genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  73  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21128431--21128522	27	3.4	27	89	0	130	40	7	23	28	1.82
21138946--21139071	40	3.2	39	78	6	130	28	23	25	22	1.99
21138946--21139133	80	2.3	80	78	12	197	26	23	27	23	2.00
21144845--21144970	40	3.2	39	79	10	132	29	24	24	21	1.99
21148602--21148663	29	2.1	30	96	3	117	48	12	9	29	1.73
21152803--21152852	25	2.0	25	88	0	73	32	22	18	28	1.97
21152888--21152934	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
21152984--21153107	26	4.8	26	87	1	178	25	25	21	27	2.00
21155036--21155184	7	21.1	7	70	14	65	42	37	0	19	1.51
21155178--21155238	25	2.4	25	72	8	61	42	24	0	32	1.55
21155441--21155691	41	6.1	41	86	4	285	22	21	23	33	1.98
21155664--21155717	28	1.9	28	92	0	90	27	22	12	37	1.91
21156473--21156661	55	3.5	53	85	5	245	21	24	19	34	1.96
21156648--21156769	47	2.6	47	96	0	217	25	24	13	36	1.91
21156906--21156992	44	2.0	44	84	4	113	26	22	13	36	1.92
21163188--21163387	55	3.7	54	80	4	215	23	24	17	35	1.95
21163374--21163495	47	2.6	47	94	0	217	26	24	12	36	1.91
21163510--21163631	45	2.6	46	80	7	131	22	22	19	36	1.96
21163632--21163718	44	2.0	44	82	13	108	27	25	10	36	1.88
21166799--21166897	29	3.5	28	83	5	119	28	26	16	29	1.97
21167531--21167562	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
21173926--21173997	29	2.5	28	90	2	108	27	30	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21176074--21176413	173	2.0	174	86	0	475	33	14	17	34	1.90
21180790--21180819	12	2.5	12	94	0	51	83	0	6	10	0.81
21187188--21187231	15	3.0	14	83	9	52	72	0	6	20	1.07
21187200--21187228	10	3.0	10	95	5	51	72	0	6	20	1.07
21191663--21191713	13	3.9	13	100	0	102	21	39	23	15	1.92
21194601--21194827	47	4.9	48	85	8	251	21	21	29	27	1.98
21194671--21194749	27	3.2	27	60	29	66	24	20	29	26	1.99
21194601--21194773	47	3.7	47	90	6	255	21	20	30	27	1.98
21197384--21197408	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21198169--21198266	40	2.5	40	89	1	144	23	25	27	23	2.00
21198169--21198282	40	2.9	40	81	3	115	24	24	28	22	2.00
21204953--21205119	40	4.2	40	79	2	158	23	27	22	26	2.00
21209030--21209131	40	2.6	41	82	6	129	23	25	30	20	1.99
21216753--21216861	47	2.3	46	87	7	150	27	29	10	33	1.89
21219736--21219821	37	2.3	37	93	0	145	25	33	19	20	1.97
21219866--21221353	48	31.1	48	91	0	2406	31	26	5	36	1.80
21224147--21224187	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
21232600--21232861	79	3.3	80	88	4	363	25	28	21	24	1.99
21232598--21232861	119	2.2	120	82	7	333	26	28	21	24	1.99
21232579--21232861	40	7.1	40	80	9	312	25	28	21	24	1.99
21236350--21236513	40	4.1	40	79	6	179	25	21	28	25	1.99
21244465--21244628	40	4.1	40	79	6	179	25	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21249037--21249062	12	2.2	12	100	0	52	46	19	0	34	1.50
21251405--21251438	2	17.0	2	87	0	50	47	47	2	2	1.32
21253631--21253792	80	2.0	80	92	0	270	28	19	19	32	1.97
21258408--21258629	40	5.6	39	87	3	266	25	28	22	23	1.99
21258408--21258592	79	2.3	80	88	0	273	25	27	23	23	2.00
21261647--21261918	48	5.8	48	80	6	265	26	29	18	26	1.98
21263208--21263383	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
21263205--21263376	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
21270787--21270962	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
21270784--21270955	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
21275641--21275808	46	3.6	46	74	13	148	28	19	28	23	1.98
21280901--21280925	13	1.9	13	100	0	50	24	24	48	4	1.68
21286129--21286179	23	2.3	22	80	10	59	56	3	0	39	1.18
21290813--21290877	21	3.2	21	72	12	73	13	24	21	40	1.90
21290795--21290879	39	2.2	39	91	0	134	14	25	23	36	1.93
