genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  188  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59114260--59114337	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
59117257--59117429	93	1.9	93	93	0	301	27	30	21	20	1.98
59117250--59117428	46	3.9	46	82	10	220	27	30	21	20	1.98
59117301--59117444	46	3.1	44	75	11	137	28	29	21	20	1.98
59118257--59118362	27	3.9	27	96	0	185	31	20	25	22	1.98
59118467--59118529	28	2.3	28	83	5	76	33	9	22	34	1.86
59119979--59120131	26	6.2	25	87	11	203	35	26	4	33	1.77
59124800--59124949	40	3.8	40	83	5	169	29	22	25	23	1.99
59124796--59124983	40	4.8	38	77	9	155	28	22	25	23	1.99
59127402--59127565	26	6.2	27	83	6	201	34	21	24	19	1.97
59127402--59127567	53	3.1	54	87	5	223	34	22	24	19	1.96
59127415--59127565	79	1.9	80	84	4	207	32	21	25	20	1.98
59129169--59129321	26	6.2	26	83	13	198	36	24	4	34	1.76
59129206--59129245	18	2.2	19	95	4	73	32	27	0	40	1.57
59129180--59129321	44	3.0	44	83	14	194	35	25	4	34	1.76
59129224--59129321	51	1.9	52	95	2	180	35	24	5	34	1.78
59137245--59137423	40	4.5	40	83	2	180	29	21	25	24	1.99
59141345--59141453	42	2.5	42	80	14	116	27	20	28	23	1.99
59146367--59146402	16	2.2	16	90	0	54	58	16	22	2	1.51
59148114--59148143	16	1.9	15	93	6	51	46	13	16	23	1.82
59152653--59152873	48	4.6	48	88	1	309	23	17	31	27	1.97
59154619--59154803	40	4.6	40	85	3	255	23	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59162681--59162865	40	4.6	40	83	3	246	24	27	23	24	2.00
59163374--59163476	29	3.6	28	77	5	107	29	32	16	22	1.96
59170343--59170407	29	2.2	29	83	5	78	30	33	15	20	1.93
59173324--59173426	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
59180286--59180388	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
59185521--59185574	23	2.3	23	100	0	108	37	24	0	38	1.56
59193933--59193980	25	1.9	26	83	8	64	35	22	16	25	1.95
59194017--59194083	20	3.3	20	89	0	98	35	13	19	31	1.90
59194132--59194257	24	5.2	24	93	0	216	31	22	19	26	1.98
59194222--59194291	34	2.1	34	97	0	131	35	15	18	30	1.92
59194198--59194315	58	2.0	58	93	0	200	32	17	19	30	1.95
59194176--59194334	82	1.9	83	88	3	241	30	18	20	30	1.96
59194256--59194334	24	3.2	24	85	5	106	29	17	21	31	1.96
59203886--59204014	37	3.3	39	81	11	133	24	30	22	22	1.99
59209132--59209245	31	3.7	31	95	2	205	28	28	16	27	1.97
59209466--59209535	25	2.8	26	91	4	108	24	24	27	24	2.00
59210332--59210400	27	2.6	28	82	13	83	26	23	20	30	1.98
59210344--59210408	27	2.4	27	84	5	87	23	24	16	35	1.95
59210484--59210658	27	6.5	27	88	2	228	28	7	22	41	1.81
59210484--59210689	27	7.6	28	83	5	205	27	8	22	42	1.82
59210698--59210876	27	6.6	27	88	1	207	39	6	24	29	1.81
59210697--59210876	54	3.3	54	89	1	263	38	6	25	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59210725--59210879	81	1.9	81	94	0	274	38	7	25	29	1.82
59210725--59210879	27	5.7	27	90	3	240	38	7	25	29	1.82
59215485--59215667	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
59222916--59223098	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
59224941--59225091	46	3.3	46	70	20	125	28	30	18	22	1.97
59224932--59225104	93	1.9	93	87	0	256	28	30	19	21	1.98
59228097--59228283	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
59228120--59228283	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
59228120--59228317	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
59230210--59230269	30	2.0	31	83	3	77	56	15	20	8	1.64
59233243--59233415	93	1.9	93	88	2	267	27	30	21	20	1.98
59233236--59233411	46	3.8	46	74	11	162	28	29	21	20	1.98
59233287--59233430	46	3.1	44	71	21	116	29	28	20	22	1.98
59234866--59234951	31	2.8	30	84	5	109	27	24	16	31	1.96
59235103--59235172	25	2.8	25	89	4	97	24	25	25	24	2.00
59235980--59236044	27	2.4	27	82	5	78	23	23	18	35	1.96
