genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.327.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  327  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102264116--102264242	3	41.0	3	70	13	53	29	9	2	58	1.42
102264545--102264587	22	2.1	22	87	12	65	32	4	6	55	1.47
102267017--102267094	34	2.3	35	93	4	140	32	16	20	30	1.95
102267504--102267632	40	3.2	39	83	6	143	24	22	27	24	2.00
102273216--102273536	50	6.7	48	78	9	266	24	28	18	29	1.98
102273216--102273544	95	3.4	94	78	9	301	24	28	17	28	1.98
102273318--102273538	48	4.7	45	75	15	148	25	28	17	28	1.97
102273216--102273536	145	2.2	143	82	6	362	24	28	18	29	1.98
102281602--102281737	40	3.4	39	86	7	168	25	30	20	24	1.99
102289623--102290063	75	6.0	75	83	7	485	32	17	18	31	1.94
102289623--102290063	150	3.0	148	83	7	535	32	17	18	31	1.94
102289938--102290057	64	1.9	64	91	0	195	27	18	22	31	1.97
102291194--102291553	3	119.0	3	73	11	202	31	7	1	59	1.35
102291621--102291676	23	2.4	23	74	11	60	30	12	0	57	1.36
102291723--102291814	3	30.7	3	67	8	53	28	6	2	63	1.31
102291849--102291891	22	2.1	22	87	12	65	32	4	6	55	1.47
102299493--102299676	40	4.6	39	82	7	219	25	27	22	24	2.00
102299493--102299680	78	2.4	81	83	6	249	26	27	21	25	2.00
102301942--102302162	40	5.6	39	85	5	241	25	24	27	22	2.00
102301943--102302162	79	2.8	79	84	5	277	25	24	27	22	2.00
102310071--102310331	39	6.6	39	80	10	282	25	23	26	24	2.00
102310071--102310331	119	2.2	117	83	8	323	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102312078--102312353	50	5.7	50	77	6	244	23	28	18	28	1.98
102312090--102312396	95	3.2	95	75	16	269	24	27	18	29	1.98
102312078--102312347	145	1.9	143	82	4	346	24	28	18	28	1.98
102318064--102318109	17	2.7	17	81	18	60	2	10	2	84	0.79
102321220--102321264	19	2.3	20	85	11	67	64	2	0	33	1.06
102328371--102328434	20	3.2	20	81	0	74	14	25	15	45	1.83
102328370--102328481	40	2.8	40	71	10	95	17	25	16	40	1.90
102333597--102333663	28	2.4	28	82	0	71	32	20	17	28	1.96
102333762--102333807	23	2.0	23	87	8	67	36	26	19	17	1.94
102342050--102342213	42	3.9	42	78	7	188	28	23	15	32	1.95
102345847--102345937	46	2.0	46	84	4	121	24	27	18	29	1.98
102345866--102346024	46	3.4	45	79	8	151	22	27	18	32	1.97
102352259--102352298	21	2.0	20	85	5	53	22	27	37	12	1.90
102353536--102353751	46	4.7	46	78	7	197	21	28	20	29	1.98
102353439--102353751	94	3.3	94	77	9	295	22	28	19	30	1.98
102353439--102353751	47	6.7	48	74	10	213	22	28	19	30	1.98
102356610--102356648	18	2.2	18	90	9	62	25	0	0	74	0.82
102356608--102356672	31	2.1	32	85	8	89	29	1	1	67	1.09
102358544--102358690	61	2.5	60	78	10	142	31	4	8	55	1.48
102361830--102361863	14	2.4	14	95	0	59	23	26	29	20	1.99
102361858--102362152	153	1.9	154	84	3	389	32	19	13	35	1.90
102362920--102362952	6	5.5	6	100	0	66	15	0	0	84	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102364032--102364057	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
102364439--102364536	50	2.0	50	87	0	142	28	26	15	29	1.96
102369809--102369835	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
102369853--102369963	51	2.2	51	96	1	204	35	2	23	38	1.69
102371473--102371551	41	1.9	42	86	2	115	17	24	36	21	1.94
102388767--102388820	22	2.5	21	75	3	54	14	31	35	18	1.91
102390093--102390193	41	2.6	38	81	6	121	47	8	3	39	1.53
102391808--102391855	26	1.9	24	87	8	69	64	6	0	29	1.18
102391842--102391884	21	2.0	22	81	4	52	69	9	2	18	1.26
102395168--102395223	8	7.2	8	87	4	71	51	33	1	12	1.50
102395153--102395233	7	11.0	7	81	5	72	46	34	1	17	1.56
102397600--102397666	20	3.3	20	91	0	107	34	11	22	31	1.90
102397715--102397887	73	2.4	72	90	5	269	31	21	19	27	1.97
102397716--102397887	24	7.1	24	90	5	267	31	21	19	27	1.97
102400932--102401009	39	2.0	39	97	0	147	30	8	33	26	1.87
102404321--102404484	40	4.1	40	82	7	167	25	26	21	26	1.99
102415993--102416066	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
