genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  192  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60392794--60392973	80	2.2	80	79	11	199	26	24	27	22	2.00
60400861--60401018	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
60400861--60401048	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
60405876--60406050	40	4.4	40	89	5	259	25	28	22	24	2.00
60405876--60406050	79	2.2	80	87	7	259	25	28	22	24	2.00
60407841--60407912	31	2.3	31	92	0	117	11	30	36	22	1.89
60409014--60409166	42	3.6	42	78	6	166	30	23	16	30	1.96
60409014--60409178	84	2.0	84	80	4	190	30	23	15	30	1.95
60411571--60411603	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
60412734--60412817	2	42.0	2	100	0	168	50	0	50	0	1.00
60418371--60418454	38	2.1	41	86	6	120	55	5	4	33	1.45
60433418--60433471	25	2.2	25	83	6	65	25	24	24	25	2.00
60435359--60435519	39	4.1	39	91	0	259	22	19	32	24	1.97
60443468--60443628	38	4.2	39	91	4	254	22	20	32	24	1.98
60443485--60443658	38	4.5	40	87	2	169	22	22	32	21	1.98
60452373--60452498	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
60452312--60452498	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
60460444--60460569	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
60460383--60460569	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
60464425--60464682	40	6.5	40	90	2	369	25	28	22	22	1.99
60472509--60472730	40	5.6	40	92	2	358	25	28	23	22	1.99
60472509--60472730	79	2.8	80	91	2	358	25	28	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60472509--60472730	119	1.9	120	92	2	376	25	28	23	22	1.99
60478048--60478263	40	5.4	40	92	2	314	24	22	27	25	2.00
60482474--60482703	40	5.8	40	90	1	327	22	27	23	26	2.00
60490527--60490671	40	3.6	40	84	4	184	24	24	24	27	2.00
60493880--60493971	40	2.3	40	86	3	132	26	28	21	23	1.99
60495343--60495472	40	3.2	40	82	4	165	24	29	23	22	1.99
60497962--60498062	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
60505912--60506012	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
60512033--60512093	30	2.0	30	96	0	113	34	16	21	27	1.95
60520107--60520137	8	3.9	8	95	0	53	38	6	0	54	1.26
60520866--60520931	27	2.4	28	82	7	91	27	22	16	33	1.96
60521578--60521910	166	2.0	166	97	0	630	36	19	18	26	1.94
60522710--60522735	13	2.0	13	100	0	52	38	38	0	23	1.55
60525277--60525447	46	3.7	46	77	12	154	29	19	28	21	1.98
60525422--60525542	47	2.6	48	87	6	160	32	17	24	25	1.97
60530044--60530283	50	4.8	50	80	2	239	24	17	27	31	1.97
60530044--60530269	101	2.2	102	81	3	260	23	17	27	31	1.97
60530482--60530512	16	2.0	15	93	6	53	48	0	19	32	1.49
60530983--60531051	34	2.0	34	97	0	129	33	8	15	42	1.78
60537877--60537918	18	2.3	18	80	8	50	76	0	19	4	0.96
60539226--60539285	30	2.0	30	86	0	84	38	6	25	30	1.81
60539728--60539792	27	2.4	27	92	0	112	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60545393--60545558	39	4.3	39	89	0	244	33	9	12	45	1.74
60547871--60547922	11	4.5	12	87	4	54	19	13	13	53	1.72
60554988--60555018	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
60554985--60555024	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
60555210--60555411	55	3.8	53	71	11	173	20	25	17	36	1.94
60562637--60562667	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
60562634--60562673	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
60562746--60562790	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
60562906--60563113	55	3.8	53	80	8	197	22	26	16	34	1.95
60570265--60570297	12	2.9	12	86	13	52	9	6	9	75	1.18
60586167--60586218	19	2.9	18	83	10	72	46	9	15	28	1.77
60586206--60586233	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
60587008--60587059	25	2.2	23	83	13	61	48	1	15	34	1.56
60588286--60588340	21	2.6	21	94	0	92	14	30	30	23	1.94
60589537--60589584	24	2.0	24	100	0	96	41	12	20	25	1.87
60591232--60591328	22	4.6	21	70	12	74	30	0	0	69	0.89
60591252--60591284	7	4.7	7	100	0	66	12	0	0	87	0.53
