genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  249  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77656594--77656656	16	3.9	16	87	0	81	42	4	25	26	1.75
77656593--77656664	16	4.5	16	79	6	65	44	5	22	27	1.75
77656833--77656873	14	3.1	14	79	10	50	58	0	0	41	0.98
77656829--77656967	58	2.4	57	86	2	197	53	2	0	43	1.15
77656829--77657005	58	3.1	56	82	6	169	55	3	0	40	1.21
77659223--77659364	72	2.0	73	87	4	207	52	14	14	18	1.74
77661913--77661952	18	2.1	19	90	9	64	57	0	0	42	0.98
77661912--77661974	31	2.0	32	87	9	94	57	0	0	42	0.99
77661933--77661967	13	2.8	13	91	8	56	57	0	0	42	0.99
77662005--77662114	23	4.4	24	67	19	64	60	2	0	37	1.11
77662005--77662057	25	2.2	25	83	6	65	62	1	0	35	1.06
77662039--77662088	18	2.6	19	78	9	57	60	2	0	38	1.09
77662039--77662099	20	3.2	20	81	13	74	59	1	0	39	1.08
77662195--77662242	21	2.3	20	83	13	62	62	2	2	33	1.18
77662201--77662241	22	1.9	21	85	5	55	60	2	2	34	1.23
77662406--77662466	14	5.0	13	72	24	53	37	0	0	62	0.96
77662426--77662485	21	2.8	22	80	14	63	40	1	0	58	1.08
77662555--77662594	21	1.9	21	85	10	55	32	0	2	65	1.06
77662578--77662610	14	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
77662576--77662631	24	2.3	24	84	9	69	42	0	0	57	0.99
77662662--77662700	13	3.1	13	89	10	55	41	2	0	56	1.13
77662681--77662761	20	4.1	20	79	17	98	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77662700--77662762	13	4.7	13	70	14	56	47	0	0	52	1.00
77662703--77662770	21	3.3	21	76	12	86	52	0	0	47	1.00
77663440--77663500	29	2.1	29	96	0	113	40	3	6	49	1.45
77669578--77669608	15	2.1	15	100	0	62	51	6	12	29	1.65
77673534--77673714	43	4.3	41	75	14	163	29	25	20	24	1.99
77673534--77673714	85	2.1	85	94	0	317	29	25	20	24	1.99
77688677--77688861	79	2.3	82	81	9	213	25	24	27	23	2.00
77688677--77688861	40	4.7	40	76	6	171	25	24	27	23	2.00
77688729--77688894	79	2.1	79	78	6	176	25	23	27	23	2.00
77692691--77692874	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
77692731--77692919	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
77697680--77697853	46	3.8	46	79	7	176	23	29	20	27	1.99
77697726--77697899	94	1.9	92	83	7	226	23	28	20	27	1.99
77700171--77700211	20	2.0	20	85	0	55	43	21	24	9	1.83
77700191--77700245	27	2.0	27	96	0	101	36	20	25	18	1.94
77701880--77701973	29	3.2	29	96	0	170	25	27	15	30	1.96
77701843--77701973	58	2.3	58	85	2	165	25	32	16	26	1.96
77709783--77709914	59	2.3	58	84	4	158	25	31	15	27	1.96
77709832--77709914	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
77711087--77711138	21	2.9	17	77	22	61	3	11	0	84	0.74
77711096--77711155	26	2.4	25	83	8	77	6	15	0	78	0.95
77719525--77719786	40	6.6	40	92	2	404	22	21	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77723008--77723049	5	8.4	5	94	0	75	78	2	0	19	0.86
77727420--77727459	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
77737084--77737131	16	2.9	16	75	3	51	81	2	2	14	0.88
77750039--77750202	47	3.5	47	75	8	199	29	30	18	21	1.97
77750087--77750289	46	4.6	46	67	18	153	31	28	18	21	1.97
77750032--77750231	93	2.2	93	93	0	346	30	30	17	22	1.96
77750192--77750267	35	2.2	35	90	0	125	34	26	17	22	1.96
77766112--77766282	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
77766104--77766279	46	3.8	46	76	12	198	29	28	20	21	1.98
77768848--77769125	26	10.5	26	77	6	256	35	12	25	26	1.92
77769078--77769152	27	2.8	27	84	8	82	37	12	24	26	1.90
77769453--77769658	26	7.9	25	78	4	178	36	10	24	28	1.88
77769452--77769701	52	4.8	52	80	3	241	36	10	24	28	1.88
77769466--77769643	78	2.3	78	84	2	223	37	10	24	27	1.89
77768876--77769984	577	1.9	577	86	1	1589	35	13	22	29	1.92
77773091--77773126	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
