genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  288  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89854866--89855085	46	4.7	47	79	5	212	29	20	27	22	1.99
89854908--89855085	94	1.9	95	88	1	268	29	21	27	21	1.98
89855098--89855268	49	3.5	49	75	4	132	28	21	26	23	1.99
89858695--89858823	67	1.9	67	95	0	231	35	12	15	36	1.85
89859093--89859182	15	6.0	15	72	5	56	11	18	15	54	1.70
89859125--89859181	30	1.9	30	82	7	71	8	17	17	56	1.66
89860755--89860923	47	3.6	47	80	13	172	21	32	18	26	1.97
89868151--89868334	95	1.9	95	98	0	359	40	3	19	36	1.67
89877733--89877905	45	3.7	46	83	8	192	28	16	30	24	1.96
89880791--89880916	46	2.8	43	78	7	135	30	19	26	23	1.98
89880794--89881153	49	7.6	48	73	9	206	29	19	26	24	1.98
89880975--89881155	98	1.9	97	84	5	249	27	20	28	24	1.99
89883032--89883082	19	2.7	19	96	0	93	13	31	37	17	1.89
89883031--89883093	19	3.3	19	86	6	92	12	28	39	19	1.88
89883130--89883182	20	2.7	20	100	0	106	33	20	5	39	1.76
89884927--89885051	46	2.7	46	80	9	139	23	28	20	28	1.98
89892479--89892590	46	2.5	44	85	7	136	24	30	17	27	1.97
89894252--89894407	38	3.9	38	74	14	141	29	24	14	31	1.95
89894257--89894463	85	2.4	85	88	1	308	30	24	14	30	1.94
89894385--89894508	48	2.6	48	84	1	178	32	23	14	29	1.94
89894295--89894543	133	1.9	132	85	0	345	31	24	13	30	1.93
89898205--89898420	40	5.4	40	88	1	301	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89903562--89903735	48	3.8	47	83	4	160	26	17	27	28	1.97
89903599--89903735	48	2.9	48	89	0	202	25	18	27	28	1.98
89918313--89918350	16	2.4	17	82	13	53	34	0	0	65	0.93
89918304--89918357	25	2.2	25	89	0	81	31	0	0	68	0.90
89918388--89918549	7	21.1	7	68	21	69	31	3	1	64	1.17
89918388--89918562	12	14.2	12	68	17	76	32	2	1	63	1.19
89918388--89918523	26	5.4	25	71	20	72	30	3	1	63	1.20
89918470--89918503	16	2.1	16	88	0	50	38	5	0	55	1.24
89918444--89918541	42	2.4	40	83	8	110	33	4	1	61	1.22
89922869--89922941	29	2.5	29	93	0	119	27	30	15	27	1.96
89924248--89924281	17	1.9	18	94	5	61	14	11	0	73	1.10
89925979--89926014	12	3.0	12	95	0	63	47	16	19	16	1.83
89932438--89932601	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
89932438--89932635	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
89936682--89937045	45	8.2	45	72	11	268	30	14	28	26	1.95
89936712--89937101	90	4.4	90	90	2	617	31	15	26	26	1.95
89936756--89937090	45	7.5	44	68	11	196	32	14	26	26	1.95
89937041--89937166	65	1.9	65	90	0	198	30	17	21	30	1.96
89937135--89937436	45	6.7	43	69	13	153	32	15	25	26	1.95
89937102--89937436	90	3.7	90	90	0	526	32	15	25	27	1.95
89936947--89937587	155	4.0	155	77	11	703	32	15	25	27	1.95
89936857--89937346	245	2.0	245	90	1	768	31	15	25	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89936768--89937741	335	2.9	335	95	1	1695	31	15	25	27	1.95
89937376--89937501	65	1.9	65	93	0	216	30	17	21	30	1.96
89937211--89937681	245	1.9	245	92	0	791	31	15	25	27	1.95
89937437--89937745	90	3.4	90	89	0	483	32	15	25	27	1.95
89937470--89937708	45	5.3	44	70	13	164	33	14	26	25	1.95
89937437--89937745	45	6.9	45	66	19	155	32	15	25	27	1.95
89939207--89939260	25	2.2	25	96	0	99	31	0	0	68	0.90
89939293--89939396	29	3.7	28	77	14	90	32	3	0	62	1.20
89939310--89939355	20	2.3	21	85	7	60	30	2	0	67	1.03
89939323--89939385	25	2.9	21	74	19	58	31	4	1	61	1.26
89939337--89939386	26	2.0	24	85	11	66	32	6	2	60	1.32
89939370--89939459	33	2.9	30	76	14	78	33	3	1	62	1.19
89943645--89943796	40	3.8	39	80	3	144	25	25	28	21	1.99
89943683--89943812	40	3.2	40	81	4	156	23	25	28	23	1.99
89945927--89946075	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
89945968--89946075	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
89949631--89949679	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
