genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.364.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  364  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114213998--114214022	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
114213997--114214029	16	2.1	16	88	5	50	24	0	9	66	1.20
114214618--114214680	21	2.8	21	73	23	56	42	4	0	52	1.22
114216741--114216776	13	2.6	14	91	4	56	50	8	0	41	1.33
114220762--114220842	40	2.0	40	95	0	144	34	18	9	37	1.84
114229827--114229856	13	2.3	13	100	0	60	53	16	6	23	1.66
114247453--114247551	39	2.5	39	83	0	126	28	6	22	43	1.77
114255836--114255956	46	2.6	46	89	0	179	28	30	21	19	1.97
114256971--114257237	48	5.6	48	70	10	172	29	25	18	25	1.98
114271661--114271827	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
114279677--114279843	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
114284471--114284866	127	3.2	124	84	4	474	30	16	14	37	1.89
114291344--114291378	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
114291866--114291895	15	2.0	15	93	0	51	10	0	40	50	1.36
114291940--114291997	30	2.0	29	83	12	75	48	0	10	41	1.37
114291960--114292092	34	3.9	33	80	5	140	41	0	13	45	1.44
114292197--114292698	125	4.0	125	88	2	749	37	16	18	27	1.92
114292197--114292698	249	2.0	251	90	1	785	37	16	18	27	1.92
114295418--114295547	62	2.2	60	83	9	158	53	5	3	38	1.40
114295885--114295921	18	2.1	18	89	0	56	43	8	24	24	1.81
114296543--114296592	24	2.1	24	100	0	100	38	8	0	54	1.30
114299073--114299122	26	2.0	25	84	4	64	38	2	0	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114305396--114305439	21	2.1	21	95	0	79	27	2	18	52	1.57
114307539--114307674	61	2.3	57	82	8	148	45	1	2	50	1.26
114307638--114307687	26	2.0	25	88	4	73	54	4	0	42	1.19
114307842--114307895	16	3.4	16	81	0	72	29	29	3	37	1.75
114322006--114322078	6	12.3	6	81	8	87	15	2	2	79	0.96
114322006--114322070	19	3.7	18	84	8	80	15	3	1	80	0.92
114326067--114326180	43	2.7	43	86	1	149	23	18	28	29	1.98
114330033--114330092	15	4.0	15	84	0	75	13	18	13	55	1.70
114333130--114333161	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
114333131--114333161	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
114337571--114337602	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
114337572--114337602	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
114337970--114338052	43	1.9	43	95	0	148	20	19	31	28	1.97
114348523--114348560	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
114356120--114356157	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
114362956--114363053	31	3.1	32	91	8	164	23	22	15	38	1.92
114363245--114363314	23	2.9	24	85	10	90	27	24	21	27	1.99
114363366--114363425	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
114363366--114363420	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
114363468--114363515	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
114366013--114366134	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
114366236--114366641	49	8.5	49	92	4	686	29	32	8	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114366257--114366632	187	2.0	187	96	0	689	28	32	8	29	1.87
114375172--114375267	27	3.6	27	87	2	122	26	13	17	42	1.86
114378745--114378889	39	3.7	39	89	0	191	23	32	21	22	1.98
114382227--114382372	79	1.8	79	85	5	206	22	31	21	23	1.98
114382227--114382372	39	3.7	40	88	2	199	22	31	21	23	1.98
114384813--114384884	27	2.7	27	86	0	108	27	11	18	43	1.83
114384813--114384901	27	3.3	26	78	9	90	28	10	19	42	1.83
114391332--114391364	6	5.8	6	93	6	52	30	33	0	36	1.58
114392340--114392408	32	2.2	32	97	0	129	36	17	10	36	1.84
114395091--114395274	40	4.6	40	81	6	221	25	23	26	25	2.00
114395091--114395274	80	2.3	80	88	3	264	25	23	26	25	2.00
114395535--114395578	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
114397865--114397928	26	2.5	26	92	0	101	54	21	0	23	1.45
114398752--114398992	45	5.4	45	84	5	294	20	16	13	48	1.80
114401416--114401452	18	2.0	19	89	5	58	29	13	8	48	1.71
