genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.348.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  348  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109370834--109370908	37	2.0	37	97	0	141	26	4	13	56	1.55
109382642--109382810	42	4.0	43	81	11	170	24	20	29	25	1.99
109387586--109387633	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
109387664--109387709	9	4.7	10	82	10	51	34	8	19	36	1.83
109388029--109388110	29	2.7	30	80	14	98	31	19	23	25	1.98
109393406--109393655	49	5.1	49	95	1	414	30	8	30	30	1.86
109393755--109393876	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
109399840--109399885	9	4.7	10	82	10	51	34	8	19	36	1.83
109409987--109410040	27	2.0	27	100	0	108	33	7	29	29	1.85
109411692--109411718	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
109415584--109415610	13	2.1	13	100	0	54	14	40	29	14	1.86
109422401--109422512	40	2.8	39	82	8	120	26	23	26	23	2.00
109424900--109424939	20	2.0	20	86	13	57	25	0	17	57	1.40
109431096--109431144	24	2.0	24	96	0	89	24	8	26	40	1.83
109435412--109435448	19	1.9	19	94	0	65	51	13	0	35	1.41
109433638--109436398	994	2.8	992	95	0	4833	31	21	17	29	1.96
109439613--109439743	45	3.0	45	85	5	162	25	22	27	24	2.00
109452249--109452365	45	2.7	44	88	7	159	23	24	27	24	2.00
109464462--109464671	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
109470850--109470952	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
109478643--109478745	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
109485866--109485896	7	4.4	7	100	0	62	12	16	12	58	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109489121--109489506	50	7.7	50	75	8	284	25	18	25	30	1.98
109489075--109489514	151	2.9	151	86	2	564	25	18	25	31	1.97
109489277--109489457	101	1.8	100	88	1	281	25	19	24	29	1.99
109489715--109489744	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
109490697--109490924	113	2.0	112	99	0	447	31	7	20	40	1.81
109494881--109495013	46	2.9	45	82	10	164	27	18	30	23	1.98
109494886--109495013	45	2.8	44	82	10	161	27	19	31	21	1.98
109495072--109495201	48	2.7	49	84	3	165	30	23	26	20	1.98
109497588--109497760	45	3.9	44	79	8	170	19	18	13	47	1.82
109502451--109502583	55	2.4	55	85	3	171	21	19	30	28	1.98
109507491--109507639	29	5.2	29	87	0	210	28	29	14	26	1.95
109510836--109511000	40	4.1	40	86	6	201	23	24	27	23	2.00
109510793--109511014	80	2.8	79	80	8	236	25	23	27	23	2.00
109519011--109519153	40	3.6	40	94	0	241	21	26	28	23	1.99
109519011--109519175	80	2.1	80	86	4	226	23	24	28	23	1.99
109527439--109527478	21	1.9	21	94	0	71	50	17	0	32	1.47
109528478--109528555	17	4.2	18	73	18	63	24	2	7	65	1.32
109529373--109529480	54	2.0	54	98	0	207	33	6	16	43	1.74
109531270--109531302	15	2.1	17	88	11	52	72	3	15	9	1.21
109540196--109540328	43	3.1	43	92	2	207	12	24	33	30	1.92
109557071--109557107	18	2.1	18	100	0	74	48	13	0	37	1.43
109565621--109565660	19	2.1	19	95	0	71	20	37	15	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109569459--109569632	46	3.8	45	78	13	201	22	20	27	29	1.99
109569457--109569627	93	1.8	93	93	2	299	22	21	28	28	1.99
109600257--109600287	16	1.9	16	100	0	62	22	19	0	58	1.40
109600595--109600646	27	1.9	27	96	0	95	25	25	9	40	1.85
109601494--109601531	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
109625023--109625167	40	3.6	39	82	4	112	26	23	27	22	1.99
109625062--109625190	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
109627060--109627227	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
109635067--109635234	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
109636807--109636905	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
109644791--109644889	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
109649342--109649405	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
109656411--109656468	29	2.0	29	83	6	73	53	6	10	29	1.61
109663039--109663139	30	3.4	30	81	0	121	15	17	26	39	1.90
109664521--109664752	40	5.6	39	67	24	134	28	21	20	29	1.98
