genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  200  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63162840--63163071	27	8.7	27	80	1	225	27	13	16	42	1.86
63162840--63163071	80	2.9	80	82	2	261	27	13	16	42	1.86
63162840--63163071	53	4.3	54	82	1	252	27	13	16	42	1.86
63167495--63167591	30	3.2	30	69	11	74	29	27	13	28	1.94
63170114--63170181	21	3.2	21	78	15	70	76	2	16	4	1.07
63170136--63170181	16	3.1	14	82	14	56	76	2	17	4	1.06
63170229--63170259	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
63176210--63176234	13	1.9	13	100	0	50	8	44	32	16	1.76
63191265--63191453	40	4.7	40	97	0	360	25	27	22	24	2.00
63191232--63191453	80	2.8	80	95	2	385	24	27	22	25	2.00
63196741--63196907	40	4.2	40	82	3	176	23	28	24	23	2.00
63196757--63196905	79	1.9	80	83	4	194	22	28	25	24	1.99
63200519--63200686	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
63203811--63203994	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
63203851--63204039	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
63205534--63205675	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
63205573--63205701	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
63210515--63210615	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
63210544--63210619	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
63218385--63218485	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
63218414--63218489	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
63223671--63223812	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63223710--63223838	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
63225577--63225634	30	1.9	30	89	0	89	29	24	13	32	1.94
63228007--63228058	27	2.0	28	85	11	74	36	21	1	40	1.64
63228158--63228337	50	3.6	48	84	4	200	30	26	17	25	1.97
63231733--63231810	37	2.1	37	95	0	138	28	20	24	26	1.99
63233952--63233996	20	2.3	20	96	3	83	42	31	22	4	1.73
63234147--63234272	55	2.3	55	86	5	166	32	29	17	20	1.96
63235528--63235622	27	3.5	27	80	0	100	42	21	8	28	1.82
63235627--63235742	27	4.3	26	86	6	160	31	19	7	41	1.80
63235721--63235860	27	5.2	27	82	0	145	40	20	7	31	1.80
63235627--63235784	81	2.0	81	79	2	174	32	20	8	38	1.82
63235844--63235960	54	2.2	54	80	0	144	35	18	20	25	1.96
63235845--63235960	27	4.3	27	80	0	124	34	18	20	25	1.96
63236361--63236460	6	16.3	6	74	15	89	19	19	15	47	1.83
63236361--63236440	31	2.6	31	91	0	124	18	18	15	47	1.83
63237834--63237955	59	2.1	57	82	8	149	41	16	16	25	1.88
63238461--63238627	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
63245164--63245282	59	2.0	60	82	8	145	42	16	15	26	1.88
63245791--63245958	40	4.2	40	78	6	162	25	22	27	25	2.00
63247322--63247567	47	5.2	47	70	10	180	23	26	21	28	1.99
63247396--63247567	94	1.9	91	84	6	229	22	29	22	26	1.99
63247908--63247964	30	1.9	30	88	0	87	28	28	10	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63252230--63252386	40	3.9	40	88	1	226	24	23	27	24	2.00
63254642--63254701	29	2.1	29	100	0	120	30	16	18	35	1.93
63256860--63257008	43	3.5	40	80	9	129	26	20	26	26	1.99
63262328--63262467	43	3.3	43	79	6	126	27	17	23	31	1.97
63264346--63264455	27	4.1	27	75	15	111	24	19	14	41	1.88
63264335--63264440	54	2.0	54	83	7	135	26	18	15	39	1.90
63265959--63266028	27	2.5	28	95	2	124	30	27	14	28	1.95
63267698--63267867	27	6.3	27	88	0	241	38	16	12	32	1.87
63267698--63267898	27	7.4	27	86	0	240	36	15	13	33	1.87
63270507--63271494	495	2.0	494	92	1	1647	36	19	14	28	1.92
63271953--63272040	27	3.3	27	90	0	122	20	17	19	43	1.88
63272016--63272278	81	3.2	81	82	2	285	35	14	14	36	1.86
63272046--63272279	27	8.7	27	86	0	279	37	14	12	35	1.84
63277048--63277102	27	2.0	27	96	0	101	9	25	40	25	1.85
63289122--63289303	40	4.6	40	86	3	217	30	25	20	23	1.99