59236088--59236140	27	2.0	27	84	0	70	37	15	15	32	1.88
59236186--59236371	27	6.9	27	88	1	266	30	9	20	38	1.85
59236370--59236515	27	5.4	27	86	3	213	38	8	24	28	1.84
59236133--59236527	27	14.6	27	81	6	191	33	8	21	36	1.84
59236331--59236533	81	2.5	81	80	4	250	36	8	22	32	1.85
59241603--59241730	23	5.6	23	73	10	82	34	19	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59243079--59243119	21	2.0	21	86	9	59	19	31	12	36	1.89
59246659--59246799	49	2.9	49	87	3	176	24	17	28	29	1.98
59246607--59246801	50	3.9	49	80	5	187	25	17	28	28	1.97
59251801--59251963	39	4.2	39	92	0	254	24	32	20	22	1.98
59256601--59256659	20	3.0	20	92	0	100	33	13	20	32	1.91
59256711--59256852	23	6.1	23	95	1	257	28	21	20	30	1.98
59257067--59257126	31	1.9	31	93	0	102	40	16	18	25	1.91
59258403--59258487	28	3.2	28	67	24	85	23	17	30	28	1.97
59258402--59258543	50	2.9	50	85	4	180	24	19	28	28	1.98
59258524--59258583	26	2.3	26	100	0	120	23	26	23	26	2.00
59271518--59271835	46	6.7	48	74	11	223	27	18	30	23	1.98
59273121--59273229	37	2.9	37	93	0	182	26	30	19	23	1.98
59273376--59273511	48	2.8	48	94	2	227	30	28	7	33	1.85
59273480--59273784	94	3.3	94	95	0	549	25	28	12	33	1.92
59273480--59273792	47	6.7	47	90	0	493	26	28	12	33	1.92
59275564--59275734	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
59275556--59275736	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
59278110--59278198	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
59278110--59278192	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
59278121--59278198	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
59281134--59281268	46	2.9	47	81	10	179	28	29	20	21	1.98
59285282--59285726	40	11.1	40	92	0	719	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59286996--59287102	37	2.9	37	94	0	178	26	30	18	24	1.98
59287251--59287386	48	2.8	48	93	2	218	30	29	7	32	1.85
59287355--59287761	47	8.7	47	91	0	663	26	28	12	33	1.92
59294482--59294511	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
59294901--59294984	27	3.2	26	86	5	105	16	22	22	38	1.93
59297444--59297603	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
59305566--59305728	39	4.2	39	90	0	254	22	19	33	24	1.97
59305566--59305759	39	4.9	39	87	0	244	22	21	32	23	1.98
59312815--59312945	29	4.5	29	80	5	131	25	16	32	25	1.96
59319602--59319721	42	2.9	42	82	2	125	25	16	27	30	1.97
59319640--59319806	89	1.9	90	81	8	207	26	20	27	24	1.99
59329995--59330064	27	2.5	28	86	2	97	27	12	28	31	1.93
59332281--59332343	30	2.1	30	100	0	126	25	22	31	20	1.98
59332312--59332454	39	3.6	39	88	0	187	23	22	31	23	1.98
59332309--59332454	79	1.8	79	85	2	204	22	21	31	23	1.98
59345197--59345407	40	5.3	39	92	4	309	23	20	27	27	1.99
59345197--59345407	79	2.7	78	89	6	309	23	20	27	27	1.99
59355171--59355279	37	3.0	36	93	2	182	27	30	19	22	1.98
59355418--59355562	52	2.9	48	78	11	175	30	26	7	35	1.84
59355540--59355704	47	3.5	47	89	0	249	24	28	13	33	1.93
59358533--59358585	22	2.4	23	77	20	60	43	24	0	32	1.55
59359400--59359559	43	3.7	44	81	12	165	33	25	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59362353--59362387	18	1.9	18	88	0	52	74	2	5	17	1.14
59363651--59363754	30	3.5	30	88	2	138	34	14	25	25	1.94
59369325--59369663	123	2.8	123	95	0	597	30	11	25	33	1.91
59369632--59369875	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
59374462--59374593	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
59374432--59374593	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
59374462--59374593	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
59383162--59383306	40	3.6	40	82	4	184	27	24	24	24	2.00
59384883--59384916	17	1.9	17	88	5	50	55	2	0	41	1.15
59395551--59395619	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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