genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  273  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84950228--84950396	43	3.9	43	76	10	175	23	16	27	32	1.96
84952616--84952688	27	2.7	27	85	8	103	28	13	21	35	1.92
84953034--84953101	18	3.8	18	82	3	84	20	17	13	48	1.80
84954546--84954694	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
84954587--84954694	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
84961853--84962001	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
84961894--84962001	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
84965943--84966039	27	3.6	27	77	2	79	25	12	19	42	1.86
84966361--84966414	18	3.1	18	86	5	83	20	20	14	44	1.86
84970751--84970905	38	3.9	39	77	13	136	28	21	27	22	1.99
84978820--84979005	80	2.3	81	80	6	218	26	22	25	25	2.00
84978819--84979025	40	5.2	39	74	9	125	26	22	25	25	2.00
84986028--84986087	30	2.0	30	96	0	111	45	20	13	21	1.85
84986031--84986095	30	2.2	30	91	0	103	46	18	15	20	1.84
85014206--85014375	46	3.7	46	74	10	157	29	28	18	23	1.98
85014205--85014379	93	1.9	93	86	0	251	29	29	18	23	1.98
85027065--85027108	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
85027233--85027294	30	2.1	29	82	17	74	58	3	4	33	1.36
85027307--85027489	8	23.1	8	68	18	75	59	0	5	34	1.25
85027261--85027459	89	2.2	88	80	9	206	58	0	6	34	1.24
85027475--85027526	27	2.0	27	88	7	81	59	0	1	38	1.08
85029136--85029683	206	2.7	206	90	1	891	29	22	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85030582--85030674	1	93.0	1	80	0	105	0	6	3	90	0.55
85030564--85030615	23	2.3	22	83	3	59	0	21	0	78	0.74
85030580--85030674	14	6.5	14	84	9	118	0	7	3	89	0.58
85037494--85037540	23	2.0	24	95	4	87	34	19	29	17	1.94
85039943--85040106	71	2.3	71	96	0	301	19	28	17	34	1.95
85039943--85040140	71	2.8	70	89	3	249	20	28	17	32	1.96
85044853--85044953	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
85052808--85052908	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
85058603--85058789	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
85058626--85058789	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
85058626--85058823	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
85063178--85063221	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
85063428--85063610	8	23.1	8	69	17	82	60	1	4	34	1.24
85063437--85063610	14	12.2	14	64	20	58	59	0	4	35	1.22
85063381--85063530	65	2.3	66	79	10	162	58	0	7	34	1.31
85063521--85063610	10	8.7	10	72	17	60	61	1	1	36	1.11
85063434--85063610	17	10.7	16	69	21	75	59	0	4	35	1.22
85063392--85063570	39	4.6	42	69	21	115	59	0	6	33	1.26
85063440--85063610	26	6.8	25	70	22	94	59	0	4	35	1.22
85063589--85063646	26	2.2	27	82	11	68	60	1	1	36	1.17
85065142--85065326	39	4.7	39	90	0	289	30	25	20	23	1.99
85068485--85069037	206	2.7	206	90	0	865	28	22	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85069908--85070025	7	15.7	7	74	20	73	0	13	4	81	0.88
85069902--85069966	22	2.8	22	83	9	67	3	20	0	76	0.91
85069930--85070025	7	13.1	7	79	18	83	0	10	5	84	0.77
85069932--85069995	1	64.0	1	77	0	65	0	7	3	89	0.59
85079518--85079635	46	2.6	46	88	0	173	29	27	20	22	1.98
85080446--85080476	15	2.1	15	100	0	62	45	6	22	25	1.76
85080471--85080508	17	2.2	17	100	0	76	63	5	10	21	1.46
85081216--85081250	16	2.2	16	100	0	70	31	11	17	40	1.85
85082903--85083046	40	3.6	40	91	1	209	22	24	28	25	1.99
85086484--85086582	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
85094327--85094453	28	4.5	28	89	3	166	30	25	16	27	1.97
85097138--85097301	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
85097138--85097335	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
85104721--85104884	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
85104721--85104918	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
