genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  18  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4892571--4894013	485	3.0	486	98	0	2741	37	18	14	29	1.90
4896055--4896113	20	2.7	22	74	10	59	28	8	1	61	1.35
4896291--4896339	26	1.9	25	83	4	62	22	14	4	59	1.52
4896784--4896854	34	2.1	34	100	0	142	22	18	22	36	1.95
4898067--4898172	3	36.0	3	76	7	92	58	1	5	33	1.32
4898470--4898496	14	1.9	14	100	0	54	59	3	7	29	1.42
4898456--4898505	23	2.2	23	88	0	73	58	2	8	32	1.39
4898611--4898710	43	2.3	43	78	10	105	28	25	21	26	1.99
4898763--4898845	31	2.6	31	84	3	94	61	18	3	16	1.48
4904120--4904247	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
4904120--4904247	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
4904368--4904802	241	1.8	241	100	0	870	32	15	18	33	1.92
4905154--4905192	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
4908174--4908261	46	2.0	44	95	4	158	37	22	6	32	1.81
4910101--4910135	17	2.0	17	88	5	52	71	0	0	28	0.86
4910266--4910309	16	2.6	17	78	7	54	47	2	6	43	1.42
4910710--4910760	7	6.8	8	80	6	54	49	35	0	15	1.45
4910825--4910862	16	2.6	14	91	8	58	47	31	0	21	1.51
4911095--4911141	14	3.5	13	77	11	58	27	2	21	48	1.61
4911662--4911759	41	2.4	42	84	8	146	30	20	16	32	1.94
4912110--4912612	3	163.7	3	68	14	170	59	2	7	29	1.41
4912359--4912402	22	2.0	22	81	0	52	56	6	4	31	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4912409--4912448	16	2.4	17	87	4	55	62	5	7	25	1.42
4912113--4912530	217	1.9	217	95	0	746	59	2	7	29	1.40
4913265--4913298	17	1.9	17	88	5	50	82	5	2	8	0.93
4913650--4913696	22	2.1	23	88	4	69	19	6	42	31	1.76
4914013--4914173	45	3.6	45	86	0	207	27	24	19	27	1.99
4914235--4914567	44	7.6	44	68	7	221	19	24	21	34	1.96
4914279--4914610	43	7.7	43	67	6	184	19	22	21	35	1.96
4914222--4914612	87	4.5	87	91	0	620	19	23	21	34	1.96
4923181--4923309	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
4930574--4930702	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
4936128--4936167	12	3.5	12	90	6	57	70	2	5	22	1.19
4936205--4936361	3	54.3	3	72	8	94	58	1	8	31	1.38
4936599--4937173	3	188.3	3	71	11	258	58	2	8	30	1.42
4936743--4936783	17	2.4	17	91	0	64	63	2	7	26	1.33
4938103--4938149	24	2.0	24	95	0	85	19	19	48	12	1.80
4938210--4938259	22	2.2	23	85	3	66	20	6	40	34	1.77
4941570--4941631	30	2.0	31	96	3	117	43	12	3	40	1.59
4941579--4941626	14	3.3	14	72	11	51	41	10	4	43	1.58
4944364--4944424	6	10.7	6	81	10	74	50	34	13	1	1.51
4944370--4944424	15	3.7	15	80	0	65	49	34	14	1	1.54
4945728--4945753	3	8.7	3	100	0	52	30	0	34	34	1.58
4946575--4946644	29	2.4	29	77	13	72	40	0	4	55	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4949337--4949385	23	2.1	23	92	0	80	42	12	10	34	1.76
4950287--4950367	42	2.0	39	85	7	108	53	7	0	39	1.29
4958546--4958598	25	2.1	25	82	6	63	56	7	3	32	1.45
4958559--4958611	25	2.2	24	83	10	63	58	9	0	32	1.30
4959872--4959903	16	2.0	16	93	0	55	12	6	40	40	1.68
4961953--4961996	23	1.9	23	90	0	70	29	13	13	43	1.83
4970316--4970344	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
4973410--4973454	22	2.0	22	100	0	90	51	17	4	26	1.65
4979354--4979483	35	3.7	35	95	0	233	35	25	10	29	1.88
4983504--4983613	26	4.2	26	96	0	193	35	24	6	33	1.81
4987205--4987347	17	8.5	17	76	7	132	24	7	21	46	1.77
4987206--4987313	50	2.2	50	91	0	171	24	6	22	47	1.74
4987206--4987347	50	2.8	50	84	6	137	24	7	21	45	1.78
4988845--4988940	47	2.0	47	97	0	183	45	14	14	25	1.83
4989111--4989170	30	2.0	30	100	0	120	30	13	16	40	1.87
4995221--4995318	50	2.0	49	87	2	142	37	8	19	34	1.81