63289122--63289303	80	2.3	80	87	2	251	30	25	20	23	1.99
63291460--63291574	29	4.0	29	84	6	137	28	30	14	26	1.95
63291451--63291561	58	1.9	58	87	1	161	28	31	14	25	1.95
63304656--63304777	42	2.9	41	77	7	111	26	17	27	28	1.97
63307009--63307195	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
63307032--63307195	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
63307032--63307229	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63314517--63314666	71	2.2	68	90	8	234	18	29	18	33	1.95
63314535--63314695	71	2.3	71	87	2	243	17	27	19	35	1.94
63326357--63326405	23	2.1	24	92	3	82	55	14	4	26	1.57
63331757--63331907	50	3.0	50	85	0	187	29	27	16	25	1.97
63331777--63331907	50	2.6	50	86	1	192	30	29	15	24	1.95
63334573--63334673	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
63337663--63337765	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
63340268--63340330	14	4.4	15	73	16	62	63	14	11	11	1.52
63340269--63340334	28	2.3	29	85	10	84	60	18	10	10	1.57
63340277--63340326	15	3.5	14	78	10	57	62	14	10	14	1.55
63343358--63343492	50	2.7	50	80	1	162	28	27	18	25	1.98
63345562--63345729	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
63353613--63353780	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
63361541--63361659	42	2.8	42	81	5	125	32	15	21	29	1.95
63367172--63367237	33	2.0	33	100	0	132	30	6	6	57	1.47
63369911--63369979	28	2.5	28	90	4	104	33	26	13	27	1.93
63372000--63372114	27	4.3	26	80	7	122	36	20	23	19	1.95
63374182--63374364	46	4.0	46	94	0	294	24	31	9	34	1.87
63374381--63374456	22	3.3	22	66	28	59	25	28	11	34	1.91
63374338--63374669	47	7.1	47	94	0	513	26	29	10	33	1.90
63374497--63374621	23	5.2	25	62	30	76	28	29	11	31	1.91
63379865--63380088	123	1.8	123	85	1	315	31	10	23	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63380083--63380212	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
63387908--63388132	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.90
63388127--63388256	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
63391752--63391915	27	6.2	26	80	11	174	34	20	25	20	1.96
63391775--63391914	50	2.7	53	88	6	205	33	20	25	20	1.97
63395487--63395753	27	10.0	27	87	2	324	26	15	17	40	1.89
63395487--63395753	53	5.0	54	87	1	324	26	15	17	40	1.89
63395477--63395753	80	3.5	81	85	2	346	26	15	16	40	1.89
63401205--63401326	29	4.2	29	90	0	163	31	15	28	23	1.95
63403075--63403235	29	5.6	29	87	0	214	26	15	32	25	1.95
63414000--63414214	49	4.4	49	94	2	387	33	8	27	30	1.86
63414297--63414365	36	1.9	36	100	0	138	21	23	31	23	1.98
63416233--63416623	199	2.0	200	88	1	588	27	19	25	27	1.99
63416235--63416623	40	9.8	40	91	0	537	26	19	25	27	1.99
63420037--63420251	49	4.4	49	94	2	387	33	8	27	30	1.86
63420334--63420404	37	1.9	37	100	0	142	21	22	33	22	1.97
63428921--63428955	18	1.9	18	94	0	61	48	8	17	25	1.75
63429280--63429548	27	10.0	27	84	6	321	42	18	13	26	1.87
63443210--63443242	18	1.9	17	88	11	50	27	15	12	45	1.81
63444546--63444615	29	2.5	28	73	2	68	32	27	17	22	1.96
63450079--63450336	40	6.5	40	89	2	351	23	22	28	26	1.99
63458211--63458467	40	6.5	40	91	3	378	22	23	28	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63458211--63458467	79	3.2	80	90	3	378	22	23	28	25	2.00
63458214--63458467	119	2.1	119	89	2	386	23	23	27	25	2.00
63460154--63460190	8	4.6	8	86	0	56	8	24	21	45	1.78
63460154--63460190	16	2.3	16	100	0	74	8	24	21	45	1.78
63467728--63467905	49	3.5	49	84	9	232	29	10	30	29	1.90
63467785--63467893	56	1.9	56	98	0	209	27	11	32	29	1.91
63468004--63468085	37	2.2	37	93	2	139	25	17	35	21	1.95
63488655--63488828	40	4.4	40	91	2	271	25	22	26	25	2.00
63494350--63494452	51	2.0	51	94	0	179	35	13	17	33	1.89
63498509--63498630	25	5.0	24	86	6	149	27	22	19	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433