genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  225  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70164229--70164259	16	1.9	16	100	0	62	51	6	19	22	1.69
70164308--70164475	42	4.0	42	83	3	203	34	22	19	23	1.96
70164722--70164761	21	2.0	21	90	5	64	20	30	37	12	1.89
70165916--70166093	98	1.8	96	84	7	243	26	32	16	24	1.96
70165965--70166141	48	3.6	50	79	6	141	26	32	15	25	1.96
70166125--70166231	46	2.4	45	81	10	112	26	24	19	29	1.98
70167989--70168026	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
70169654--70169722	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
70175998--70176035	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
70177664--70177732	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
70181475--70181557	42	2.0	43	85	2	114	19	33	19	27	1.96
70183022--70183290	139	1.9	139	90	0	430	23	20	27	28	1.98
70183070--70183290	46	4.8	46	76	9	216	22	20	28	28	1.98
70191843--70192061	47	4.7	47	76	7	146	21	30	20	27	1.98
70191911--70192059	46	3.2	46	76	11	117	20	30	20	28	1.98
70195595--70195620	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
70200945--70201072	26	4.8	27	85	7	172	41	19	8	30	1.81
70200945--70201072	53	2.4	54	90	5	208	41	19	8	30	1.81
70201028--70201105	27	2.9	27	86	1	95	41	15	10	33	1.81
70200975--70201088	53	2.2	53	88	6	169	42	16	9	31	1.81
70201055--70201113	27	2.2	27	87	0	82	42	13	13	30	1.83
70206339--70206369	15	2.1	15	93	0	53	16	29	0	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70210434--70210461	14	2.0	14	100	0	56	14	21	35	28	1.92
70218534--70218602	29	2.3	30	95	5	122	34	7	34	23	1.82
70218583--70218621	19	2.1	19	100	0	78	23	10	30	35	1.88
70220063--70220087	13	1.9	13	100	0	50	32	16	0	52	1.44
70223038--70223084	19	2.4	20	86	13	71	72	4	21	2	1.12
70234675--70234842	40	4.2	40	84	0	192	26	25	22	26	2.00
70234675--70234842	80	2.1	80	84	2	221	26	25	22	26	2.00
70237505--70237618	28	4.1	28	75	3	86	26	30	15	27	1.96
70237833--70237874	16	2.6	16	84	0	57	9	21	21	47	1.79
70241350--70241455	29	3.7	28	73	10	99	29	16	29	25	1.96
70249168--70249308	40	3.5	40	84	2	178	25	29	20	24	1.99
70252168--70252210	17	2.5	17	80	3	50	18	16	41	23	1.89
70252283--70252389	29	3.7	29	77	10	121	28	15	30	25	1.96
70252275--70252387	58	2.0	57	87	5	165	30	15	29	25	1.95
70261713--70261937	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.89
70261894--70262061	80	2.1	80	80	6	189	25	23	27	24	2.00
70264564--70264648	28	3.0	28	86	3	116	28	14	30	27	1.95
70264571--70264648	29	2.8	28	86	3	111	25	15	32	26	1.95
70280374--70280422	22	2.3	21	85	3	62	14	32	36	16	1.89
70286342--70286423	37	2.2	37	89	2	121	21	31	21	24	1.98
70286541--70287411	47	18.3	47	85	7	1116	28	29	8	32	1.88
70286591--70286669	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70286616--70286691	22	3.3	22	67	16	64	25	30	13	31	1.93
70287015--70287086	37	2.0	36	91	5	119	31	31	5	30	1.81
70287096--70287133	18	2.1	18	100	0	76	31	21	5	42	1.75
70286965--70287274	149	2.0	154	89	6	477	29	29	8	33	1.86
70286918--70287321	196	2.0	200	92	4	681	28	29	8	33	1.87
70290356--70290455	28	3.5	28	72	2	83	30	27	20	23	1.98
70290328--70290456	57	2.3	56	81	6	152	28	27	19	24	1.98
70290498--70290866	40	9.2	40	93	0	612	27	24	18	28	1.98
70292311--70292956	47	13.7	47	94	0	1022	27	31	9	31	1.89
70292361--70292580	25	9.3	25	60	18	76	28	30	8	32	1.86
70292386--70292461	22	3.3	22	67	16	64	25	30	13	31	1.93
70292925--70292980	24	2.3	25	93	3	96	33	28	1	35	1.68
70292878--70293027	71	2.1	72	96	1	275	29	30	7	33	1.84
70292831--70293075	118	2.1	118	96	0	445	28	30	8	32	1.88
70292784--70293109	165	2.0	166	95	0	591	27	30	9	32	1.89
70292950--70293109	47	3.4	47	93	0	268	28	29	9	33	1.88
70298186--70298227	20	2.1	20	90	0	66	59	7	14	19	1.57
70304314--70304349	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
