genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  261  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81198112--81198309	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
81198178--81198295	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81198146--81198309	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81205260--81205352	29	3.2	29	95	1	161	25	29	16	29	1.96
81207085--81207160	40	1.9	40	83	5	100	30	19	14	35	1.92
81209727--81209843	58	2.0	59	98	1	227	41	13	18	25	1.88
81209727--81209818	28	3.2	28	63	22	73	42	15	18	23	1.88
81217080--81217161	42	2.0	42	85	0	110	30	26	15	26	1.96
81217085--81217192	42	2.6	42	80	0	108	29	27	13	28	1.95
81217168--81217337	48	3.5	48	81	2	144	28	26	15	30	1.96
81218345--81218396	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
81234376--81234503	26	4.8	26	83	6	125	27	18	11	42	1.85
81234392--81234502	26	4.2	26	87	1	132	27	18	11	42	1.85
81234524--81234582	27	2.2	27	87	6	84	44	22	5	28	1.74
81234605--81234656	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
81235608--81235747	67	2.1	69	86	2	194	18	27	22	32	1.97
81235715--81235774	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
81235893--81235974	6	13.3	6	72	23	64	18	18	14	48	1.81
81235893--81235965	31	2.4	31	90	4	112	17	19	13	49	1.80
81242768--81243166	50	7.9	50	78	3	379	25	17	26	30	1.97
81242768--81243163	101	3.9	100	76	4	384	24	17	26	31	1.97
81242768--81243174	151	2.7	150	87	1	607	24	17	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81248937--81248992	18	2.9	19	92	7	96	10	26	8	53	1.65
81257303--81257471	27	6.3	26	86	2	158	43	19	5	31	1.75
81257320--81257498	27	6.7	27	88	0	234	43	20	6	30	1.76
81257372--81257552	81	2.2	81	84	3	222	41	22	7	29	1.80
81257548--81257892	27	12.8	27	86	2	381	29	21	7	40	1.81
81257555--81257875	161	2.0	161	86	1	455	29	21	8	40	1.82
81257315--81257903	27	21.9	27	82	5	144	34	21	7	36	1.81
81257548--81257894	81	4.3	81	84	3	430	29	21	7	40	1.81
81257686--81257930	81	3.0	81	83	3	210	31	21	7	39	1.81
81259223--81259281	20	3.0	20	89	0	91	33	11	20	33	1.89
81259332--81259450	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
81259332--81259450	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
81259642--81259705	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
81261131--81261306	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
81261128--81261298	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
81264253--81264331	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
81264244--81264330	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
81266712--81266887	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
81266709--81266880	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
81270862--81271040	27	6.7	27	88	1	245	41	20	7	30	1.79
81270862--81271094	81	2.9	81	82	5	233	40	21	8	30	1.82
81271024--81271098	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81270914--81271221	54	5.7	54	81	5	144	34	21	9	33	1.86
81271036--81271371	81	4.1	81	80	5	196	28	23	9	38	1.85
81271090--81271435	27	12.8	27	89	2	437	28	22	8	40	1.83
81271144--81271479	81	4.1	81	81	6	223	29	22	8	39	1.83
81272766--81272824	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
81272875--81272993	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
81272875--81272993	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
81273185--81273277	31	3.0	31	98	0	177	37	16	22	23	1.93
81275933--81275995	27	2.5	26	82	7	67	38	14	17	30	1.89
81282541--81282593	20	2.8	19	81	18	67	41	1	1	54	1.22
81283227--81283271	20	2.3	19	84	3	54	26	0	8	64	1.23
81285531--81285876	39	8.9	39	85	0	458	21	23	27	28	1.99
81288559--81288608	26	1.9	26	84	15	68	28	10	22	40	1.86
81288744--81288786	2	21.5	2	90	0	68	48	4	0	46	1.22
81295195--81295233	10	4.1	9	86	6	51	35	0	2	61	1.10
