genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.372.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  372  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116631545--116632098	48	10.9	50	87	7	687	33	24	5	37	1.77
116645887--116645991	52	2.0	52	100	0	210	31	26	1	40	1.67
116652623--116652906	40	7.1	40	83	1	327	25	22	26	25	2.00
116652623--116652906	80	3.5	80	89	1	383	25	22	26	25	2.00
116656564--116656749	40	4.7	40	84	0	210	27	23	25	24	2.00
116656565--116656770	80	2.6	80	82	5	238	25	22	26	25	2.00
116662791--116662864	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
116662732--116662864	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
116670668--116670741	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
116670609--116670741	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
116674439--116674512	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
116674380--116674512	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
116682300--116682373	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
116682241--116682373	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
116686548--116686835	40	7.2	40	83	0	288	25	22	26	25	2.00
116686549--116686835	80	3.6	80	88	2	380	25	22	26	25	2.00
116686550--116686835	120	2.4	120	83	3	335	25	23	26	25	2.00
116690570--116690713	54	2.7	54	95	2	254	17	25	23	34	1.96
116690573--116690731	27	5.9	27	83	11	193	18	25	22	33	1.96
116690573--116690731	81	2.0	80	85	8	216	18	25	22	33	1.96
116698544--116698701	27	5.9	25	79	11	138	19	23	21	35	1.96
116698540--116698683	54	2.7	54	91	2	218	18	23	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116708676--116708709	8	4.2	8	84	0	50	38	0	2	58	1.13
116709480--116709505	5	5.2	5	100	0	52	42	0	19	38	1.51
116710995--116711033	19	2.0	20	90	5	62	35	0	17	46	1.49
116711382--116711451	2	35.0	2	100	0	140	50	0	50	0	1.00
116711778--116711804	14	1.9	14	100	0	54	29	3	0	66	1.09
116711782--116711823	20	2.0	21	90	4	68	28	4	0	66	1.12
116713259--116713353	14	6.8	14	83	4	111	33	10	21	34	1.87
116713259--116713353	42	2.3	42	87	3	129	33	10	21	34	1.87
116726179--116726257	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
116726201--116726257	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
116726179--116726257	36	2.1	39	90	9	128	35	16	10	37	1.82
116730660--116730684	7	3.6	7	100	0	50	16	52	0	32	1.44
116730659--116730692	14	2.4	14	85	0	50	20	47	0	32	1.51
116733163--116733206	22	2.0	22	100	0	88	45	18	22	13	1.84
116735988--116736147	41	3.9	41	86	4	198	29	26	16	27	1.97
116736547--116736627	40	2.0	40	95	0	144	30	22	7	39	1.81
116739468--116739505	19	2.0	19	85	10	51	63	2	0	34	1.09
116755879--116755996	43	2.8	42	72	13	105	27	28	16	26	1.97
116755968--116756237	48	5.6	47	86	3	342	27	28	17	27	1.97
116762261--116762303	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
116772697--116772740	21	2.0	21	86	4	61	79	0	2	18	0.83
116775404--116775429	10	2.6	10	100	0	52	0	19	7	73	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116776723--116776903	91	2.0	91	92	2	301	26	20	17	34	1.95
116781014--116781287	50	5.7	47	75	11	211	30	16	28	24	1.97
116781155--116781286	50	2.6	50	92	0	219	31	16	28	24	1.96
116788604--116788817	47	4.6	46	77	12	177	28	15	28	27	1.96
116788604--116788817	94	2.3	92	81	5	234	28	15	28	27	1.96
116802946--116802984	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
116804105--116804146	20	2.1	20	100	0	84	28	21	4	45	1.72
116808453--116808560	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
116810759--116811441	228	3.0	227	80	2	722	29	25	24	20	1.99
116823042--116823107	33	2.0	33	96	0	123	46	6	28	18	1.72
116823136--116823201	31	2.1	31	83	10	82	36	0	4	59	1.18
116823215--116823258	2	22.0	2	95	0	79	0	2	47	50	1.13
116824260--116824297	19	2.0	19	94	0	67	39	21	18	21	1.93
116826162--116826210	20	2.4	21	86	6	66	46	12	2	38	1.53
