genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.295.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  295  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92061136--92061329	42	4.3	42	78	13	140	28	25	14	30	1.95
92061189--92061494	48	6.2	48	80	7	269	32	25	14	28	1.94
92064557--92064614	29	2.0	30	86	3	82	50	10	5	34	1.59
92064594--92064640	19	2.5	19	85	0	58	40	10	10	38	1.75
92068411--92068491	42	1.9	42	87	0	117	17	29	25	27	1.97
92072362--92072434	29	2.5	29	93	0	119	27	15	30	27	1.96
92078331--92078368	20	1.9	20	88	0	58	26	7	21	44	1.79
92092325--92092356	15	2.1	15	100	0	64	50	0	18	31	1.48
92096338--92096601	96	2.8	96	82	9	289	23	31	18	25	1.98
92096335--92096603	47	5.7	48	76	12	238	24	30	19	25	1.98
92108928--92108992	28	2.3	28	81	7	78	29	16	32	21	1.96
92110226--92110253	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
92116003--92116181	40	4.5	39	80	8	175	24	27	21	26	1.99
92116000--92116181	80	2.3	79	78	10	201	25	27	20	26	1.99
92119169--92120002	48	16.9	48	84	8	953	33	5	27	32	1.81
92119169--92120002	144	5.6	144	84	9	1093	33	5	27	32	1.81
92119543--92119593	15	3.6	14	77	17	61	29	0	27	43	1.55
92119541--92119596	27	2.1	27	96	0	103	33	0	25	41	1.56
92119493--92119644	75	2.0	75	96	0	277	32	3	27	35	1.75
92119445--92119692	123	2.0	123	96	0	451	33	4	27	34	1.78
92123118--92123165	25	1.9	25	95	0	87	35	12	0	52	1.40
92125886--92125927	21	2.0	21	100	0	84	38	19	4	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92128979--92129043	32	2.0	32	100	0	130	32	18	6	43	1.75
92129519--92129603	42	2.0	42	97	0	161	32	18	10	37	1.85
92134356--92134479	33	3.8	33	90	0	185	32	41	7	19	1.79
92139017--92139126	26	4.2	26	90	0	166	35	23	5	35	1.78
92140232--92140262	15	2.1	15	100	0	62	22	6	12	58	1.58
92152593--92152898	41	7.7	40	82	12	152	35	24	22	17	1.95
92152624--92152915	123	2.5	115	84	6	356	36	25	21	16	1.94
92152697--92152915	41	5.4	41	95	0	368	34	25	21	17	1.96
92153094--92153169	36	2.0	39	85	7	104	30	5	23	40	1.77
92153325--92153376	25	2.1	25	100	0	104	28	7	23	40	1.82
92153668--92153709	22	1.9	22	90	0	66	19	7	33	40	1.78
92153742--92153772	15	2.1	15	93	0	53	58	0	9	32	1.31
92159225--92159449	40	5.6	40	87	6	312	23	23	28	24	1.99
92159225--92159449	83	2.8	81	88	6	332	23	23	28	24	1.99
92167160--92167377	41	5.6	39	81	11	250	23	21	28	25	1.99
92167160--92167348	76	2.4	79	83	9	244	23	21	28	25	1.99
92168393--92168609	40	5.5	40	86	6	257	27	25	21	24	1.99
92168416--92168609	40	4.9	40	87	5	261	28	25	21	25	1.99
92168415--92168609	77	2.5	80	85	5	272	28	25	21	25	1.99
92171166--92171302	46	3.0	46	86	0	184	25	30	8	35	1.85
92171276--92171563	47	6.1	47	89	4	407	27	29	10	32	1.90
92171413--92171486	22	3.3	22	65	20	62	25	32	12	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92187647--92187912	133	2.0	133	95	0	478	39	18	12	30	1.87
92188209--92188261	25	2.2	24	86	3	70	32	13	28	26	1.93
92197893--92197934	17	2.5	17	100	0	84	28	19	11	40	1.87
92203308--92203341	12	2.7	13	90	4	52	41	5	2	50	1.42
92203945--92203997	26	2.0	26	100	0	106	49	16	22	11	1.78
92209599--92209650	20	2.6	20	100	0	104	19	32	32	15	1.93
92219867--92219903	9	3.9	9	86	13	56	35	2	21	40	1.68
92219856--92219912	20	2.8	20	91	0	96	38	8	17	35	1.81
92219856--92219912	11	5.5	11	78	16	59	38	8	17	35	1.81
92219867--92219903	5	7.6	5	82	17	51	35	2	21	40	1.68
92219960--92220008	25	2.0	25	100	0	98	24	28	22	24	1.99
92220240--92220323	31	2.7	31	87	1	125	32	16	26	25	1.96
92221809--92221993	40	4.6	40	79	6	203	22	25	24	27	2.00
92221809--92221993	80	2.3	81	85	4	241	22	25	24	27	2.00
92224458--92224506	24	2.0	24	96	0	89	22	22	20	34	1.97
92227709--92228014	48	6.4	48	77	0	297	27	27	16	28	1.97
