genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.432.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  432  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131944447--131944473	13	2.1	13	100	0	54	7	44	33	14	1.73
131945745--131945787	13	3.0	13	78	21	50	55	2	4	37	1.33
131946304--131946344	20	2.0	21	85	4	57	56	2	0	41	1.13
131952515--131952572	30	1.9	30	93	6	100	20	31	29	18	1.97
131954652--131954727	40	1.9	39	86	2	107	11	15	34	38	1.84
131954694--131954835	61	2.3	61	95	1	250	11	13	44	30	1.79
131955867--131955906	17	2.3	18	86	4	55	47	37	7	7	1.60
131956320--131956355	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
131957155--131957195	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
131957345--131957394	23	2.2	23	81	0	55	30	6	0	64	1.18
131957677--131957739	21	3.0	21	90	0	99	19	26	11	42	1.84
131960699--131960768	22	3.2	22	67	4	61	22	20	38	18	1.93
131960709--131960788	21	3.8	21	72	6	63	21	23	36	18	1.95
131960699--131960788	43	2.1	43	85	0	117	22	21	37	18	1.94
131964172--131964219	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
131967471--131967523	25	2.1	25	100	0	106	30	11	11	47	1.74
131968409--131968487	40	2.0	40	87	0	113	36	31	16	15	1.90
131968822--131968887	31	2.1	31	91	0	105	18	40	24	16	1.90
131970755--131970819	32	2.0	32	82	5	78	16	35	24	23	1.95
131971949--131972056	26	4.2	26	90	0	171	33	8	23	35	1.85
131973545--131973597	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
131975195--131975237	12	3.6	12	83	0	59	13	23	46	16	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131980091--131980198	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
131981678--131981727	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
131983123--131983178	25	2.4	24	82	11	71	0	28	5	66	1.14
131983123--131983183	24	2.6	23	78	17	63	0	29	4	65	1.13
131988446--131988470	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
131988804--131988939	26	5.2	26	95	0	227	34	5	23	36	1.77
131992598--131992631	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
131999179--131999313	26	5.2	26	91	0	218	36	23	5	34	1.77
132006462--132006510	23	2.1	23	81	7	55	63	6	2	28	1.30
132007650--132007706	23	2.5	23	77	11	62	10	3	40	45	1.56
132008120--132008223	43	2.4	42	80	3	109	20	18	24	37	1.94
132021198--132021246	23	2.1	23	81	7	55	63	6	2	28	1.30
132027888--132027999	27	4.2	26	86	7	143	37	24	23	15	1.93
132027888--132027999	54	2.1	54	89	3	172	37	24	23	15	1.93
132029615--132029698	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
132033664--132033774	27	4.2	26	83	12	136	36	23	23	16	1.94
132033664--132033775	53	2.1	53	88	6	165	36	24	23	16	1.94
132035389--132035522	26	5.2	26	92	3	218	36	24	5	33	1.78
132035389--132035522	50	2.6	52	95	2	236	36	24	5	33	1.78
132036771--132037488	179	4.0	178	89	0	949	29	24	17	28	1.97
132043553--132043666	25	4.7	25	82	6	128	20	25	17	36	1.94
132047994--132048278	135	2.1	137	96	1	520	31	25	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132050042--132050197	26	6.2	25	88	8	212	36	23	5	34	1.77
132053967--132054173	64	3.2	64	64	16	170	30	26	16	26	1.97
132053955--132054215	133	1.9	135	96	1	490	32	25	17	25	1.97
132055987--132056117	26	5.2	26	87	9	182	35	22	5	35	1.77
132055987--132056117	47	2.6	51	88	7	189	35	22	5	35	1.77
132059149--132059775	132	4.8	128	74	5	459	29	17	18	34	1.94
132061161--132061229	33	2.1	33	88	0	102	15	50	17	15	1.78
132062411--132062450	20	2.0	21	85	5	55	27	12	2	57	1.48
132062332--132062455	3	41.3	3	75	9	101	29	8	2	60	1.38
132062742--132062772	15	2.1	15	100	0	62	32	6	0	61	1.21
132062862--132062899	15	2.5	15	86	0	58	34	5	0	60	1.19
