genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.352.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  352  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110678414--110678764	94	3.7	94	89	0	461	35	11	27	25	1.91
110678383--110678721	47	7.2	47	90	0	498	35	11	27	25	1.91
110678735--110678825	46	2.0	46	88	0	137	34	5	31	28	1.80
110691507--110691566	30	2.0	30	90	6	95	26	25	8	40	1.84
110696142--110696167	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
110699185--110699209	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
110699913--110700144	50	4.8	50	78	5	226	29	18	28	23	1.97
110699965--110700143	97	1.8	100	85	3	256	29	18	29	23	1.98
110706736--110706760	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
110707436--110707798	46	7.7	48	77	9	304	28	18	28	24	1.98
110707438--110707800	140	2.6	138	82	6	388	28	18	28	24	1.98
110707617--110707795	96	1.8	98	88	5	274	27	20	28	23	1.99
110709807--110710032	40	5.7	40	87	4	255	25	25	20	27	1.99
110717879--110718088	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
110723256--110723283	14	2.0	14	100	0	56	35	21	0	42	1.53
110725671--110725724	25	2.2	25	83	6	65	50	12	14	22	1.77
110727051--110727094	19	2.3	19	100	0	88	27	18	9	45	1.79
110735503--110735757	55	4.8	54	80	7	247	36	16	25	21	1.94
110735513--110735710	108	1.8	110	89	4	312	34	16	26	22	1.95
110735953--110735983	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
110739042--110739205	40	4.1	40	81	4	161	25	28	20	25	1.99
110746950--110746997	23	2.1	23	100	0	96	50	12	12	25	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110747854--110748028	49	3.5	49	85	3	251	28	25	19	26	1.99
110747851--110748033	100	1.8	100	95	0	330	28	24	20	26	1.99
110748262--110748315	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
110751749--110751780	14	2.3	14	100	0	64	50	12	15	21	1.77
110757131--110757163	16	2.1	16	100	0	66	39	12	12	36	1.80
110767882--110768098	40	5.5	40	88	3	298	24	22	27	25	2.00
110767878--110768098	79	2.8	80	87	4	306	25	22	27	25	2.00
110769528--110769580	16	3.2	16	70	15	54	32	5	11	50	1.61
110769533--110769588	17	3.4	17	71	14	62	30	3	14	51	1.59
110779599--110780128	267	2.0	267	97	0	997	42	9	17	30	1.81
110780210--110780269	26	2.3	26	85	0	75	43	13	15	28	1.84
110785482--110785640	43	3.7	43	79	13	175	32	25	17	25	1.97
110788339--110788510	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
110788332--110788507	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
110794507--110794637	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
110799869--110799937	34	2.0	34	100	0	138	34	5	11	47	1.64
110812450--110812516	33	2.0	33	100	0	134	26	2	25	44	1.68
110812595--110812666	26	2.8	26	82	2	92	27	23	20	27	1.99
110812607--110812679	26	2.8	26	76	13	71	28	23	19	28	1.98
110815970--110816017	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
110816060--110816120	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
110816170--110816335	24	7.0	24	88	4	221	30	22	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110816170--110816335	47	3.5	46	85	8	201	30	22	21	26	1.99
110816170--110816336	71	2.3	71	86	5	221	30	22	20	26	1.98
110816526--110816589	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
110833691--110833738	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
110833851--110833920	26	2.7	26	86	6	90	22	22	22	31	1.98
110833859--110833933	26	2.9	26	79	16	77	25	21	21	32	1.98
110834141--110834223	31	2.7	31	90	1	132	27	16	27	27	1.97
110853675--110853831	43	3.6	44	76	12	155	28	12	26	32	1.93
110861315--110861498	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
110861355--110861543	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
110870587--110870624	19	2.0	20	89	5	60	18	2	2	76	1.02
110879216--110879391	46	3.8	46	76	14	173	20	19	29	30	1.97
110879213--110879384	93	1.8	93	90	2	274	20	19	29	29	1.97
110889744--110889792	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
110890612--110890778	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
