genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  37  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9574235--9574279	14	3.3	14	76	17	58	33	0	13	53	1.40
9579615--9579639	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
9580796--9580908	41	2.7	41	79	8	122	23	14	30	31	1.94
9580755--9580902	42	3.5	42	76	9	140	24	14	28	32	1.95
9582186--9582243	28	2.0	29	96	3	109	48	10	10	31	1.71
9583008--9583117	46	2.3	47	86	9	152	35	10	3	50	1.53
9583008--9583139	48	2.8	47	82	6	153	31	9	4	53	1.54
9584990--9585029	21	1.9	21	85	10	55	37	45	12	5	1.64
9589185--9589225	16	2.5	17	76	11	50	53	31	0	14	1.41
9589499--9589575	9	8.6	9	82	0	82	46	18	7	27	1.76
9589499--9589575	27	2.9	27	80	3	93	46	18	7	27	1.76
9589595--9589635	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
9589660--9589684	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
9589661--9589698	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
9593203--9593281	33	2.3	34	95	4	142	5	27	2	64	1.27
9593883--9593932	25	2.0	25	96	0	91	58	8	4	30	1.45
9598887--9598928	21	2.0	21	95	0	75	30	9	21	38	1.85
9601457--9601491	17	2.1	17	89	5	54	42	0	14	42	1.45
9609967--9609996	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
9617682--9617711	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
9625148--9625185	14	2.7	14	88	8	51	42	2	13	42	1.57
9629998--9630253	55	4.8	53	81	8	222	21	25	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9630045--9630245	108	1.8	110	87	4	300	23	25	16	34	1.95
9632733--9632791	8	7.4	8	92	0	82	74	3	22	0	0.96
9633106--9633156	25	2.0	26	88	3	77	60	3	27	7	1.42
9633668--9633713	22	2.1	22	95	0	83	34	2	17	45	1.61
9637650--9637759	26	4.2	26	91	0	175	35	24	6	33	1.81
9639701--9639854	36	4.3	36	87	1	193	42	8	20	27	1.81
9639758--9639820	21	3.3	21	66	32	59	39	7	19	33	1.80
9642499--9642537	16	2.4	17	83	12	55	58	10	0	30	1.31
9643756--9643837	36	2.3	35	87	8	112	43	9	23	23	1.83
9646811--9647013	77	2.6	75	78	9	214	33	11	15	39	1.83
9650070--9650118	23	2.0	25	88	7	75	18	4	16	61	1.50
9650231--9650266	15	2.2	17	90	9	58	44	0	0	55	0.99
9651616--9651645	6	5.0	6	100	0	60	16	16	50	16	1.79
9654087--9654122	17	2.1	17	89	0	54	50	0	0	50	1.00
9654469--9654514	19	2.4	19	85	10	58	43	2	2	52	1.25
9655848--9655889	18	2.2	19	87	12	59	35	0	0	64	0.94
9672590--9672655	23	3.0	23	80	6	82	16	19	24	39	1.92
9676193--9676221	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
9678946--9679052	42	2.5	42	98	0	205	29	14	33	22	1.93
9679061--9679130	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
9681178--9681208	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
9681856--9681985	60	2.2	60	81	10	142	29	19	25	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9685512--9685548	19	1.9	19	88	0	56	45	0	2	51	1.15
9685797--9685838	15	2.9	15	79	10	52	50	0	0	50	1.00
9685991--9686019	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
9686506--9686541	11	3.3	11	92	0	63	52	0	16	30	1.44
9686506--9686551	22	2.0	24	91	8	78	54	0	15	30	1.41
9687342--9687414	21	3.5	21	86	0	92	15	24	24	35	1.94
9692432--9692539	53	2.0	53	98	0	207	28	18	12	39	1.88
9693144--9693168	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
9703628--9703716	44	2.0	44	93	0	151	38	11	5	44	1.64
9705116--9705150	18	1.9	18	88	0	52	51	2	0	45	1.16
9708083--9708122	18	2.1	20	86	9	57	42	7	2	47	1.45
9708965--9708997	5	6.6	5	92	0	57	42	21	0	36	1.53
9709767--9709804	20	1.9	19	89	5	58	28	23	2	44	1.67
9710446--9710470	11	2.3	11	100	0	50	56	16	0	28	1.41
9711901--9711934	12	2.8	12	95	0	59	11	35	32	20	1.89
9712667--9712764	1	98.0	1	74	0	61	4	9	2	84	0.82
