--83305967	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
83306004--83306090	20	4.3	20	92	2	140	34	11	20	33	1.89
83306015--83306090	11	7.5	11	71	16	74	34	11	21	32	1.89
83306425--83306532	38	2.8	38	90	1	171	37	13	22	26	1.92
83310417--83310446	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
83310458--83310533	40	1.9	40	100	0	152	31	26	10	31	1.90
83312290--83312360	28	2.5	28	88	4	108	32	14	22	30	1.93
83314712--83314796	31	2.8	30	90	1	134	25	24	16	32	1.96
83315015--83315085	25	2.8	26	87	10	110	28	22	23	25	2.00
83315216--83315262	24	1.9	25	91	4	78	31	14	21	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83323062--83323132	26	2.8	25	80	4	88	28	22	22	26	1.99
83326147--83326185	20	2.1	18	86	13	53	12	20	2	64	1.40
83327996--83328043	24	2.0	24	83	4	60	31	16	22	29	1.96
83328075--83328135	24	2.5	24	86	5	79	19	14	31	34	1.92
83331426--83332256	39	21.4	39	76	2	395	22	23	13	40	1.89
83331433--83332193	117	6.5	116	74	7	509	21	23	13	40	1.90
83332233--83332525	134	2.2	134	76	0	316	29	19	13	37	1.90
83332406--83332602	98	2.0	98	85	0	268	31	19	13	35	1.91
83334051--83334123	28	2.6	28	86	4	94	23	21	16	38	1.93
83335663--83335738	38	2.0	38	92	0	125	28	14	27	28	1.95
83337718--83337755	12	3.2	12	82	14	51	50	13	15	21	1.78
83337739--83337811	31	2.4	31	83	4	85	46	10	19	23	1.81
83337763--83337811	6	8.0	6	81	4	53	46	14	16	22	1.82
83338270--83338687	27	15.5	27	88	1	568	40	8	21	29	1.82
83338270--83338687	81	5.2	81	90	1	649	40	8	21	29	1.82
83338700--83338805	27	4.0	27	77	12	103	27	11	23	37	1.89
83342730--83342798	24	2.9	24	85	8	95	28	23	18	28	1.98
83343781--83343883	51	2.0	51	86	0	143	23	12	40	23	1.88
83353768--83353799	17	1.9	16	93	6	55	37	28	0	34	1.57
83356849--83356932	41	2.0	41	83	0	105	27	16	25	30	1.97
83361432--83361505	24	3.1	24	80	7	87	40	4	33	21	1.72
83363127--83363206	33	2.4	33	79	6	90	30	18	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83363133--83363219	32	2.7	32	77	13	79	27	20	26	25	1.99
83369531--83369794	40	6.6	40	87	4	327	24	22	26	26	2.00
83369530--83369766	81	2.9	80	89	1	323	24	22	27	26	2.00
83369531--83369799	121	2.2	121	83	5	330	24	22	26	27	2.00
83372750--83372847	24	4.0	24	87	1	142	37	4	36	21	1.73
83381476--83381567	37	2.5	37	92	1	157	27	32	17	22	1.96
83381607--83381806	48	4.2	48	97	0	373	32	28	6	33	1.83
83381822--83381857	18	2.0	18	88	0	54	33	22	11	33	1.89
83381719--83381964	123	2.0	123	98	0	474	32	26	8	32	1.86
83381921--83382156	96	2.5	96	95	0	418	29	27	9	33	1.88
83381921--83382158	47	5.0	47	93	3	395	29	28	9	33	1.88
83384682--83384753	28	2.6	28	81	0	99	25	20	13	40	1.90
83385382--83385432	26	2.0	26	92	0	84	43	21	7	27	1.80
83387049--83387095	22	2.2	22	92	3	78	14	0	36	48	1.44
83387187--83387257	19	3.8	19	77	19	78	36	0	19	43	1.51
83387788--83388042	126	2.0	126	91	0	411	35	16	18	29	1.93
83392498--83392610	40	2.8	39	78	5	118	24	25	23	25	2.00
83400333--83400443	39	2.8	39	83	6	143	25	26	24	24	2.00
83404540--83404690	40	3.8	40	89	4	200	24	23	27	23	2.00
83404540--83404757	79	2.7	79	77	8	212	24	23	27	24	2.00
83412612--83412758	40	3.7	40	87	7	149	25	24	25	24	2.00
83414642--83414735	43	2.2	43	80	0	107	27	11	22	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83422257--83422364	43	2.5	43	83	3	137	28	11	22	37	1.88
83425853--83425933	41	2.0	41	90	0	126	20	32	14	32	1.93
83428657--83428748	42	2.2	44	80	11	111	27	16	23	32	1.96
83431305--83431373	28	2.5	28	92	2	113	46	26	8	18	1.78
83436839--83437039	40	5.0	40	90	1	280	23	21	27	26	1.99
83441210--83441257	16	3.1	15	76	8	51	39	25	8	27	1.84
83443414--83443500	40	2.2	40	85	4	113	35	26	17	20	1.95
83444277--83444357	36	2.2	36	97	0	153	33	20	0	45	1.52
83455042--83455213	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
83455034--83455209	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
83457594--83457682	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
83457594--83457673	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
83457605--83457682	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
83460632--83460803	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
83460624--83460799	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
83466077--83466256	77	2.3	80	83	8	228	25	28	22	24	1.99
83466075--83466256	40	4.7	40	82	10	216	25	28	21	24	1.99
83474224--83474404	40	4.6	40	81	8	219	25	28	20	24	1.99
83474226--83474404	78	2.3	80	83	6	231	25	28	20	25	1.99
83493830--83494182	49	7.4	49	92	4	587	30	30	7	32	1.86
83493830--83494182	143	2.5	145	93	3	592	30	30	7	32	1.86
83493830--83494177	94	3.6	95	93	3	576	29	30	8	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83493830--83494179	192	1.8	191	93	2	612	30	30	8	32	1.86
83501230--83501294	32	2.0	32	87	0	94	24	21	15	38	1.92
83501503--83501562	26	2.4	25	81	10	68	25	21	20	33	1.97
83501619--83501675	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
83501611--83501687	20	3.8	20	96	0	145	33	19	11	35	1.88
83501611--83501686	11	7.5	11	74	16	83	32	19	11	35	1.88
83503866--83503892	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
83506082--83506117	14	2.6	14	100	0	72	44	0	25	30	1.54
83508320--83508399	18	4.4	18	77	0	88	42	15	20	22	1.88
83508670--83508725	27	2.1	27	93	0	94	25	16	19	39	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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