110897749--110897797	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
110898618--110898784	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
110901112--110901262	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
110901112--110901262	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
110909110--110909260	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
110909110--110909260	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
110912537--110912582	25	1.9	24	82	8	58	26	21	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110913902--110913957	26	2.2	26	83	6	69	71	3	23	1	1.11
110916825--110916954	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
110916825--110916987	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
110924872--110925001	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
110924872--110925035	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
110933338--110933378	13	3.2	13	89	3	57	41	0	12	46	1.41
110938761--110938848	6	14.8	6	95	2	160	15	1	0	82	0.72
110941757--110941789	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
110945900--110946019	43	2.8	42	92	2	186	24	20	31	24	1.98
110945900--110946043	43	3.4	42	85	3	173	25	20	27	25	1.99
110946095--110946175	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
110946420--110946465	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
110952076--110952290	9	23.6	9	72	11	116	38	0	12	47	1.48
110952076--110952289	18	11.7	18	78	9	159	38	0	12	48	1.47
110952317--110954001	362	4.7	362	98	0	3300	39	10	14	36	1.79
110957518--110957548	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
110957913--110957964	25	2.1	25	100	0	104	40	23	7	28	1.82
110958141--110958216	39	2.0	38	85	7	102	40	22	5	31	1.76
110958439--110958718	41	6.9	41	90	3	386	19	22	24	34	1.96
110958885--110959114	41	5.7	41	87	4	304	20	22	23	33	1.97
110958881--110959072	81	2.4	82	90	2	298	19	23	25	31	1.98
110958885--110959114	81	2.8	79	83	5	289	20	22	23	33	1.97
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110958885--110959113	122	1.9	122	86	1	325	19	22	23	34	1.97
110958484--110959280	396	2.0	397	96	0	1479	24	20	20	34	1.97
110959521--110959619	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
110970327--110970492	48	3.5	48	80	3	176	24	28	21	25	1.99
110973448--110973517	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
110981518--110981587	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
110989906--110990103	40	4.9	40	88	4	269	25	25	20	28	1.99
110990811--110990836	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
110995046--110995099	26	2.1	26	96	0	99	44	3	12	38	1.61
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111008223--111008394	93	1.9	92	85	6	240	28	21	27	22	1.99
111008223--111008394	46	3.8	43	77	11	173	28	21	27	22	1.99
111008223--111008481	46	5.6	45	74	16	165	29	19	27	23	1.98
111009445--111009543	41	2.4	41	86	1	128	25	25	34	15	1.94
111009862--111009905	22	2.0	22	95	0	79	20	9	34	36	1.84
111011037--111011071	13	2.6	14	86	4	54	71	0	8	20	1.11
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111012866--111012984	43	2.8	43	85	0	157	28	18	29	23	1.98
111013082--111013153	31	2.3	32	85	7	94	65	15	5	13	1.44
111013828--111013856	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111016487--111016662	46	3.8	46	80	7	212	21	21	27	28	1.99
111016481--111016611	47	2.8	45	81	7	165	22	21	27	29	1.99
111016481--111016654	93	1.9	93	93	0	303	21	21	28	28	1.99
111021967--111022141	46	3.8	46	82	6	237	20	21	29	28	1.98
111021963--111022133	92	1.9	92	96	0	315	20	22	29	27	1.98
111025930--111025970	18	2.3	18	95	0	73	53	21	4	19	1.63
111027051--111027325	49	5.8	49	89	7	387	29	29	8	33	1.86
111027300--111027351	26	2.0	26	96	0	95	25	34	9	30	1.88
111027326--111027586	49	5.4	49	95	0	463	29	29	9	32	1.88
111027160--111027498	166	2.0	168	95	4	610	28	29	9	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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