genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.381.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  381  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119186846--119186880	16	2.2	16	100	0	70	31	17	11	40	1.85
119197173--119197214	14	2.9	15	82	3	50	50	2	0	47	1.14
119197448--119197474	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
119197838--119197901	31	2.0	34	84	9	89	43	0	1	54	1.09
119208623--119208684	15	3.9	15	73	10	52	4	22	3	69	1.22
119208711--119208749	8	4.8	8	83	3	51	43	0	0	56	0.99
119213575--119213673	49	2.0	49	100	0	198	30	20	14	35	1.92
119214439--119214492	21	2.6	21	82	2	56	5	27	0	66	1.13
119216084--119216232	80	1.9	81	82	4	194	36	8	13	41	1.75
119216365--119216415	23	2.2	23	100	0	102	31	21	25	21	1.98
119225208--119225247	13	3.2	13	83	16	57	17	2	0	80	0.83
119225311--119225364	22	2.5	22	100	0	108	7	9	12	70	1.33
119227012--119227041	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
119227266--119227318	21	2.5	21	79	11	56	32	3	15	49	1.62
119230194--119230233	14	2.7	14	84	7	53	80	0	5	15	0.88
119230195--119230233	20	1.9	21	89	5	62	79	0	5	15	0.90
119237307--119237349	22	2.0	23	86	9	63	48	11	0	39	1.40
119239851--119239933	11	7.5	11	76	1	67	9	8	25	56	1.59
119239901--119239943	22	2.0	22	86	9	61	9	6	25	58	1.54
119240515--119240574	26	2.3	25	80	11	66	65	1	6	26	1.27
119243116--119243157	22	1.9	22	85	9	59	69	4	2	23	1.20
119243125--119243167	22	2.0	21	86	4	59	67	4	4	23	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119244548--119244867	179	1.8	175	83	6	421	28	25	16	29	1.97
119245329--119245417	45	2.0	45	81	0	106	26	22	17	32	1.97
119245494--119245716	55	3.7	64	82	11	315	39	14	16	30	1.88
119245757--119245793	17	2.2	17	90	0	56	21	2	8	67	1.29
119246858--119246896	12	3.1	12	82	10	51	7	7	0	84	0.77
119246858--119246910	26	2.0	26	85	7	72	13	5	0	81	0.86
119247409--119247467	25	2.3	25	82	11	66	8	10	6	74	1.22
119247431--119247471	20	2.0	20	86	13	57	12	9	7	70	1.33
119252986--119253027	22	1.9	22	85	9	59	69	4	2	23	1.20
119252995--119253037	22	2.0	21	86	4	59	67	4	4	23	1.28
119256363--119256394	17	1.9	16	93	6	55	78	6	9	6	1.10
119256911--119256942	15	2.1	15	100	0	64	25	0	12	62	1.30
119258609--119258665	29	2.0	29	100	0	114	33	3	10	52	1.53
119267555--119267592	13	3.0	13	80	7	51	15	2	5	76	1.08
119268465--119268524	15	3.9	14	71	25	50	31	8	10	50	1.66
119268463--119268530	32	2.1	32	86	5	93	29	7	13	50	1.68
119275875--119275924	24	2.1	24	100	0	100	38	20	8	34	1.82
119279215--119279239	13	1.9	13	100	0	50	16	12	0	72	1.13
119293213--119293250	18	2.1	18	90	0	58	10	10	2	76	1.12
119294545--119294587	18	2.3	19	77	18	54	25	4	13	55	1.58
119299177--119299229	26	2.0	26	92	0	88	22	22	37	16	1.94
119299491--119299562	35	2.1	35	100	0	144	26	19	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119301432--119301476	17	2.6	17	100	0	90	26	13	15	44	1.83
119302493--119302687	91	2.1	91	82	3	232	27	14	23	34	1.93
119309590--119309631	18	2.5	17	80	7	50	52	7	0	40	1.29
119310055--119310113	16	3.6	16	77	11	57	71	6	1	20	1.18
119310938--119310980	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
119312405--119312444	21	1.9	21	84	0	53	30	2	22	45	1.66
119313012--119313158	43	3.4	43	74	7	129	27	13	24	34	1.93
119321171--119321282	56	2.0	56	94	0	197	22	28	15	33	1.94
119323133--119323226	40	2.3	40	83	3	118	32	29	14	22	1.94
119326932--119326966	17	2.1	17	94	0	61	34	2	31	31	1.73
119346217--119346277	26	2.3	26	100	0	122	29	9	24	36	1.88
119349296--119349327	16	2.0	16	100	0	64	12	6	18	62	1.50
119358630--119358737	38	2.8	38	92	1	180	23	21	14	40	1.90
119358691--119358754	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
