genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  214  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66597557--66597604	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
66597551--66597594	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
66597551--66597610	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
66600883--66600927	14	3.3	14	84	6	65	48	13	0	37	1.42
66603997--66604144	42	3.5	42	97	0	278	33	12	13	39	1.83
66604127--66604171	14	3.3	14	84	6	65	37	0	13	48	1.42
66605539--66605587	14	3.4	14	77	5	62	28	0	26	44	1.54
66605535--66605599	14	4.5	15	71	7	53	32	0	26	41	1.56
66605535--66605605	29	2.4	29	95	0	124	30	0	26	42	1.56
66611855--66612018	70	2.3	70	98	1	319	18	28	18	34	1.95
66614158--66614344	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
66614181--66614344	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
66614181--66614378	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
66621726--66621912	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
66621749--66621912	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
66621749--66621946	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
66624853--66625104	52	4.8	52	88	6	371	53	15	8	22	1.68
66639055--66639118	21	3.0	21	97	0	119	32	14	20	32	1.92
66642582--66642623	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
66644852--66644910	29	2.0	29	83	6	75	28	27	6	37	1.82
66648342--66648389	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
66654881--66654926	14	3.4	14	80	17	53	13	6	6	73	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66654894--66654936	12	3.7	12	87	3	61	13	4	4	76	1.10
66655236--66655283	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
66656755--66656872	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
66656723--66656886	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
66660174--66660282	55	2.0	54	91	5	175	24	13	22	38	1.91
66665887--66666007	40	3.0	40	98	0	233	20	23	16	39	1.92
66670099--66670150	12	4.6	11	75	20	54	71	7	5	15	1.29
66670099--66670139	11	3.6	12	81	18	52	73	7	4	14	1.22
66670099--66670150	23	2.2	24	86	3	70	71	7	5	15	1.29
66670107--66670150	11	3.8	12	85	5	56	65	9	6	18	1.42
66671062--66671118	11	5.5	10	74	15	53	78	1	15	3	0.96
66671051--66671116	21	3.1	20	79	14	62	78	3	15	3	0.99
66671062--66671118	5	11.0	5	78	10	53	78	1	15	3	0.96
66671066--66671114	26	1.9	25	84	12	64	79	2	14	4	0.97
66671166--66671196	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
66671199--66671223	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
66671199--66671280	30	2.7	31	81	5	105	64	1	21	12	1.33
66671411--66671449	19	2.1	19	100	0	78	20	30	15	33	1.94
66676717--66676808	43	2.1	43	79	0	103	23	28	22	25	2.00
66680762--66680830	25	2.8	25	81	0	84	30	18	21	28	1.97
66681528--66681601	33	2.3	32	82	11	89	28	13	6	51	1.66
66681638--66681744	50	2.1	52	91	3	173	31	15	13	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66691409--66691488	42	1.9	42	82	5	99	21	30	22	26	1.99
66691648--66691717	28	2.5	28	90	0	113	28	24	10	37	1.88
66693282--66693329	21	2.3	21	79	10	55	33	4	20	41	1.72
66695277--66695474	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
66695343--66695460	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
66695311--66695474	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
66702845--66703042	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
66702911--66703028	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
66702879--66703042	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
66705478--66705703	50	4.5	49	82	2	227	26	11	23	38	1.88
66705481--66705703	75	3.0	73	81	3	248	26	11	22	39	1.88
66705478--66705700	25	8.9	25	79	4	191	25	11	23	39	1.88
66706247--66706391	74	2.0	74	100	0	290	41	18	17	22	1.90
66708421--66708461	6	7.0	6	78	15	50	0	14	2	82	0.76
66716011--66716044	18	1.9	17	88	5	50	61	2	11	23	1.43
66717205--66717239	16	2.2	16	89	0	52	31	2	8	57	1.44
