genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  31  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8019952--8020177	95	2.4	96	78	10	241	27	27	16	28	1.97
8033196--8033345	40	3.8	39	77	9	126	22	27	24	26	1.99
8037643--8037788	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
8037675--8037826	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
8040883--8040999	28	4.3	27	84	5	137	37	21	23	17	1.94
8040890--8040997	55	2.0	55	85	3	146	37	19	25	18	1.94
8041104--8041162	26	2.3	25	80	13	66	28	10	23	37	1.88
8044030--8044174	53	2.7	54	84	4	170	28	26	18	26	1.98
8051202--8051322	60	2.0	61	83	6	156	30	24	16	28	1.97
8051999--8052028	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
8054367--8054409	21	2.0	21	100	0	86	37	16	23	23	1.94
8060707--8060761	21	2.6	21	100	0	110	34	18	12	34	1.89
8060991--8061060	35	2.0	35	97	0	131	31	18	8	41	1.81
8064230--8065021	343	2.3	341	87	3	1101	38	16	14	30	1.88
8073855--8074172	47	6.7	47	72	12	208	26	19	29	24	1.98
8073855--8074117	94	2.8	91	77	12	250	27	19	28	24	1.98
8074934--8075064	55	2.4	55	85	1	165	22	18	28	31	1.97
8078354--8078396	22	2.0	21	95	4	77	13	23	16	46	1.83
8080269--8080345	39	2.0	39	97	0	145	27	11	27	33	1.91
8081252--8081318	32	2.1	32	100	0	134	32	14	14	37	1.88
8083832--8083864	17	1.9	17	93	0	57	21	27	33	18	1.96
8086879--8087008	59	2.2	59	86	4	172	38	17	20	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8089238--8089297	31	1.9	32	86	3	86	45	8	10	36	1.68
8089974--8090002	7	4.1	7	100	0	58	13	58	0	27	1.36
8091704--8091751	2	24.0	2	95	0	87	50	2	0	47	1.12
8095157--8095536	189	2.0	188	97	0	724	28	18	20	32	1.96
8101843--8101871	7	4.1	7	100	0	58	27	0	58	13	1.36
8102549--8102608	31	1.9	32	86	3	86	36	10	8	45	1.68
8107604--8107650	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
8107621--8107699	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
8107621--8107693	36	2.0	38	94	5	132	35	15	10	38	1.82
8111995--8112109	60	1.9	59	87	1	167	23	18	19	39	1.92
8115930--8115986	17	3.3	18	77	20	52	29	1	3	64	1.20
8120815--8120872	30	1.9	30	82	6	73	25	31	25	17	1.97
8122799--8122970	75	2.4	73	84	8	226	34	23	10	31	1.89
8122804--8122970	35	4.6	35	86	7	201	34	23	10	31	1.88
8134584--8134615	11	2.9	11	95	0	55	3	18	21	56	1.56
8140798--8140829	11	2.9	11	95	0	55	3	18	21	56	1.56
8142697--8142754	30	1.9	30	82	6	73	25	31	27	15	1.96
8150587--8150632	22	2.1	22	84	11	60	47	6	4	41	1.49
8158568--8158601	10	3.4	10	91	0	59	20	11	0	67	1.21
8160992--8161016	13	1.9	13	100	0	50	8	44	32	16	1.76
8162949--8162973	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
8164975--8165153	27	6.7	27	89	1	254	41	20	7	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8164975--8165225	81	3.1	81	81	6	244	40	20	7	31	1.81
8165137--8165197	27	2.3	27	88	0	95	39	19	9	31	1.84
8164975--8165206	27	8.6	25	76	12	81	40	20	8	30	1.82
8165203--8165576	27	13.9	27	89	2	482	28	21	8	41	1.83
8165554--8165639	27	3.2	27	77	0	82	38	25	6	29	1.82
8165500--8165639	54	2.6	54	80	0	127	35	22	7	35	1.82
8166816--8166863	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
8166906--8166966	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
8167016--8167134	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
8167016--8167134	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
8167326--8167389	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
8178024--8178073	9	5.6	9	92	0	82	28	10	16	46	1.78
8178679--8178709	14	2.2	14	94	0	53	32	0	3	64	1.09
8181366--8181464	49	2.0	49	100	0	198	36	10	12	41	1.76
8182865--8182890	12	2.2	12	100	0	52	34	15	23	26	1.94
8184399--8184616	119	1.8	118	82	6	280	23	26	28	22	1.99