89950501--89950667	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
89957239--89957387	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
89957280--89957387	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
89966321--89966450	40	3.2	40	81	4	156	23	25	28	23	1.99
89971387--89971418	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89972168--89972199	14	2.3	15	89	10	50	71	0	0	28	0.86
89975153--89975354	100	2.0	100	99	0	395	49	8	0	41	1.40
89978219--89978252	15	2.3	15	90	5	52	35	2	2	58	1.28
89978581--89978620	21	2.0	20	90	5	62	22	30	37	10	1.87
89980883--89980983	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
89980912--89980987	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
89988734--89988834	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
89988763--89988838	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
89990688--89990956	46	5.7	50	75	13	173	25	30	18	25	1.98
89990695--89990957	96	2.8	93	78	11	238	25	30	17	25	1.97
89999186--89999222	18	2.1	18	100	0	74	56	10	5	27	1.55
90000178--90000213	19	1.9	18	88	5	54	8	25	0	66	1.19
90005103--90005144	21	2.0	21	90	0	66	42	2	16	38	1.61
90007170--90007198	13	2.2	13	100	0	58	17	13	48	20	1.81
90007839--90007899	26	2.3	26	82	0	77	26	18	16	39	1.91
90013168--90013210	8	5.4	8	86	13	54	79	0	0	20	0.74
90013168--90013213	17	2.7	19	84	15	57	78	0	0	21	0.76
90014111--90014158	15	3.1	15	78	3	60	54	6	12	27	1.61
90014255--90014281	14	1.9	14	100	0	54	81	0	3	14	0.82
90035827--90035865	14	2.5	16	88	12	55	35	2	0	61	1.10
90038539--90038641	51	2.0	51	100	0	206	37	13	25	23	1.91
90042712--90042753	17	2.4	18	88	4	59	14	4	26	54	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90054557--90054616	30	2.0	30	96	0	111	33	8	16	41	1.78
90055257--90055281	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
90055740--90055806	33	2.0	33	100	0	134	29	26	5	37	1.80
90064679--90064748	28	2.5	28	90	9	108	31	27	12	28	1.93
90072427--90072495	28	2.5	28	90	9	106	31	26	13	28	1.93
90074331--90074434	50	2.1	50	100	0	208	43	18	11	26	1.84
90081442--90081554	40	2.7	42	79	6	131	30	25	15	27	1.96
90081878--90081979	51	2.0	51	96	0	186	29	15	9	45	1.79
90089379--90089418	20	2.1	19	86	13	55	65	2	0	32	1.06
90091327--90091364	5	7.6	5	100	0	76	39	0	0	60	0.97
90092542--90092566	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
90098574--90098627	5	10.6	5	96	4	99	38	0	0	61	0.96
90099742--90099778	6	6.2	6	93	0	65	16	18	16	48	1.81
90100961--90101018	29	2.0	29	100	0	116	13	27	13	44	1.82
90106190--90106246	29	2.0	29	100	0	114	45	28	8	17	1.78
90110848--90110912	31	2.1	31	94	0	112	47	15	4	32	1.66
90118596--90118632	9	4.1	9	89	0	56	37	0	2	59	1.12
90122651--90122692	22	1.9	22	100	0	84	47	9	4	38	1.57
90131791--90131984	47	4.1	47	93	0	298	32	10	29	27	1.90
90131838--90131916	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
90131863--90131938	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
90131958--90132236	48	5.7	48	89	6	436	35	6	27	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90131958--90132233	98	2.8	98	97	1	509	35	6	27	30	1.83
90132387--90132526	37	3.8	37	96	0	244	24	17	32	25	1.97
90136197--90136241	20	2.2	20	84	7	56	26	6	26	40	1.81
90140726--90140812	45	2.0	44	97	2	165	28	9	19	42	1.82
90155523--90155698	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
90155520--90155691	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
90161700--90161837	40	3.5	39	87	5	172	26	28	21	23	1.99
90165788--90165960	93	1.9	93	96	0	319	27	30	21	20	1.98
90165781--90165956	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
90174428--90174577	40	3.8	40	80	6	155	23	26	23	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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