genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  53  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14679029--14679107	3	26.3	3	93	0	131	32	1	2	63	1.16
14681868--14681929	10	6.1	10	83	12	74	66	1	8	24	1.28
14682584--14682770	96	1.9	97	92	1	313	28	28	14	27	1.96
14683523--14683579	6	9.5	6	80	19	66	77	0	1	21	0.86
14683523--14683579	12	4.8	11	87	12	78	77	0	1	21	0.86
14689921--14689980	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
14696468--14696547	7	11.0	7	83	2	70	46	32	0	21	1.52
14696469--14696547	21	3.6	21	84	6	104	46	31	0	21	1.51
14696486--14696547	14	4.4	14	83	2	79	46	32	0	20	1.51
14698130--14698268	50	2.8	50	85	2	172	29	20	28	22	1.98
14705444--14705493	24	2.1	24	96	0	91	42	18	0	40	1.50
14705444--14705517	24	3.1	24	86	3	78	37	22	0	39	1.55
14705707--14705914	40	5.2	39	83	2	229	25	27	21	25	1.99
14715182--14715278	39	2.5	39	81	3	115	28	21	23	25	1.99
14725894--14725991	39	2.5	39	83	0	124	27	21	24	26	1.99
14727371--14727417	13	3.6	13	91	0	76	8	29	44	17	1.78
14731664--14731834	93	1.8	93	93	2	299	28	28	21	21	1.98
14731656--14731831	46	3.8	47	79	12	220	29	28	20	21	1.98
14736184--14736227	18	2.2	21	80	15	58	0	29	2	68	1.02
14741687--14741721	16	2.1	17	94	5	63	25	11	0	62	1.28
14741750--14741781	13	2.4	14	85	15	50	34	0	0	65	0.93
14741791--14741870	36	2.2	35	78	10	90	37	8	1	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14753766--14753951	40	4.7	40	100	0	372	21	29	23	25	1.99
14757096--14757852	206	3.7	206	90	1	1137	31	17	21	29	1.96
14759659--14759693	16	2.1	17	94	5	63	25	11	0	62	1.28
14759722--14759753	13	2.4	14	85	15	50	34	0	0	65	0.93
14759763--14759842	36	2.2	35	78	10	90	37	8	1	52	1.41
14762972--14763029	29	2.0	29	96	0	107	31	10	22	36	1.88
14764570--14764609	20	2.0	20	85	9	55	47	10	5	37	1.59
14766513--14766552	21	2.0	20	85	14	55	30	22	12	35	1.91
14769162--14769316	43	3.7	43	76	10	165	30	28	17	23	1.97
14769912--14769941	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
14775630--14775654	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
14776020--14776049	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14777300--14777454	43	3.7	43	74	10	149	29	25	17	27	1.97
14781732--14781806	32	2.3	32	84	4	89	25	17	28	29	1.97
14786687--14786986	41	7.4	40	88	5	408	34	24	23	18	1.96
14786656--14786986	123	2.7	122	87	4	454	34	23	22	18	1.96
14787142--14787195	7	7.7	7	78	0	54	24	0	25	50	1.50
14787150--14787234	21	3.9	21	76	11	89	28	1	25	44	1.61
14787157--14787250	46	2.0	46	95	0	170	30	2	24	42	1.66
14787943--14787985	19	2.3	18	88	4	59	27	0	2	69	1.00
14790968--14791023	23	2.5	22	72	8	60	33	16	25	25	1.95
14793263--14793296	17	1.9	18	94	5	61	35	11	29	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14793621--14793843	43	5.2	43	91	0	349	26	19	29	25	1.98
14795502--14795551	25	2.0	25	96	0	91	46	24	6	24	1.75
14796004--14796161	43	3.7	42	81	9	171	33	22	17	27	1.96
14799471--14799522	3	17.3	3	100	0	104	0	32	0	67	0.91
14802167--14802223	28	2.0	28	100	0	114	47	10	7	35	1.65
14811075--14811144	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
14818388--14818498	58	1.9	58	81	5	136	34	20	19	25	1.96
14822161--14822205	12	3.8	11	80	13	54	28	0	51	20	1.48
14822161--14822212	12	4.3	12	80	4	52	28	0	50	21	1.49
14823645--14823766	27	4.5	27	79	10	124	42	18	17	22	1.89
14823624--14823766	54	2.6	54	82	4	164	40	18	16	24	1.90
14823645--14823793	81	1.8	81	81	8	187	40	18	18	23	1.91
14823646--14823794	27	5.5	27	81	7	117	39	18	18	23	1.92
14830500--14830642	49	2.9	49	88	0	205	28	25	18	26	1.98
14840474--14840571	42	2.3	42	98	0	187	27	30	21	20	1.98
14841569--14841600	16	2.0	16	100	0	64	37	18	6	37	1.76
14846102--14846268	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