119358946--119359017	24	3.0	24	84	10	85	26	25	20	27	1.99
119359068--119359127	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
119359170--119359217	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
119362495--119362520	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
119363310--119363361	16	3.3	15	76	10	50	34	5	25	34	1.80
119367073--119367373	39	7.7	39	92	1	446	19	21	29	29	1.97
119371423--119371590	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
119372821--119372858	20	1.9	20	88	0	58	0	15	2	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119372829--119372864	16	2.1	18	90	10	58	0	13	5	80	0.88
119379450--119379617	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
119380856--119380892	18	2.1	18	90	5	58	0	13	5	81	0.86
119387496--119387663	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
119388894--119388931	20	1.9	20	88	0	58	0	15	2	81	0.80
119388902--119388937	16	2.1	18	90	10	58	0	13	5	80	0.88
119394480--119394507	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
119394565--119394748	39	4.7	39	93	0	314	18	20	30	30	1.96
119397468--119397525	28	2.1	28	87	9	84	65	0	1	32	1.03
119397670--119397710	15	2.8	15	79	17	50	60	2	4	31	1.30
119397728--119397800	10	7.2	10	73	18	53	60	0	6	32	1.23
119397956--119397989	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
119397956--119397992	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
119397948--119398015	25	2.8	24	74	10	59	61	0	4	33	1.16
119397952--119398017	12	5.4	12	77	10	53	60	0	4	34	1.17
119399415--119399439	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
119403877--119403906	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
119404027--119404060	17	2.0	17	100	0	68	52	0	5	41	1.25
119404474--119404567	45	2.1	45	81	0	107	37	20	21	21	1.95
119406089--119406160	36	2.0	36	94	0	126	52	5	9	31	1.57
119408589--119408670	41	2.0	41	100	0	164	19	9	14	56	1.66
119410595--119410707	27	4.2	27	85	7	133	36	22	23	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119410595--119410709	54	2.1	54	87	3	160	36	22	23	17	1.95
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119422715--119422871	42	3.7	42	81	0	188	48	13	19	19	1.81
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119423799--119424037	81	3.0	81	84	1	201	33	21	5	39	1.77
119423828--119424048	27	8.2	27	86	4	284	31	22	4	41	1.75
119423828--119424048	81	2.7	81	88	1	327	31	22	4	41	1.75
119424283--119424333	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
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119426713--119426906	27	7.2	27	84	2	219	30	21	5	42	1.76
119426686--119426906	54	4.1	54	80	2	138	31	21	6	40	1.78
119426673--119426906	81	2.9	82	79	6	192	33	20	6	39	1.78
119427141--119427192	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
119427415--119427496	6	13.3	6	72	19	62	18	17	13	51	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119427415--119427487	31	2.4	31	88	4	103	17	17	12	52	1.75
119429370--119429428	27	2.2	27	90	0	91	42	16	5	35	1.71
119429423--119429482	27	2.2	27	96	0	111	40	18	10	31	1.84
119429423--119429497	27	2.8	27	89	4	89	38	22	10	28	1.87
119429462--119429682	27	8.2	27	83	0	235	31	22	5	39	1.78
119429917--119429968	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
119430001--119430047	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
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119430222--119430303	6	13.3	6	70	23	55	19	17	13	50	1.78
119432474--119432586	54	2.1	54	83	3	138	39	19	6	34	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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