85117516--85117702	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
85117516--85117669	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
85117520--85117702	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
85117520--85117737	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
85125562--85125748	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
85125562--85125715	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
85125566--85125748	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85125566--85125783	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
85127281--85127491	27	7.8	28	86	3	94	31	23	6	37	1.81
85127281--85127501	54	4.1	54	85	2	257	30	24	6	38	1.80
85127308--85127502	27	7.2	27	90	1	266	29	24	6	38	1.81
85127536--85127605	26	2.6	28	80	8	83	44	24	5	25	1.76
85127560--85127662	27	3.8	26	77	10	80	43	19	5	31	1.74
85128103--85128144	20	2.0	21	90	4	68	19	21	40	19	1.92
85128598--85128667	25	2.8	25	89	4	97	25	27	22	24	2.00
85128598--85128694	25	4.0	23	81	10	86	27	24	22	24	2.00
85128815--85128947	42	3.2	42	93	1	232	32	13	20	33	1.91
85128971--85129054	31	2.7	31	96	1	152	27	17	27	27	1.98
85131299--85131467	27	6.3	27	85	5	200	29	25	6	38	1.81
85131274--85131468	81	2.4	82	84	1	241	30	25	7	36	1.83
85131503--85131630	27	4.7	27	76	7	123	44	17	5	32	1.72
85131503--85131631	56	2.3	55	84	2	152	44	17	6	31	1.74
85131475--85131635	27	5.9	27	73	7	101	42	17	8	31	1.80
85132558--85132626	25	2.8	25	89	6	97	24	26	24	24	2.00
85132558--85132653	25	4.0	23	84	9	86	27	23	23	25	2.00
85132774--85132949	42	4.2	42	99	0	343	31	14	19	34	1.92
85132973--85133087	31	3.7	31	95	1	205	27	16	26	28	1.97
85135326--85135466	27	5.3	27	93	2	223	28	26	7	38	1.82
85135326--85135466	53	2.6	53	90	1	228	28	26	7	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85135302--85135489	80	2.4	77	79	7	214	30	25	8	36	1.86
85135339--85135506	80	2.1	80	81	6	189	30	22	10	36	1.88
85135501--85135629	27	4.7	27	75	7	125	44	17	5	31	1.72
85135468--85135685	54	4.0	54	73	8	145	41	17	10	30	1.83
85135501--85135629	56	2.4	54	82	3	150	44	17	5	31	1.72
85135473--85135633	27	5.9	27	72	8	112	42	17	8	31	1.78
85135687--85135750	27	2.4	26	76	2	65	35	14	28	21	1.92
85136550--85136618	25	2.8	25	86	6	88	26	24	23	26	2.00
85136562--85136631	25	2.8	24	83	10	79	28	22	21	27	1.99
85136766--85136941	42	4.2	42	99	0	343	31	14	19	34	1.92
85136962--85137075	31	3.7	31	95	3	205	28	16	27	28	1.97
85139333--85139470	27	5.3	27	87	5	95	31	23	6	37	1.81
85139347--85139537	52	3.7	51	88	4	274	29	24	6	39	1.80
85139344--85139533	26	7.3	26	85	7	233	29	25	5	39	1.79
85139320--85139537	105	2.1	105	87	2	314	30	24	6	38	1.81
85139569--85139637	26	2.6	25	77	8	66	43	23	5	27	1.76
85139592--85139694	26	3.8	26	76	11	82	43	16	6	33	1.74
85139648--85139698	27	1.9	27	88	4	77	41	9	9	39	1.71
85140813--85140946	42	3.2	42	98	0	259	31	14	20	33	1.93
85140970--85141053	31	2.7	31	96	1	152	27	17	27	27	1.98
85143326--85143521	27	7.3	27	91	0	277	30	24	6	38	1.80
85143307--85143521	81	2.7	81	87	0	306	32	23	6	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85143556--85143625	26	2.6	26	82	10	79	47	21	4	27	1.69
85144576--85144645	25	2.8	26	89	4	99	27	27	21	24	1.99
85144793--85144926	42	3.2	42	98	0	259	31	14	20	33	1.93
85144950--85145095	31	4.7	31	98	0	276	28	17	26	28	1.97
85149739--85149796	6	9.5	6	83	3	71	81	0	5	13	0.86
85149744--85149796	19	2.9	18	86	5	70	83	0	3	13	0.79
85155578--85155610	14	2.3	15	89	5	50	69	0	3	27	1.03
85159211--85159395	40	4.6	40	93	2	293	27	20	25	26	1.99
85159198--85159423	40	5.7	40	89	5	203	26	21	26	25	1.99
85159211--85159423	80	2.7	80	87	5	263	27	20	26	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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