114413196--114413255	31	1.9	31	96	0	111	26	20	16	36	1.93
114413468--114413562	23	4.1	23	91	4	147	26	22	22	29	1.99
114413447--114413563	46	2.5	47	87	8	159	25	23	22	29	1.99
114413613--114413673	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
114413716--114413763	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
114418700--114418759	31	1.9	31	96	0	111	26	20	16	36	1.93
114418950--114419043	24	3.9	24	81	6	102	25	24	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114419094--114419154	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
114419197--114419244	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
114423658--114423705	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
114423749--114423806	19	3.0	20	92	5	100	37	10	18	32	1.85
114423857--114423975	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
114423857--114423975	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
114424167--114424268	31	3.1	31	78	17	123	37	15	23	23	1.93
114424184--114424291	38	2.8	38	90	1	171	37	14	24	23	1.92
114439649--114439700	20	2.6	20	78	0	59	15	30	30	23	1.95
114443017--114443046	15	2.0	15	100	0	60	13	6	33	46	1.69
114446957--114447166	40	5.2	40	86	2	296	25	24	28	21	1.99
114448611--114448644	15	2.3	15	89	0	50	73	2	2	20	1.09
114449891--114450360	133	3.5	133	77	6	335	33	18	19	28	1.95
114450151--114450396	132	1.9	132	86	3	352	34	16	18	30	1.93
114453281--114454138	44	19.5	44	89	0	1099	23	30	16	28	1.96
114458379--114458519	27	5.2	27	81	11	173	17	24	22	34	1.96
114458376--114458519	54	2.7	54	93	2	245	17	25	22	34	1.96
114458390--114458537	27	5.5	26	77	13	113	19	25	20	34	1.96
114458382--114458537	81	1.9	80	83	8	201	19	25	21	34	1.96
114461805--114461967	70	2.3	71	97	2	319	19	27	17	35	1.94
114463511--114463576	28	2.4	28	85	10	82	31	27	12	28	1.92
114465588--114465644	22	2.6	22	85	0	87	14	33	28	24	1.94
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114468743--114469095	35	9.5	35	66	21	141	28	17	20	32	1.96
114468688--114469101	75	5.5	75	88	2	566	28	18	20	32	1.96
114468793--114469061	40	7.1	39	65	23	94	27	18	21	32	1.97
114468660--114469099	225	2.0	224	86	2	623	27	19	20	32	1.97
114474950--114475067	27	4.4	27	92	1	175	32	21	22	24	1.98
114475441--114475472	8	4.0	8	95	0	55	28	37	34	0	1.57
114475728--114475778	27	1.9	26	84	4	66	17	29	19	33	1.95
114479258--114479358	29	3.5	28	84	8	98	30	17	23	27	1.97
114486501--114486603	29	3.6	29	84	5	129	30	17	26	26	1.97
114492172--114492290	27	4.4	27	91	0	130	33	18	21	26	1.96
114492920--114492981	27	2.3	27	83	5	81	16	27	24	32	1.96
114495069--114495474	150	2.7	150	89	0	632	28	16	21	33	1.95
114495069--114495501	225	1.9	225	87	2	629	28	17	21	33	1.96
114495069--114495501	75	5.8	75	86	3	568	28	17	21	33	1.96
114500751--114500966	48	4.6	48	72	12	187	27	19	24	28	1.98
114505041--114505228	50	3.8	49	82	4	189	25	18	26	30	1.98
114512423--114512647	50	4.5	50	82	9	237	24	18	27	29	1.98
114512419--114512659	101	2.4	97	85	3	293	24	18	27	29	1.98
114520757--114520877	46	2.6	46	89	0	179	28	30	21	19	1.97
114521891--114522157	48	5.6	48	70	10	172	29	25	18	25	1.98
114540827--114540975	77	1.9	77	95	0	271	28	26	12	32	1.92
114546337--114546565	48	4.8	48	70	11	175	31	24	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114556753--114556790	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
114560086--114560193	38	2.8	38	97	1	198	24	22	13	39	1.90
114560109--114560210	31	3.1	31	88	9	132	24	21	14	39	1.91
114560422--114560539	23	5.1	23	92	6	186	27	22	22	27	1.99
114560426--114560539	45	2.5	46	92	5	187	27	23	22	26	2.00
114560400--114560539	69	2.0	70	90	6	223	26	23	22	27	1.99
114560591--114560650	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
114560591--114560645	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
114560693--114560740	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
114566042--114566204	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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