102416050--102416125	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
102415993--102416125	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
102420916--102421033	31	3.5	35	87	9	126	22	22	16	37	1.94
102420939--102421033	31	3.1	31	96	0	172	24	21	15	38	1.92
102421225--102421367	24	6.0	24	90	4	200	26	22	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102421225--102421366	47	3.0	48	89	5	198	26	22	21	28	1.99
102421224--102421367	71	2.0	72	87	4	211	26	22	21	29	1.99
102421418--102421477	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
102421520--102421567	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
102422727--102422791	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
102422928--102423240	27	11.6	27	81	4	237	31	8	21	38	1.83
102422907--102423239	54	6.2	54	81	4	273	30	8	21	39	1.83
102422889--102423200	81	3.8	80	76	6	252	32	8	20	39	1.82
102423069--102423241	54	3.2	54	92	0	283	31	7	20	40	1.80
102425622--102425716	31	3.1	31	96	0	172	24	21	15	38	1.92
102425907--102426049	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
102425907--102426048	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
102425906--102426049	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
102426100--102426159	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
102426202--102426249	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
102427394--102427473	27	3.0	27	78	10	78	23	23	18	33	1.97
102427527--102427582	27	2.1	26	83	9	69	39	12	10	37	1.78
102427610--102427919	27	11.5	27	80	4	222	31	8	21	38	1.83
102427589--102427919	54	6.1	54	80	4	260	31	8	21	38	1.83
102427562--102427882	81	3.9	80	75	6	252	31	8	20	39	1.83
102428873--102428905	15	2.1	16	88	5	50	54	9	9	27	1.62
102429353--102429404	21	2.5	21	87	3	79	15	17	40	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102445273--102445533	40	6.6	40	80	5	271	24	26	23	25	2.00
102445273--102445533	80	3.3	80	82	3	303	24	26	23	25	2.00
102455934--102456025	42	2.2	42	100	0	184	23	28	25	22	2.00
102456480--102456511	16	2.0	16	100	0	64	18	6	25	50	1.70
102465990--102466157	40	4.2	40	78	7	171	26	22	26	24	2.00
102471719--102471828	26	4.2	26	95	0	166	35	5	23	35	1.78
102475020--102475047	14	2.0	14	100	0	56	42	7	21	28	1.79
102475747--102475781	17	2.0	17	88	5	52	28	17	0	54	1.43
102479427--102479460	18	1.9	18	88	5	52	11	11	17	58	1.62
102481556--102481772	46	4.7	46	72	14	169	28	20	28	23	1.99
102482035--102482116	42	2.0	42	100	0	164	31	9	21	36	1.86
102489374--102489494	46	2.7	43	83	7	134	26	17	29	26	1.97
102489418--102489538	50	2.6	46	83	12	133	27	14	31	26	1.95
102494658--102494702	22	2.0	22	100	0	90	46	0	17	35	1.49
102499900--102499950	25	2.0	25	88	0	75	47	3	17	31	1.66
102500505--102500717	50	4.4	50	69	12	149	30	21	22	26	1.99
102502341--102502448	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
102502301--102502448	79	1.9	80	81	4	183	22	31	24	21	1.99
102510505--102510652	79	1.9	80	81	4	183	22	31	24	21	1.99
102510545--102510652	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
102513556--102513623	20	3.4	20	95	0	127	17	29	33	19	1.95
102521473--102521575	39	2.6	40	83	3	120	29	22	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102526739--102527458	47	15.3	47	92	0	1156	33	9	29	28	1.88
102543515--102543677	40	4.1	39	77	10	168	25	21	26	25	1.99
102543515--102543677	80	2.1	79	83	3	202	25	21	26	25	1.99
102550898--102551061	41	4.0	41	88	1	231	18	20	23	38	1.93
102556161--102556249	29	3.1	29	88	7	137	28	26	14	30	1.95
102561428--102561673	41	6.0	41	88	0	359	18	19	23	38	1.93
102563463--102563500	20	1.9	20	89	10	60	36	10	10	42	1.74
102565587--102565657	24	3.0	24	82	0	97	29	22	21	26	1.99
102565748--102565858	42	2.6	42	81	0	114	36	19	13	29	1.90
102574418--102574582	49	3.4	47	84	5	172	23	29	18	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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