genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  199  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62776388--62776431	21	2.1	21	100	0	88	27	0	20	52	1.47
62777348--62777825	27	17.7	27	74	6	162	36	21	9	32	1.86
62777441--62777573	28	4.9	27	78	3	122	36	21	9	33	1.85
62777441--62777573	55	2.4	54	77	6	142	36	21	9	33	1.85
62777414--62777662	137	1.8	134	81	5	302	33	20	10	35	1.86
62777605--62777806	81	2.5	82	75	10	202	38	20	9	30	1.85
62777674--62777825	81	1.9	81	81	8	184	41	22	7	28	1.80
62778620--62778686	20	3.3	21	82	15	88	40	10	19	29	1.85
62778736--62778871	26	5.3	26	85	5	174	28	21	23	26	1.99
62778736--62778871	52	2.7	50	90	8	206	28	21	23	26	1.99
62778967--62779058	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
62779082--62779160	31	2.5	31	91	0	131	30	17	25	26	1.97
62783552--62783700	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
62783593--62783700	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
62791670--62791818	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
62791711--62791818	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
62796338--62796409	16	4.5	16	87	0	99	37	5	27	29	1.79
62796566--62796616	26	2.0	25	84	3	66	43	0	3	52	1.19
62796582--62796637	27	2.0	29	83	13	73	46	1	1	50	1.22
62801059--62801087	12	2.4	12	100	0	58	10	34	6	48	1.64
62805586--62805810	39	5.8	40	84	9	256	21	21	28	28	1.99
62805594--62805810	78	2.8	77	87	4	294	20	22	29	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62805626--62805810	39	4.7	39	92	0	298	21	22	28	28	1.99
62813671--62813754	39	2.2	39	93	0	141	22	19	26	32	1.97
62818415--62818590	46	3.8	46	77	11	180	21	19	27	30	1.98
62818412--62818582	93	1.8	93	88	2	263	22	20	27	29	1.98
62824640--62824753	42	2.7	43	86	5	142	28	27	18	25	1.98
62832521--62832564	22	1.9	23	81	9	54	52	4	18	25	1.64
62834472--62834599	39	3.3	38	90	4	202	21	27	20	30	1.98
62841524--62841622	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
62849218--62849316	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
62853737--62853823	37	2.3	36	88	5	129	25	32	20	21	1.98
62853892--62854118	49	4.6	49	93	1	393	28	28	10	33	1.89
62856406--62856882	49	9.9	49	93	2	781	33	8	28	28	1.87
62856405--62856882	96	5.0	96	91	3	784	33	8	28	28	1.87
62856406--62856882	145	3.3	145	98	0	922	33	8	28	28	1.87
62856874--62857073	48	4.2	48	94	0	346	33	6	28	32	1.83
62857113--62857203	37	2.4	37	94	1	155	23	17	32	26	1.96
62858634--62858906	49	5.6	49	97	0	492	29	28	9	32	1.89
62870722--62870865	46	3.1	44	69	21	107	29	27	20	22	1.98
62874032--62874305	48	5.7	48	78	5	284	27	17	29	25	1.98
62874032--62874306	144	1.9	144	84	1	363	27	17	29	25	1.98
62876529--62876608	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
62884423--62884502	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62892092--62892161	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
62897354--62897561	67	3.2	65	77	11	201	32	17	28	22	1.96
62898648--62898674	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
62903928--62903969	21	2.0	21	85	0	57	69	2	14	14	1.30
62905437--62905653	40	5.5	40	90	3	316	24	22	27	25	2.00
62905433--62905653	79	2.8	80	89	4	324	25	22	27	25	2.00
62907912--62907954	22	2.0	22	86	9	61	41	6	32	18	1.77
62913390--62913606	40	5.5	40	90	3	316	24	23	27	24	2.00
62913386--62913606	79	2.8	80	89	4	324	25	23	27	24	2.00
62922254--62922355	29	3.5	29	91	0	168	28	15	30	25	1.96
62922250--62922376	58	2.2	58	83	4	159	28	15	31	24	1.96
62923853--62923974	39	3.1	39	93	0	217	29	25	22	22	1.99
62925761--62925939	40	4.6	40	90	2	265	22	20	30	25	1.98
62933775--62933954	40	4.6	40	90	2	267	22	21	30	25	1.99
62940203--62940370	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
62940758--62940865	57	1.9	56	81	9	130	27	12	16	42	1.85