21295498--21295569	31	2.2	34	87	7	105	45	4	4	45	1.41
21295526--21295576	15	3.3	15	78	13	50	47	3	1	47	1.32
21299814--21299851	14	2.7	14	88	8	51	65	13	2	18	1.37
21300506--21300607	27	3.8	27	76	5	89	42	21	18	17	1.90
21300597--21300654	22	2.6	22	80	0	62	43	20	18	17	1.89
21300849--21300881	13	2.4	14	95	5	59	36	30	15	18	1.91
21300952--21301137	27	6.9	27	81	3	205	32	13	17	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21302860--21302930	35	2.0	35	100	0	142	38	16	22	22	1.93
21303791--21303819	14	2.0	15	93	6	51	20	17	6	55	1.65
21306419--21306463	22	2.0	22	83	8	56	35	15	8	40	1.79
21309973--21310075	52	2.0	52	96	0	188	37	13	11	36	1.81
21313358--21313448	29	3.2	29	87	3	123	26	32	15	25	1.95
21313661--21313706	8	5.8	8	81	0	56	8	23	21	45	1.80
21313661--21313711	16	3.2	16	85	0	66	9	21	21	47	1.79
21323113--21323172	27	2.3	26	82	2	66	33	21	23	21	1.97
21323169--21323218	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
21323954--21324088	27	5.0	27	72	8	96	24	17	17	40	1.91
21324028--21324095	27	2.5	27	80	4	84	23	13	20	42	1.87
21330531--21330785	39	6.5	39	89	4	381	29	27	23	19	1.98
21330541--21330786	76	3.2	76	90	3	368	30	28	22	19	1.98
21330531--21330785	115	2.2	115	87	4	377	29	27	23	19	1.98
21333353--21333390	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
21333423--21333474	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
21334716--21334765	20	2.5	20	100	0	100	18	24	38	20	1.93
21347342--21347457	43	2.7	43	85	9	157	32	26	15	25	1.95
21354428--21354543	43	2.7	43	86	1	153	34	24	16	25	1.95
21360664--21360705	22	1.9	22	85	9	59	35	0	16	47	1.47
21362590--21362641	25	2.1	25	96	0	95	26	15	25	32	1.95
21366983--21367126	37	3.9	37	92	0	225	27	31	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21367274--21367458	48	3.8	48	88	4	282	31	26	5	36	1.81
21367274--21367457	98	1.9	97	89	4	291	30	26	5	36	1.81
21367428--21367621	47	4.1	47	90	0	289	26	28	11	32	1.91
21367521--21367592	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
21371211--21371253	14	2.9	14	78	21	52	39	2	16	41	1.61
21371389--21371546	43	3.7	42	76	9	126	24	15	28	32	1.95
21375309--21375447	60	2.3	59	81	8	165	29	18	25	26	1.98
21381294--21381370	6	14.8	5	80	12	70	75	2	2	19	1.04
21381344--21381392	16	2.9	16	81	9	53	75	0	4	20	0.96
21381294--21381390	49	2.0	49	80	8	108	74	2	3	20	1.06
21382862--21383044	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
21390944--21391124	40	4.6	40	82	6	172	23	26	22	27	2.00
21396539--21396571	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
21398683--21398727	10	4.4	10	80	2	54	46	20	4	28	1.69
21408707--21408758	19	3.1	16	83	13	52	57	7	0	34	1.27
21408725--21408764	19	2.1	19	100	0	80	57	10	0	32	1.32
21409398--21409470	20	3.7	19	77	14	76	64	0	5	30	1.16
21413530--21413584	24	2.4	21	72	18	56	40	9	0	50	1.34
21413783--21413811	14	2.0	15	93	6	51	48	20	3	27	1.66
21414793--21414837	23	1.9	24	90	4	74	17	2	51	28	1.58
21425368--21425526	43	3.7	42	81	8	178	22	19	26	32	1.97
21425721--21425765	20	2.2	20	84	7	56	40	2	22	35	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21429703--21429811	41	2.6	42	89	4	159	22	18	24	34	1.96
21430825--21430854	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
21432843--21432952	26	4.2	26	90	0	184	33	5	24	36	1.79
21437736--21437793	19	3.1	19	85	9	66	36	0	6	56	1.26
21438109--21438143	17	2.1	16	89	5	52	37	25	25	11	1.90
21439546--21439581	18	2.0	18	94	0	63	36	5	5	52	1.48
21439891--21439925	2	17.5	2	93	0	61	45	2	0	51	1.16
21445899--21445940	20	2.1	20	86	8	59	4	30	11	52	1.59
21447834--21447881	17	2.8	17	90	6	71	75	0	2	22	0.91
21448398--21448507	55	2.0	55	98	0	211	20	20	23	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433