132067377--132067404	13	2.2	13	100	0	56	32	53	14	0	1.41
132077649--132078255	44	13.8	44	92	0	921	29	14	29	26	1.95
132080056--132080089	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
132081442--132081907	130	3.5	130	74	10	419	29	18	18	34	1.95
132081337--132081907	130	4.3	130	73	11	383	29	18	17	34	1.94
132083403--132083464	31	2.0	31	83	0	79	48	3	11	37	1.55
132084425--132084521	48	2.0	48	92	5	162	30	23	21	23	1.99
132084668--132084763	30	3.2	29	78	7	104	46	13	3	36	1.59
132087402--132087531	40	3.2	40	81	4	156	23	23	28	24	2.00
132092335--132092361	11	2.5	11	100	0	54	48	7	0	44	1.31
132093376--132093450	36	2.1	36	85	5	98	32	21	13	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132093382--132093451	18	3.9	18	79	3	79	34	20	11	34	1.88
132098208--132098252	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
132098276--132098416	61	2.3	61	83	9	164	26	21	26	25	1.99
132102846--132102890	20	2.3	20	84	3	56	31	17	24	26	1.97
132102919--132103020	27	3.5	27	72	22	73	25	20	29	24	1.99
132102980--132103031	27	1.9	27	84	7	70	28	19	26	25	1.98
132102883--132103054	61	2.8	60	82	9	172	26	20	26	26	1.99
132103814--132103846	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
132110172--132110212	18	2.3	18	84	12	50	14	14	2	68	1.32
132110258--132110315	25	2.3	24	80	13	64	31	3	6	58	1.41
132110333--132110370	19	2.1	19	85	5	51	28	0	7	63	1.23
132118034--132118608	288	2.0	288	99	0	1132	35	16	28	19	1.94
132122293--132122326	1	34.0	1	93	0	59	97	0	2	0	0.19
132123548--132123691	44	3.3	44	68	14	136	34	22	24	19	1.97
132123500--132123702	86	2.4	86	92	0	334	34	22	23	20	1.97
132123500--132123785	86	3.3	86	85	2	299	36	21	22	19	1.95
132123818--132123910	42	2.2	42	96	0	168	25	19	29	25	1.99
132125219--132125259	18	2.3	18	84	12	50	14	14	2	68	1.32
132125305--132125362	25	2.3	24	80	13	64	31	3	6	58	1.41
132125380--132125417	19	2.1	19	85	5	51	28	0	7	63	1.23
132131625--132131650	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
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132134126--132134191	7	10.5	6	75	18	55	60	4	1	33	1.26
132134134--132134191	17	3.3	16	81	16	55	60	3	1	34	1.24
132134106--132134249	43	3.4	43	77	12	111	60	2	3	33	1.28
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132134127--132134209	7	12.1	7	73	16	50	57	3	1	37	1.24
132134150--132134258	41	2.7	41	76	10	116	61	1	2	33	1.21
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132153802--132153913	33	3.2	35	73	22	94	62	1	4	31	1.25
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132153944--132154002	7	9.5	6	72	20	50	61	3	1	33	1.23
132153924--132154006	36	2.4	34	80	9	98	59	2	3	34	1.28
132153924--132154002	16	4.6	16	77	16	70	60	2	3	32	1.28
132153925--132154011	16	5.1	17	73	20	67	59	2	2	35	1.22
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132159871--132160310	9	50.8	9	67	21	87	45	14	3	36	1.62
132159879--132160021	16	9.1	16	69	13	82	44	15	2	37	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132159866--132159978	34	3.4	34	75	16	121	43	15	1	38	1.58
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132159866--132160021	64	2.5	64	86	6	228	44	16	2	37	1.61
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132159872--132160156	110	2.7	104	80	9	310	44	14	3	37	1.61
132159971--132160156	51	3.7	51	90	3	256	46	13	3	36	1.61
132160007--132160234	81	2.8	78	85	10	241	46	14	3	35	1.63
132160007--132160251	132	1.9	130	92	3	411	46	14	3	35	1.62
132160149--132160251	51	2.1	49	88	3	152	47	13	3	34	1.61
132160220--132160325	16	6.9	16	75	16	98	48	16	2	32	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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