genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  259  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80501709--80501769	27	2.3	27	82	0	68	32	22	9	34	1.87
80501724--80502108	27	14.3	27	83	2	405	28	21	8	41	1.82
80502113--80502308	27	7.3	27	86	0	239	35	18	19	26	1.95
80502507--80502589	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
80502899--80502967	27	2.6	27	86	4	86	18	24	20	36	1.95
80503090--80503380	6	47.8	6	78	13	283	19	18	15	47	1.83
80503127--80503333	79	2.6	78	88	3	299	18	18	15	47	1.83
80503116--80503380	79	3.4	78	76	16	255	18	18	15	47	1.82
80504928--80505091	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	18	1.94
80514721--80514826	28	3.9	27	72	15	103	27	19	9	43	1.82
80519751--80519948	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
80519817--80519934	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
80519785--80519948	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
80525423--80525597	46	3.8	46	79	14	216	20	21	29	29	1.98
80525420--80525589	92	1.8	93	94	1	306	20	21	29	28	1.98
80527290--80527369	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
80529244--80529281	15	2.5	15	87	8	51	18	13	18	50	1.78
80531966--80532097	52	2.6	50	84	2	165	25	15	25	33	1.95
80531966--80532165	51	3.9	51	78	2	177	25	17	25	32	1.96
80543833--80543943	39	2.8	39	90	0	177	19	21	28	29	1.98
80543913--80543965	22	2.4	22	96	0	97	22	26	24	26	2.00
80543880--80544004	61	2.0	61	89	3	189	20	21	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80543941--80544095	39	4.0	39	89	1	222	20	22	27	29	1.99
80543841--80544044	100	2.0	100	91	0	327	21	22	27	28	1.99
80543830--80544082	139	1.8	139	89	1	400	20	22	27	29	1.98
80543961--80544126	39	4.2	39	85	3	167	19	20	28	31	1.97
80550008--80550198	95	2.0	95	91	0	310	44	24	4	26	1.73
80554632--80554811	27	6.7	27	84	5	98	38	24	8	27	1.85
80554674--80554841	54	3.1	54	86	2	176	38	25	10	25	1.88
80554685--80554841	81	1.9	81	85	2	217	39	24	10	24	1.87
80554686--80554857	27	6.4	27	90	1	127	39	23	12	25	1.89
80560400--80560451	23	2.3	23	100	0	104	23	9	25	42	1.84
80563979--80564226	47	5.3	47	95	0	424	33	8	29	28	1.87
80564017--80564187	25	7.2	25	64	18	105	33	8	29	28	1.87
80566107--80566431	39	8.3	39	92	0	499	18	22	29	29	1.98
80567828--80568090	46	5.7	45	72	8	224	29	29	19	21	1.97
80567836--80568100	93	2.8	93	92	1	442	29	29	20	21	1.98
80567882--80568050	47	3.6	47	75	10	193	30	29	18	21	1.97
80571705--80571770	30	2.2	30	86	0	87	24	37	16	21	1.93
80573486--80573629	43	3.4	42	79	3	153	31	22	16	28	1.96
80575100--80575142	22	2.0	22	86	9	61	37	30	13	18	1.90
80577509--80577712	55	3.8	53	79	1	219	19	24	17	38	1.93
80581021--80581140	49	2.4	49	81	2	125	22	27	20	29	1.99
80581460--80581499	21	2.0	20	95	5	71	22	27	40	10	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80601603--80601725	49	2.5	49	85	8	155	22	30	20	26	1.98
80601603--80601780	97	1.8	97	83	4	234	23	29	19	27	1.98
80607037--80607071	12	2.8	13	91	4	54	65	2	2	28	1.21
80610169--80610271	29	3.6	29	82	2	127	23	18	31	27	1.97
80612909--80613076	40	4.2	40	80	3	169	26	22	26	24	2.00
80620288--80620455	40	4.2	40	79	6	171	26	22	26	25	2.00
80625874--80625995	43	2.8	43	83	9	144	26	17	24	31	1.97
80630893--80631007	39	2.9	40	77	2	115	34	18	28	18	1.94
80630907--80631007	20	5.1	20	66	7	62	32	17	30	18	1.95
80632895--80633035	40	3.6	41	76	14	145	28	17	23	31	1.97
80632953--80633025	36	2.0	37	86	2	103	32	17	19	30	1.95
80639002--80639027	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
80641579--80641719	39	3.7	39	79	14	145	28	22	25	23	1.99
80641614--80641720	39	2.9	37	90	6	173	28	22	27	21	1.99
80641618--80641760	37	3.8	37	84	9	175	26	24	27	20	1.99
80649644--80649817	34	4.9	35	81	14	180	26	22	28	22	1.99
80651495--80651737	27	8.9	27	77	3	182	29	11	20	38	1.88
80651504--80651718	55	3.9	55	76	8	188	28	10	20	40	1.85
80651673--80651730	28	2.1	28	83	0	71	29	10	18	41	1.84
80651570--80651731	82	2.0	82	85	7	222	28	11	20	40	1.86
80655920--80655944	12	2.1	12	100	0	50	20	24	0	56	1.43
80661170--80661291	43	2.9	42	82	11	167	28	25	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80663962--80664085	43	2.9	43	83	0	149	34	23	13	28	1.93
80676386--80676507	43	2.9	42	81	7	156	27	27	14	30	1.95
80684763--80684906	28	5.2	28	82	8	170	38	20	22	18	1.93
80686553--80686789	24	9.9	24	96	0	438	20	18	25	35	1.95
80689186--80689218	17	1.9	17	93	0	57	66	0	27	6	1.15
80700092--80700161	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
80700170--80700276	42	2.5	42	85	5	162	23	31	15	28	1.96
80710808--80710877	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
80710886--80710992	42	2.5	42	96	0	196	22	32	14	29	1.94
80716386--80716548	40	4.1	40	83	3	211	27	27	21	23	1.99
80720213--80720315	29	3.6	29	81	2	118	24	18	30	27	1.98
80727040--80727171	65	2.0	65	95	0	237	26	15	17	40	1.89
80730903--80730945	21	2.1	20	86	4	59	72	0	0	27	0.85
80731250--80731380	65	2.0	65	96	0	244	25	14	18	41	1.88
80735380--80735559	40	4.5	40	89	2	265	25	22	26	26	2.00
80735380--80735599	80	2.8	80	84	4	205	27	21	25	25	1.99
80735380--80735599	120	1.8	119	80	8	259	27	21	25	25	1.99
80736924--80737031	43	2.5	42	77	5	119	35	13	22	28	1.92
80738829--80738881	26	2.0	27	96	3	99	56	13	7	22	1.62
80741681--80741820	40	3.5	40	83	4	122	25	27	22	23	2.00
80741722--80741873	40	3.8	40	87	5	193	23	27	23	25	2.00
80747303--80747369	31	2.2	31	94	0	116	13	29	35	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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80793669--80793711	23	2.0	23	82	13	56	23	6	9	60	1.51
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80795130--80795181	22	2.3	23	80	9	63	21	19	13	46	1.84
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80796614--80796777	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
80796614--80796811	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80804160--80804346	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
80804183--80804346	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
80804183--80804380	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
80806514--80806580	30	2.2	30	86	2	89	43	13	13	29	1.82
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80821894--80821993	40	2.5	40	83	3	121	26	29	22	23	1.99
80821935--80822046	40	2.8	39	80	12	120	24	29	23	23	1.99
80825424--80825842	44	9.5	43	77	8	308	29	20	17	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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