109664521--109664871	130	2.6	135	81	10	371	28	20	19	30	1.97
109665025--109665057	17	1.9	17	100	0	66	45	0	0	54	0.99
109665132--109665176	7	6.3	7	79	5	54	17	0	35	46	1.49
109665132--109665179	15	3.3	15	85	5	71	16	0	35	47	1.47
109665168--109665237	21	3.3	21	76	4	68	22	0	37	40	1.55
109665147--109665258	7	15.9	7	71	9	57	21	0	33	44	1.52
109665132--109665258	14	8.9	14	72	9	60	21	0	33	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109666304--109666412	52	2.1	52	91	0	173	26	14	39	19	1.90
109670569--109670629	21	2.8	21	76	14	61	60	1	1	36	1.16
109670647--109670789	43	3.3	43	84	3	180	22	16	28	32	1.96
109686833--109686927	25	3.8	25	87	4	138	27	22	23	27	1.99
109686820--109686927	50	2.2	50	85	8	141	26	22	21	29	1.99
109687133--109687298	53	3.1	53	85	6	212	27	18	18	35	1.94
109687132--109687287	80	2.0	80	84	0	204	26	19	19	33	1.96
109687133--109687298	27	6.2	27	81	2	183	27	18	18	35	1.94
109687283--109687542	27	9.6	27	75	12	106	30	9	21	38	1.85
109687343--109687646	27	11.4	27	79	9	234	30	9	21	38	1.85
109687343--109687656	81	3.9	83	78	6	303	31	9	21	38	1.85
109687536--109687608	23	3.0	24	86	10	94	32	9	23	34	1.87
109691792--109691867	40	1.9	40	86	5	109	15	14	32	36	1.88
109695206--109695309	40	2.6	40	84	1	129	29	22	26	21	1.99
109703594--109703759	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
109703594--109703743	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
109711587--109711753	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
109721266--109721340	24	3.2	24	65	30	61	29	13	30	26	1.94
109721361--109721483	22	5.3	22	65	30	69	36	11	26	25	1.90
109721196--109721520	141	2.3	141	85	1	447	34	11	28	26	1.90
109721196--109721486	47	6.2	47	91	0	431	34	11	27	26	1.91
109723038--109723104	23	3.2	23	60	24	56	25	23	26	23	2.00
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109723031--109723322	40	7.3	40	97	0	539	23	22	28	25	1.99
109723382--109723455	29	2.6	29	93	0	121	22	13	33	29	1.93
109723382--109723482	29	3.5	29	86	4	116	21	14	31	31	1.94
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109727297--109727373	22	3.4	22	67	22	68	35	14	27	23	1.93
109727390--109727465	22	3.3	22	68	22	66	36	9	27	26	1.87
109727151--109727468	47	6.8	47	89	0	465	35	11	26	26	1.91
109727482--109727572	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
109728680--109728802	46	2.6	47	81	5	140	26	21	14	38	1.92
109736712--109736775	31	2.1	31	87	0	92	21	23	15	39	1.92
109736990--109737108	23	5.1	23	94	1	202	30	21	21	26	1.98
109737159--109737223	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
109737159--109737212	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
109739710--109739753	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
109743614--109743652	18	2.2	19	90	9	64	69	5	15	10	1.34
109744071--109744104	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
109756285--109756309	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
109762893--109763013	28	4.4	28	69	6	95	36	19	15	28	1.93
109764694--109764754	29	2.1	30	82	14	74	47	13	6	32	1.68
109768372--109768530	45	3.6	45	85	9	211	27	28	20	22	1.99
109769335--109769431	47	2.1	47	96	0	176	42	14	13	29	1.84
109769947--109769982	18	2.0	18	100	0	72	38	16	5	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109771706--109771763	30	1.9	31	82	3	73	15	31	5	48	1.67
109772503--109772582	27	3.0	27	86	0	106	25	13	18	42	1.87
109779700--109779730	15	2.0	16	93	6	55	77	0	12	9	0.99
109781838--109781885	25	1.9	25	83	8	62	41	2	6	50	1.39
109788367--109788399	6	5.5	6	96	0	57	15	3	0	81	0.80
109788367--109788406	18	2.2	18	86	0	53	17	5	0	77	0.94
109797260--109797363	34	3.1	33	76	14	97	25	17	23	34	1.96
109804124--109804259	43	3.2	43	81	5	150	33	25	17	23	1.96
109804124--109804238	43	2.7	43	84	1	151	32	26	18	23	1.97
109817015--109817151	56	2.4	56	93	0	229	32	23	16	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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