genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  274  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85159207--85159446	80	3.0	79	84	8	247	27	20	25	25	1.99
85159211--85159430	120	1.8	120	81	7	277	27	20	26	25	1.99
85167372--85167556	40	4.6	40	91	2	275	28	19	25	27	1.99
85167372--85167591	120	1.8	120	82	7	286	28	19	26	25	1.99
85170924--85170968	24	1.9	23	86	4	63	31	24	31	13	1.93
85172701--85172898	55	3.6	54	77	7	186	21	26	16	35	1.94
85183178--85183294	47	2.4	47	83	5	128	23	15	29	32	1.95
85183218--85183347	47	2.8	47	85	0	161	23	14	29	33	1.94
85190492--85190567	11	6.8	11	72	26	54	52	2	2	42	1.29
85192945--85193236	40	7.3	40	95	0	487	26	19	26	27	1.99
85199596--85199871	48	5.8	48	79	4	299	25	29	19	25	1.99
85199599--85199883	96	3.0	95	88	2	403	26	29	18	25	1.98
85199598--85199868	144	1.9	143	85	3	375	25	29	19	25	1.98
85203510--85203733	40	5.7	40	80	10	246	25	27	22	25	2.00
85203510--85203733	79	2.8	80	84	4	294	25	27	22	25	2.00
85206557--85206944	50	7.8	49	72	11	279	26	17	25	30	1.97
85206551--85206933	101	3.8	99	73	10	323	26	17	25	30	1.97
85206547--85206941	151	2.6	151	86	1	551	26	17	25	30	1.97
85207502--85207856	178	2.0	178	87	3	507	39	9	20	30	1.84
85212759--85212806	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
85212850--85212888	20	2.0	20	100	0	78	38	10	20	30	1.86
85212939--85213056	46	2.5	48	87	6	161	28	21	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85212939--85213056	24	5.0	24	86	7	161	28	21	22	27	1.99
85213248--85213342	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
85220844--85220891	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
85220935--85220987	15	3.0	19	78	21	78	35	9	20	33	1.85
85221038--85221155	46	2.5	48	87	6	161	28	21	22	27	1.99
85221038--85221155	24	5.0	24	86	7	161	28	21	22	27	1.99
85221347--85221462	31	3.5	31	91	7	169	37	17	24	21	1.94
85224386--85224555	47	3.7	45	77	15	188	28	29	21	20	1.98
85224391--85224560	90	1.9	94	91	5	285	27	30	21	20	1.98
85226927--85227015	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
85226927--85227006	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
85226938--85227015	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
85229954--85230127	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
85229962--85230132	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
85229959--85230146	46	4.1	45	75	12	168	29	28	21	20	1.98
85232510--85232598	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
85232510--85232589	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
85232521--85232598	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
85235545--85235716	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
85235537--85235712	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
85240840--85240942	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
85245255--85245527	39	7.1	39	89	2	435	23	29	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85245247--85245527	77	3.6	77	91	2	458	23	28	24	23	1.99
85247840--85247878	21	1.9	21	89	5	62	15	35	23	25	1.94
85253963--85254229	46	5.7	47	77	12	232	29	18	28	22	1.98
85255344--85255369	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
85262551--85262680	66	2.0	66	87	0	188	18	28	8	44	1.79
85271068--85271152	34	2.5	34	80	0	98	30	23	20	25	1.98
85277366--85277724	49	7.4	49	94	0	564	28	30	8	32	1.87
85300208--85300338	65	2.0	65	95	2	237	26	16	16	39	1.90
85300581--85300644	32	2.0	33	84	9	87	26	20	25	28	1.99
85301739--85301810	34	2.1	35	82	7	85	41	9	26	22	1.84
85306389--85306551	39	4.2	39	90	0	254	23	32	20	23	1.98
85308720--85308967	40	6.2	40	90	1	365	27	29	20	22	1.99
85311168--85311295	65	2.0	65	92	0	211	24	14	18	42	1.88
85312707--85312778	34	2.1	35	84	7	94	41	11	26	20	1.86
85315784--85315954	93	1.8	93	91	0	279	23	22	26	27	2.00
