genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  78  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22965377--22965427	20	2.6	20	82	17	63	64	0	1	33	1.05
22966663--22966702	21	1.9	21	84	0	53	22	17	7	52	1.69
22967842--22967884	7	6.0	7	83	2	50	23	2	13	60	1.45
22968502--22968544	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
22970075--22970668	158	3.9	156	86	8	840	43	20	1	35	1.60
22970480--22970537	24	2.4	23	76	18	64	53	25	0	20	1.46
22970348--22970647	143	2.1	144	93	1	514	43	20	1	35	1.60
22970634--22970665	15	2.1	16	94	5	57	46	34	0	18	1.49
22971829--22971869	21	2.0	22	85	9	59	9	19	0	70	1.14
22972843--22972873	13	2.4	13	100	0	62	32	32	19	16	1.94
22973968--22974001	18	1.9	18	88	5	52	38	5	8	47	1.59
22977048--22977140	29	3.2	29	89	1	143	29	32	15	23	1.95
22983796--22983829	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
22984953--22985047	29	3.3	29	85	1	120	31	30	12	25	1.93
22988936--22989119	40	4.6	39	84	7	185	26	26	21	25	2.00
22994280--22994395	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
22994293--22994395	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
22994292--22994425	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
22996860--22996891	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
23001242--23001280	15	2.8	14	88	7	53	82	15	0	2	0.79
23002468--23002530	5	12.8	5	76	20	62	80	0	17	1	0.78
23002468--23002530	9	7.4	8	75	18	56	80	0	17	1	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23003602--23003705	53	2.0	53	83	14	135	33	17	11	37	1.86
23003727--23005300	132	12.0	132	89	2	2080	29	18	24	26	1.98
23003929--23004302	87	4.3	87	68	8	227	29	19	24	27	1.98
23005505--23005818	44	7.1	44	92	0	493	27	15	31	25	1.96
23006037--23006072	15	2.4	15	90	9	56	80	16	0	2	0.83
23006033--23006073	10	3.8	11	87	9	50	80	17	0	2	0.82
23008033--23008404	130	2.9	130	81	1	415	29	17	18	35	1.93
23010271--23010327	28	2.0	28	96	0	105	47	24	10	17	1.79
23014201--23014270	28	2.5	28	80	0	95	37	10	24	28	1.88
23014680--23014720	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
23025636--23025810	46	3.8	46	77	13	205	29	29	20	20	1.98
23025644--23025813	93	1.8	93	93	0	295	28	29	21	20	1.98
23034565--23034599	6	5.8	6	93	0	61	17	28	0	54	1.43
23036155--23036219	18	3.4	18	81	12	78	46	0	3	50	1.17
23036155--23036219	20	3.5	17	81	12	67	46	0	3	50	1.17
23037314--23037355	22	1.9	22	85	0	57	33	2	16	47	1.60
23042193--23042225	12	2.8	12	95	0	57	42	15	0	42	1.46
23043162--23043194	7	4.7	7	89	10	50	21	0	0	78	0.75
23043162--23043197	15	2.4	15	95	0	63	22	0	0	77	0.76
23045263--23045302	15	2.8	14	81	7	53	47	2	50	0	1.14
23045265--23045320	29	1.9	29	85	0	76	46	3	50	0	1.19
23046241--23046320	18	4.4	18	85	0	106	32	10	17	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23049841--23050025	42	4.4	42	76	10	153	27	18	17	37	1.93
23053521--23053583	28	2.2	29	80	2	74	53	3	3	39	1.33
23055222--23055263	21	2.0	21	90	0	66	45	9	16	28	1.79
23055497--23055535	17	2.4	16	91	4	60	51	0	0	48	1.00
23063689--23063790	42	2.4	42	100	0	204	24	22	29	23	1.99
23064736--23064770	11	3.2	11	87	0	52	51	14	0	34	1.42
23068049--23068101	24	2.2	24	86	0	70	52	11	0	35	1.37
23068858--23068891	15	2.3	15	90	5	52	76	0	8	14	1.01
23070550--23070609	30	2.0	30	90	6	95	58	8	3	30	1.44
23070593--23070623	15	2.0	16	93	6	55	70	0	0	29	0.87
23091812--23091955	47	3.1	46	88	4	146	24	29	11	34	1.91
23091855--23091930	22	3.3	22	67	22	66	23	28	13	34	1.92
23095694--23095839	40	3.7	40	87	5	181	26	26	21	26	2.00
23099041--23099556	40	12.9	40	95	0	892	26	26	21	25	2.00
23101005--23101142	47	2.9	47	87	4	136	24	29	11	34	1.91
23101048--23101123	22	3.3	22	68	22	66	25	28	11	34	1.91
23105421--23105576	40	3.9	40	89	2	235	22	21	28	26	1.99
