genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  14  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3765886--3766066	26	7.0	26	95	0	299	33	5	24	37	1.79
3765888--3766066	78	2.3	78	97	0	331	33	5	24	36	1.79
3784689--3784974	137	2.1	136	96	0	518	25	18	24	31	1.97
3795599--3795679	37	2.2	37	86	0	108	41	6	17	34	1.74
3801568--3801623	11	5.1	11	97	0	103	73	1	0	25	0.93
3801570--3801623	3	19.3	3	81	14	71	72	1	0	25	0.95
3802839--3802931	46	2.0	46	100	0	186	44	8	21	25	1.81
3806010--3806067	26	2.2	26	96	0	107	20	15	5	58	1.56
3809215--3809283	21	3.1	23	78	16	74	33	20	18	27	1.96
3810446--3810531	22	4.0	22	78	4	95	25	2	9	62	1.37
3811066--3811143	35	2.2	37	77	13	92	46	1	5	47	1.33
3811293--3811325	15	2.1	16	88	5	50	45	0	0	54	0.99
3811896--3811929	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
3821326--3821365	21	1.9	21	84	0	53	32	0	20	47	1.50
3821697--3821818	49	2.5	50	75	12	117	22	24	18	35	1.96
3821765--3821883	25	4.8	25	73	9	82	21	26	21	30	1.98
3827505--3827564	29	2.1	29	100	0	120	23	20	13	43	1.86
3829740--3829767	14	2.0	14	100	0	56	64	7	7	21	1.43
3829775--3829817	11	3.9	11	78	0	50	74	16	2	6	1.14
3838547--3838587	6	6.8	6	91	0	55	39	0	58	2	1.11
3838963--3839033	21	3.3	21	74	5	79	29	2	7	60	1.37
3839415--3839511	27	3.7	26	75	11	83	62	7	3	26	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3846090--3846162	35	2.1	36	97	2	139	38	19	23	19	1.93
3846686--3846736	25	2.0	25	96	0	93	23	35	3	37	1.74
3855032--3855139	3	34.7	3	73	15	53	36	2	3	57	1.31
3855056--3855191	10	15.1	9	67	25	51	38	3	4	53	1.39
3855247--3855285	3	13.0	3	88	0	60	35	2	0	61	1.10
3857629--3857706	26	3.2	24	81	13	81	71	2	0	25	0.98
3857659--3857717	21	2.8	22	87	7	79	71	5	0	23	1.06
3878913--3878950	18	2.0	20	90	10	62	26	0	0	73	0.83
3880591--3880976	148	2.6	150	91	4	611	30	25	22	22	1.99
3886296--3886465	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
3886288--3886462	46	3.8	46	79	14	216	29	29	21	20	1.98
3889254--3889369	45	2.6	45	84	0	151	37	15	24	22	1.93
3889254--3889520	46	5.9	45	82	3	185	40	14	23	21	1.91
3889344--3889522	46	3.9	46	88	1	252	41	13	23	21	1.89
3889351--3889544	92	2.1	92	84	4	259	41	13	23	21	1.88
3896954--3896988	15	2.4	14	90	4	52	71	0	28	0	0.86
3902126--3902166	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
3904791--3904819	13	2.2	13	100	0	58	31	17	0	51	1.45
3905800--3905859	10	6.0	10	75	14	52	65	0	1	33	1.03
3905801--3905840	10	3.7	11	87	12	57	65	0	0	35	0.93
3905800--3905852	10	5.3	10	78	15	56	64	0	0	35	0.94
3906004--3906041	16	2.3	16	86	13	51	28	0	5	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3906003--3906042	17	2.3	18	80	20	50	27	0	7	65	1.20
3906040--3906075	18	2.0	18	88	0	54	36	2	0	61	1.11
3905994--3906072	35	2.2	35	84	6	95	30	1	6	62	1.28
3906040--3906099	28	2.1	28	82	11	70	35	3	1	60	1.23
3907387--3907426	17	2.4	17	86	0	62	65	5	0	30	1.14
3907814--3907847	14	2.3	15	90	5	52	29	2	0	67	1.05
3912905--3912949	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
3913121--3913163	9	4.7	9	77	5	50	72	4	0	23	1.04
3913124--3913183	28	2.1	28	84	6	77	63	5	0	31	1.16
3917708--3917758	26	2.0	26	88	0	75	17	21	23	37	1.94
3917711--3917780	26	2.7	27	78	8	74	17	20	21	41	1.90
3920017--3920054	18	2.1	19	90	9	62	31	44	13	10	1.77
3921201--3921269	29	2.4	29	86	11	106	33	2	4	59	1.32
3921217--3921277	29	2.1	29	82	8	72	29	4	6	59	1.44
3924048--3924092	19	2.4	18	81	3	54	13	2	4	80	0.97
3926228--3926306	36	2.2	36	97	0	149	21	16	5	56	1.59
3931810--3931905	35	2.8	33	89	9	133	71	15	7	5	1.26
