genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  27  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7040047--7040103	24	2.4	24	85	8	73	40	10	7	42	1.66
7040060--7040110	24	2.1	24	100	0	102	35	11	7	45	1.70
7046881--7046958	30	2.6	30	78	13	81	57	5	1	35	1.29
7047011--7047075	26	2.5	27	72	20	66	66	1	3	29	1.16
7047154--7047207	25	2.2	25	83	12	67	70	0	3	25	1.04
7048611--7049166	206	2.7	206	88	1	821	28	21	17	32	1.96
7061171--7061220	21	2.5	20	83	6	73	20	20	20	40	1.92
7063576--7063625	21	2.4	21	80	6	57	72	0	22	6	1.07
7068527--7068573	14	3.4	14	80	11	60	59	2	0	38	1.09
7068518--7068573	28	2.0	28	86	6	78	60	1	0	37	1.07
7074686--7074731	2	23.0	2	95	0	83	47	0	0	52	1.00
7075452--7075481	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
7075519--7075576	15	3.6	15	72	17	53	50	1	1	46	1.22
7076007--7076036	14	2.1	14	93	0	51	40	10	6	43	1.64
7082309--7082373	28	2.2	30	78	10	73	46	10	1	41	1.48
7083072--7083105	6	5.7	6	96	0	59	52	11	0	35	1.38
7083432--7083477	21	2.3	21	78	10	53	54	6	2	36	1.39
7083576--7083621	22	2.0	23	84	12	60	41	6	2	50	1.40
7083602--7083668	25	2.7	26	77	13	63	46	1	1	50	1.19
7084402--7084463	23	2.5	24	79	20	67	54	1	6	37	1.36
7086153--7086187	7	5.0	7	100	0	70	14	28	0	57	1.38
7087898--7087968	35	2.0	36	83	2	90	47	14	4	33	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7088824--7089059	96	2.4	99	83	7	275	42	1	15	40	1.55
7090037--7090535	116	4.3	116	95	1	858	47	8	3	40	1.51
7090920--7090962	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
7091579--7091611	7	4.7	7	100	0	66	60	12	0	27	1.32
7091571--7091604	14	2.4	14	90	0	50	64	8	0	26	1.22
7091571--7091611	21	2.0	21	90	0	64	63	9	0	26	1.25
7092776--7092816	20	2.0	20	90	0	64	41	0	29	29	1.56
7092774--7092823	11	4.8	10	81	16	57	42	0	28	30	1.56
7092766--7092829	31	2.1	31	85	5	85	39	0	29	31	1.57
7098301--7098326	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
7098557--7098605	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
7098589--7098666	25	3.2	25	73	14	72	52	2	2	42	1.28
7103743--7103898	53	3.0	53	84	2	199	31	22	14	31	1.94
7108774--7108825	26	2.0	26	100	0	104	15	38	34	11	1.83
7113163--7113192	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7114181--7114218	20	2.0	20	84	5	51	57	7	2	31	1.41
7115180--7115225	24	2.0	23	83	12	58	36	4	6	52	1.47
7117062--7117102	7	5.9	7	86	8	57	85	0	4	9	0.73
7117722--7117755	17	1.9	18	88	5	52	58	5	5	29	1.45
7118135--7118637	96	5.3	96	85	1	512	35	14	21	28	1.92
7118153--7118598	191	2.3	192	81	3	508	36	14	21	27	1.92
7118441--7118640	95	2.1	95	92	0	328	39	14	19	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7118492--7118640	50	3.2	44	66	18	122	40	13	19	26	1.89
7131501--7131634	66	2.0	66	94	2	234	15	11	5	66	1.42
7133007--7133074	18	3.8	18	77	14	77	38	16	2	42	1.63
7139547--7139597	20	2.5	20	100	0	102	43	5	9	41	1.62
7139581--7139619	14	2.8	14	88	7	53	35	7	5	51	1.53
7141476--7141999	262	2.0	264	98	0	1007	33	23	11	32	1.90
7144874--7144919	21	2.2	21	81	11	51	52	0	2	45	1.13
7144874--7144911	20	1.9	20	88	0	58	50	0	2	47	1.15
7144896--7144974	36	2.1	38	86	11	110	60	0	2	36	1.10
7144916--7144974	11	5.1	11	74	11	55	66	0	3	30	1.08
7144945--7145074	20	6.7	20	65	12	56	59	1	7	31	1.35
7147626--7147654	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
7151296--7151323	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7154555--7154627	33	2.2	32	95	2	128	30	21	8	39	1.83
7154954--7155006	19	2.8	19	97	2	99	37	5	13	43	1.67
7157186--7157235	23	2.4	20	81	15	57	34	4	0	62	1.14