62942600--62942767	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
62945007--62945174	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
62947412--62947578	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
62949286--62949555	49	5.7	46	74	13	183	29	18	28	23	1.98
62949280--62949509	91	2.4	96	78	8	240	30	18	28	23	1.98
62950306--62950442	55	2.5	56	90	3	224	18	20	32	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62957366--62957426	30	2.0	30	87	0	86	40	4	24	29	1.76
62958157--62958338	63	2.8	64	79	8	201	28	17	30	23	1.97
62961780--62961840	30	2.0	30	83	0	77	42	3	24	29	1.70
62964043--62964143	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
62968711--62968743	16	2.1	16	100	0	66	51	0	12	36	1.39
62970528--62970698	66	2.6	66	82	6	177	32	16	28	22	1.96
62970552--62970734	66	2.8	64	79	7	210	28	16	30	23	1.97
62976913--62977077	49	3.3	49	82	3	179	26	18	26	29	1.98
62978095--62978154	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
62983371--62983540	93	1.8	92	91	1	277	30	28	20	21	1.98
62983366--62983537	46	3.7	46	75	13	174	30	27	19	22	1.98
62989041--62989208	40	4.2	40	80	2	187	26	26	22	25	2.00
62992156--62992342	80	2.3	80	81	9	220	25	26	22	26	2.00
62992152--62992343	40	4.8	40	78	2	188	25	26	22	26	2.00
62993756--62994286	269	2.0	268	92	1	893	32	21	13	32	1.92
63000686--63000813	40	3.2	38	84	9	159	26	28	21	23	1.99
63004421--63004626	40	5.2	40	92	1	335	23	23	26	26	2.00
63007714--63007882	47	3.6	47	77	13	213	28	26	20	24	1.99
63007668--63007931	93	2.8	93	94	0	456	29	27	20	23	1.98
63007663--63007928	46	5.7	46	74	15	251	30	26	19	23	1.98
63014869--63014966	29	3.4	29	95	0	178	30	14	28	26	1.95
63014869--63015026	29	5.4	29	83	3	99	27	15	31	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63014861--63014987	58	2.2	59	84	4	170	29	14	30	25	1.95
63020219--63020275	15	3.8	15	81	9	80	10	15	12	61	1.57
63020215--63020275	30	2.0	30	90	6	97	9	14	16	59	1.61
63028749--63028935	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
63028749--63028902	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
63028753--63028935	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
63028753--63028970	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
63035971--63036122	40	3.8	40	84	3	180	27	23	26	23	2.00
63035971--63036124	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
63035971--63036157	80	2.3	80	81	1	214	28	22	25	22	1.99
63038041--63038266	40	5.7	40	88	4	248	26	26	21	26	1.99
63046280--63046505	40	5.7	40	90	4	257	25	26	21	26	2.00
63056538--63056594	30	1.9	30	96	0	105	33	22	15	28	1.95
63086304--63086359	27	2.1	27	96	0	103	35	8	25	30	1.86
63087867--63087923	30	1.9	30	96	0	105	35	24	14	26	1.93
63095434--63095458	13	1.9	13	100	0	50	20	24	32	24	1.98
63103253--63103420	79	2.1	80	87	5	243	26	20	26	25	1.99
63103198--63103422	40	5.7	40	85	6	264	25	20	26	26	1.99
63103266--63103445	79	2.3	79	81	9	199	27	21	25	25	1.99
63114308--63114366	27	2.2	27	81	6	66	27	18	27	27	1.98
63114334--63114489	27	5.8	28	85	6	196	25	12	23	39	1.89
63114334--63114490	54	2.9	54	90	1	235	24	12	24	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63114361--63114514	81	1.9	81	81	2	184	27	10	24	37	1.88
63114480--63114744	81	3.3	81	86	4	347	37	7	24	30	1.82
63114480--63114712	27	8.6	27	85	3	326	39	6	23	30	1.81
63121102--63121131	13	2.3	13	100	0	60	16	26	43	13	1.85
63131744--63132558	406	2.0	407	95	0	1470	27	20	13	38	1.90
63135319--63135389	37	1.9	37	97	0	133	25	32	19	22	1.98
63135434--63136057	48	13.0	48	95	0	1068	30	28	6	35	1.82
63141446--63141484	18	2.2	18	85	0	51	82	0	17	0	0.68
63143097--63143197	29	3.5	29	78	6	107	29	14	27	27	1.96
63158080--63158201	29	4.2	29	90	0	163	31	15	28	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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