genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  125  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38215582--38215774	43	4.5	42	73	6	147	29	18	23	27	1.98
38223287--38223320	18	1.9	18	88	5	52	52	0	23	23	1.47
38233061--38233257	54	3.6	54	83	8	274	30	18	21	28	1.97
38234375--38234414	19	2.0	21	85	9	57	72	2	0	25	0.97
38234596--38234699	9	11.2	9	70	22	56	61	0	2	34	1.17
38234597--38234719	12	10.5	12	70	20	91	63	0	3	32	1.16
38234596--38234701	27	3.6	28	82	9	108	62	0	2	33	1.16
38234592--38234701	7	15.4	7	72	19	68	62	0	2	33	1.15
38234659--38234719	31	1.9	31	86	6	86	65	0	3	31	1.09
38236536--38237488	119	8.0	119	91	1	1482	31	19	16	32	1.94
38248257--38248410	81	1.9	81	98	0	299	22	30	18	29	1.97
38249741--38249814	28	2.5	31	85	12	102	29	25	13	31	1.94
38249741--38249814	31	2.5	29	87	10	98	29	25	13	31	1.94
38256266--38256426	81	2.0	81	98	0	313	24	29	17	28	1.97
38257757--38257830	28	2.5	31	85	12	102	29	25	13	31	1.94
38257757--38257830	31	2.5	29	87	10	98	29	25	13	31	1.94
38258309--38258334	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
38263842--38263978	50	2.8	50	87	4	192	37	13	21	26	1.91
38270707--38270843	50	2.8	50	87	4	192	37	13	21	26	1.91
38270834--38270873	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
38277832--38278086	41	6.3	41	81	2	264	33	15	27	22	1.95
38281704--38281754	25	2.1	23	82	7	57	56	3	11	27	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38282845--38282869	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
38287269--38287305	20	1.9	20	88	5	58	54	10	5	29	1.57
38289394--38289564	45	3.7	46	80	8	181	23	28	19	28	1.98
38298257--38298367	47	2.4	47	83	6	145	35	21	16	27	1.94
38305526--38305628	47	2.2	47	82	3	136	37	21	15	25	1.92
38313099--38313140	17	2.5	17	85	11	52	35	9	0	54	1.33
38316915--38316949	17	2.0	18	88	5	54	42	48	0	8	1.33
38322278--38322469	39	4.9	39	87	1	251	24	20	30	24	1.98
38322287--38322438	77	1.9	79	93	2	263	25	20	30	24	1.99
38330180--38330342	39	4.2	39	93	0	272	22	20	32	24	1.98
38330180--38330372	39	4.9	39	90	0	260	22	21	32	23	1.98
38338094--38338287	40	4.9	39	87	1	253	23	20	31	24	1.98
38338105--38338257	79	1.9	79	92	2	254	24	20	31	24	1.98
38340197--38340238	17	2.5	18	85	11	54	30	7	2	59	1.37
38341556--38341628	26	2.8	26	89	0	101	31	17	9	41	1.82
38356026--38356223	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
38356092--38356209	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
38356060--38356223	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
38363593--38363790	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
38363659--38363776	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
38363627--38363790	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
38368753--38368791	10	3.9	10	96	0	60	33	20	5	41	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38375252--38375368	45	2.6	44	82	7	139	26	23	25	24	2.00
38385728--38385853	47	2.7	46	80	16	143	24	29	18	27	1.98
38385684--38385853	94	1.8	93	83	5	227	24	30	17	27	1.97
38394686--38394731	24	1.9	24	90	0	74	34	28	13	23	1.92
38401985--38402047	24	2.6	24	80	7	74	61	3	0	34	1.12
38402029--38402054	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
38402471--38402553	41	2.0	41	83	0	103	43	20	7	28	1.78
38403831--38403866	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
38404786--38405783	497	2.0	497	98	0	1924	30	14	18	37	1.90
38408275--38408307	17	1.9	17	100	0	66	18	30	9	42	1.81
38410606--38410926	48	6.8	44	85	7	184	26	16	31	25	1.97
38410705--38410928	48	4.8	48	90	3	332	26	17	31	24	1.97
38410750--38411023	48	5.6	50	86	3	206	26	17	31	24	1.97
38411904--38411994	28	3.2	28	83	7	96	34	21	21	21	1.97
38412100--38412164	28	2.3	28	89	0	94	33	7	26	32	1.85
38423677--38423931	55	4.8	54	80	9	278	36	17	25	21	1.95