60591261--60591330	13	5.2	13	77	8	52	31	0	0	68	0.90
60591275--60591330	19	2.8	19	75	5	58	35	0	0	64	0.94
60610106--60610510	47	8.5	47	89	8	631	27	31	9	31	1.88
60610106--60610510	143	2.8	143	95	2	715	27	31	9	31	1.88
60610106--60610510	96	4.2	96	91	6	646	27	31	9	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60628102--60628147	20	2.3	20	92	0	74	32	13	26	28	1.93
60631123--60631156	14	2.4	14	85	0	50	64	8	0	26	1.22
60631336--60631360	6	4.2	6	100	0	50	32	16	16	36	1.90
60632371--60632410	22	1.9	20	85	10	53	22	25	15	37	1.93
60633134--60633188	26	2.2	25	81	15	69	41	12	9	36	1.75
60636654--60636820	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
60644636--60644802	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
60647899--60647986	46	1.9	46	85	0	122	27	21	27	23	1.99
60648049--60648218	49	3.5	49	77	5	150	31	21	22	24	1.98
60648199--60648250	26	2.0	26	100	0	104	15	23	34	26	1.94
60651526--60651581	24	2.3	24	96	0	103	37	14	3	44	1.62
60655404--60655586	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
60663513--60663658	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
60663545--60663696	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
60669566--60669604	21	1.9	21	89	5	62	23	28	38	10	1.87
60671804--60671894	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
60671934--60672133	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	32	1.83
60672125--60672509	96	4.0	96	92	3	648	29	27	8	34	1.87
60672125--60672509	49	8.0	49	92	2	647	29	27	8	34	1.87
60672125--60672509	145	2.7	145	97	0	729	29	27	8	34	1.87
60681299--60681384	46	1.9	45	85	4	120	31	29	18	20	1.97
60684249--60684296	14	3.4	14	75	11	53	45	20	2	31	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60688055--60688132	26	3.2	25	71	21	67	67	1	10	20	1.27
60689353--60689378	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
60694717--60695219	49	10.3	49	94	1	843	29	29	8	32	1.87
60698499--60698742	40	6.1	40	88	5	357	25	28	21	25	1.99
60698505--60698742	123	1.9	123	91	1	388	25	27	21	25	1.99
60698499--60698742	83	3.0	82	89	6	349	25	28	21	25	1.99
60701085--60701587	49	10.3	49	94	1	852	29	29	8	32	1.87
60709064--60709100	12	3.1	12	92	0	56	48	13	2	35	1.57
60713213--60713242	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
60713241--60713271	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
60716591--60716745	50	3.2	50	90	3	237	26	23	14	35	1.93
60720981--60721158	52	3.5	52	96	1	324	28	24	12	34	1.91
60720981--60721189	52	4.2	47	90	4	240	27	23	13	34	1.93
60738515--60738540	10	2.6	10	100	0	52	69	11	0	19	1.18
60738527--60738570	22	2.0	22	81	0	52	59	9	2	29	1.41
60739970--60740167	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
60740036--60740153	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
60740004--60740167	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60745710--60745881	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
60745702--60745877	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
60749376--60749573	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
60749442--60749559	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60749410--60749573	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60751846--60751902	30	1.9	30	100	0	114	24	17	24	33	1.96
60753330--60753884	47	11.6	47	91	3	867	28	29	8	34	1.87
60753330--60753884	96	5.8	96	91	2	906	28	29	8	34	1.87
60753330--60753884	143	3.9	143	92	2	884	28	29	8	34	1.87
60761901--60761968	30	2.3	29	94	2	118	23	16	25	35	1.95
60764371--60764465	49	1.9	49	82	0	118	27	20	10	42	1.84
60765712--60765744	16	2.1	16	100	0	66	18	30	0	51	1.46
60789841--60790024	40	4.6	40	89	2	255	23	28	24	22	1.99
60791191--60791255	29	2.2	30	91	5	114	12	20	3	64	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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