9712705--9712765	20	2.9	20	81	13	70	0	8	4	86	0.69
9712705--9712764	22	2.8	22	85	7	79	0	8	3	88	0.62
9712687--9712762	9	8.9	9	76	13	72	0	11	2	85	0.70
9712700--9712766	34	2.0	34	88	8	102	0	8	4	86	0.69
9712687--9712764	12	6.5	12	80	7	79	0	11	2	85	0.68
9713122--9713162	18	2.3	18	95	4	75	31	7	26	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9713767--9713831	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
9713793--9713831	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
9723823--9724046	96	2.3	96	77	1	243	36	13	21	28	1.92
9724016--9724143	49	2.6	49	86	0	166	33	15	23	27	1.95
9724193--9724273	33	2.4	34	85	6	103	41	18	13	25	1.87
9729057--9729288	35	6.6	34	83	3	248	33	24	10	31	1.89
9729059--9729288	70	3.3	70	82	3	275	33	24	10	31	1.89
9729059--9729281	105	2.1	105	86	1	304	34	24	10	30	1.89
9735438--9735574	60	2.3	61	82	11	167	25	24	20	29	1.99
9735437--9735538	28	3.5	27	71	19	71	24	26	20	28	1.99
9742166--9742246	29	2.8	29	90	0	117	28	14	24	32	1.95
9748933--9749002	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
9751178--9751241	25	2.4	28	71	17	71	60	0	3	35	1.12
9751187--9751244	25	2.3	25	85	8	73	55	0	3	41	1.17
9751789--9751822	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
9753195--9753277	12	7.1	12	72	22	54	36	2	0	61	1.09
9753197--9753249	24	2.3	23	90	3	79	33	3	0	62	1.13
9762641--9762847	24	8.6	24	96	0	342	36	25	17	20	1.95
9763297--9763322	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9770333--9770515	24	7.6	24	97	0	303	36	25	17	20	1.94
9770311--9770515	72	2.8	72	91	1	304	35	24	17	22	1.95
9775919--9776456	44	12.2	44	89	0	743	31	14	26	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9778147--9778229	12	7.1	12	72	22	54	36	2	0	61	1.09
9778149--9778201	24	2.3	23	90	3	79	33	3	0	62	1.13
9779581--9779719	41	3.4	41	92	0	233	33	23	23	19	1.97
9779516--9779719	82	2.5	82	85	2	257	34	22	23	20	1.97
9779899--9779974	36	2.0	39	85	7	104	30	5	23	40	1.77
9783140--9783186	23	2.0	23	95	0	85	21	19	10	48	1.78
9793753--9793782	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
9794493--9794676	41	4.5	41	89	3	221	28	23	24	23	2.00
9801842--9801879	2	19.0	2	88	0	58	47	2	2	47	1.30
9802587--9802770	41	4.5	41	88	4	223	28	22	24	24	1.99
9804246--9804293	21	2.3	21	96	0	87	25	18	56	0	1.42
9805127--9805184	30	2.0	30	86	3	82	43	10	8	37	1.70
9811850--9811891	21	2.0	20	82	13	50	45	16	7	30	1.74
9815315--9815348	18	1.9	17	88	5	50	23	5	2	67	1.26
9818228--9818261	13	2.6	13	90	0	50	20	32	35	11	1.89
9838053--9838161	42	2.6	42	95	0	200	29	15	33	22	1.95
9838170--9838239	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
9846102--9846171	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
9851071--9851429	62	5.8	62	73	6	206	25	24	21	27	1.99
9853469--9853618	74	2.0	74	100	0	300	29	26	18	26	1.98
9854639--9854684	14	3.1	15	74	20	51	58	0	15	26	1.37
9855658--9855710	24	2.2	25	77	19	58	13	32	22	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9855669--9855751	25	3.4	24	81	5	78	16	26	21	34	1.95
9856957--9857038	40	2.0	40	100	0	164	36	21	14	26	1.93
9861857--9861887	12	2.6	12	94	0	53	29	0	12	58	1.35
9867697--9867789	47	2.0	47	97	0	177	39	10	16	33	1.83
9868334--9868427	20	4.7	20	95	0	170	20	38	29	11	1.88
9871562--9871630	30	2.3	30	82	9	79	59	13	0	27	1.34
9871600--9871649	19	2.6	19	84	9	57	56	8	2	34	1.40
9873278--9873328	16	3.2	16	73	10	52	56	0	1	41	1.10
9880207--9880236	4	7.5	4	92	0	51	70	0	0	30	0.88
9880284--9880335	19	2.5	23	73	23	60	59	5	7	26	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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