genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  88  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26298470--26298542	30	2.9	24	73	24	69	38	1	6	53	1.36
26298484--26298542	30	2.0	30	89	0	91	37	1	8	52	1.42
26300572--26300630	29	2.1	27	87	6	82	38	0	0	61	0.96
26300568--26300636	25	2.8	24	81	18	72	39	0	0	60	0.97
26301196--26301236	22	1.9	21	90	5	64	29	9	14	46	1.77
26303789--26303939	43	3.5	43	72	13	132	32	26	15	25	1.95
26308071--26308124	24	2.2	24	86	0	72	33	1	7	57	1.37
26309330--26309400	20	3.6	19	79	9	63	53	5	4	36	1.44
26309357--26309405	19	2.6	19	84	9	57	53	4	2	40	1.32
26309759--26309798	21	1.9	21	94	0	71	55	12	12	20	1.69
26313672--26313724	17	2.9	17	81	13	70	66	0	3	30	1.10
26313678--26313724	19	2.4	20	79	10	53	63	0	4	31	1.13
26313672--26313724	10	5.8	9	82	12	72	66	0	3	30	1.10
26314079--26314145	10	6.6	10	73	20	59	38	1	2	56	1.24
26314081--26314144	20	3.2	19	80	12	67	39	1	3	56	1.25
26314079--26314145	21	3.2	21	79	12	59	38	1	2	56	1.24
26314234--26314281	19	2.7	18	84	9	62	20	2	2	75	1.02
26316185--26316228	12	3.5	12	78	9	52	77	2	0	20	0.88
26324439--26324683	29	8.4	29	73	12	173	23	27	11	37	1.89
26324493--26324683	87	2.2	87	93	1	321	22	27	11	38	1.88
26324465--26324683	58	3.8	57	76	10	194	22	28	11	37	1.89
26324751--26324788	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26329012--26329105	40	2.3	40	83	3	109	21	18	27	32	1.96
26329090--26329162	28	2.6	28	84	0	92	26	13	31	28	1.94
26329117--26329173	28	2.0	28	86	0	78	26	12	31	29	1.92
26330727--26330805	29	2.7	29	84	5	97	27	34	15	22	1.94
26342097--26342237	46	3.0	44	76	14	126	29	29	19	21	1.98
26342638--26342697	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
26346023--26346071	24	2.0	24	96	0	89	36	6	28	28	1.81
26348474--26348505	12	2.7	12	100	0	64	9	28	34	28	1.88
26351077--26351240	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
26351077--26351274	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
26358644--26358807	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
26358644--26358841	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
26367764--26367908	40	3.6	39	79	3	137	24	24	28	22	2.00
26367765--26367953	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
26383929--26383962	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
26384142--26384183	16	2.6	16	92	0	66	33	35	16	14	1.89
26393655--26393770	40	2.9	40	80	6	135	26	14	25	32	1.95
26396011--26396196	50	3.7	50	81	9	204	25	20	24	29	1.99
26396015--26396190	51	3.6	47	83	9	217	25	19	24	30	1.98
26396015--26396202	49	3.8	49	82	8	218	25	19	24	30	1.98
26396290--26396341	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
26399441--26399594	40	3.8	40	80	1	139	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26407503--26407701	40	5.0	40	76	1	148	26	27	21	24	1.99
26410700--26410849	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
26410724--26410907	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
26411983--26412015	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
26418014--26418097	28	3.2	27	67	26	81	23	19	30	26	1.98
26417963--26418154	50	3.9	49	84	4	215	24	18	27	29	1.98
26418242--26418293	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
26421047--26421217	67	2.6	66	81	8	170	32	16	29	21	1.96
26421071--26421253	67	2.8	64	78	9	203	28	16	31	22	1.96
26438609--26438750	62	2.3	62	96	0	257	21	20	26	31	1.98
26443299--26443489	40	4.8	40	86	0	240	21	22	29	26	1.99
26446569--26446761	39	4.9	39	90	0	260	23	31	21	23	1.98
26452612--26452641	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
26454695--26454887	39	4.9	39	90	0	260	23	31	21	23	1.98
26467111--26467152	18	2.3	18	100	0	84	42	7	33	16	1.75
26481520--26481883	47	7.8	46	72	11	242	27	20	29	23	1.99