81295202--81295250	24	2.0	24	85	14	66	34	0	6	59	1.22
81297719--81297871	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
81309390--81309436	23	2.0	23	100	0	94	48	12	8	29	1.71
81309541--81309575	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
81310704--81310954	68	3.8	66	73	14	207	24	29	15	30	1.96
81317514--81317599	43	2.0	43	88	0	127	22	19	29	29	1.98
81325470--81325615	42	3.5	42	87	0	184	20	18	28	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81326032--81326065	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
81333730--81333779	11	4.6	11	72	22	52	26	0	0	74	0.83
81333733--81333781	16	3.1	16	82	11	73	26	0	0	73	0.83
81336815--81336868	20	2.8	20	71	2	56	64	1	0	33	1.04
81341886--81341931	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
81344912--81344940	13	2.2	13	100	0	58	51	6	13	27	1.66
81347565--81347616	27	1.9	27	84	7	70	44	11	13	30	1.79
81348046--81348109	31	2.1	31	96	0	119	25	14	20	40	1.89
81350850--81350920	35	2.0	35	94	0	124	32	12	18	36	1.88
81352756--81352796	16	2.5	17	88	11	59	29	7	24	39	1.82
81354804--81354948	39	3.6	39	77	10	148	22	13	27	36	1.91
81358711--81358931	40	5.6	40	92	1	320	25	23	24	25	2.00
81361371--81361402	15	2.1	15	100	0	64	46	6	15	31	1.71
81362552--81362597	23	2.0	23	91	0	74	58	0	8	32	1.28
81363461--81363485	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
81373902--81373940	20	1.9	20	84	5	51	43	20	2	33	1.65
81375738--81375763	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
81376556--81376662	51	2.1	51	98	0	205	36	10	10	42	1.73
81379687--81379725	19	2.1	19	100	0	78	46	10	5	38	1.60
81381676--81381734	17	3.5	16	72	19	57	18	15	28	37	1.91
81381837--81381870	12	2.8	12	86	0	50	41	0	2	55	1.15
81382308--81382354	20	2.5	20	83	10	55	8	14	4	72	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81386919--81386953	18	1.9	18	100	0	70	42	11	0	45	1.40
81393276--81393578	49	6.3	49	94	1	465	31	7	31	29	1.86
81398352--81398490	42	3.3	41	72	6	107	28	20	35	16	1.94
81408765--81408830	33	2.0	33	100	0	132	21	15	33	30	1.94
81411868--81411938	37	1.9	37	94	5	126	28	5	25	40	1.78
81422702--81422771	27	2.5	28	95	2	124	30	27	14	28	1.95
81430598--81430630	14	2.4	14	90	5	50	75	0	0	24	0.80
81433832--81433878	13	3.5	13	75	13	51	2	29	0	68	1.02
81436976--81437001	11	2.4	11	100	0	52	19	34	7	38	1.80
81441706--81441874	40	4.2	40	80	4	189	25	22	27	24	2.00
81441706--81441874	80	2.1	80	84	4	216	25	22	27	24	2.00
81445906--81446056	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
81445943--81446072	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
81445905--81446072	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
81456675--81456712	17	2.1	19	85	9	53	13	26	2	57	1.49
81462678--81462773	27	3.6	27	76	0	93	36	11	21	30	1.89
81462678--81462813	54	2.5	54	80	2	157	36	12	21	30	1.90
81462678--81462805	27	4.7	27	70	11	84	35	11	21	30	1.90
81469482--81469528	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
81469472--81469552	31	2.6	32	81	16	100	67	3	2	25	1.19
81474712--81474745	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
81475261--81475295	14	2.5	14	85	0	52	45	20	0	34	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81475783--81475814	7	4.6	7	92	0	55	46	50	0	3	1.17
81475781--81475829	21	2.3	21	82	0	62	38	46	4	10	1.57
81475860--81476083	41	5.5	41	90	0	322	27	28	20	24	1.99
81476060--81476171	41	2.8	40	81	9	129	25	22	20	32	1.98
81476055--81476182	41	3.1	41	78	5	118	25	21	17	35	1.95
81479841--81480027	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
81479864--81480027	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
81479864--81480061	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
81487409--81487595	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
81487432--81487595	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433