genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  17  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4589205--4589241	18	2.2	18	85	9	51	54	2	0	43	1.14
4591002--4591032	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
4595405--4595431	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
4600287--4600328	21	2.0	21	86	9	59	54	0	0	45	0.99
4600266--4600328	23	2.8	22	79	16	67	49	1	3	46	1.27
4600661--4600752	45	2.0	45	97	0	175	48	17	13	20	1.80
4600667--4600766	45	2.2	45	90	0	155	50	18	10	22	1.76
4602089--4602130	21	2.0	21	85	0	57	28	4	2	64	1.26
4602185--4602240	24	2.2	26	78	9	62	39	1	3	55	1.28
4602349--4602404	24	2.3	24	78	6	60	42	3	1	51	1.29
4602363--4602409	24	2.0	24	87	4	69	40	2	2	55	1.24
4604857--4604942	40	2.1	42	82	4	104	67	9	2	20	1.30
4611144--4611177	17	1.9	17	88	5	50	58	0	5	35	1.22
4611453--4611493	14	3.1	14	75	13	50	60	14	0	24	1.34
4611879--4611907	14	2.0	15	93	6	51	48	6	0	44	1.29
4611988--4612012	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
4617157--4617957	178	4.5	178	86	2	889	27	23	18	30	1.97
4617795--4618333	133	4.0	133	83	4	665	28	21	19	29	1.98
4617818--4618323	267	1.9	266	86	2	712	29	20	19	30	1.97
4618428--4618551	61	2.0	64	90	4	200	37	16	16	29	1.91
4618918--4618964	23	2.0	23	87	0	67	55	4	14	25	1.58
4619818--4619858	20	2.0	20	100	0	82	43	9	31	14	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4629017--4629146	3	43.3	3	66	9	59	57	5	6	30	1.47
4638300--4638348	21	2.4	21	78	21	59	28	6	6	59	1.46
4638434--4638482	21	2.3	22	82	10	57	26	2	2	69	1.10
4652520--4652575	27	2.1	27	100	0	112	37	10	7	44	1.67
4665207--4665258	17	3.0	17	77	11	61	73	3	3	19	1.15
4665207--4665259	18	3.0	18	72	13	56	73	3	3	18	1.14
4666127--4666151	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
4668858--4668904	20	2.3	20	77	3	58	46	0	4	48	1.21
4669100--4669164	33	2.0	33	96	0	121	29	29	15	26	1.96
4669825--4669873	21	2.3	21	85	3	62	42	26	8	22	1.81
4669833--4669875	21	2.0	21	90	0	68	41	25	6	25	1.80
4670458--4670761	152	2.0	152	96	0	563	32	19	14	33	1.92
4681297--4681330	13	2.7	13	90	4	52	52	11	20	14	1.73
4688953--4688983	6	5.2	6	100	0	62	64	0	19	16	1.29
4690661--4690761	14	7.2	13	71	25	57	25	8	0	64	1.29
4690731--4690776	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
4690743--4690809	21	3.0	23	76	21	72	29	5	0	64	1.17
4692102--4692173	30	2.4	31	85	2	92	50	8	1	40	1.41
4694334--4694364	12	2.6	12	100	0	62	29	6	35	29	1.82
4696249--4696293	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
4699525--4699660	26	5.2	26	97	0	236	36	24	5	33	1.78
4705360--4705469	26	4.2	26	96	0	193	36	23	5	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4709739--4709780	22	1.9	22	90	0	66	50	14	2	33	1.56
4718641--4718687	22	2.1	22	84	0	58	65	17	0	17	1.27
4718927--4719101	87	2.0	88	94	1	307	32	10	13	42	1.79
4736642--4736687	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
4736649--4736693	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
4753195--4753348	78	2.0	78	94	0	272	20	22	19	38	1.94
4754943--4755083	55	2.6	55	80	4	167	17	29	26	26	1.97
4763870--4763927	30	1.9	30	85	0	80	22	34	27	15	1.94
4765617--4765648	6	5.3	6	100	0	64	46	15	18	18	1.84
4766571--4766608	13	2.9	13	80	11	51	36	0	0	63	0.95
4772777--4773094	43	7.5	43	69	14	165	27	16	24	31	1.96
4772820--4773094	127	2.1	128	82	1	318	29	16	23	30	1.96
4774481--4774537	28	2.0	28	89	0	87	33	21	15	29	1.94
4777624--4777667	18	2.3	18	92	7	70	75	0	25	0	0.81
4777630--4777670	17	2.3	18	91	8	66	75	0	24	0	0.80
