genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.357.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  357  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112194977--112195008	15	2.0	17	88	11	50	56	0	0	43	0.99
112196250--112196276	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
112198999--112199091	33	2.8	33	77	6	98	24	27	17	30	1.97
112199002--112199189	101	1.9	101	85	2	261	25	26	17	31	1.97
112201856--112202024	42	4.0	44	74	6	152	27	17	24	30	1.97
112208789--112208815	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
112211179--112211359	40	4.6	40	77	8	156	24	24	26	23	2.00
112211178--112211329	78	1.9	80	84	5	202	25	23	26	24	2.00
112230455--112230479	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
112230467--112230502	17	2.0	20	84	15	51	55	5	5	33	1.46
112230706--112230752	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
112235838--112235939	7	14.0	7	71	8	69	44	27	0	27	1.61
112235838--112235944	14	7.9	14	73	10	87	44	26	0	28	1.60
112236100--112236311	41	5.2	41	87	1	257	24	22	18	34	1.96
112236100--112236359	123	2.1	122	81	4	292	24	20	17	37	1.94
112236201--112236390	41	4.7	40	78	8	111	22	18	19	38	1.93
112236867--112236924	26	2.2	26	90	0	89	32	5	25	36	1.78
112238407--112238458	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
112241363--112241402	21	1.9	21	100	0	80	27	20	22	30	1.98
112242624--112242681	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
112245526--112245584	24	2.5	24	85	0	82	15	33	30	20	1.93
112247587--112247616	14	2.2	14	94	5	53	63	13	0	23	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112252671--112252739	32	2.2	32	84	5	86	34	15	20	28	1.94
112255311--112255339	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
112259378--112259444	23	3.0	22	74	8	62	44	1	5	47	1.36
112259396--112259457	23	2.5	25	82	10	83	38	0	4	56	1.21
112259429--112259465	13	2.7	14	88	12	51	35	0	5	59	1.20
112259549--112259589	19	2.1	20	90	4	66	46	9	2	41	1.50
112259686--112259747	21	2.8	23	79	16	69	62	3	0	33	1.11
112259802--112259861	21	2.8	22	73	19	63	51	0	1	46	1.10
112259809--112259848	20	2.0	21	85	5	55	52	0	2	45	1.14
112259830--112259929	36	2.9	35	89	5	152	61	1	0	38	1.03
112259830--112259941	35	3.2	34	86	8	156	60	0	0	38	1.03
112259896--112259950	22	2.4	23	82	11	69	56	5	0	38	1.23
112261284--112261324	22	1.9	21	85	5	55	39	2	0	58	1.11
112261978--112262003	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
112265233--112265267	18	1.9	18	88	11	54	51	8	0	40	1.33
112270103--112270131	13	2.2	13	100	0	58	58	0	0	41	0.98
112270994--112271036	15	2.6	17	82	13	54	34	0	9	55	1.32
112278521--112278665	40	3.6	40	86	4	202	22	26	25	25	2.00
112305522--112305636	42	2.7	43	84	10	146	33	26	16	23	1.95
112308515--112308789	136	2.0	137	94	0	480	32	24	18	25	1.97
112310572--112310707	26	5.2	26	92	0	227	37	24	5	33	1.77
112314372--112314497	40	3.2	40	79	6	148	23	29	24	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112317650--112317933	135	2.1	136	95	2	509	32	25	17	24	1.97
112319719--112319854	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
112325287--112325318	15	2.1	15	100	0	64	75	0	25	0	0.81
112326867--112326891	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
112326917--112327037	53	2.3	53	88	1	181	17	16	21	44	1.86
112327156--112327226	18	3.9	18	74	9	63	30	9	15	43	1.79
112327243--112327306	18	3.6	18	73	0	65	40	12	10	35	1.78
112330818--112330853	10	3.6	10	85	14	56	11	2	5	80	0.98
112333422--112333462	20	2.0	20	100	0	82	36	4	0	58	1.20
112335960--112336131	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
112335984--112336153	67	2.6	64	77	8	191	28	17	30	24	1.97
112336541--112336674	19	7.2	19	90	8	213	38	10	15	35	1.82
112336541--112336674	55	2.4	55	94	2	232	38	10	15	35	1.82
112336541--112336673	36	3.6	37	89	9	200	38	10	15	35	1.82