116831169--116831307	60	2.3	60	82	6	165	27	25	20	26	1.99
116831300--116831355	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
116835498--116835636	60	2.3	60	82	6	165	27	25	20	26	1.99
116835629--116835684	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
116836283--116836315	8	4.1	8	92	0	57	3	24	21	51	1.62
116837820--116837863	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
116838971--116839088	58	2.0	58	93	0	200	30	20	23	25	1.98
116847935--116848026	44	2.1	44	83	4	114	31	25	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116854651--116854697	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
116854954--116855257	46	7.0	46	86	7	345	22	23	16	38	1.93
116855134--116855247	38	3.0	38	96	0	210	23	23	19	33	1.97
116863121--116863288	40	4.2	40	85	5	216	26	28	21	23	1.99
116863121--116863288	80	2.1	80	88	4	250	26	28	21	23	1.99
116867693--116867802	39	2.8	40	82	10	136	22	23	29	24	1.99
116867652--116867818	40	4.2	40	76	10	171	25	22	27	24	2.00
116871004--116871229	40	5.7	40	89	0	326	23	26	22	26	1.99
116874676--116874741	32	2.1	32	100	0	132	36	0	12	51	1.39
116875655--116875683	10	3.0	10	95	5	51	51	0	10	37	1.36
116879662--116879723	30	2.1	30	100	0	124	29	6	22	41	1.78
116881343--116881375	12	2.6	13	90	9	59	45	0	6	48	1.27
116883805--116883882	39	2.0	39	100	0	156	43	5	33	17	1.72
116886701--116886734	5	6.8	5	93	0	59	58	0	0	41	0.98
116888029--116888693	85	7.9	83	75	11	387	45	10	11	32	1.74
116888029--116888539	169	3.0	169	77	8	469	45	10	10	33	1.74
116888476--116888612	73	1.9	72	86	4	195	43	8	15	32	1.77
116888836--116888902	32	2.0	34	83	13	86	52	5	5	35	1.51
116899318--116899366	25	1.9	26	83	4	64	38	0	4	57	1.18
116899394--116899479	16	5.9	15	71	20	51	36	2	1	60	1.17
116899394--116899452	13	4.4	13	76	14	57	37	1	0	61	1.07
116899414--116899479	21	3.0	21	71	16	53	34	1	1	62	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116899895--116899924	15	1.9	15	93	6	51	26	0	0	73	0.84
116903461--116903514	8	6.9	8	78	2	56	57	0	38	3	1.17
116903459--116903507	16	3.1	16	84	0	62	59	0	36	4	1.17
116911530--116911864	44	7.6	44	86	2	422	28	14	28	27	1.96
116911530--116912087	132	4.3	131	81	8	642	30	14	27	27	1.95
116911833--116911897	33	2.0	33	87	6	96	29	13	26	30	1.94
116911865--116912133	44	6.1	44	83	5	287	33	14	25	27	1.94
116911787--116912031	88	3.0	78	77	15	262	31	15	26	26	1.95
116911656--116912075	209	2.0	209	88	2	630	30	14	27	27	1.95
116911762--116911986	121	1.9	121	88	1	344	31	15	27	26	1.96
116911700--116912029	165	2.0	165	86	2	466	30	15	27	27	1.96
116913523--116913581	28	2.1	28	84	9	75	37	5	1	55	1.32
116913601--116913680	12	6.8	12	77	16	62	36	2	1	60	1.18
116913637--116913673	19	1.9	19	88	0	56	35	2	2	59	1.26
116913685--116913734	22	2.3	21	82	3	64	34	4	0	62	1.14
116915482--116915531	25	2.0	26	84	4	66	56	2	8	34	1.40
116916692--116916737	20	2.3	21	75	17	53	32	8	21	36	1.84
116916822--116916861	20	2.1	19	85	4	53	40	15	12	32	1.84
116917132--116917172	20	2.0	21	85	4	57	41	9	7	41	1.66
116917439--116917498	18	3.2	18	74	6	57	31	3	3	61	1.28
116919903--116919932	15	2.0	15	93	0	51	30	0	26	43	1.55
116922448--116922582	17	7.6	17	85	6	171	37	14	11	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116922448--116922582	35	3.8	35	86	8	175	37	14	11	37	1.81
116922448--116922590	52	2.7	52	91	5	214	37	14	10	37	1.81
116922937--116924276	207	6.5	207	92	0	2157	30	23	17	29	1.97
116922937--116924276	413	3.2	413	94	0	2286	30	23	17	29	1.97
116924087--116924392	131	2.5	118	77	8	306	27	22	18	31	1.98
116924453--116924592	43	3.2	42	71	22	128	24	18	21	35	1.95
116924395--116924684	87	3.4	86	81	8	305	23	20	23	32	1.98
116925585--116925674	1	90.0	1	70	0	63	0	14	0	85	0.60
116925585--116925671	7	11.7	7	88	9	120	0	14	0	85	0.61
116925585--116925671	22	3.9	22	86	13	124	0	14	0	85	0.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433