genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  220  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68339119--68339153	18	1.9	18	94	0	61	20	17	17	45	1.85
68351753--68351942	40	4.8	40	92	1	292	24	23	26	26	2.00
68360004--68360220	40	5.5	40	88	6	275	24	28	23	23	2.00
68363052--68363248	40	4.9	40	89	1	297	23	21	28	25	1.99
68367278--68367444	40	4.2	40	76	4	142	23	26	23	26	2.00
68369841--68370660	410	2.0	410	97	0	1559	35	21	18	23	1.95
68377801--68377843	15	2.9	15	80	10	52	16	13	18	51	1.77
68382410--68382593	55	3.4	54	86	5	264	22	25	17	35	1.95
68382619--68382868	124	2.0	124	95	0	446	19	24	20	35	1.96
68382819--68382904	45	1.9	45	92	0	145	18	26	19	34	1.95
68382907--68383033	44	2.9	44	89	3	177	24	26	14	33	1.94
68383746--68383856	43	2.6	43	82	2	125	36	23	14	25	1.93
68387489--68387517	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
68389357--68389510	67	2.3	67	89	2	238	19	28	22	29	1.98
68398685--68398819	56	2.4	56	83	4	182	27	13	24	34	1.93
68414765--68414845	34	2.4	34	77	6	94	35	22	18	23	1.95
68417399--68417507	56	1.9	56	94	0	191	26	17	22	33	1.96
68418373--68418450	35	2.2	35	97	0	147	34	2	14	48	1.57
68425250--68425336	24	3.6	24	96	0	156	17	35	20	26	1.95
68425250--68425409	48	3.3	48	82	6	173	23	31	18	27	1.97
68429524--68429659	36	3.8	36	80	3	166	47	13	16	23	1.81
68433397--68433526	40	3.2	40	84	2	181	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68433413--68433563	40	3.8	39	84	2	160	23	27	22	27	1.99
68433397--68433563	80	2.1	79	84	5	212	23	26	22	26	2.00
68442085--68442124	20	2.0	20	85	0	53	37	22	2	37	1.68
68442350--68442563	55	3.9	54	80	6	209	23	25	16	34	1.95
68442356--68442558	108	1.9	110	85	4	286	24	25	17	33	1.96
68448406--68448554	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
68448447--68448554	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
68456519--68456667	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
68456560--68456667	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
68461441--68461589	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
68461482--68461589	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
68466071--68466101	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
68466068--68466107	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
68466331--68466534	55	3.8	53	75	10	198	25	24	15	34	1.95
68466330--68466529	108	1.8	110	87	4	298	25	25	15	34	1.94
68468066--68468092	13	2.1	13	100	0	54	22	22	7	48	1.75
68470475--68470642	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
68473970--68474141	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
68473963--68474138	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
68476486--68476658	27	6.4	27	89	0	247	25	20	19	34	1.96
68482440--68482594	43	3.6	43	85	1	195	13	23	30	32	1.93
68482440--68482607	86	2.0	86	84	2	221	14	23	30	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68482924--68483031	45	2.5	42	83	8	119	23	23	26	26	2.00
68489107--68489269	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
68489107--68489300	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
68497023--68497185	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
68497023--68497216	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
68504020--68504083	20	3.2	20	93	0	110	32	12	21	32	1.91
68504137--68504209	23	3.1	23	92	3	119	28	20	19	31	1.97
68504136--68504230	24	4.0	24	86	6	131	28	21	21	29	1.98
68504424--68504483	31	1.9	31	89	0	93	36	16	20	26	1.93
68511579--68511626	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
68511663--68511727	20	3.2	20	91	0	103	35	13	20	30	1.91
68511780--68511922	23	6.1	23	95	3	259	29	20	20	29	1.98
68511779--68511943	47	3.5	47	92	5	271	29	20	21	28	1.98
68511780--68511922	70	2.0	70	98	0	277	29	20	20	29	1.98
68512137--68512195	30	2.0	30	89	0	91	35	16	20	27	1.94
68514764--68514930	40	4.2	41	83	5	182	25	26	21	26	2.00
68515751--68515796	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
68522718--68522884	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
68523699--68523744	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
68526121--68526247	40	3.2	39	81	7	141	24	26	21	27	1.99
68534084--68534291	40	5.2	40	85	2	231	24	26	23	25	2.00
68542027--68542094	18	3.8	18	78	3	75	47	13	19	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68542419--68542500	27	3.0	27	89	3	85	41	19	14	24	1.89
68542440--68542594	27	5.8	27	85	3	206	36	20	16	25	1.94
68545880--68545949	18	3.9	18	77	3	88	47	12	20	20	1.82
68545881--68545949	35	1.9	36	85	2	95	47	11	20	20	1.80
68546292--68546582	27	10.8	27	86	4	392	36	20	16	26	1.93
68549894--68549964	6	11.8	6	77	16	76	47	15	18	18	1.82
68549894--68549964	18	4.0	18	88	3	117	47	15	18	18	1.82
68549894--68549964	35	2.0	36	91	2	117	47	15	18	18	1.82
68550266--68550496	27	8.6	27	79	2	241	38	21	14	25	1.92
68550266--68550496	54	4.3	54	84	1	268	38	21	14	25	1.92
68550266--68550498	81	2.9	81	81	7	276	37	21	14	26	1.92
68559680--68559891	40	5.4	39	86	7	261	25	27	21	25	1.99
68559713--68559898	40	4.7	40	88	6	281	25	27	22	25	2.00
68559713--68559898	79	2.4	78	89	4	277	25	27	22	25	2.00
68567766--68567953	40	4.7	40	92	3	308	25	27	22	24	2.00
68575938--68575997	28	2.2	27	87	3	84	35	23	25	16	1.95
68576393--68576457	27	2.4	27	85	10	71	26	18	18	36	1.94
68576681--68576718	19	2.0	19	85	10	51	23	44	21	10	1.83
68581018--68581056	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
68582918--68583042	39	3.1	39	63	26	98	23	18	25	32	1.97
68582880--68583076	81	2.4	81	97	0	376	23	18	26	30	1.98
68584023--68584188	38	4.3	38	82	3	170	33	26	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68584023--68584188	78	2.1	78	81	6	185	33	26	20	19	1.97
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68592236--68592275	16	2.5	15	84	11	53	42	5	0	52	1.23
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68633417--68633506	24	3.7	25	77	12	80	37	20	20	22	1.94
68636272--68636393	47	2.6	47	96	0	217	36	13	23	25	1.92
68636372--68636568	55	3.6	55	85	4	249	36	17	24	21	1.95
68636372--68636579	53	3.9	54	84	4	240	36	17	24	22	1.95
68638602--68638731	66	1.9	69	83	10	169	20	30	17	32	1.95
68638636--68638791	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
68646095--68646250	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
68646395--68646426	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68650457--68650594	43	3.2	43	84	6	165	30	16	21	31	1.96
68655363--68655499	46	2.9	49	76	14	171	23	19	27	29	1.98
68662779--68662951	46	3.8	45	78	13	199	21	20	27	29	1.98
68662776--68662946	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
68671903--68672108	40	5.2	40	92	1	308	23	22	26	27	2.00
68685324--68685426	28	3.7	28	85	0	134	22	16	36	24	1.94
68689531--68689672	40	3.6	40	90	2	216	24	23	26	26	2.00
68694246--68694321	29	2.7	29	85	6	102	31	28	15	23	1.96
68696115--68696186	29	2.5	28	86	6	92	30	15	26	27	1.96
68697632--68697680	16	3.1	16	90	0	80	12	20	18	48	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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