23105614--23105747	29	4.7	28	79	7	137	23	17	29	29	1.97
23105643--23105742	28	3.6	27	85	5	137	22	18	29	31	1.97
23105582--23105749	57	2.9	57	90	0	246	23	19	28	29	1.98
23105614--23105770	28	5.6	27	73	12	102	22	17	30	29	1.97
23114262--23114320	32	1.9	31	86	6	84	37	23	10	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23115848--23115906	30	1.9	30	82	3	73	50	1	20	27	1.57
23116138--23116190	27	2.0	26	85	10	72	39	0	1	58	1.09
23118310--23118650	46	7.5	46	85	2	402	41	13	23	20	1.88
23118320--23118623	137	2.2	138	88	0	439	41	14	23	20	1.89
23118321--23118650	183	1.8	183	85	2	466	41	14	23	20	1.89
23129917--23129983	20	3.3	20	89	0	107	35	11	20	31	1.89
23130032--23130183	24	6.4	23	91	3	223	29	21	21	26	1.99
23130032--23130183	47	3.2	46	88	5	223	29	21	21	26	1.99
23130032--23130183	71	2.1	71	93	1	259	29	21	21	26	1.99
23130390--23130453	31	2.1	31	84	0	83	34	14	23	28	1.93
23131430--23131522	42	2.2	42	96	0	168	20	27	30	21	1.98
23134428--23134578	52	2.9	52	81	3	160	25	19	26	29	1.98
23138945--23139115	93	1.8	93	91	0	279	28	27	21	22	1.99
23138940--23139112	46	3.7	46	77	10	190	29	26	20	23	1.99
23145251--23145310	26	2.3	26	100	0	120	31	21	13	33	1.92
23155337--23155503	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
23155353--23155503	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
23163290--23163456	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
23163306--23163456	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
23170182--23170252	25	2.8	25	89	2	106	25	22	22	29	1.99
23170181--23170265	25	3.4	24	84	7	100	28	21	22	28	1.99
23170182--23170277	50	1.9	51	81	10	117	27	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23177850--23177897	11	4.6	11	80	12	57	35	12	20	31	1.90
23177944--23178015	25	2.9	25	87	4	101	26	25	20	27	1.99
23177944--23178042	25	4.0	24	78	15	69	28	22	21	28	1.99
23181185--23181350	40	4.2	40	82	3	176	24	27	22	26	2.00
23188784--23188950	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
23197387--23197411	13	1.9	13	100	0	50	40	24	8	28	1.83
23203559--23203774	40	5.4	40	89	2	296	25	27	22	24	2.00
23206891--23207050	43	3.7	43	76	6	162	34	23	16	26	1.95
23206954--23207050	44	2.3	43	82	8	126	36	23	14	25	1.93
23209452--23209488	20	1.9	18	89	10	56	40	0	5	54	1.24
23214534--23214572	10	3.8	10	86	6	51	71	0	0	28	0.86
23214534--23214573	16	2.5	16	88	8	55	72	0	0	27	0.85
23221733--23221765	16	2.1	16	100	0	66	24	18	12	45	1.83
23222243--23222291	23	2.1	23	100	0	98	32	0	4	63	1.13
23224758--23224804	23	2.0	23	95	0	85	44	25	8	21	1.80
23228140--23228353	24	9.0	24	91	3	326	26	21	23	28	1.99
23228411--23228487	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
23228407--23228489	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
23228407--23228478	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
23228526--23228573	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
23229692--23229769	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
23229787--23230039	27	9.3	27	78	5	161	32	9	19	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23229900--23230039	54	2.6	54	84	4	183	31	7	21	39	1.82
23229763--23230024	81	3.2	79	72	13	217	31	9	18	40	1.84
23229900--23230096	54	3.6	54	80	4	146	36	7	20	36	1.80
23229898--23230050	81	1.9	81	80	2	182	33	7	20	38	1.80
23230018--23230201	81	2.3	81	83	3	228	39	7	23	28	1.82
23230018--23230201	27	6.8	27	86	0	197	39	7	23	28	1.82
23230198--23230295	27	3.7	26	82	5	106	29	11	19	39	1.86
23230190--23230295	54	2.0	54	83	3	133	30	11	20	37	1.88
23230225--23230305	27	3.0	27	85	5	92	32	9	17	40	1.82
23232890--23233088	6	32.8	6	77	13	203	48	13	18	20	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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