38423684--38423884	108	1.8	110	90	4	327	34	17	25	22	1.96
38424122--38424152	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
38431214--38431467	49	4.8	53	81	11	247	36	17	25	21	1.94
38431221--38431469	107	2.4	109	83	8	327	35	17	25	21	1.95
38431657--38431687	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
38450762--38450787	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38450924--38451049	63	2.0	63	92	0	207	3	30	15	49	1.63
38470354--38470621	80	3.3	78	80	7	297	29	9	21	39	1.85
38470327--38470620	27	11.0	27	78	4	249	30	10	20	38	1.85
38470354--38470617	107	2.5	106	86	4	336	29	9	21	39	1.85
38470327--38470620	134	2.2	134	84	5	373	30	10	20	38	1.85
38486420--38486548	40	3.2	39	80	4	143	24	27	24	24	2.00
38486442--38486582	40	3.5	40	79	3	142	19	27	25	26	1.99
38504589--38504695	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
38504703--38504772	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
38509496--38509590	33	2.9	31	81	10	118	31	22	13	32	1.93
38509497--38509620	66	1.9	66	81	6	153	31	19	13	35	1.91
38509606--38509668	33	1.9	33	93	0	108	30	22	11	36	1.89
38514398--38514570	46	3.7	47	83	6	208	28	17	27	26	1.97
38514395--38514609	94	2.3	94	80	3	236	28	17	28	25	1.98
38514395--38514609	46	4.6	47	76	10	181	28	17	28	25	1.98
38515258--38515288	13	2.4	13	100	0	62	41	6	12	38	1.69
38521374--38521453	18	4.4	18	87	3	99	36	26	8	28	1.86
38521374--38521467	36	2.7	35	80	8	102	37	24	8	29	1.85
38521374--38521452	27	2.9	27	73	0	68	36	26	8	27	1.86
38524802--38524931	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
38524818--38525004	40	4.7	40	75	8	150	22	27	24	26	2.00
38524818--38524967	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38526671--38526729	29	2.0	29	96	0	109	40	1	20	37	1.63
38531757--38531787	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
38534079--38534237	78	2.0	78	96	0	291	30	13	20	35	1.91
38535425--38535540	61	1.9	58	86	5	160	43	3	1	50	1.29
38539079--38539108	4	7.2	4	92	7	51	73	0	3	23	0.98
38539079--38539108	13	2.4	13	94	5	53	73	0	3	23	0.98
38542530--38542559	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
38542619--38542685	32	2.1	32	100	0	134	44	23	5	25	1.76
38546622--38546659	15	2.7	15	92	8	62	42	23	0	34	1.55
38547707--38547775	34	2.0	34	100	0	138	60	21	8	8	1.53
38549241--38549322	27	3.1	26	75	7	85	41	12	3	42	1.60
38552043--38552097	18	3.1	18	78	19	62	56	1	0	41	1.10
38554461--38554501	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
38556131--38556165	17	2.1	17	100	0	70	34	11	22	31	1.90
38562158--38562213	21	2.6	21	77	8	60	62	1	8	26	1.35
38565236--38565273	19	2.0	19	100	0	76	47	10	21	21	1.80
38573982--38574225	42	5.8	42	84	4	289	29	15	23	31	1.95
38573982--38574225	84	2.9	84	88	2	330	29	15	23	31	1.95
38577315--38577480	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
38577315--38577481	75	2.3	73	85	7	216	31	10	24	33	1.90
38579456--38579494	16	2.4	16	86	0	51	20	7	20	51	1.72
38579465--38579499	16	2.2	16	94	0	61	14	8	28	48	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38584345--38584439	3	31.7	3	100	0	190	33	0	0	66	0.92
38584592--38584618	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
38586842--38586980	60	2.3	59	84	8	165	26	26	20	26	1.99
38586973--38587028	19	2.9	19	81	2	58	32	23	17	26	1.97
38591152--38591197	23	2.0	23	91	4	76	23	4	23	47	1.69
38596039--38596232	42	4.5	43	76	7	162	30	24	14	29	1.95
38596076--38596178	41	2.5	41	82	1	125	30	25	13	31	1.94
38597598--38597705	20	5.3	19	78	10	90	52	1	6	38	1.38
38597598--38597705	10	10.6	10	68	24	57	52	1	6	38	1.38
38603789--38603922	34	4.0	34	79	1	135	23	36	17	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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