85321048--85321158	58	1.9	58	87	1	161	27	29	16	27	1.97
85321051--85321158	29	3.8	29	82	6	130	26	28	16	27	1.97
85321327--85321375	24	2.0	24	100	0	98	16	32	12	38	1.86
85324507--85324554	21	2.2	22	81	3	53	54	20	4	20	1.61
85325572--85325657	29	3.0	28	86	3	118	27	27	15	29	1.96
85327419--85327605	40	4.7	40	76	4	171	26	21	26	25	2.00
85327538--85327624	40	2.2	40	85	0	120	25	25	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85335543--85335722	80	2.3	79	81	7	222	26	22	26	24	2.00
85335580--85335748	40	4.2	39	77	7	144	25	22	26	25	2.00
85337927--85337966	20	1.9	22	90	10	66	30	7	20	42	1.79
85337976--85338193	40	5.5	40	92	4	338	22	23	27	25	2.00
85337976--85338193	79	2.8	81	90	5	340	22	23	27	25	2.00
85345274--85345403	40	3.3	38	88	7	174	22	20	29	27	1.99
85352601--85352643	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
85352707--85352772	16	3.2	21	62	33	52	36	9	18	36	1.82
85352709--85352791	41	2.0	41	97	0	157	39	8	16	34	1.79
85356416--85356536	34	3.5	35	78	3	100	26	11	19	42	1.86
85356433--85356530	35	2.8	34	81	3	97	28	8	19	43	1.79
85357040--85357112	36	2.0	36	89	5	112	39	12	13	34	1.82
85358391--85358583	43	4.5	43	90	0	287	22	18	33	26	1.96
85359300--85359328	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
85364390--85364497	36	3.1	36	90	2	166	35	0	16	47	1.53
85364441--85364605	52	3.1	53	78	8	174	35	0	14	50	1.43
85364481--85364510	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
85364423--85364630	43	4.6	46	78	11	193	35	0	14	49	1.44
85364423--85364577	43	3.5	43	84	6	211	34	0	15	49	1.45
85364423--85364596	90	1.9	91	85	3	244	35	0	16	48	1.46
85364660--85365198	169	3.2	170	92	4	893	51	5	9	33	1.59
85365149--85365215	29	2.3	29	89	0	98	53	1	2	41	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85365171--85365225	15	3.7	15	82	4	76	52	0	0	47	1.00
85365164--85365227	29	2.2	29	100	0	128	53	0	0	46	1.00
85365508--85365554	24	2.0	24	86	0	67	42	6	23	27	1.78
85368244--85368315	14	5.1	14	73	9	58	27	1	23	47	1.60
85368344--85368562	65	3.4	65	78	3	226	21	1	32	44	1.60
85372761--85372881	46	2.6	46	81	5	127	24	30	17	27	1.97
85376472--85376660	29	6.5	29	89	5	256	26	24	14	33	1.94
85376472--85376610	59	2.4	59	97	1	262	25	23	14	36	1.93
85376639--85376745	42	2.5	42	96	0	196	22	32	14	30	1.93
85382663--85382707	21	2.1	21	95	0	81	24	13	13	48	1.78
85384184--85384313	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
85392151--85392280	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
85394070--85394295	48	4.8	48	73	7	194	27	23	23	25	2.00
85397356--85397399	22	2.0	22	95	0	79	20	22	11	45	1.83
85399412--85399531	44	2.8	44	80	6	138	30	27	19	23	1.98
85400388--85400423	18	1.9	18	88	5	54	41	5	0	52	1.24
85400789--85400934	73	2.0	73	97	0	274	35	6	25	32	1.81
85402751--85402898	35	4.2	35	81	0	161	18	8	29	43	1.80
85411601--85411762	39	4.2	39	93	1	272	21	21	29	27	1.99
85411601--85411752	77	2.0	78	94	1	270	21	21	29	26	1.99
85411601--85411789	39	4.9	39	90	2	193	21	22	30	25	1.99
85411617--85411832	39	5.6	38	81	8	156	21	22	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85416378--85416498	63	1.9	64	96	1	226	33	15	28	22	1.95
85416449--85416578	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
85423902--85424091	63	2.8	66	86	10	251	32	15	30	22	1.94
85427764--85427930	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
85431114--85431278	40	4.2	40	78	5	149	23	27	23	26	2.00
85431130--85431277	78	1.9	77	83	6	192	22	27	23	25	2.00
85435657--85436089	50	8.6	50	78	5	401	26	17	25	30	1.97
85435712--85436097	101	3.8	99	77	8	386	26	17	25	29	1.98
85435706--85436097	151	2.6	151	87	2	590	26	17	25	29	1.98
85436657--85437009	179	2.0	177	87	3	512	38	8	19	33	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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