112339671--112339719	10	5.0	10	72	22	50	20	20	10	48	1.78
112339671--112339719	20	2.6	18	81	15	62	20	20	10	48	1.78
112342305--112342357	13	4.2	13	81	9	56	84	0	13	1	0.69
112342305--112342356	16	3.5	15	80	10	54	84	0	13	1	0.70
112342316--112342358	16	2.6	16	85	3	59	83	0	11	4	0.78
112343272--112343582	44	7.0	45	70	10	185	33	17	22	26	1.96
112343264--112343579	132	2.4	132	90	1	479	32	17	22	26	1.96
112343739--112344217	87	5.5	87	68	14	331	32	18	20	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112343732--112344178	175	2.6	175	93	0	743	32	18	20	28	1.96
112343809--112344084	88	3.1	88	67	12	251	32	19	20	26	1.97
112343845--112344120	86	3.2	85	68	14	238	34	19	20	26	1.96
112344208--112344293	45	1.9	45	83	2	111	36	15	22	26	1.93
112344650--112344783	19	7.2	19	91	8	222	38	10	15	35	1.82
112344650--112344783	36	3.6	38	92	8	222	38	10	15	35	1.82
112344650--112344783	55	2.4	55	97	2	250	38	10	15	35	1.82
112351078--112351160	42	2.0	43	88	7	125	34	27	15	21	1.94
112351059--112351204	43	3.4	43	79	6	154	32	26	17	24	1.97
112353276--112353307	14	2.4	14	94	5	57	56	6	15	21	1.62
112357111--112357156	17	2.6	18	83	10	51	47	2	4	45	1.34
112357101--112357188	44	2.0	44	86	2	122	48	5	4	40	1.47
112357356--112358172	275	3.0	275	96	0	1510	46	17	15	20	1.84
112368487--112368550	21	3.1	21	65	10	51	50	4	6	39	1.49
112370334--112370500	44	3.8	44	92	0	271	30	8	11	48	1.71
112374175--112374279	52	2.0	52	94	0	183	20	18	30	30	1.96
112374587--112374628	19	2.2	19	100	0	84	30	11	30	26	1.92
112390419--112390445	12	2.2	12	100	0	54	25	0	0	74	0.83
112391745--112391792	24	2.0	24	95	0	87	22	18	20	37	1.94
112395414--112395653	47	4.9	47	76	12	166	27	13	27	32	1.94
112397135--112397261	42	3.0	42	85	6	161	29	25	14	30	1.95
112397220--112397343	47	2.7	47	85	1	160	29	26	15	28	1.96
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112397368--112397516	31	4.8	31	86	6	194	26	27	17	28	1.98
112397368--112397516	62	2.4	62	87	6	221	26	27	17	28	1.98
112397498--112397620	50	2.4	51	87	5	178	26	23	14	34	1.94
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112408708--112408839	59	2.2	60	81	8	162	45	9	22	22	1.80
112413728--112413817	30	3.0	31	85	3	94	52	1	3	43	1.25
112413773--112413821	16	3.2	16	67	21	50	48	0	8	42	1.32
112413749--112413821	30	2.4	30	90	2	110	52	0	5	42	1.24
112413779--112413834	24	2.4	25	79	8	64	50	1	8	39	1.44
112419528--112419689	43	3.8	43	78	12	172	22	17	26	33	1.96
112422434--112422604	94	1.8	92	83	7	229	22	25	19	31	1.98
112422480--112422604	47	2.7	46	78	14	139	23	25	19	32	1.98
112423567--112423813	55	4.7	53	78	8	229	37	17	23	20	1.94
112423574--112423774	108	1.8	110	88	4	309	36	17	24	21	1.95
112429658--112429696	20	2.0	20	85	10	53	56	10	10	23	1.63
112431228--112431256	14	2.1	14	100	0	58	31	20	6	41	1.79
112433493--112433517	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
112437490--112437547	29	2.0	29	100	0	116	31	20	17	31	1.96
112450124--112450272	38	3.9	38	96	0	280	28	20	11	39	1.87
112453052--112453089	20	1.9	20	89	10	60	50	5	2	42	1.39
112453116--112453177	20	3.2	19	77	6	61	61	3	1	33	1.22
112453117--112453185	19	3.6	18	74	12	57	63	2	1	31	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112456575--112457031	228	2.0	228	99	0	905	26	23	19	30	1.98
112460124--112460167	24	1.9	24	86	9	65	43	18	6	31	1.76
112460184--112460254	35	2.0	35	88	0	106	26	25	9	38	1.87
112461578--112461683	10	11.3	9	72	17	58	66	1	1	30	1.13
112461734--112461788	20	2.7	20	76	18	60	56	0	10	32	1.34
112461866--112461939	25	3.2	22	80	12	78	70	4	1	24	1.13
112461866--112461938	23	3.2	23	81	9	87	71	4	1	23	1.11
112461873--112461946	23	3.1	23	79	14	80	67	5	2	24	1.25
112463893--112463942	20	2.5	20	87	6	66	68	2	6	24	1.23
112465938--112465962	6	4.2	6	100	0	50	48	16	0	36	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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