genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  278  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86489849--86489977	47	2.7	48	90	3	206	27	20	21	30	1.98
86489849--86489977	24	5.4	24	93	2	206	27	20	21	30	1.98
86490027--86490093	20	3.3	20	82	0	89	32	19	14	32	1.92
86493586--86493660	30	2.5	30	97	0	141	38	5	2	53	1.38
86495991--86496121	40	3.3	40	78	2	147	25	24	27	22	2.00
86503963--86504113	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
86503999--86504129	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
86509533--86509572	20	2.0	20	95	0	71	37	17	5	40	1.72
86515225--86515432	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
86523330--86523533	40	5.1	39	85	3	187	26	27	21	24	1.99
86523317--86523533	80	2.7	78	81	6	238	27	27	20	24	1.99
86532584--86532613	15	2.0	15	93	0	51	50	13	23	13	1.77
86536105--86536280	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
86536102--86536273	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
86543672--86543847	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
86543669--86543840	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
86549433--86549457	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
86553832--86553870	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
86554943--86555193	66	3.8	65	76	9	201	24	29	16	29	1.97
86555855--86555911	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
86559260--86559316	25	2.3	25	93	0	96	22	35	10	31	1.88
86561573--86561800	40	5.7	40	90	3	352	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86564408--86564554	40	3.8	38	83	8	147	25	23	28	21	1.99
86564446--86564574	39	3.3	39	89	3	179	26	22	27	23	1.99
86569922--86570145	40	5.7	40	79	6	199	26	23	27	22	2.00
86578563--86578789	40	5.7	40	90	4	352	25	26	22	25	2.00
86578563--86578789	79	2.9	79	90	3	350	25	26	22	25	2.00
86578563--86578789	119	1.9	119	90	3	359	25	26	22	25	2.00
86583718--86583806	45	2.0	46	84	10	121	26	21	14	37	1.92
86599568--86599771	40	5.1	40	89	1	284	22	21	28	27	1.99
86607715--86607912	40	4.9	40	88	1	272	23	20	28	27	1.99
86607705--86607916	80	2.7	80	86	0	300	24	21	27	26	1.99
86609805--86609891	24	3.6	24	86	4	113	27	17	22	32	1.96
86614192--86614293	28	3.7	28	86	6	145	23	13	34	28	1.93
86620747--86620878	29	4.5	29	96	1	237	25	24	13	37	1.92
86620747--86620878	59	2.3	58	95	1	237	25	24	13	37	1.92
86620747--86620908	88	1.8	89	89	1	254	25	24	13	35	1.92
86622176--86622211	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
86632452--86632726	27	10.2	27	84	1	354	30	22	6	41	1.78
86632962--86633012	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
86633238--86633300	25	2.5	25	84	5	74	19	14	14	52	1.75
86633284--86633548	6	42.8	6	68	18	89	18	15	15	50	1.77
86633304--86633360	25	2.3	25	87	6	80	19	15	14	50	1.77
86633319--86633391	37	2.0	37	88	0	110	19	13	15	52	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86633356--86633409	25	2.2	25	86	0	72	18	16	14	50	1.79
86633325--86633393	19	3.7	19	69	11	61	17	15	14	52	1.75
86633246--86633406	62	2.6	62	90	2	234	19	16	14	50	1.78
86633368--86633450	25	3.3	25	82	0	94	19	19	14	46	1.83
86633238--86633548	149	2.1	149	90	0	487	18	15	14	50	1.78
86633304--86633509	87	2.4	87	83	1	270	18	16	14	50	1.78
86633446--86633512	25	2.7	25	83	0	89	16	13	16	53	1.73
86633474--86633546	37	2.0	37	83	0	92	17	12	15	54	1.70
86633380--86633548	62	2.7	62	84	0	212	18	15	14	50	1.78
86642436--86642561	39	3.2	39	86	0	171	28	25	18	27	1.98
86645116--86645151	16	2.2	16	95	0	63	30	19	16	33	1.94
86651286--86651333	20	2.3	21	82	10	62	12	16	27	43	1.84
86655400--86655478	41	2.0	41	85	7	108	27	13	27	30	1.95
86657573--86657744	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
86657566--86657741	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
86661277--86661385	42	2.6	42	77	1	119	25	30	20	23	1.98
86668646--86668843	40	4.9	40	89	4	278	29	21	24	24	1.99
86668779--86668890	40	2.8	40	85	5	111	25	21	27	25	1.99
86668646--86668878	80	2.9	80	85	8	269	28	21	25	24	1.99
86668646--86668874	120	1.9	120	80	10	272	28	21	24	24	1.99
86673767--86673791	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
86674500--86674695	40	4.9	40	90	5	285	28	21	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86674593--86674742	40	3.8	39	85	8	103	26	21	26	25	1.99
86674500--86674730	118	1.9	119	82	10	285	27	21	25	25	1.99
86681452--86681621	92	1.8	93	94	1	306	28	28	21	21	1.99
86681444--86681618	46	3.8	46	80	14	216	29	29	21	20	1.98
86684058--86684233	50	3.5	49	83	4	201	31	26	17	24	1.97
86688803--86688982	40	4.5	40	85	6	215	25	21	27	26	1.99
86694138--86694264	40	3.2	40	93	2	202	25	21	27	25	1.99
86694138--86694302	80	2.1	79	82	7	192	26	20	27	26	1.99
86694138--86694288	40	3.8	40	88	5	132	25	20	27	26	1.99
86697717--86697926	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
86705849--86706058	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
86707820--86707946	40	3.2	40	92	2	193	25	21	26	25	1.99
86707820--86707984	40	4.2	40	86	3	167	26	20	26	26	1.99
86712982--86713093	58	1.9	58	100	0	224	16	25	12	45	1.82
86731920--86732143	40	5.6	40	92	2	335	26	26	19	27	1.99
86731892--86732157	80	3.3	80	85	6	319	26	27	20	25	1.99
86731892--86732157	120	2.2	120	83	7	344	26	27	20	25	1.99
86740130--86740309	40	4.5	40	88	3	186	24	27	20	27	1.99
86740104--86740328	80	2.8	79	84	7	260	24	25	20	28	1.99
86740165--86740328	40	4.1	40	92	1	258	25	25	20	29	1.99
86740158--86740362	80	2.6	80	84	4	261	25	25	20	27	1.99
86748571--86748687	39	3.0	39	86	3	166	30	13	22	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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86817890--86817984	29	3.3	29	77	4	104	30	30	13	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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