genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  158  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49329219--49329256	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
49335530--49335598	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
49337225--49337262	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
49338525--49338566	16	2.7	15	79	20	50	47	2	0	50	1.14
49338747--49338780	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
49342720--49342794	24	3.2	24	62	24	59	28	13	32	26	1.94
49342909--49342986	22	3.4	22	67	27	63	37	12	26	23	1.91
49342680--49342984	47	6.5	47	94	0	457	33	12	28	25	1.92
49342680--49343021	94	3.6	94	84	4	393	33	11	28	25	1.92
49342687--49343021	141	2.4	141	86	0	391	33	11	28	25	1.91
49343001--49343091	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
49346360--49346407	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
49350822--49351434	27	22.9	27	78	5	487	40	19	8	30	1.82
49350823--49351423	107	5.6	107	79	8	550	40	19	8	30	1.82
49350850--49351462	134	4.6	132	79	9	659	40	19	8	30	1.82
49351387--49351474	27	3.3	26	79	7	79	42	20	10	27	1.84
49351829--49351870	22	1.9	22	90	0	66	23	23	19	33	1.97
49359494--49359587	33	3.0	32	71	13	97	22	21	25	30	1.98
49362518--49362627	23	4.8	23	70	16	86	34	19	27	19	1.95
49367106--49367131	11	2.4	11	100	0	52	57	7	0	34	1.27
49367712--49367737	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
49370294--49370327	18	1.9	18	88	5	52	14	26	44	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49370453--49370641	27	7.0	27	81	3	211	26	15	19	39	1.91
49370455--49370641	80	2.3	81	83	3	234	26	15	19	39	1.91
49370456--49370676	27	8.3	27	76	4	171	26	16	19	37	1.93
49370509--49370685	80	2.2	80	82	2	201	26	16	19	37	1.93
49370761--49370785	5	5.0	5	100	0	50	40	20	20	20	1.92
49373404--49373455	23	2.3	23	90	3	79	38	13	23	25	1.91
49375381--49375468	27	3.3	27	88	0	131	27	23	7	40	1.82
49375464--49375606	27	5.3	26	71	15	103	37	22	10	29	1.87
49375504--49375616	27	4.2	27	80	4	129	41	21	7	29	1.81
49375443--49375628	54	3.5	53	70	5	133	39	20	9	30	1.84
49375565--49375685	27	4.4	27	76	13	95	42	19	6	31	1.76
49375605--49375690	27	3.1	27	80	14	104	39	15	9	36	1.79
49375743--49375808	27	2.4	27	85	9	82	36	19	22	21	1.95
49376865--49376947	31	2.7	31	90	3	134	28	16	26	27	1.97
49381461--49381590	40	3.3	39	82	4	163	24	27	23	24	2.00
49381477--49381627	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
49381461--49381627	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
49385419--49385687	46	5.7	49	75	14	185	27	18	30	24	1.98
49385461--49385640	99	1.9	94	85	8	245	26	18	30	24	1.98
49387589--49387634	24	2.0	22	83	8	56	13	32	28	26	1.93
49391741--49391769	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
49395203--49395424	79	2.8	79	81	9	263	25	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49395203--49395410	40	5.2	40	84	7	262	24	21	27	25	1.99
49403369--49403590	79	2.8	79	81	9	263	25	21	27	26	1.99
49403369--49403576	40	5.2	40	84	7	262	24	21	27	25	1.99
49404416--49404461	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
49411412--49411578	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
49411412--49411578	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
49412403--49412448	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
49418368--49418497	40	3.2	40	81	2	163	25	27	22	24	2.00
49418368--49418534	80	2.1	79	82	7	196	23	26	22	26	2.00
49422975--49423077	29	3.6	29	81	5	111	22	16	32	29	1.96
49424893--49425098	43	4.8	43	79	5	220	32	22	18	26	1.97
49424893--49425098	87	2.4	87	85	6	276	32	22	18	26	1.97
49425381--49425424	21	2.1	21	95	0	79	0	56	22	20	1.42
49427708--49427829	27	4.5	28	91	5	171	33	23	24	18	1.96
49427690--49427829	54	2.6	54	87	2	165	35	22	22	18	1.95