3931794--3931891	35	2.8	35	95	1	169	72	16	7	4	1.22
3932655--3932695	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
3939299--3939474	46	3.8	46	78	12	198	20	21	29	28	1.98
3939296--3939466	93	1.8	93	92	0	288	20	21	29	28	1.98
3941148--3941323	46	3.8	46	78	12	198	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3941145--3941315	93	1.8	93	92	0	288	20	21	29	28	1.98
3943824--3944035	44	4.7	45	79	8	202	25	21	31	22	1.98
3947450--3947625	46	3.8	46	78	12	198	20	21	29	28	1.98
3947447--3947617	93	1.8	93	92	0	288	20	21	29	28	1.98
3948741--3950171	715	2.0	715	97	0	2727	28	13	23	33	1.93
3950626--3950784	78	2.0	78	96	0	291	30	19	15	33	1.93
3950733--3950893	33	4.9	33	78	6	175	34	23	8	32	1.86
3950756--3950881	32	3.9	32	78	6	119	37	23	8	30	1.85
3950724--3950893	65	2.6	66	79	2	191	33	24	9	32	1.87
3950886--3951158	29	9.4	29	91	0	447	25	28	12	34	1.92
3955504--3955548	23	2.0	23	86	0	63	40	8	11	40	1.72
3957648--3957672	13	1.9	13	100	0	50	40	0	24	36	1.55
3957644--3957685	21	2.0	21	90	0	66	47	0	21	30	1.51
3960099--3960139	20	2.0	20	100	0	82	31	0	24	43	1.54
3965630--3965684	29	1.9	28	89	10	85	49	0	3	47	1.19
3966547--3966746	88	2.2	91	83	8	257	37	21	8	34	1.82
3966705--3966749	22	2.0	22	82	0	54	46	26	2	24	1.64
3968183--3968238	29	2.0	27	82	10	67	60	0	5	33	1.19
3970027--3970637	132	4.6	131	78	3	537	33	18	19	28	1.96
3970417--3970668	132	1.9	132	87	0	369	32	17	19	30	1.95
3971327--3971352	12	2.2	12	100	0	52	61	0	15	23	1.33
3980646--3980888	37	6.5	37	81	6	240	29	17	16	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3980571--3980877	112	2.7	112	86	1	398	28	18	18	34	1.94
3980571--3980888	75	4.2	74	78	3	296	28	18	17	35	1.94
3985758--3985797	2	20.0	2	90	10	64	50	2	0	47	1.14
3987327--3987357	13	2.5	13	94	5	55	48	9	6	35	1.62
3987445--3987480	15	2.3	16	95	4	65	47	8	13	30	1.73
3989113--3989182	35	2.0	35	94	0	122	30	32	11	25	1.91
3990418--3990448	15	2.1	15	93	0	53	32	9	25	32	1.88
3994318--3994355	2	19.0	2	88	0	58	47	2	2	47	1.30
4005330--4005358	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
4005197--4005419	88	2.7	79	80	10	241	29	17	21	30	1.97
4005433--4005856	53	7.4	53	65	18	208	25	14	23	36	1.92
4005602--4005809	63	3.5	63	70	18	208	25	15	25	34	1.95
4005361--4005860	116	4.3	116	97	0	919	26	14	23	35	1.93
4006791--4006824	11	3.1	11	87	12	52	47	0	52	0	1.00
4006932--4007035	35	3.0	35	92	0	172	24	10	47	18	1.80
4007851--4007884	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
4009159--4009190	13	2.3	15	89	10	50	40	0	0	59	0.97
4012170--4012207	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
4014753--4014977	113	2.0	113	92	0	378	28	17	22	32	1.96
4015742--4015799	20	2.9	19	80	17	64	62	3	0	34	1.12
4015742--4015889	10	14.8	10	65	19	51	57	4	2	35	1.31
4016407--4016460	20	2.7	20	80	11	74	27	1	3	66	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4016504--4016600	43	2.3	42	79	12	99	32	2	3	61	1.23
4016504--4016595	44	2.1	43	80	11	100	33	2	2	61	1.20
4019104--4019208	53	2.0	53	98	0	201	37	27	9	25	1.87
4020100--4020285	88	2.1	88	98	0	363	34	17	10	38	1.83
4028261--4028302	19	2.2	19	87	8	59	21	0	2	76	0.90
4031091--4031149	25	2.3	26	85	8	86	30	23	25	20	1.98
4057468--4057499	7	4.6	7	100	0	64	62	0	0	37	0.95
4063891--4063945	22	2.3	24	79	14	62	38	3	5	52	1.42
4064018--4064048	5	6.2	5	100	0	62	19	0	19	61	1.35
4073698--4073749	22	2.5	21	76	17	54	30	11	3	53	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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