70306554--70306701	37	4.0	37	94	0	242	27	31	18	22	1.97
70306554--70306729	74	2.4	74	85	1	219	26	30	18	24	1.98
70306890--70307026	46	3.0	46	87	0	193	27	31	7	34	1.84
70307000--70307186	47	4.0	47	93	0	275	25	30	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70307154--70307219	33	2.0	33	96	0	123	24	31	12	31	1.92
70307187--70307321	47	2.8	48	82	8	141	26	28	11	33	1.91
70307207--70307321	51	2.4	47	89	5	167	26	28	10	33	1.90
70307079--70307317	131	1.9	127	85	5	336	24	30	12	32	1.92
70310082--70310449	145	2.5	144	83	10	460	42	9	4	42	1.59
70316464--70316564	28	3.5	29	85	6	125	28	25	14	30	1.95
70321537--70321712	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
70321533--70321704	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
70324660--70324728	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
70324651--70324738	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
70327123--70327298	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
70327119--70327290	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
70332714--70332815	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
70335344--70335466	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
70335569--70335646	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
70339405--70339621	80	2.8	79	84	6	282	26	26	21	25	2.00
70339432--70339621	40	4.8	40	86	4	278	25	26	22	25	2.00
70347676--70347867	40	4.8	40	85	2	269	26	25	21	26	2.00
70358869--70359078	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
70365953--70366194	24	10.1	24	96	0	423	20	17	25	36	1.94
70373958--70374200	24	10.1	24	97	0	432	20	17	25	36	1.94
70377442--70377651	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70379994--70380135	27	5.3	27	81	1	160	32	12	23	31	1.92
70379994--70380102	54	2.0	54	92	0	182	32	12	22	33	1.92
70388306--70388563	120	2.2	119	86	5	353	24	20	27	27	1.99
70388306--70388530	40	5.7	40	93	3	357	23	20	28	27	1.99
70391728--70391897	38	4.4	38	84	3	198	31	25	20	22	1.98
70391740--70391910	76	2.2	78	83	4	220	28	23	22	24	1.99
70396659--70396861	47	4.3	47	87	3	277	27	30	8	33	1.87
70396751--70396826	22	3.3	22	67	16	64	26	31	9	32	1.88
70400159--70400247	43	2.1	43	89	4	135	32	24	14	28	1.95
70407336--70407503	46	3.6	45	77	7	176	23	29	19	27	1.98
70407336--70407504	94	1.8	92	84	7	234	24	28	19	27	1.98
70407850--70407909	30	2.0	29	81	12	68	33	26	6	33	1.83
70424032--70424065	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
70431582--70431656	35	2.1	35	97	0	141	36	14	13	36	1.85
70435515--70435690	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	27	1.98
70435514--70435682	93	1.8	93	93	0	293	21	21	29	27	1.99
70439748--70439923	47	3.6	47	76	9	158	26	19	28	25	1.99
70441062--70441102	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
70441592--70441623	11	2.9	11	95	0	55	62	9	3	25	1.40
70443130--70443185	20	3.1	19	80	12	64	58	7	5	28	1.46
70451613--70451641	12	2.4	12	100	0	58	24	41	27	6	1.80
70456497--70456730	50	4.7	50	77	3	254	26	17	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70456467--70456625	51	3.1	51	72	5	160	26	20	23	29	1.99
70456467--70456673	101	2.0	101	87	1	299	27	18	24	29	1.98
70457277--70457632	179	2.0	180	88	2	538	37	8	20	32	1.84
70461638--70461762	48	2.6	48	80	10	157	31	16	22	30	1.95
70461730--70461802	38	1.9	38	91	0	119	27	12	28	31	1.93
70467777--70467835	29	2.2	26	82	14	66	30	25	3	40	1.72
70479320--70479394	39	1.9	39	86	0	105	26	25	16	32	1.96
70479354--70479463	54	2.0	55	87	5	161	27	21	13	37	1.91
70479277--70479448	92	1.9	92	84	6	231	23	23	16	35	1.95
70479437--70479557	47	2.6	47	97	0	224	25	23	14	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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