49429446--49429581	26	5.2	26	90	0	209	37	22	5	34	1.77
49434137--49434253	39	3.0	39	96	0	207	29	0	23	46	1.53
49434104--49434257	57	2.7	57	84	7	197	29	0	24	45	1.58
49434128--49434270	9	15.2	9	80	8	142	30	0	23	46	1.52
49434450--49435176	241	3.0	241	96	1	1350	33	14	17	34	1.90
49439031--49439121	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
49439161--49439264	48	2.2	48	94	0	181	34	26	4	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49439251--49439734	49	10.0	49	92	2	777	29	26	9	34	1.87
49439256--49439735	96	5.0	96	96	1	861	28	27	9	34	1.87
49439256--49439736	145	3.3	145	92	3	808	28	27	9	34	1.87
49443509--49443807	80	3.8	79	81	7	286	26	27	20	25	1.99
49443509--49443690	40	4.6	40	93	2	280	26	26	20	26	1.99
49443539--49443807	40	6.7	40	84	5	147	27	26	20	25	1.99
49443509--49443804	120	2.5	118	80	8	298	27	27	19	25	1.99
49445707--49445797	37	2.4	37	94	5	157	25	31	18	24	1.97
49445837--49445940	48	2.2	48	98	0	199	32	27	5	33	1.81
49445932--49446361	49	8.9	49	93	2	737	29	26	9	34	1.88
49445932--49446361	96	4.5	97	95	1	726	29	26	9	34	1.88
49449955--49449989	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
49450928--49451056	7	18.3	7	71	15	70	45	41	0	11	1.46
49450929--49451010	21	3.9	20	76	9	83	43	46	1	8	1.42
49450920--49451010	35	2.6	35	85	1	112	43	43	1	10	1.46
49451202--49451226	13	1.9	13	100	0	50	32	36	8	24	1.84
49451966--49452081	40	2.8	40	82	3	133	32	22	21	23	1.98
49452274--49452369	41	2.3	41	94	0	165	28	28	18	25	1.98
49452497--49452668	30	5.7	30	80	6	161	37	13	25	23	1.92
49452472--49452634	60	2.7	60	76	5	168	36	13	26	23	1.92
49454989--49455201	47	4.6	45	78	10	175	23	30	18	27	1.98
49454986--49455155	91	1.8	95	86	7	251	22	31	18	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49454939--49455204	94	2.9	92	77	12	274	23	30	18	27	1.98
49462496--49462614	44	2.6	45	88	6	161	21	26	21	30	1.98
49462454--49462714	47	5.6	45	79	12	201	22	27	19	29	1.98
49462450--49462714	94	2.8	91	79	12	288	22	27	20	29	1.98
49467038--49467600	3	188.0	3	75	7	457	30	6	2	61	1.33
49467639--49467665	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
49471968--49472156	50	3.8	49	82	1	216	26	18	26	28	1.98
49479182--49479261	39	2.0	40	95	2	144	26	23	22	27	2.00
49482993--49483495	44	11.4	44	64	12	136	33	20	24	21	1.97
49482903--49483671	88	8.7	87	88	3	1031	33	19	24	21	1.97
49485334--49485876	3	182.0	3	71	10	319	29	7	2	60	1.36
49485624--49485783	71	2.3	71	81	6	173	29	6	0	63	1.23
49485922--49485946	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
49495997--49496204	79	2.6	80	77	6	181	24	30	23	21	1.99
49496097--49496204	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
49506230--49506395	40	4.2	40	79	3	167	24	27	22	25	2.00
49519808--49519899	27	3.4	27	78	3	87	28	17	18	35	1.93
49519853--49520326	27	17.7	27	83	6	493	31	9	20	38	1.84
49520663--49520734	28	2.6	28	86	0	99	30	33	18	18	1.94
49523546--49523622	27	2.9	27	88	0	100	27	15	20	36	1.93
49523563--49524029	27	17.6	27	80	6	420	30	9	19	39	1.84
49523674--49523714	20	2.0	20	90	0	64	39	7	4	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49523616--49524029	134	3.1	133	84	6	472	31	8	19	40	1.83
49529324--49529641	94	3.4	93	79	6	322	28	19	29	22	1.98
49529324--49529682	47	7.6	46	70	14	207	28	19	29	22	1.98
49533116--49533140	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
49536427--49536502	37	2.1	36	83	11	93	53	2	2	40	1.28
49537925--49538026	50	2.0	51	96	1	188	35	13	9	41	1.78
49547969--49548007	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
49548435--49548549	55	2.1	56	80	8	128	35	20	23	20	1.96
49548461--49548549	28	3.2	27	82	4	97	33	21	23	21	1.97
49548461--49548549	27	3.2	27	79	7	99	33	21	23	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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