genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.401.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  401  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124494608--124494669	15	3.9	16	69	24	51	70	0	9	19	1.14
124495130--124495162	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
124495782--124495913	12	11.0	12	81	3	104	29	0	44	25	1.59
124495777--124495909	18	7.4	18	80	3	106	30	0	44	24	1.59
124495777--124495909	6	22.2	6	82	3	79	30	0	44	24	1.59
124495863--124495913	6	8.5	6	97	0	93	19	0	50	29	1.48
124498499--124498611	40	2.8	40	86	0	154	23	23	29	23	1.99
124503768--124503881	57	2.0	57	98	0	219	18	21	32	28	1.96
124504958--124504992	18	1.9	18	88	11	54	28	8	0	62	1.24
124506816--124506856	22	1.9	22	85	5	57	43	12	9	34	1.75
124510853--124511014	78	2.1	78	96	0	297	37	24	5	32	1.79
124510853--124511014	26	6.2	26	94	0	261	37	24	5	32	1.79
124511763--124511820	23	2.5	23	88	0	89	36	18	18	25	1.95
124514691--124514798	33	3.2	32	64	23	76	37	11	25	26	1.89
124514672--124514782	36	3.1	36	64	23	99	36	11	26	26	1.90
124514672--124514810	70	2.0	70	98	0	269	35	11	25	28	1.90
124515797--124515844	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
124515839--124515901	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
124515868--124515897	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
124519027--124519059	11	3.0	11	86	13	50	45	0	36	18	1.49
124519287--124519357	5	12.8	5	78	12	52	74	1	2	21	1.02
124519280--124519356	10	7.5	10	74	18	61	72	1	2	23	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124526142--124526192	2	26.0	2	96	4	95	49	0	0	50	1.00
124528041--124528088	20	2.5	20	82	3	53	64	4	6	25	1.35
124528083--124528145	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
124528112--124528141	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
124531488--124531620	66	2.0	66	82	0	158	18	29	11	40	1.86
124532302--124532335	14	2.4	14	90	0	50	44	11	5	38	1.65
124532607--124532665	22	2.7	22	78	0	64	59	8	10	22	1.56
124533677--124533789	9	12.9	9	67	16	51	58	0	2	38	1.18
124533676--124533725	27	1.9	25	88	8	73	58	0	2	40	1.10
124535629--124535668	21	1.9	21	100	0	80	30	17	15	37	1.90
124540288--124540338	22	2.3	23	79	3	59	60	3	5	29	1.38
124542636--124542677	22	2.0	21	95	4	75	19	28	0	52	1.46
124543690--124543717	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
124543973--124544027	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
124544181--124544256	25	3.1	24	79	11	66	57	5	0	36	1.21
124544188--124544249	31	2.0	30	84	9	81	58	4	0	37	1.20
124544204--124544256	17	2.9	19	80	11	58	56	1	0	41	1.10
124545008--124545066	27	2.1	29	78	12	70	50	0	49	0	1.00
124545020--124545064	22	2.0	23	91	4	74	51	0	48	0	1.00
124545175--124545210	16	2.2	17	90	5	56	19	0	0	80	0.71
124546472--124546496	13	1.9	13	100	0	50	64	4	16	16	1.44
124546428--124546684	67	3.8	66	84	7	297	40	15	15	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124546634--124547262	145	4.2	145	92	4	929	30	20	17	31	1.96
124546630--124547171	71	7.5	71	82	6	624	29	20	17	32	1.96
124546630--124547267	289	2.1	298	88	5	954	30	20	17	31	1.96
124559732--124559768	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
124559921--124559990	25	2.8	24	81	12	63	58	5	0	35	1.22
124559928--124559989	31	2.0	30	84	9	81	58	4	0	37	1.20
124559944--124559994	17	2.8	19	79	11	54	56	1	0	41	1.10
124560741--124560799	27	2.1	29	78	12	70	50	0	49	0	1.00
124560753--124560797	22	2.0	23	91	4	74	51	0	48	0	1.00
124572734--124572780	3	15.3	3	95	4	85	65	0	0	34	0.93
124574179--124574241	31	2.0	33	84	6	85	47	12	6	33	1.67
124575364--124575430	31	2.3	31	92	7	113	35	2	13	47	1.58
124576265--124576292	10	2.8	10	100	0	56	10	7	0	82	0.85
124577278--124577385	26	4.2	26	90	0	171	32	7	24	36	1.83
124584330--124584436	26	4.2	26	92	1	180	32	7	24	35	1.83
124587183--124587207	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
124587213--124587257	22	2.0	22	95	0	81	24	4	28	42	1.74
124593992--124594060	36	1.9	36	81	0	84	52	1	5	40	1.34
124593894--124594070	36	5.1	34	66	16	78	50	4	5	38	1.46
124595760--124595805	22	2.1	22	84	8	58	39	0	0	60	0.97
124595929--124595991	28	2.2	30	75	16	71	47	3	1	47	1.27
124596011--124596035	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124599948--124600034	29	2.9	28	74	16	77	31	18	2	48	1.61
124602059--124602497	147	3.0	147	81	3	501	26	26	13	33	1.93
124605952--124605996	24	1.9	23	82	13	56	31	11	0	57	1.33
124610321--124610372	10	4.9	10	77	13	59	55	32	1	9	1.43
124611240--124611274	16	2.2	16	94	0	61	22	20	8	48	1.76
124616054--124616210	63	2.5	63	82	4	199	22	19	29	28	1.98
124623787--124623872	10	8.7	9	75	16	64	30	3	1	65	1.17
124630043--124630123	37	2.2	38	93	6	139	55	2	12	29	1.50
124630040--124630108	21	3.5	21	67	20	67	52	2	11	33	1.53
124630702--124630739	19	2.0	19	85	10	51	60	5	2	31	1.33
124630886--124630937	17	3.1	17	80	8	61	61	0	1	36	1.07
124631925--124631957	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
124632521--124632685	43	3.8	43	90	1	251	23	32	20	23	1.98
124634452--124634480	14	2.0	15	93	6	51	34	27	6	31	1.83
124639088--124639199	31	3.6	31	85	3	163	25	18	28	26	1.98
124639225--124639387	47	3.6	46	83	5	156	29	15	25	29	1.96
124639317--124639431	42	2.7	43	89	4	171	30	14	26	27	1.95
124640566--124640598	16	2.1	16	94	0	57	42	36	21	0	1.53
124641631--124641668	18	2.1	18	95	0	67	23	34	13	28	1.92
124644881--124644984	51	2.0	51	98	0	199	29	23	14	32	1.94
124649772--124649862	25	3.6	25	73	14	71	18	26	23	31	1.97
124649772--124649870	50	2.0	50	83	0	126	21	27	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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124690340--124690510	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
124697829--124697994	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124697829--124697999	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
124709971--124710005	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
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124723669--124723702	13	2.6	14	86	13	54	14	23	0	61	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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