genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  24  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6405430--6405463	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
6405523--6405554	13	2.5	13	100	0	64	43	15	6	34	1.72
6414541--6414616	31	2.4	30	86	4	98	43	10	11	34	1.76
6418284--6418440	43	3.7	43	77	5	140	24	19	24	31	1.98
6428617--6428726	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
6434414--6434523	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
6439103--6439258	66	2.4	67	79	9	169	19	26	30	23	1.98
6439497--6439544	24	2.0	25	87	4	71	2	18	2	77	0.97
6439558--6439603	23	2.1	20	88	8	56	50	2	0	47	1.13
6439916--6440144	40	5.7	40	84	0	224	31	22	17	27	1.97
6439916--6440142	120	1.9	120	83	1	294	32	22	17	28	1.96
6439915--6440137	80	2.8	80	83	0	266	32	21	17	28	1.96
6440210--6440241	17	1.9	16	93	6	55	71	6	6	15	1.26
6440514--6440581	31	2.5	25	75	24	82	42	11	4	41	1.61
6440521--6440582	31	2.0	31	100	0	124	41	12	6	38	1.69
6440830--6440868	19	2.1	18	95	4	69	33	0	10	56	1.33
6442275--6442321	2	23.5	2	95	0	85	51	2	0	46	1.13
6444377--6444405	14	2.0	15	93	6	51	65	6	0	27	1.18
6444435--6444482	2	24.0	2	86	0	69	47	4	2	45	1.33
6444546--6444618	33	2.2	33	81	11	80	52	2	5	39	1.39
6444588--6444683	24	4.0	24	72	10	70	56	5	5	33	1.44
6445197--6445231	16	2.2	16	90	5	54	8	0	31	60	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6445228--6445262	17	2.1	17	89	10	54	0	8	2	88	0.61
6445908--6446485	88	7.0	83	71	15	290	36	18	16	27	1.93
6446076--6446137	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
6446233--6446267	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
6446287--6446626	72	4.5	75	81	7	361	33	18	17	30	1.94
6446246--6446624	72	5.0	72	80	4	344	34	18	16	30	1.94
6446482--6446962	165	2.9	168	88	5	697	31	20	18	29	1.96
6446658--6446819	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97
6446823--6446962	74	1.9	75	89	3	219	27	23	20	28	1.99
6446762--6447218	210	2.1	214	83	7	588	35	21	17	26	1.95
6447225--6447447	70	3.1	70	83	5	306	38	22	14	25	1.92
6447030--6447511	257	1.9	256	94	2	851	37	22	14	25	1.92
6454273--6454301	14	2.0	15	93	6	51	65	6	0	27	1.18
6454333--6454378	2	23.0	2	86	0	65	47	4	2	45	1.34
6454442--6454513	32	2.2	32	79	15	78	51	2	5	40	1.40
6454483--6454579	24	4.0	24	70	12	63	56	5	5	32	1.43
6455103--6455140	16	2.3	17	81	4	51	7	0	31	60	1.25
6455136--6455169	13	2.6	13	90	0	50	0	5	2	91	0.51
6455951--6455989	19	2.1	18	85	9	51	58	7	0	33	1.26
6456103--6456244	9	15.6	9	80	5	142	43	23	0	32	1.59
6456123--6456285	83	2.0	84	82	6	206	45	22	0	31	1.57
6457995--6458020	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6460714--6460823	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
6462607--6462892	136	2.1	137	96	0	520	24	18	25	32	1.97
6464545--6464574	13	2.2	14	94	5	53	36	0	10	53	1.35
6465292--6465445	43	3.6	43	86	0	218	20	18	28	31	1.97
6465731--6465776	6	7.8	6	79	11	51	50	4	0	45	1.21
6467091--6467129	21	1.9	21	89	5	62	48	2	12	35	1.55
6467127--6467239	24	5.0	21	69	24	54	59	6	0	33	1.28
6467153--6467239	22	3.7	23	71	18	72	60	6	0	32	1.23
6467382--6467446	24	2.8	23	83	4	76	50	4	6	38	1.48
6467499--6467671	23	7.8	20	73	22	84	58	5	3	32	1.37
6467507--6467661	23	6.8	23	72	21	103	59	5	3	31	1.37
6467498--6467673	59	3.0	57	70	19	132	58	5	3	32	1.37
6467805--6467844	22	1.9	20	90	10	62	62	0	2	35	1.09
6467806--6467856	15	3.3	15	77	5	57	66	0	1	31	1.03
6467855--6467892	19	2.0	20	90	10	62	76	0	21	2	0.91
6469073--6469117	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51
