genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  246  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76656150--76656219	29	2.4	29	90	0	104	37	10	25	27	1.88
76656211--76656281	29	2.4	29	81	9	74	33	12	35	18	1.89
76662818--76662969	39	3.9	39	95	0	259	23	21	31	23	1.98
76670910--76671060	77	1.9	79	93	2	261	23	21	31	23	1.98
76670910--76671090	39	4.6	39	90	1	256	23	22	31	22	1.98
76676849--76676877	14	2.1	14	100	0	58	51	27	0	20	1.47
76686876--76687030	43	3.6	43	74	10	122	32	21	17	28	1.96
76691919--76691966	18	2.7	18	73	0	51	62	6	2	29	1.31
76697782--76697862	40	2.0	40	100	0	162	28	17	22	32	1.96
76703241--76703428	29	6.5	28	78	10	132	37	12	28	21	1.90
76703232--76703428	58	3.4	57	71	14	177	37	13	27	22	1.91
76706207--76706236	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
76708282--76708364	24	3.5	24	96	0	157	21	16	24	37	1.94
76708282--76708390	48	2.3	48	90	3	166	25	17	22	33	1.96
76710283--76710385	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
76720498--76720665	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
76724034--76724201	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
76724034--76724201	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
76732742--76732939	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
76732808--76732925	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
76732776--76732939	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
76740309--76740506	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76740375--76740492	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
76740343--76740506	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
76741806--76741916	39	2.8	40	88	4	161	21	22	29	26	1.99
76749600--76749750	40	3.8	40	84	3	169	22	20	29	27	1.99
76749600--76749750	80	1.9	80	87	2	223	22	20	29	27	1.99
76751497--76751543	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
76762237--76762334	46	2.2	45	87	9	137	24	31	18	25	1.97
76763049--76763112	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
76763320--76763494	24	7.4	24	92	4	275	27	21	21	29	1.98
76763327--76763494	47	3.6	47	92	3	284	27	20	22	29	1.98
76763553--76763609	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
76763549--76763611	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
76764952--76765231	27	10.3	27	79	8	167	34	8	18	37	1.82
76765154--76765366	27	7.9	27	84	7	227	38	7	23	30	1.83
76765156--76765359	54	3.8	54	83	5	252	39	8	21	30	1.83
76765372--76765461	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
76765355--76765461	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
76765372--76765476	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
76768279--76768877	300	2.0	299	97	0	1117	29	24	15	30	1.96
76774303--76774466	46	3.5	46	78	9	140	23	28	19	28	1.98
76782107--76782276	47	3.7	46	72	11	157	28	27	20	24	1.99
76782061--76782326	93	2.9	93	89	0	406	27	28	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76782054--76782322	46	5.8	46	73	14	221	28	28	20	22	1.98
76788093--76788130	17	2.3	17	90	4	60	18	5	10	65	1.41
76794802--76794967	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
76797268--76797314	23	2.0	23	100	0	94	40	17	25	17	1.90
76806650--76806817	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
76806650--76806817	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
76810699--76810770	29	2.5	29	91	6	112	29	26	13	30	1.94
76810698--76810799	28	3.5	28	84	6	89	29	28	13	28	1.94
76817296--76817365	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
76817296--76817377	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
76823681--76823747	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
76823798--76823870	23	3.1	23	92	3	119	30	20	19	30	1.97
76823797--76823891	24	4.0	24	86	6	131	29	21	21	28	1.98
