genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  298  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92965051--92965103	21	2.5	20	76	8	52	11	32	28	28	1.91
92970639--92970668	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
92973711--92973765	23	2.4	23	100	0	110	23	7	3	65	1.34
92988593--92988627	16	2.2	16	100	0	70	54	11	11	22	1.68
92988855--92988915	29	2.1	29	96	0	113	19	14	14	50	1.77
92990626--92990659	14	2.6	13	90	9	52	61	8	5	23	1.47
92993995--92994176	40	4.6	40	92	2	296	27	26	23	22	1.99
93003382--93003588	40	5.2	39	82	4	218	25	26	21	27	2.00
93005426--93005577	40	3.8	40	94	0	268	28	26	23	22	1.99
93008133--93008168	13	2.8	13	91	0	54	22	41	22	13	1.89
93026362--93026512	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
93026398--93026528	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
93033886--93034053	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
93033902--93034051	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
93045706--93045782	37	2.1	37	100	0	154	25	10	22	41	1.85
93047789--93047951	40	4.1	40	82	5	179	25	27	22	25	2.00
93047775--93047951	80	2.2	79	82	4	205	24	27	22	25	2.00
93049461--93049563	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
93057643--93057691	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
93058514--93058680	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
93060460--93060562	29	3.6	28	78	5	98	28	33	17	21	1.96
93069755--93069917	40	4.1	40	82	5	179	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93069741--93069917	80	2.2	79	82	4	205	24	27	22	25	2.00
93078315--93078399	43	2.0	43	81	9	102	25	16	28	29	1.97
93086466--93086549	43	2.0	43	81	9	100	25	17	28	28	1.98
93091419--93091688	47	5.8	48	78	9	258	22	30	19	28	1.98
93091419--93091690	140	1.9	141	85	5	372	22	29	19	28	1.98
93102225--93102300	33	2.3	33	80	13	93	31	13	26	28	1.93
93104385--93104514	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
93104385--93104548	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
93112440--93112569	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
93112440--93112603	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
93115220--93115383	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
93115220--93115417	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
93124046--93124091	16	3.1	16	75	18	53	47	0	0	52	1.00
93124389--93124535	10	15.4	10	68	16	55	66	2	2	28	1.16
93124389--93124535	19	7.7	19	67	17	56	66	2	2	28	1.16
93124388--93124497	40	2.9	37	74	12	91	67	0	2	29	1.11
93124425--93124535	38	2.8	39	74	10	102	64	2	2	29	1.21
93124388--93124535	39	3.9	38	73	13	108	66	2	2	28	1.16
93124442--93124536	29	3.4	28	71	23	74	66	3	3	27	1.22
93124649--93124698	9	5.4	9	77	18	50	76	0	2	22	0.89
93124719--93124771	9	5.4	9	76	14	52	24	3	1	69	1.15
93124789--93124890	10	10.4	10	70	17	63	27	3	0	68	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93124780--93124846	32	2.2	29	84	7	80	31	4	0	64	1.14
93124811--93124878	9	7.4	9	75	11	50	29	2	0	67	1.05
93124788--93124843	22	2.6	22	86	5	71	26	5	0	67	1.11
93134974--93135106	42	3.2	42	79	4	126	27	25	18	28	1.98
93135063--93135188	48	2.6	49	81	2	130	29	27	16	26	1.97
93139103--93139174	18	3.9	17	76	18	65	31	1	1	65	1.10
93139226--93139281	23	2.5	22	81	13	62	21	7	7	64	1.43
93140367--93140396	15	2.0	15	100	0	60	26	13	0	60	1.34
93142072--93142108	6	6.2	6	96	0	56	0	29	16	54	1.43
93142064--93142108	18	2.6	18	86	6	58	0	26	15	57	1.38
93142703--93142728	11	2.4	11	100	0	52	92	0	0	7	0.39
93147942--93148070	27	4.8	27	81	3	152	37	17	16	28	1.92
93148077--93148176	27	3.7	26	83	10	112	18	15	24	43	1.87
93148061--93148176	54	2.1	54	81	6	128	18	15	21	43	1.87
93148575--93148611	16	2.2	17	90	4	58	5	29	16	48	1.68
93152265--93152310	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
93160054--93160104	21	2.4	21	100	0	102	52	3	15	27	1.60