77773078--77773118	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
77773743--77773778	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
77774663--77774746	19	4.1	19	76	19	87	34	5	9	50	1.60
77774666--77774755	45	2.0	45	100	0	180	35	6	8	48	1.61
77774685--77774755	19	3.0	26	69	26	84	36	7	8	47	1.61
77775049--77775078	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77780529--77780627	29	3.5	28	72	8	83	34	17	24	24	1.96
77780540--77780618	28	2.8	28	76	5	79	34	16	24	25	1.95
77785015--77785050	2	18.0	2	88	0	54	52	0	2	44	1.15
77791089--77791227	29	5.0	27	72	18	106	29	17	25	27	1.97
77791089--77791234	57	2.6	55	79	6	159	28	17	25	28	1.97
77795012--77795065	28	1.9	28	100	0	108	38	18	5	37	1.74
77796371--77796489	61	2.0	61	96	0	220	28	26	20	25	1.99
77797901--77797944	22	2.0	22	95	0	79	38	22	18	20	1.93
77800633--77800849	26	8.3	26	86	6	278	35	11	25	27	1.91
77802372--77802547	86	2.1	85	94	1	316	10	14	15	60	1.59
77805043--77805129	29	3.0	29	80	8	106	28	31	14	25	1.95
77805052--77805138	29	3.0	29	83	1	113	29	28	13	27	1.94
77805195--77805230	18	2.1	18	89	5	56	19	33	22	25	1.97
77805347--77805390	8	5.6	8	81	2	54	2	20	20	56	1.52
77806957--77806992	17	2.1	17	100	0	72	30	16	11	41	1.83
77810206--77810373	40	4.2	40	80	4	169	26	22	26	25	2.00
77818967--77819216	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
77820627--77820811	40	4.6	40	88	4	275	26	28	22	22	1.99
77820627--77820815	80	2.4	80	91	3	310	26	27	22	23	1.99
77829353--77829413	30	2.0	30	84	6	79	31	24	6	37	1.81
77834925--77835216	27	10.9	27	80	7	222	37	20	10	31	1.86
77834918--77835124	81	2.5	80	82	3	261	39	23	8	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77835205--77835360	27	5.8	27	88	7	194	30	19	25	25	1.98
77835209--77835360	81	1.9	81	87	8	229	30	19	25	25	1.98
77835348--77835420	26	2.8	26	72	12	69	26	17	23	32	1.97
77843574--77843611	13	3.2	12	85	10	51	55	0	15	28	1.41
77847987--77848106	43	2.9	41	77	4	125	31	26	18	23	1.97
77861306--77861499	40	4.9	40	90	0	300	27	22	27	22	1.99
77861306--77861526	40	5.6	40	84	4	171	28	23	27	21	1.99
77869113--77869243	46	2.8	48	79	14	166	22	19	28	29	1.98
77872001--77872193	79	2.4	80	92	1	327	26	23	27	22	1.99
77872001--77872193	40	4.9	40	93	1	327	26	23	27	22	1.99
77875087--77875118	16	2.0	16	93	0	55	25	21	18	34	1.96
77877108--77877210	29	3.6	29	97	0	188	29	31	14	25	1.95
77877049--77877209	58	2.8	58	83	3	182	27	32	15	24	1.95
77885209--77885281	29	2.5	29	100	0	146	27	31	15	26	1.95
77889771--77889937	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
77897771--77897938	40	4.2	40	80	4	169	26	22	26	25	2.00
77902279--77902330	26	2.0	26	92	0	86	30	11	7	50	1.67
77908476--77908526	7	7.4	7	91	4	86	17	0	39	43	1.49
77908476--77908526	20	2.5	21	90	3	86	17	0	39	43	1.49
77915335--77915510	50	3.5	49	82	7	185	28	27	18	25	1.98
77915335--77915521	101	1.9	99	85	4	259	27	28	18	24	1.98
77917723--77917890	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77924877--77926182	653	2.0	650	98	0	2551	28	12	22	36	1.91
77926559--77926726	40	4.2	40	83	2	205	24	22	27	25	1.99
77928299--77928343	18	2.5	18	96	0	81	26	26	13	33	1.93
77930964--77931001	17	2.2	17	100	0	76	50	10	0	39	1.37
77931128--77931165	19	2.0	19	89	0	58	71	2	18	7	1.23
77939121--77939278	47	3.4	47	82	6	173	27	26	15	30	1.96
77939107--77939324	91	2.4	94	78	9	234	27	27	16	29	1.97
77946733--77946833	47	2.1	47	92	0	166	24	26	18	29	1.98
77949135--77949172	12	2.9	14	76	15	53	44	0	0	55	0.99
77949170--77949211	21	2.0	21	86	13	59	52	4	2	40	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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