76824085--76824148	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
76829100--76829250	64	2.3	64	77	8	151	29	15	27	27	1.96
76834897--76835005	43	2.5	43	86	0	146	33	16	20	29	1.94
76837377--76837403	11	2.5	11	100	0	54	48	0	18	33	1.49
76841261--76841352	43	2.1	43	96	4	168	29	17	21	31	1.96
76841282--76841416	72	1.9	72	92	3	227	28	14	22	34	1.94
76841354--76841447	43	2.2	43	90	0	152	29	14	22	32	1.94
76842623--76842684	28	2.2	28	88	0	97	37	9	24	29	1.87
76845011--76845087	24	3.2	24	92	0	127	32	2	41	23	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76846478--76846561	27	3.2	26	84	5	105	15	22	22	39	1.92
76857431--76857508	6	12.7	6	72	10	59	78	1	3	16	0.97
76857450--76857510	5	12.2	5	75	25	58	77	0	3	19	0.91
76857450--76857510	22	2.9	21	83	11	79	77	0	3	19	0.91
76857416--76857508	28	3.3	28	75	15	86	76	1	5	17	1.03
76862352--76862410	31	1.9	31	100	0	118	28	15	20	35	1.93
76862693--76862717	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
76868208--76868457	45	5.3	46	75	12	201	28	17	30	24	1.97
76869711--76869750	21	2.0	20	90	5	62	17	40	22	20	1.92
76872056--76872099	18	2.4	18	92	0	70	31	6	20	40	1.79
76872877--76872953	40	1.9	40	86	0	109	23	16	25	33	1.96
76875474--76875563	41	2.1	43	85	4	121	31	12	26	30	1.92
76875868--76875898	15	2.0	16	93	6	55	29	0	6	64	1.18
76882207--76882240	7	4.9	7	92	0	59	0	29	0	70	0.87
76892531--76892710	27	6.7	27	84	0	225	37	17	20	24	1.94
76892531--76892710	81	2.2	81	88	2	263	37	17	20	24	1.94
76899777--76899938	39	4.2	39	91	2	254	23	19	32	24	1.98
76899788--76899938	77	1.9	78	93	2	259	23	20	31	23	1.98
76899777--76899968	39	4.9	40	88	1	239	23	20	31	23	1.98
76906233--76906529	40	7.5	40	88	2	386	25	28	23	22	1.99
76909804--76910027	27	8.3	27	91	2	360	24	22	21	31	1.98
76909800--76910027	81	2.8	81	95	1	404	24	22	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76910032--76910122	27	3.4	27	90	0	137	40	12	23	24	1.88
76912169--76912207	12	3.2	12	92	7	62	15	7	0	76	0.99
76912874--76912910	19	1.9	19	100	0	74	40	5	16	37	1.71
76915365--76915434	28	2.5	28	88	9	99	32	27	11	28	1.91
76916517--76916554	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
76923107--76923205	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
76924292--76924329	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
76928776--76928874	49	2.0	49	96	0	180	38	19	13	29	1.89
76929072--76929552	48	9.8	47	73	10	342	27	28	18	25	1.98
76929074--76929343	95	2.8	95	81	5	287	26	27	19	26	1.99
76929284--76929402	59	2.0	59	90	0	184	26	26	19	27	1.99
76929189--76929498	155	2.0	154	92	1	514	26	27	19	26	1.99
76929481--76929626	48	3.0	47	86	8	188	30	28	16	24	1.96
76929930--76929988	17	3.4	17	95	4	109	32	16	16	33	1.92
76929932--76929987	18	3.2	18	97	2	105	32	16	16	35	1.90
76933931--76934000	28	2.5	28	90	9	108	31	27	12	28	1.93
76941672--76941770	29	3.5	29	93	5	159	33	27	11	28	1.91
76947344--76947442	49	2.0	49	96	0	180	38	19	13	29	1.89
76947640--76948121	48	9.9	47	73	10	344	27	28	18	26	1.98
76947642--76947911	95	2.8	95	81	5	287	26	27	19	26	1.99
76947852--76947970	59	2.0	59	90	0	184	26	26	19	27	1.99
76947757--76948066	155	2.0	154	92	1	514	26	27	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76947940--76948174	48	4.9	48	81	7	235	28	29	16	25	1.96
76948049--76948195	50	3.0	47	88	6	197	29	28	16	25	1.97
76948491--76948548	17	3.4	17	100	0	116	32	17	17	32	1.93
76958214--76958266	21	2.5	21	90	0	88	54	16	18	9	1.69
76970973--76971035	28	2.2	28	97	0	117	41	28	9	20	1.84
76971644--76971675	3	10.7	3	93	0	55	0	3	31	65	1.08
76971644--76971681	12	3.2	12	85	7	51	0	5	28	65	1.14
76978902--76978952	18	2.7	19	79	11	61	47	17	1	33	1.59
76979477--76979511	15	2.3	15	90	0	52	42	14	17	25	1.86
76986210--76986266	28	2.0	28	96	0	105	38	3	5	52	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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