92227709--92228014	96	3.2	96	86	1	470	27	27	16	28	1.97
92236983--92237158	46	3.8	46	80	10	223	21	21	28	28	1.98
92236979--92237150	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
92243202--92243237	18	2.0	18	88	0	54	22	44	25	8	1.80
92247274--92247301	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
92249192--92249270	27	2.9	27	94	0	131	40	17	20	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92249256--92249315	22	2.7	22	78	0	66	40	23	20	16	1.91
92257445--92257647	55	3.8	53	79	6	203	21	25	17	35	1.95
92262944--92263162	40	5.5	40	85	4	275	25	29	21	23	1.99
92262944--92263162	80	2.8	80	92	3	354	25	29	21	23	1.99
92262951--92263214	119	2.2	120	79	6	284	25	28	22	24	2.00
92274124--92274356	49	4.7	50	81	3	265	27	19	24	28	1.99
92279907--92279937	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
92281102--92281668	48	12.0	48	86	8	792	35	5	26	31	1.80
92281473--92281535	31	2.0	31	96	0	117	33	0	26	39	1.57
92281425--92281585	79	2.0	81	91	2	263	34	3	27	34	1.73
92281377--92281633	129	2.0	127	93	1	442	34	4	28	33	1.77
92281329--92281668	177	1.9	175	93	1	581	34	5	28	31	1.79
92281809--92281911	37	2.8	37	90	0	161	24	20	31	24	1.98
92284618--92284799	79	2.3	80	79	12	203	26	28	19	24	1.99
92284599--92284802	40	5.1	40	79	8	220	26	27	20	25	1.99
92285276--92285336	26	2.3	26	97	0	113	39	13	13	34	1.83
92286059--92286094	13	2.7	14	91	8	58	0	22	0	77	0.76
92286011--92286141	60	2.2	59	80	9	142	16	20	10	52	1.72
92288561--92288662	40	2.5	40	85	0	123	23	25	28	22	1.99
92296587--92296770	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
92296627--92296815	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
92299556--92299657	42	2.4	42	80	8	118	29	27	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92299518--92299742	48	4.9	47	75	11	173	28	24	19	28	1.98
92302326--92302355	15	2.0	15	100	0	60	60	13	13	13	1.60
92306041--92306127	41	2.1	41	97	2	167	32	19	18	29	1.96
92306092--92306272	48	4.0	48	66	15	141	28	23	17	30	1.97
92306899--92307079	42	4.1	42	73	14	125	28	23	18	30	1.97
92306892--92307086	48	4.3	48	73	12	180	28	23	18	29	1.98
92306984--92307116	48	2.8	47	82	4	167	27	24	18	28	1.98
92308239--92308302	33	2.0	32	93	3	110	40	3	20	35	1.68
92308655--92308703	20	2.5	20	82	0	62	30	10	12	46	1.74
92310682--92310864	40	4.7	39	82	9	221	26	26	21	24	2.00
92310682--92310862	77	2.3	80	83	7	228	26	27	21	24	1.99
92314880--92314980	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
92314909--92314984	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
92321970--92322154	79	2.3	82	83	7	229	28	26	21	23	1.99
92321951--92322154	40	5.1	40	81	7	229	27	26	21	24	1.99
92322868--92322897	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
92324486--92324568	23	3.6	23	95	0	139	25	30	32	12	1.92
92331488--92331531	21	2.2	20	83	4	52	40	4	18	36	1.71
92344540--92344627	43	2.0	43	100	0	176	38	13	13	34	1.84
92346908--92346994	44	2.0	44	84	4	113	22	12	26	37	1.90
92349452--92349501	5	10.0	5	78	8	57	44	0	2	54	1.11
92349935--92349960	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92350043--92350076	12	2.8	12	86	13	52	76	0	23	0	0.79
92350742--92350811	11	6.2	11	70	18	54	41	4	20	34	1.72
92352233--92352395	40	4.1	40	82	5	179	25	27	22	25	2.00
92352219--92352395	80	2.2	79	82	4	205	24	27	22	25	2.00
92354174--92354231	29	2.0	29	83	6	73	41	0	25	32	1.56
92354576--92354616	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
92356315--92356387	29	2.6	27	79	14	78	43	34	1	20	1.60
92357516--92357554	21	1.9	21	89	5	62	30	25	0	43	1.55
92358036--92358062	11	2.5	11	100	0	54	29	11	14	44	1.80
92358431--92358461	14	2.2	14	94	0	53	74	0	0	25	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433