66718813--66718896	27	3.1	27	87	0	123	25	25	9	40	1.85
66721677--66722038	47	7.7	47	96	0	625	33	9	29	27	1.89
66723781--66724028	40	6.2	40	88	3	349	23	20	28	27	1.99
66726538--66726640	29	3.6	29	92	5	156	25	16	32	26	1.96
66735217--66735464	40	6.2	40	88	1	338	23	20	29	26	1.99
66736832--66737007	47	3.7	47	93	0	289	33	8	30	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66739951--66740009	25	2.3	26	82	8	68	42	23	13	20	1.88
66750189--66750301	40	2.8	40	86	2	147	27	19	23	29	1.98
66757727--66757798	26	2.7	27	81	12	87	40	15	11	33	1.82
66757782--66758135	27	13.1	27	85	0	440	36	18	20	24	1.94
66757788--66758135	81	4.3	81	88	0	500	36	18	21	24	1.95
66758572--66758631	22	2.7	22	87	5	77	20	25	23	31	1.98
66758789--66758862	27	2.8	27	83	2	87	21	24	17	36	1.95
66758987--66759071	6	13.8	6	72	14	57	18	17	12	50	1.77
66758990--66759059	25	2.8	25	82	0	95	18	18	14	48	1.81
66768206--66768467	46	5.6	46	78	13	173	28	18	28	24	1.98
66775820--66775939	47	2.6	45	83	13	138	27	15	31	25	1.96
66775820--66776085	46	5.7	46	75	14	167	28	16	28	25	1.97
66779704--66779870	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
66779720--66779870	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
66787685--66787851	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
66787701--66787851	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
66789040--66789152	57	2.1	53	81	9	129	26	14	17	41	1.88
66795667--66795832	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
66795683--66795832	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
66797018--66797138	59	2.1	59	82	6	147	24	15	16	42	1.87
66798979--66799135	43	3.7	43	81	2	181	32	23	17	26	1.96
66801026--66801192	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66801042--66801190	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
66808214--66808381	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
66808230--66808379	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
66810720--66810814	24	4.0	24	94	0	163	34	1	38	25	1.63
66812232--66812343	27	4.1	27	82	12	131	16	24	22	37	1.93
66812232--66812343	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	37	1.93
66818597--66818643	24	2.0	24	100	0	94	34	0	38	27	1.57
66818599--66818654	24	2.3	24	90	0	85	39	1	35	23	1.65
66820589--66820653	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
66820759--66820848	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
66820759--66820873	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
66821925--66821958	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
66828462--66828518	27	2.1	27	87	6	80	35	28	7	29	1.83
66828627--66828715	28	3.2	26	82	10	99	20	22	23	33	1.97
66828627--66828715	26	3.2	28	79	10	103	20	22	23	33	1.97
66830856--66830967	27	4.1	27	82	7	129	14	25	23	37	1.92
66830856--66830967	54	2.1	54	88	3	163	14	25	23	37	1.92
66833268--66833365	50	1.9	52	91	4	164	32	15	12	39	1.84
66833265--66833378	50	2.2	49	84	7	156	31	15	14	38	1.87
66836313--66836364	25	2.1	25	96	0	95	23	23	9	44	1.82
66837411--66837533	50	2.4	50	84	2	165	33	14	13	38	1.86
66838107--66838134	14	2.0	14	100	0	56	64	7	0	28	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66839580--66839620	17	2.4	17	84	11	57	63	2	24	9	1.37
66841703--66841834	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
66841673--66841834	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
66841703--66841834	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
66844392--66844539	75	2.0	75	86	2	208	29	16	23	29	1.97
66845987--66846031	17	2.7	17	82	3	56	68	8	2	20	1.27
66850553--66850665	39	2.8	40	77	6	122	29	29	21	20	1.98
66856395--66856562	40	4.2	39	76	11	137	23	26	23	26	2.00
66856411--66856560	80	1.9	80	84	8	207	22	27	24	26	1.99
66858342--66858383	22	1.9	22	90	9	68	26	4	2	66	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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