26481523--26481883	94	3.9	93	78	11	355	27	19	29	23	1.98
26481520--26481880	141	2.6	139	79	9	376	27	19	29	23	1.99
26484565--26484924	47	7.7	47	73	11	256	21	28	21	27	1.99
26484563--26484921	94	3.8	93	81	8	390	22	29	21	27	1.99
26484563--26484924	141	2.6	137	80	8	399	21	29	21	27	1.99
26485263--26485320	30	1.9	30	89	0	89	27	24	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26493010--26493716	350	2.0	353	97	1	1339	19	20	20	40	1.92
26494917--26494956	20	2.1	19	85	4	53	70	0	10	20	1.16
26497535--26497574	21	2.0	20	90	5	62	17	27	35	20	1.95
26500304--26500399	29	3.3	29	85	5	115	38	12	25	23	1.90
26502149--26502245	43	2.3	43	80	3	106	31	17	26	23	1.97
26515837--26515919	27	3.1	26	84	8	87	21	24	19	34	1.96
26523180--26523252	27	2.7	26	85	6	101	23	26	17	32	1.97
26524182--26524294	55	2.1	55	81	0	127	30	26	24	18	1.98
26533368--26533415	25	2.0	23	84	8	60	75	0	16	8	1.04
26534705--26534835	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
26541712--26541839	63	2.0	64	87	1	186	33	10	13	42	1.79
26551589--26551656	27	2.5	28	95	2	120	32	25	11	30	1.91
26557224--26557387	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	18	1.94
26570568--26570685	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
26570536--26570699	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
26583093--26583161	26	2.5	28	95	4	124	30	27	13	28	1.94
26587624--26587790	46	3.6	45	77	12	169	20	22	29	27	1.99
26592706--26592810	43	2.4	43	76	3	113	29	16	28	25	1.97
26594425--26594505	29	2.9	28	80	8	85	24	33	17	24	1.96
26594453--26594540	29	3.0	29	86	0	104	28	31	14	25	1.95
26594758--26594792	8	4.4	8	86	13	54	2	20	22	54	1.58
26601506--26601788	40	7.1	40	88	2	374	26	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26607719--26607782	32	2.0	32	100	0	128	37	9	28	25	1.87
26616410--26616496	27	3.2	27	77	3	86	20	20	20	37	1.94
26626807--26626838	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
26637955--26637982	13	2.2	13	100	0	56	32	17	14	35	1.90
26642353--26642876	27	19.5	26	77	6	291	38	17	10	33	1.85
26642370--26642886	81	6.4	81	81	5	471	38	17	10	33	1.84
26642352--26642871	54	9.6	53	77	7	440	38	17	10	32	1.85
26643152--26643253	41	2.5	41	91	0	168	21	20	30	27	1.98
26643441--26643495	22	2.5	22	96	0	101	12	27	23	36	1.91
26645651--26645738	34	2.6	34	98	0	167	26	25	26	22	2.00
26645643--26645751	34	3.2	34	90	0	146	28	22	23	24	2.00
26646572--26646644	36	2.0	36	94	0	128	35	15	9	39	1.80
26650323--26650391	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
26652007--26652044	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
26658300--26658368	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
26660533--26660989	47	9.9	46	71	12	242	25	19	30	24	1.98
26660533--26660891	47	7.8	45	73	10	246	24	18	30	26	1.98
26660581--26660891	91	3.4	90	87	6	360	23	18	30	27	1.98
26660730--26660890	44	3.6	44	73	17	152	24	16	29	29	1.96
26660678--26660891	91	2.4	90	95	0	383	23	18	29	28	1.98
26661134--26661171	19	2.0	19	100	0	76	31	15	10	42	1.81
26661717--26661835	55	2.2	55	79	8	127	22	26	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26664273--26664505	47	4.8	48	79	8	249	28	25	19	26	1.99
26664272--26664503	97	2.4	95	85	6	306	28	25	19	27	1.99
26669964--26670151	49	3.8	49	77	2	214	29	23	18	28	1.98
26669969--26670156	100	1.9	100	92	0	313	29	23	19	27	1.98
26672850--26672907	29	2.0	29	96	0	107	34	5	17	43	1.71
26673038--26673070	13	2.4	14	85	10	50	36	0	12	51	1.39
26674248--26674336	21	4.1	21	81	5	81	55	8	23	12	1.65
26676302--26676411	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
26683842--26683951	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
26687744--26687867	47	2.6	47	92	0	203	22	16	29	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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