7162410--7162460	25	2.0	25	96	0	93	31	19	13	35	1.91
7169478--7169909	118	3.6	119	91	1	663	32	18	20	28	1.96
7169833--7170008	83	2.1	83	88	0	253	35	16	17	30	1.92
7176100--7176169	30	2.3	30	82	7	79	57	5	4	32	1.42
7176120--7176171	21	2.5	21	87	0	68	61	5	1	30	1.30
7176365--7176399	18	1.9	18	88	0	52	68	2	0	28	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7176452--7176499	14	3.5	14	78	13	55	52	6	2	39	1.39
7177088--7177125	14	2.7	14	84	8	51	28	0	7	63	1.23
7178345--7178374	14	2.1	14	100	0	60	60	6	13	20	1.55
7178484--7178750	73	3.7	71	83	10	298	34	20	15	28	1.94
7178695--7179001	88	3.5	88	85	5	406	38	19	15	25	1.92
7178818--7178853	15	2.5	14	86	8	54	63	0	13	22	1.29
7192172--7192918	48	15.8	48	93	2	1219	35	6	27	31	1.82
7192159--7192918	142	5.4	142	91	4	1225	35	6	26	31	1.82
7192952--7193085	37	3.6	37	100	0	268	24	17	32	24	1.97
7194259--7194489	40	5.8	40	96	1	410	25	19	28	26	1.99
7197960--7198627	48	14.0	48	91	0	1036	35	6	26	31	1.82
7197960--7198627	144	4.7	144	95	0	1144	35	6	26	31	1.82
7198662--7198758	37	2.6	37	100	0	194	24	17	32	24	1.97
7201059--7201176	21	5.5	21	66	26	61	51	5	5	37	1.48
7201059--7201120	23	2.9	22	77	13	58	51	4	3	40	1.39
7201158--7201208	20	2.5	21	87	3	68	60	7	1	29	1.36
7201397--7201438	18	2.3	18	88	8	59	69	2	0	28	1.01
7201483--7201536	26	2.0	27	89	3	83	51	7	1	38	1.41
7201538--7201591	3	18.3	3	76	3	56	61	1	5	31	1.30
7204546--7204584	17	2.4	17	87	12	55	69	2	5	23	1.21
7215009--7215061	25	2.1	25	82	0	61	26	5	3	64	1.33
7215076--7215214	49	2.9	45	76	17	102	29	5	5	59	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7215109--7215213	22	4.5	22	69	15	68	30	5	3	60	1.38
7215138--7215244	49	2.2	49	83	6	128	30	4	6	57	1.44
7215229--7215265	17	2.2	17	95	0	65	29	0	8	62	1.24
7218433--7218464	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
7226971--7227105	68	2.0	68	94	0	234	34	17	13	34	1.89
7230641--7230855	46	4.6	45	74	13	152	29	20	26	23	1.98
7234249--7234388	44	3.2	43	80	4	163	35	21	15	27	1.94
7234737--7234768	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
7237821--7237853	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
7237821--7237854	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
7238111--7238168	22	2.6	22	81	7	64	41	17	6	34	1.76
7238147--7238237	19	4.9	19	89	8	134	36	15	9	38	1.81
7238160--7238229	35	2.0	36	91	2	115	37	14	8	40	1.76
7238587--7238938	45	8.1	45	70	15	265	24	26	16	32	1.96
7238587--7238767	89	2.0	90	86	1	256	24	27	14	32	1.95
7238800--7239094	78	3.8	78	89	1	448	24	24	20	31	1.98
7239169--7239442	78	3.5	78	91	2	451	24	24	18	32	1.97
7238684--7239661	369	2.7	368	89	3	1453	24	23	18	33	1.97
7239289--7240162	220	4.2	203	87	5	919	26	22	18	33	1.97
7239490--7239661	78	2.2	78	90	0	263	27	23	18	31	1.97
7239604--7240193	220	2.7	220	93	1	977	26	22	18	32	1.97
7250060--7250094	17	2.1	17	89	10	54	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7250060--7250093	18	1.9	17	88	5	50	73	0	0	26	0.83
7250352--7250394	23	1.9	23	85	4	61	41	11	9	37	1.74
7250385--7250458	19	3.9	19	92	3	132	35	16	12	36	1.86
7250378--7250458	37	2.2	38	89	8	132	34	17	11	37	1.85
7251056--7251136	29	2.7	30	78	3	92	53	7	0	39	1.29
7251475--7251532	19	2.9	19	78	16	64	43	0	1	55	1.10
7251482--7251538	21	2.8	21	86	10	82	43	0	0	56	0.99
7251495--7251519	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
7251617--7251675	11	5.1	11	75	20	50	35	0	3	61	1.13
7251596--7251637	18	2.2	19	87	8	59	38	0	2	59	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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