genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  82  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24193474--24193582	37	2.9	37	93	2	184	26	31	18	23	1.97
24193980--24194050	25	2.9	24	76	12	65	77	1	15	5	1.02
24196789--24196975	48	3.9	48	96	0	338	29	28	6	35	1.82
24196948--24196996	21	2.3	21	96	3	89	26	32	12	28	1.92
24196900--24197044	69	2.1	69	97	1	272	29	28	8	33	1.86
24200491--24200562	25	2.9	25	78	0	72	30	16	25	27	1.97
24202095--24202127	17	1.9	17	100	0	66	18	42	9	30	1.81
24204524--24204789	46	5.7	46	74	15	233	21	19	28	30	1.98
24204573--24204736	47	3.5	47	76	14	185	21	18	29	31	1.97
24204517--24204782	93	2.9	93	91	0	424	21	19	28	29	1.98
24210002--24210031	13	2.3	13	94	0	51	6	30	50	13	1.67
24211483--24211656	49	3.6	48	81	6	174	25	28	18	27	1.98
24211680--24211820	46	3.1	46	86	5	171	24	29	17	28	1.97
24218102--24218173	25	2.9	25	78	0	63	30	15	25	29	1.96
24218284--24218351	26	2.6	25	84	6	75	35	17	27	19	1.94
24221408--24221472	33	2.0	33	85	11	89	52	0	6	41	1.26
24221722--24221771	23	2.2	23	85	0	64	22	30	8	40	1.82
24222063--24222114	17	3.1	17	80	0	59	36	19	9	34	1.84
24229168--24229227	27	2.3	27	79	2	68	40	11	18	30	1.86
24232526--24232586	31	2.0	31	93	0	104	32	19	13	34	1.90
24232683--24232779	38	2.6	37	87	8	126	40	15	16	27	1.89
24235219--24235247	12	2.4	12	100	0	58	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24235176--24235236	26	2.4	25	84	7	79	65	1	0	32	1.02
24235176--24235262	21	4.0	20	73	22	61	67	2	0	29	1.03
24235311--24235351	15	2.7	16	82	17	52	70	0	0	29	0.87
24238467--24238517	2	25.5	2	100	0	102	0	0	49	50	1.00
24240593--24240637	17	2.6	17	82	0	54	35	15	11	37	1.83
24242321--24242378	20	2.9	19	75	10	53	22	12	13	51	1.74
24242328--24242390	20	3.2	20	75	8	58	26	11	12	49	1.74
24242560--24242639	20	4.1	20	73	10	58	25	15	8	51	1.71
24243096--24243143	20	2.3	21	82	3	62	12	12	8	66	1.44
24243224--24243266	20	2.2	20	91	0	68	30	20	6	41	1.79
24251738--24251816	28	2.8	27	86	5	104	34	12	15	37	1.85
24253438--24253475	16	2.4	16	90	0	67	47	10	18	23	1.79
24256839--24256979	51	2.8	49	81	4	174	27	26	20	24	1.99
24261273--24261349	3	25.7	3	88	7	104	70	0	2	27	1.01
24270973--24271030	30	1.9	30	86	6	82	10	25	41	22	1.85
24273824--24273996	46	3.7	46	72	13	156	20	20	27	30	1.98
24273821--24273991	93	1.8	93	88	0	261	20	21	28	29	1.98
24276299--24276340	13	3.2	13	93	3	66	50	14	19	16	1.79
24284728--24284764	14	2.6	14	100	0	74	59	10	8	21	1.56
24285125--24285176	13	4.0	13	100	0	104	15	38	30	15	1.88
24286424--24286505	43	1.9	43	82	7	105	34	19	19	26	1.96
24293938--24294040	42	2.4	42	82	9	120	32	24	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24295890--24296073	40	4.6	39	80	9	203	23	22	27	25	2.00
24295889--24296071	79	2.3	81	82	7	223	24	22	27	25	2.00
24295941--24296106	79	2.1	79	78	6	176	25	21	27	26	1.99
24312747--24313317	286	2.0	285	88	2	851	37	11	22	28	1.89
24314661--24314781	43	2.8	42	85	7	138	23	18	26	31	1.97
24316614--24316877	40	6.7	40	84	6	324	23	20	28	26	1.99
24316667--24316875	79	2.6	79	94	2	357	23	21	28	26	1.99
24316614--24316877	119	2.2	121	85	5	351	23	20	28	26	1.99
24321004--24321221	40	5.5	39	85	5	253	24	23	27	24	2.00
24321000--24321221	80	2.8	80	83	7	292	25	23	26	24	2.00
24328356--24328529	46	3.8	46	78	13	214	21	20	29	28	1.98
24334428--24334459	16	2.0	16	93	0	55	25	21	18	34	1.96
24334784--24334877	25	3.7	25	76	1	89	20	34	19	26	1.96
24334853--24334894	18	2.3	19	87	4	59	21	35	19	23	1.96
24334828--24334923	44	2.2	43	86	1	129	20	36	18	23	1.95
24334897--24334938	18	2.3	18	91	0	66	19	35	21	23	1.96
24340465--24340489	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