8187563--8187609	21	2.3	21	82	10	53	44	21	8	25	1.80
8189567--8189720	43	3.6	43	74	7	143	25	14	25	33	1.94
8189562--8189673	44	2.6	43	81	4	136	25	13	25	36	1.92
8197199--8197224	12	2.2	12	100	0	52	38	23	15	23	1.92
8205558--8205746	68	2.8	68	83	0	236	43	13	12	31	1.80
8205558--8205746	34	5.6	34	79	1	209	43	13	12	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8209095--8209121	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
8211646--8211787	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
8211685--8211813	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
8214682--8214708	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
8216680--8216747	33	2.1	33	100	0	136	42	11	16	29	1.83
8220781--8220899	3	39.7	3	98	0	229	67	0	0	31	0.97
8220949--8221013	15	4.6	13	80	16	51	76	3	7	12	1.10
8220961--8220985	10	2.5	10	100	0	50	80	0	12	8	0.92
8220975--8221014	6	6.3	6	83	11	53	77	2	5	15	1.04
8221023--8221060	17	2.3	17	90	4	60	68	0	0	31	0.90
8221270--8221326	30	1.9	30	85	7	80	19	42	24	14	1.88
8225030--8225064	17	2.1	17	94	0	61	45	5	20	28	1.73
8229863--8229893	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
8234176--8234284	37	3.1	37	71	21	108	42	1	1	54	1.22
8234180--8234328	68	2.2	66	77	17	151	42	3	2	51	1.32
8236662--8236866	45	4.6	43	82	10	209	22	17	15	45	1.85
8236664--8236866	89	2.3	90	84	9	272	22	16	14	45	1.84
8238892--8238933	22	1.9	22	90	0	66	30	4	0	64	1.14
8238896--8238928	17	1.9	17	93	0	57	30	6	0	63	1.18
8242103--8242168	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
8242120--8242217	19	5.2	19	92	7	164	35	16	10	37	1.82
8242120--8242217	36	2.6	37	90	9	153	35	16	10	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8242957--8243058	44	2.3	44	89	1	152	26	19	22	31	1.98
8243974--8244046	20	3.7	20	76	16	71	2	16	0	80	0.82
8243981--8244044	7	8.9	7	76	19	60	1	14	0	84	0.70
8243981--8244047	22	3.2	21	85	6	91	1	13	0	85	0.68
8243981--8244045	29	2.2	29	86	8	87	1	13	0	84	0.69
8249671--8249736	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
8249688--8249785	19	5.2	19	92	7	164	35	16	10	37	1.82
8249688--8249785	36	2.6	37	90	9	153	35	16	10	37	1.82
8251171--8251220	11	4.4	11	79	5	55	2	20	0	78	0.86
8251204--8251263	25	2.3	26	80	5	68	13	10	8	68	1.39
8252510--8252541	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8254557--8254593	18	2.1	18	89	0	56	21	16	0	62	1.33
8256300--8256342	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
8258604--8258644	2	20.5	2	92	0	64	0	43	2	53	1.13
8263015--8263047	14	2.4	14	89	0	57	33	21	24	21	1.97
8263517--8263595	39	2.0	39	95	0	140	29	20	8	41	1.82
8263664--8263698	5	6.8	5	93	6	61	20	0	0	80	0.72
8263664--8263697	16	2.1	16	100	0	68	17	0	0	82	0.67
8278249--8278278	2	14.5	2	93	6	51	46	0	3	50	1.18
8279409--8279472	27	2.4	27	79	7	69	29	4	25	40	1.76
8279409--8279467	14	4.4	14	78	4	59	28	5	25	40	1.77
8279612--8279662	21	2.5	20	70	17	52	35	27	9	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8279741--8279788	20	2.4	19	80	19	53	27	6	22	43	1.77
8280490--8280729	127	1.9	127	94	0	426	38	15	16	29	1.90
8281177--8281232	14	3.9	14	79	9	60	58	1	0	39	1.08
8281204--8281240	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
8281658--8281730	18	4.0	18	73	16	78	16	1	57	24	1.47
8281676--8281775	37	3.2	29	77	11	74	16	3	50	31	1.60
8281672--8281742	37	1.9	37	97	0	133	16	1	53	28	1.52
8284125--8284292	39	4.3	39	86	1	221	19	20	27	32	1.97
8287580--8287704	49	2.6	49	83	2	153	30	27	16	26	1.96
8301679--8301713	18	1.9	18	88	0	52	82	0	11	5	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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