5003810--5003861	24	2.2	24	92	0	86	30	5	11	51	1.61
5017729--5017788	27	2.2	27	85	8	77	55	1	0	43	1.10
5017801--5017878	32	2.4	33	83	10	90	53	3	0	42	1.19
5017816--5017869	24	2.3	24	80	3	65	51	1	0	46	1.11
5017912--5017945	7	4.9	7	100	0	68	14	70	0	14	1.17
5019484--5019525	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5019488--5019524	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
5020773--5020895	61	2.0	61	100	0	246	56	6	19	17	1.63
5022265--5022289	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
5024380--5024421	22	2.0	21	86	13	59	42	2	0	54	1.13
5024521--5024594	37	2.0	37	100	0	148	32	29	16	21	1.95
5031104--5031146	18	2.5	17	81	11	52	60	6	2	30	1.35
5033132--5033188	10	6.2	9	78	15	55	66	0	1	31	1.02
5033134--5033189	19	3.1	18	74	23	55	67	0	1	30	1.01
5039531--5039563	13	2.7	12	90	9	57	66	3	0	30	1.06
5040324--5040352	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
5053866--5054057	45	4.3	45	70	5	138	30	19	23	26	1.98
5053850--5054498	133	4.9	133	88	1	872	27	18	24	29	1.98
5054214--5054411	45	4.5	43	69	12	150	24	14	28	31	1.95
5054251--5054508	45	5.8	45	67	13	106	27	17	25	30	1.97
5053866--5054589	266	2.7	266	82	4	721	28	18	24	28	1.98
5055158--5055193	18	2.0	18	88	0	54	11	8	0	80	0.90
5055306--5055379	37	2.0	37	97	0	139	17	16	9	56	1.65
5055865--5056112	131	1.9	131	80	3	293	27	18	18	35	1.95
5061787--5061924	43	3.2	43	87	4	206	25	25	23	26	2.00
5061925--5062004	36	2.3	33	78	18	81	65	3	3	27	1.27
5066425--5066460	8	4.6	8	96	3	65	22	0	0	77	0.76
5066422--5066485	8	7.6	8	83	13	58	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5066773--5066867	21	4.4	22	71	16	83	23	2	28	46	1.64
5066730--5066863	65	2.1	65	81	5	155	21	2	31	44	1.64
5067639--5067814	40	4.4	40	88	1	253	24	25	18	31	1.97
5067649--5067803	81	1.9	80	92	1	256	23	25	19	31	1.98
5071407--5071446	15	2.7	16	81	14	50	45	0	0	55	0.99
5073501--5073535	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
5075280--5075341	31	2.0	31	87	0	88	30	20	6	41	1.78
5075557--5075606	24	2.1	23	85	3	64	30	2	4	64	1.23
5077322--5077362	22	1.9	21	85	5	55	19	4	4	70	1.24
5078726--5078761	17	2.1	17	100	0	72	41	22	25	11	1.86
5080940--5080987	2	24.0	2	86	0	69	45	2	2	50	1.25
5084553--5084603	20	2.7	19	82	11	61	39	0	5	54	1.24
5086489--5086669	46	3.9	46	91	1	265	40	13	23	22	1.90
5088692--5088721	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
5092423--5092562	73	1.9	74	85	1	192	32	18	17	32	1.94
5093576--5093620	23	1.9	24	90	4	74	35	0	4	60	1.17
5097720--5097759	21	1.9	20	85	10	53	40	7	7	45	1.61
5101056--5101104	25	2.0	25	95	0	89	16	10	26	46	1.78
5102484--5102521	20	1.9	20	84	10	51	50	7	5	36	1.54
5109002--5109027	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
5109060--5109383	41	7.9	41	91	1	490	33	23	26	17	1.96
5109437--5109469	15	2.1	16	88	5	50	51	33	0	15	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5110348--5110409	19	3.3	19	90	6	99	67	4	4	22	1.29
5110434--5110467	15	2.3	15	94	0	59	20	0	35	44	1.52
5111011--5111096	40	2.1	40	82	2	100	45	15	18	20	1.85
5111510--5111639	63	2.1	62	85	4	172	22	8	10	59	1.56
5113616--5113655	14	2.8	14	88	3	62	52	0	12	35	1.39
5113718--5114086	183	2.0	183	95	0	657	27	15	15	42	1.86
5114287--5114315	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
5115069--5115136	24	2.8	24	89	8	111	27	20	7	44	1.78
5115458--5115578	9	13.6	9	79	1	118	47	14	1	35	1.55
5115458--5115578	18	6.8	18	83	1	145	47	14	1	35	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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