24342381--24342468	43	2.0	43	97	0	167	32	25	4	37	1.76
24345560--24345600	20	2.0	20	85	0	55	56	4	4	34	1.42
24348715--24348884	40	4.2	40	93	1	279	22	20	28	28	1.98
24348721--24348913	80	2.4	80	88	1	226	23	20	27	27	1.99
24352366--24352774	46	8.9	46	90	0	584	41	13	23	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24353055--24353087	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
24361872--24361999	46	2.8	46	93	2	213	28	30	21	18	1.97
24367135--24367277	37	3.8	39	76	10	127	28	16	18	37	1.92
24368097--24368152	22	2.5	23	82	11	71	42	16	5	35	1.70
24372754--24372801	21	2.4	20	86	10	71	50	0	4	45	1.21
24374925--24375023	46	2.2	46	100	0	198	36	15	23	25	1.93
24374993--24375054	31	2.0	31	96	0	115	37	16	20	25	1.93
24374947--24375100	77	2.0	77	96	0	281	38	14	22	24	1.92
24375024--24375312	46	6.3	46	86	2	321	41	13	24	20	1.88
24375022--24375312	138	2.1	138	83	2	368	41	13	24	20	1.88
24376282--24376391	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
24379493--24379577	31	2.7	31	74	3	73	23	14	18	43	1.87
24382584--24382793	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24397535--24397685	40	3.8	39	77	14	132	27	23	25	22	2.00
24399717--24399820	48	2.2	48	82	6	122	29	22	30	17	1.96
24403421--24403528	38	2.8	38	84	0	126	18	23	28	29	1.98
24403521--24403718	43	4.6	43	91	0	333	10	24	33	31	1.89
24409443--24409650	27	7.7	27	84	1	283	39	20	9	29	1.84
24409443--24409647	54	3.8	54	89	3	333	40	20	9	29	1.84
24409436--24409647	107	2.0	108	91	2	347	39	20	9	30	1.84
24409605--24409773	27	6.3	27	84	1	187	35	19	18	26	1.95
24409603--24409774	81	2.1	80	82	6	220	36	19	18	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24410188--24410306	6	19.3	6	72	17	84	20	15	14	49	1.79
24410188--24410298	31	3.6	31	90	0	159	20	16	13	49	1.79
24410192--24410291	25	3.8	25	78	21	98	20	16	14	50	1.78
24418569--24418652	42	2.0	42	88	4	125	36	23	13	26	1.91
24423578--24423602	13	1.9	13	100	0	50	28	40	16	16	1.89
24437518--24437589	27	2.6	27	86	2	108	30	25	13	30	1.94
24437598--24437704	42	2.5	42	95	0	196	22	32	14	30	1.93
24445599--24445670	27	2.6	27	86	2	108	30	25	13	30	1.94
24445679--24445785	42	2.5	42	93	0	187	22	31	14	31	1.93
24446191--24446232	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
24451621--24451678	28	2.1	28	96	0	107	24	12	10	53	1.68
24456609--24456789	39	4.6	39	91	0	290	22	29	20	27	1.99
24460022--24460061	21	2.0	19	85	9	53	70	12	0	17	1.18
24461190--24461256	20	3.2	20	83	8	73	43	17	26	11	1.84
24471107--24471236	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
24482265--24482590	43	7.6	43	82	4	354	26	15	26	31	1.95
24482267--24482590	85	3.8	85	83	4	368	26	15	26	31	1.95
24482285--24482590	128	2.4	129	80	6	370	25	14	27	32	1.95
24493830--24493867	20	1.9	20	88	0	58	26	7	21	44	1.79
24498446--24498492	17	2.8	17	80	9	51	31	0	4	63	1.13
24499295--24499496	29	6.9	29	85	2	244	37	12	25	23	1.91
24510765--24510974	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24518900--24519109	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
24523658--24523728	24	2.9	25	72	19	78	35	19	23	21	1.96
24530014--24530227	53	4.0	54	76	4	180	23	23	14	37	1.92
24530200--24530321	47	2.6	47	90	0	199	27	22	13	37	1.91
24537249--24537290	21	2.0	21	100	0	84	33	23	4	38	1.76
24540726--24540761	18	2.0	18	100	0	72	27	16	16	38	1.90
24542737--24542867	30	4.5	30	85	8	162	29	25	12	32	1.93
24542736--24542867	58	2.3	58	84	4	167	28	26	12	31	1.93
24549320--24549407	46	1.9	46	83	4	115	21	30	20	27	1.98
24556926--24557083	46	3.4	44	75	12	140	27	30	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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