93164552--93164584	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
93170235--93170407	46	3.7	46	77	13	183	23	19	27	30	1.98
93170232--93170402	93	1.8	93	91	0	279	22	19	28	29	1.98
93178620--93178781	40	4.1	40	90	3	247	25	28	21	24	1.99
93186617--93186778	40	4.1	40	89	4	240	27	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93197082--93197187	53	2.0	53	98	0	203	24	23	7	44	1.79
93203253--93203462	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
93218279--93218445	40	4.2	40	80	2	167	23	27	22	26	1.99
93218295--93218445	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
93232345--93232964	308	2.0	309	95	0	1109	27	18	29	24	1.98
93236133--93236303	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
93236125--93236300	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
93238661--93238749	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
93238661--93238740	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
93238672--93238749	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
93241702--93241872	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
93241694--93241869	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
93247163--93247325	39	4.2	39	88	0	245	23	33	20	22	1.97
93256344--93256537	47	4.1	47	87	0	262	34	10	27	26	1.90
93256373--93256444	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
93256508--93256691	98	1.9	96	91	4	298	36	7	25	30	1.83
93256507--93256691	48	3.8	48	89	5	291	36	7	25	30	1.83
93256838--93256946	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
93258210--93258441	40	5.8	40	92	0	374	23	20	29	26	1.99
93262404--93262597	47	4.1	47	89	0	280	32	10	29	27	1.90
93262433--93262504	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
93262478--93262553	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93262568--93262751	98	1.9	96	92	4	307	35	7	26	30	1.84
93262567--93262751	48	3.8	48	90	5	300	35	7	26	30	1.84
93262898--93263005	37	2.9	37	92	0	180	23	18	31	26	1.97
93269632--93269961	170	1.9	170	96	0	606	31	15	10	42	1.80
93270290--93270444	65	2.4	65	76	10	165	33	21	19	25	1.97
93270439--93270477	20	2.0	20	100	0	78	30	15	33	20	1.94
93274902--93275032	29	4.5	29	80	5	131	25	16	32	25	1.96
93283037--93283167	29	4.5	29	80	5	131	25	16	32	25	1.96
93285024--93285258	39	6.0	39	91	0	380	25	29	22	21	1.99
93289808--93289867	31	1.9	31	89	0	93	25	20	16	38	1.93
93290080--93290205	24	5.2	24	90	1	198	28	19	19	32	1.96
93290080--93290205	49	2.6	48	91	2	207	28	19	19	32	1.96
93290255--93290301	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
93290338--93290385	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
93297242--93297301	31	1.9	31	93	0	102	25	21	16	36	1.94
93297494--93297635	24	6.0	24	85	5	191	28	20	20	30	1.98
93297494--93297635	47	3.0	47	88	4	205	28	20	20	30	1.98
93297685--93297731	20	2.3	20	92	0	76	34	19	12	34	1.89
93297768--93297815	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
93303219--93303319	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
93303219--93303401	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
93305275--93305404	40	3.2	40	79	8	158	23	23	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93312389--93312456	32	2.1	33	86	2	93	23	19	38	19	1.93
93322714--93322751	20	1.9	20	88	0	58	50	2	15	31	1.58
93335761--93335899	40	3.5	40	86	4	176	24	30	21	23	1.99
93343800--93343938	40	3.5	39	86	6	174	24	30	21	23	1.99
93351065--93351101	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
93352812--93352872	29	2.1	29	96	0	113	49	14	14	21	1.79
93355384--93355480	41	2.4	41	100	0	194	19	20	28	30	1.97
93362207--93362364	43	3.8	42	73	11	128	25	17	28	28	1.98
93364600--93364728	40	3.3	39	78	3	150	24	28	24	23	1.99
93364616--93364765	40	3.8	39	80	8	144	22	27	24	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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