4783598--4783630	17	1.9	17	93	0	57	57	6	6	30	1.47
4784931--4784977	15	3.2	15	80	14	62	29	0	0	70	0.88
4785025--4785070	16	3.0	16	79	17	53	45	6	0	47	1.28
4787749--4787858	56	2.0	56	98	0	211	35	14	14	35	1.87
4788085--4788122	15	2.4	16	83	16	53	50	0	5	44	1.24
4788065--4788132	29	2.4	28	76	16	68	50	0	4	45	1.22
4788116--4788149	16	2.1	17	88	5	52	50	0	5	44	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4789858--4789903	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
4795989--4796100	18	6.2	17	77	6	89	33	13	16	35	1.88
4795989--4796100	36	3.1	35	82	5	134	33	13	16	35	1.88
4801295--4801390	47	2.0	47	97	0	183	30	10	8	51	1.66
4808970--4809056	43	2.0	43	95	0	156	51	16	12	19	1.75
4811818--4811860	20	2.2	20	83	8	52	62	18	0	18	1.32
4811807--4812156	175	2.0	175	97	0	655	42	28	10	19	1.83
4812528--4812553	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
4813522--4813573	18	3.2	16	84	15	63	32	3	0	63	1.12
4813522--4813570	17	3.1	17	85	11	68	32	4	0	63	1.13
4813529--4813573	15	2.9	15	86	3	63	31	2	0	66	1.04
4813529--4813584	15	3.8	14	79	13	51	32	1	1	64	1.14
4813556--4813709	25	6.2	25	71	17	99	33	6	4	55	1.46
4813619--4813702	27	3.0	27	73	18	75	32	8	3	55	1.47
4813781--4813855	29	2.7	29	80	10	77	38	6	2	52	1.42
4813920--4813959	16	2.4	17	84	15	57	35	2	2	60	1.24
4813920--4813965	16	2.8	15	84	15	56	34	4	2	58	1.30
4813944--4814035	3	30.3	3	68	22	50	29	6	2	61	1.32
4819129--4819165	19	2.0	19	89	5	58	70	8	8	13	1.34
4819129--4819177	19	2.5	20	83	9	57	73	8	8	10	1.25
4819322--4819384	15	3.9	15	73	20	56	66	0	31	1	1.01
4823679--4823747	33	2.1	33	83	5	86	15	15	47	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4823795--4823935	72	2.0	72	87	2	203	34	19	25	20	1.96
4824753--4824782	12	2.4	13	94	5	53	6	10	6	76	1.15
4824837--4824878	22	2.0	21	90	4	66	33	0	7	59	1.25
4824909--4824972	13	4.4	14	70	18	51	25	4	1	68	1.17
4824649--4825559	155	6.1	140	72	15	481	29	7	6	55	1.53
4825014--4825717	145	4.8	146	76	13	634	28	8	6	56	1.54
4825237--4825272	12	2.8	13	87	4	56	22	2	0	75	0.94
4824649--4825709	300	3.6	290	83	10	1191	29	7	6	56	1.54
4825647--4825705	30	1.9	31	89	3	93	23	5	3	67	1.26
4826144--4826215	14	5.1	14	75	17	60	0	34	0	65	0.93
4826243--4826302	3	20.0	3	77	13	61	0	33	0	66	0.92
4826243--4826299	16	3.4	16	73	19	53	0	33	0	66	0.92
4826258--4826302	8	5.9	8	77	17	51	0	35	0	64	0.94
4826229--4826302	38	1.9	38	84	10	98	0	37	0	62	0.96
4826611--4826638	13	2.2	13	100	0	56	28	7	7	57	1.52
4828543--4828601	29	2.0	29	100	0	118	40	6	10	42	1.65
4830367--4830407	16	2.7	16	85	7	59	53	0	0	46	1.00
4841881--4841934	25	2.3	23	75	15	56	44	5	40	9	1.60
4842727--4842774	20	2.5	20	86	3	62	56	2	2	39	1.23
4847352--4847504	27	5.7	27	76	10	91	38	24	18	18	1.93
4847352--4847477	54	2.3	54	83	2	146	39	25	18	16	1.91
4847379--4847504	54	2.3	54	86	0	162	38	23	19	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4847376--4847505	27	4.8	27	80	7	120	38	23	19	19	1.93
4855671--4855708	14	2.7	15	84	12	53	73	5	0	21	1.02
4856376--4856476	51	2.1	47	81	10	114	48	13	3	33	1.61
4857805--4857850	19	2.3	20	75	17	60	60	8	0	30	1.26
4874425--4874453	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
4876390--4876448	29	2.1	28	81	6	66	28	15	15	40	1.87
4882148--4882176	12	2.4	12	100	0	58	31	0	34	34	1.58
4892589--4892643	20	2.8	20	77	2	67	60	20	14	5	1.54
4893073--4893126	20	2.8	20	80	2	65	59	18	14	7	1.58
4893559--4893612	20	2.8	20	80	2	65	59	18	14	7	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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