14846118--14846268	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
14854102--14854268	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
14856850--14857016	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
14856866--14857016	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
14864859--14865025	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14864875--14865025	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
14866720--14866778	30	2.0	30	86	6	84	64	10	0	25	1.25
14871546--14871683	49	2.8	50	78	12	167	22	28	19	28	1.98
14871551--14871864	46	6.6	48	72	15	203	23	29	18	28	1.98
14871651--14871872	94	2.4	92	81	8	256	24	29	18	26	1.98
14877248--14877287	13	3.1	13	92	0	62	17	35	30	17	1.93
14880209--14880256	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
14880200--14880270	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
14885589--14885681	29	3.2	29	87	0	123	33	16	27	22	1.95
14885589--14885694	29	3.7	29	82	5	115	30	16	31	22	1.95
14888201--14888382	40	4.6	40	87	4	217	25	26	21	25	2.00
14892024--14892071	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
14892016--14892085	11	6.5	11	76	12	56	65	2	1	30	1.15
14899962--14900034	38	1.9	38	100	0	146	38	17	23	20	1.93
14904741--14904780	18	2.2	18	100	0	80	25	27	32	15	1.95
14909325--14909354	14	2.1	14	93	0	51	20	6	10	63	1.47
14910403--14910455	21	2.5	21	78	3	52	71	0	5	22	1.06
14913114--14913140	13	2.1	13	100	0	54	37	25	0	37	1.57
14922864--14922971	40	2.7	39	76	8	92	37	15	19	26	1.92
14924217--14924249	17	2.0	17	94	5	59	69	6	18	6	1.30
14939539--14939572	16	2.1	16	88	0	50	52	2	0	44	1.16
14945621--14945705	38	2.2	38	89	0	125	31	15	21	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14949963--14950032	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
14953723--14953755	17	1.9	17	88	11	50	60	0	30	9	1.27
14956892--14956941	25	2.0	25	96	0	91	54	24	6	16	1.64
14957316--14957370	27	2.0	27	86	6	76	25	29	0	45	1.54
14957970--14958036	35	1.9	34	81	6	80	35	7	2	53	1.44
14961212--14961378	40	4.2	40	80	2	167	24	26	21	26	1.99
14963658--14963843	40	4.7	40	86	5	218	26	26	20	25	1.99
14967319--14967428	40	2.7	40	79	12	125	23	14	27	34	1.94
14967380--14967476	44	2.3	44	80	8	103	25	15	24	34	1.95
14973578--14973761	40	4.6	39	86	6	212	26	27	20	25	1.99
14973578--14973761	79	2.3	79	81	9	223	26	27	20	25	1.99
14981598--14981778	40	4.5	40	87	5	217	26	26	20	25	1.99
14989522--14989706	40	4.7	40	88	4	218	26	27	21	25	1.99
14997563--14997748	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
15001991--15002096	38	2.8	38	76	15	110	39	16	12	32	1.85
15002762--15002809	21	2.3	21	85	7	62	43	6	20	29	1.76
15003268--15003293	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
15008180--15008241	30	2.1	30	100	0	124	38	20	9	30	1.85
15010605--15010645	20	2.0	21	86	13	59	60	7	0	31	1.24
15016165--15016201	19	1.9	19	100	0	74	29	32	10	27	1.90
15028426--15028613	48	3.9	47	84	5	216	23	31	19	25	1.98
15028426--15028604	96	1.9	96	88	2	270	22	31	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15034417--15034623	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
15042151--15042333	24	7.6	24	97	0	294	20	18	25	36	1.95
15042151--15042355	72	2.8	72	89	2	297	22	18	24	35	1.96
15042151--15042355	48	4.3	48	91	2	234	22	18	24	35	1.96
15044258--15044311	24	2.2	24	93	0	90	18	18	27	35	1.94
15049785--15049914	48	2.7	48	80	2	145	25	30	17	26	1.97
15054089--15054143	26	2.1	26	86	6	76	41	10	18	29	1.84
15056583--15056758	87	2.0	87	94	0	307	38	10	23	27	1.87
15059003--15059278	27	10.3	27	86	0	383	39	20	8	31	1.83
15059003--15059350	27	12.9	27	80	6	332	38	20	9	31	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433