6469084--6469168	21	3.7	21	71	19	71	28	2	27	42	1.68
6469088--6469183	49	2.0	46	90	6	147	30	3	25	41	1.70
6469206--6469234	14	2.0	15	93	6	51	27	0	27	44	1.54
6470080--6470123	16	2.8	16	89	0	61	63	0	0	36	0.95
6474351--6474393	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
6474414--6474522	43	2.5	43	84	0	146	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6474695--6474734	16	2.6	16	92	4	64	57	0	0	42	0.98
6480419--6480466	14	3.4	14	78	16	55	25	2	4	68	1.18
6480885--6480938	26	2.1	25	82	6	63	33	1	9	55	1.42
6481934--6481972	13	3.1	14	79	20	50	64	0	0	35	0.94
6481918--6481971	25	2.2	25	86	0	72	61	0	1	37	1.07
6481937--6481979	18	2.4	18	80	7	52	62	0	0	37	0.95
6485650--6485681	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
6486528--6486567	15	2.7	15	88	3	55	60	2	0	37	1.11
6486820--6486850	15	2.1	15	93	0	53	19	3	19	58	1.53
6489458--6489510	14	3.7	14	85	5	79	41	3	16	37	1.67
6490565--6490599	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
6491062--6491135	3	24.3	3	75	8	69	31	1	5	62	1.26
6491080--6491146	23	3.0	23	80	8	59	31	2	8	56	1.45
6491235--6491264	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
6491469--6491528	19	3.4	16	77	20	57	38	3	0	58	1.15
6491472--6491602	63	2.1	63	82	13	155	35	6	3	54	1.41
6491681--6491707	11	2.5	11	100	0	54	29	7	7	55	1.55
6491775--6491865	38	2.3	40	78	12	98	36	7	4	51	1.51
6492970--6493058	22	4.0	22	75	15	92	44	21	5	28	1.74
6494009--6494069	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
6494009--6494082	32	2.5	30	85	10	91	50	18	4	27	1.65
6495602--6495627	12	2.2	12	100	0	52	38	26	15	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6496228--6496258	11	2.7	11	95	5	53	61	6	0	32	1.21
6496251--6496285	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
6498199--6498253	22	2.7	21	81	13	62	38	3	3	54	1.36
6498199--6498245	22	2.1	22	92	0	76	38	2	4	55	1.31
6498618--6498683	20	3.4	20	71	19	59	31	6	3	59	1.37
6498650--6498699	20	2.5	20	83	6	57	32	8	4	56	1.47
6498621--6498737	59	2.0	60	83	8	150	32	7	4	55	1.48
6498750--6498816	27	2.7	24	77	18	73	32	1	4	61	1.25
6498901--6498943	21	2.0	21	82	8	52	34	2	0	62	1.08
6500012--6500153	60	2.4	59	80	8	153	28	25	18	27	1.98
6503092--6503148	22	2.5	22	82	8	60	33	8	3	54	1.48
6503258--6503287	11	2.6	11	94	5	51	40	0	6	53	1.27
6507079--6507114	4	9.0	4	87	0	54	25	22	2	50	1.63
6507078--6507118	12	3.3	12	86	3	55	24	21	7	46	1.77
6510012--6510046	17	2.1	17	100	0	70	22	22	31	22	1.98
6515430--6516166	86	8.5	86	81	7	733	28	17	19	34	1.95
6515430--6516166	172	4.2	174	80	6	825	28	17	19	34	1.95
6515522--6516186	347	1.9	342	85	4	908	28	17	20	33	1.95
6516094--6516127	16	2.1	16	88	0	50	17	8	2	70	1.25
6518039--6518093	22	2.7	21	81	13	62	38	3	3	54	1.36
6518039--6518085	22	2.1	22	92	0	76	38	2	4	55	1.31
6518457--6518522	20	3.4	20	71	19	59	31	6	3	59	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6518460--6518576	59	2.0	60	84	5	157	32	6	4	56	1.45
6518593--6518657	27	2.4	27	75	12	71	30	1	4	63	1.24
6519212--6519241	11	2.6	11	94	5	51	40	0	6	53	1.27
6521146--6521218	37	2.0	37	100	0	146	35	21	12	30	1.90
6524148--6524206	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
6524891--6524943	23	2.3	23	83	0	61	33	16	16	32	1.92
6524902--6524946	23	2.0	23	90	0	72	31	13	17	37	1.89
6530469--6530507	16	2.2	19	86	13	57	33	2	5	58	1.33
6530684--6530712	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
6545251--6545278	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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